Publicado en la revista PLOS Biología y que representa cinco años de trabajo, Los investigadores del Instituto de Biología Integrativa han completado uno de los estudios comparativos de expresión génica bacteriana más grandes hasta la fecha.
La salmonelosis no tifoidea invasiva (iNTS) ocurre cuando Salmonela bacterias que normalmente causan enfermedades gastrointestinales, entrar en el torrente sanguíneo y diseminarse por el cuerpo humano. La epidemia africana de iNTS es causada por una variante de Salmonella typhimurium (ST313) que es resistente a los antibióticos y generalmente afecta a personas con sistemas inmunitarios debilitados por la malaria o el VIH.
"Aunque los genomas de África y el mundo S. Typhimurium son 95% idénticos, el 5% restante es muy diferente, "explica la autora del estudio, la Dra. Rocío Canals Alvarez." La mayoría de estas diferencias no provocan cambios en la expresión génica, pero necesitamos identificar las alteraciones genéticas que afectan la expresión génica y podrían influir en el resultado de una infección bacteriana en humanos ".
Para descubrir estas diferencias genéticas clave, Los investigadores llevaron a cabo un enfoque transcriptómico comparativo a gran escala entre los letales africanos Salmonela y la versión "global" común que causa gastroenteritis.
Los investigadores cultivaron cada uno de los Salmonela cepas de 16 formas diferentes que representan diferentes etapas del proceso de infección humana. También aislaron Salmonella de macrófagos de ratón, células inmunes utilizadas por las bacterias para secuestrar al huésped durante la infección.
Al investigar el transcriptoma de africanos y globales S. Typhimurium bajo estas diferentes condiciones, descubrieron que 677 genes y ARN pequeños se expresaban de manera diferente entre las dos cepas.
Un enfoque proteómico paralelo identificó las diferencias en la expresión génica que condujeron a alteraciones a nivel de proteínas. Dos experimentos de prueba de principio revelaron la base genética de un defecto metabólico de Salmonella africana y descubrieron un nuevo sistema de mantenimiento de plásmidos bacterianos.
Para permitir que los investigadores de todo el mundo trabajen con la nueva información, Los nuevos datos se presentan en una herramienta en línea fácil de usar llamada
"Este estudio lleva el poder de la transcriptómica a un nuevo nivel para una bacteria. Nuestro enfoque de 'transcriptómica funcional' es relevante para una audiencia amplia y se puede aplicar a muchos otros organismos. La canalización analítica y los aspectos de recursos de datos comunitarios son genéricos y podrían inspirar a otros a utilizar un enfoque similar para responder a sus preguntas de investigación, "añade el profesor Jay Hinton, quien dirigió el estudio.
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