Črevesni mikrobiom vpliva na zdravje možganov, vključno s tem, kako možgani okrevajo po možganski kapi. Maščobne kisline s kratko verigo, produkt fermentacije iz bakterij v črevesju, so ključni sestavni del črevesnega zdravja, vendar njihova vloga pri okrevanju po možganski kapi ni raziskana.
Sadler et al. štiri tedne pred sprožitvijo kapi dodajali kratke verige maščobnih kislin v pitno vodo miši. Miši, ki so pile vodo z maščobnimi kislinami, so imele boljše okrevanje po možganski kapi v primerjavi s kontrolnimi mišmi, vključno z zmanjšano motorično okvaro in povečano rastjo hrbtenice na dendritih - ključna struktura spomina. Poleg tega, miši z dodatkom maščobnih kislin so izrazile več genov, povezanih z mikroglijo, imunske celice možganov. Dejavnost mikroglije bi lahko bila odgovorna za povečanje dendritičnih bodic in izboljšanje izida možganske kapi. To razmerje kaže, da lahko kratke verižne maščobne kisline služijo kot glasniki v povezavi črevesje-možgani, saj vplivajo na odziv možganov na poškodbo.