Megjelent a folyóiratban PLOS biológia és öt év munkáját képviseli, az Integratív Biológiai Intézet kutatói befejezték az eddigi egyik legnagyobb bakteriális összehasonlító génexpressziós vizsgálatot.
Invazív nontyphoidal Salmonellosis (iNTS) akkor fordul elő, amikor Szalmonella baktériumok, amelyek rendszerint emésztőrendszeri betegségeket okoznak, belép a véráramba, és elterjed az emberi testben. Az afrikai iNTS járványt az egyik változata okozza Salmonella Typhimurium (ST313), amely ellenáll az antibiotikumoknak, és általában a malária vagy a HIV által gyengített immunrendszerű egyéneket érinti.
"Bár az afrikai és a globális genomok S. Typhimurium 95% -ban azonosak, a maradék 5% nagyon más, "magyarázza a tanulmány szerzője, Dr. Rocío Canals Alvarez." E különbségek többsége nem okoz változásokat a génexpresszióban, de azonosítanunk kell azokat a genetikai elváltozásokat, amelyek befolyásolják a génexpressziót, és befolyásolhatják az emberek bakteriális fertőzésének kimenetelét. "
E kulcsfontosságú genetikai különbségek felfedezéséhez a kutatók nagyszabású összehasonlító transzkriptomikus megközelítést hajtottak végre a halálos afrikai között Szalmonella és a gyakori „globális” változat, amely gasztroenteritist okoz.
A kutatók mindegyikét megnövelték Szalmonella törzseket 16 különböző módon, amelyek az emberi fertőzési folyamat különböző állomásait reprezentálják. Ezenkívül izolálták a Salmonellát egér makrofágokból - az immunsejtekből, amelyeket a baktériumok használnak a gazdaszervezet eltérítésére a fertőzés során.
Az afrikai és a globális átiratának vizsgálatával S. Typhimurium ezen eltérő feltételek mellett, felfedezték, hogy 677 gént és kis RNS -t eltérő módon fejeztek ki a két törzs között.
Egy párhuzamos proteomikus megközelítés azonosította azokat a génexpressziós különbségeket, amelyek a fehérje szintjének megváltozásához vezettek. Két elvi kísérlet feltárta az afrikai Salmonella metabolikus hiba genetikai alapját, és új bakteriális plazmid-fenntartó rendszert fedezett fel.
Annak érdekében, hogy a kutatók szerte a világon dolgozhassanak az új információkkal, az új adatokat egy felhasználóbarát online eszközben mutatják be
"Ez a tanulmány egy új szintre emeli a transzkriptómia erejét egy baktérium számára." Funkcionális transzkriptomikus "megközelítésünk széles közönség számára releváns, és sok más organizmusra is alkalmazható. Az elemzési folyamat és a közösségi adatforrások általánosak, és ösztönözni másokat, hogy hasonló megközelítést alkalmazzanak kutatási kérdéseik megválaszolásához, - teszi hozzá Jay Hinton professzor, aki a tanulmányt vezette.