UChicago genomforskare vinner NIH Directors New Innovator Award

Oni Basu, Doktorsexamen, en biträdande professor i genetisk medicin vid University of Chicago, har fått det prestigefyllda National Institutes of Health (NIH) Director's New Innovator Award.

Dessa utmärkelser, del av NIH:s högrisk, Högbelönt forskningsprogram, ges till exceptionellt kreativa forskare som föreslår högrisk, högeffektiv forskning i alla karriärstadier. The New Innovator Award, finansieras genom NIH Common Fund, fokuserar på att stödja forskare i tidig karriär, stödja ovanligt innovativ forskning från tidiga karriärutredare som är inom 10 år efter att de avslutat sin examen. Det här året, 53 forskare erkändes med priset.

Bredden av innovativ vetenskap som 2020 -kohorten av tidiga karriärer och erfarna utredare presenterade är imponerande och inspirerande. Jag är övertygad om att deras arbete kommer att driva fram biomedicinsk och beteendeforskning och leda till förbättringar i människors hälsa. "

Francis S. Collins, M.D., Ph.D., NIH -chef

Sedan ankomsten till UChicago 2016, Basu har arbetat med en mängd olika forskningsprojekt. Hon undersöker komplexa biologiska system med enkelcellsgenomik - isolerar enskilda celler och sekvenserar deras genetiska information för att få en bättre bild av cellulära skillnader i ett vävnadsprov. Detta, i tur och ordning, ger insikt i cellernas unika subtyper och deras funktioner inom en given vävnad.

Basu utbildade sig i laboratorierna i Aviv Regev, Doktorsexamen, och David Weitz, Doktorsexamen, båda pionjärerna inom encelliga genomik och mikrofluidik. Basu är själv en uppfinnare av den första högcykelformade enkelcells- och enkelkärniga RNA-seq-teknologin som möjliggjorde deras omfattande användning över hela världen.

Basu-forskningslabbet utvecklar och tillämpar ny teknik för att genomföra encells epigenomisk och transkriptomisk profilering med hög kapacitet på upp till 100, 000 celler samtidigt. Med detta tillvägagångssätt, hennes team arbetar med att analysera och klassificera unika celltyper i en mängd olika vävnader, inklusive mus- och mänskliga hjärnor och mikrobiella cellpopulationer.

Hennes forskning bidrar också till Human Cell Atlas, ett globalt projekt som involverar genomiksexperter runt om i världen som syftar till att skapa en komplett atlas över alla celltyper i människokroppen i både hälsa och sjukdom. Hon arbetar för att identifiera och karakterisera celltyper i människans tarm för att etablera en cellatlas i ileum - änddelen av tunntarmen. Använda tarmbiopsiprover från patienter med och utan Crohns sjukdom, hon försöker bättre förstå celltyp och sjukdomsspecifika uttrycksmönster i samband med det försvagande tillståndet.

Med stöd av New Innovator Award, Basu planerar att driva denna encelliga teknik till den mikrobiella världen. Mängden unika celltyper hos flercelliga organismer som människor har drivit behovet av att studera genomet på encellsnivå; en liknande mångfald kan också förväntas i mikrobiella samhällen. Bättre förståelse av denna heterogenitet hjälper till att svara på frågor om komplicerade ämnen som evolutionär fitness och antimikrobiell resistens.

Att producera verktyg som kan undersöka skillnaderna mellan mikrobiella celler vid encellsupplösning är fortfarande utmanande. Basu och hennes team arbetar med att utveckla mikrofluidiska och genomiska verktyg som gör det möjligt för forskare att dechiffrera de komplexa interaktionerna mellan mikrobiella populationer, värd-patogeninteraktion och mikrobiomet.

Högrisken, High-Reward Research Program katalyserar vetenskaplig upptäckt genom att stödja forskningsförslag som, på grund av deras inneboende risk, kan kämpa i den traditionella peer-review-processen trots deras transformativa potential. Programsökande uppmuntras att tänka "utanför boxen" och att fortsätta banbrytande idéer inom alla forskningsområden som är relevanta för NIH:s uppdrag att främja kunskap och förbättra hälsan.

• Studier kan förklara varför cannabisväxter kan minska symtomen på olika tarmtillstånd
• Tiopuriner kan hjälpa till att stoppa viral replikation hos mänskliga coronavirus