Znanstveniki naredijo še en korak pri razumevanju bakterij, ki povzročajo epidemijo salmonele

Znanstveniki z univerze v Liverpoolu so naredili še en korak naprej pri razumevanju bakterij, ki povzročajo uničujoče Salmonela epidemija trenutno ubija okoli 400, 000 ljudi v podsaharski Afriki letno.

Objavljeno v reviji PLOS Biologija in predstavlja pet let dela, Raziskovalci na Inštitutu za integrativno biologijo so zaključili eno največjih dosedanjih študij izražanja primerjalnih genov bakterij.

Invazivna netifoidna salmoneloza (iNTS) se pojavi, ko Salmonela bakterije, ki običajno povzročajo bolezni prebavil, vstopijo v krvni obtok in se razširijo po človeškem telesu. Afriško epidemijo iNTS povzroča različica Salmonella Typhimurium (ST313), ki je odporen na antibiotike in na splošno prizadene posameznike z imunskim sistemom, oslabljenim zaradi malarije ali virusa HIV.

"Čeprav so genomi Afrike in sveta S. Typhimurium so 95% enaki, preostalih 5% se zelo razlikuje, "pojasnjuje avtor študije dr. Rocío Canals Alvarez." Večina teh razlik ne povzroča sprememb v izražanju genov, vendar moramo identificirati genetske spremembe, ki vplivajo na izražanje genov in bi lahko vplivale na izid bakterijske okužbe pri ljudeh. "

Da bi odkrili te ključne genetske razlike, raziskovalci so izvedli obsežen primerjalni transkriptomski pristop med smrtonosnim Afričanom Salmonela in skupno „globalno“ različico, ki povzroča gastroenteritis.

Raziskovalci so razvili vsakega od njih Salmonela sevov na 16 različnih načinov, ki so predstavljali različne stopnje procesa okužbe pri ljudeh. Prav tako so izolirali salmonelo iz mišjih makrofagov - imunskih celic, ki jih bakterije uporabljajo za ugrabitev gostitelja med okužbo.

Z raziskovanjem transkriptom afriškega in svetovnega S. Typhimurium pod temi različnimi pogoji, odkrili so, da je bilo 677 genov in majhnih RNA med obema sevoma različno izraženo.

Vzporedni proteomski pristop je odkril razlike v izražanju genov, ki so privedle do sprememb na ravni beljakovin. Dva poskusa dokazovanja načela sta razkrila genetsko osnovo presnovne okvare afriške salmonele in odkrila nov sistem vzdrževanja bakterijskih plazmidov.

Da bi raziskovalcem po vsem svetu omogočili delo z novimi informacijami, novi podatki so predstavljeni v uporabniku prijaznem spletnem orodju, imenovanem

"Ta študija popelje moč transkriptomike na novo raven bakterije. Naš" funkcionalni transkriptomski "pristop je pomemben za široko občinstvo in ga je mogoče uporabiti za številne druge organizme. Analitični načrt in vidiki virov podatkov skupnosti so splošni in bi navdihniti druge, naj uporabijo podoben pristop za odgovarjanje na svoja raziskovalna vprašanja, "dodaja profesor Jay Hinton, ki je vodil študijo.

• Študija ugotavlja vpliv antibiotične motnje črevesnega mikrobioma na zdravje okostja
• Študija kaže, kako so se virusi herpesa in tumorji naučili manipulirati z isto starodavno RNA