Štúdia opisuje počiatočnú východiskovú databázu zdravých črevných mikrobiómov a profil početnosti

Počiatočná východisková databáza zdravých črevných mikrobiómov a profil hojnosti sú popísané v štúdii publikovanej 11. septembra, 2019 v časopise PLOS ONE s otvoreným prístupom od Charlesa Hadleyho Kinga z Lekárskeho centra Univerzity Georga Washingtona, USA, a kolegami.

Skladaný stĺpcový diagram fylogenetického zloženia všetkých mikrobiómových taxónov v tejto štúdii sa zrútil na úrovni fyly vo vzorkách výkalov. Zelené pruhy predstavujú Firmicutes a modré predstavujú Bacteroidetes, dve najpočetnejšie bakteriálne rodiny. Na estetické účely vzorky (n =98, dole) boli zoradené podľa ich zloženia Bacteroidetes a Firmicutes, aby sa demonštrovalo, ako by sa dali použiť východiskové výsledky črevného mikrobiómu z tejto štúdie v spojení s výsledkami z minulých štúdií. Kredit:King et al, 2019

Napriek tomu, že záujem výskumu o význam mikrobiómu ľudského čreva pre celkové zdravie stále rastie, V súčasnosti neexistuje výskumníkom a pacientom k dispozícii žiadny komplexný referenčný zoznam črevných mikrobiómov. V tejto štúdii, King a jeho kolegovia začínajú katalogizovať organizmus zdravých črevných mikrobiómov, a vyvinul prototyp hlásenia pre lekárov na prenos výsledkov pacientom.

Na zostavenie svojej databázy autori geneticky sekvenovali 48 vzoriek fekálií od šestnástich zdravých účastníkov prijatých z kampusu Univerzity Georga Washingtona vo Washingtone, D.C., okrem použitia 50 fekálnych metagenomických vzoriek stiahnutých z projektu Human Microbiome Project od osôb vyšetrovaných ako „zdravé“.

Po analýze genomických a metagenomických sekvencií všetkých vzoriek pomocou nového pracovného postupu založeného na softvéri, King a kolegovia zostavili počiatočnú databázu potvrdených mikróbov a ich relatívne množstvo vo všetkých vzorkách, GutFeelingKB, pomocou komplexných a verejne dostupných genetických informácií NCBI na poskytnutie metaúdajov o opísaných organizmoch.

GutFeelingKB popisuje 157 organizmov (155 bakteriálnych a dva archaealne organizmy) v 60 rôznych rodoch. Najväčší kmeň baktérií bol Firmicutes (40 percent všetkých organizmov v zozname), ktorý zase tvorilo 20 percent klostrídií, 19 percent bakterioidií, 17 percent Bifidobacteriales, 14 percent Enterobacterales, a 14 percent baktérií Lactobacillales - triedy baktérií, ktoré sa nachádzajú aj v jogurte a iných probiotických potravinách. Autori tiež poznamenávajú, že pre všetky vzorky bolo spoločných 84 organizmov, potenciálne naznačuje, že to môžu byť základné druhy pre ľudské črevo.

Táto štúdia prijala iba šestnásť účastníkov, malá ukážka. Ale zatiaľ čo ďalšie štúdie môžu pokračovať v identifikácii ďalších organizmov prítomných v zdravých črevách z celého sveta, GutFeelingKB je dôležitým prvým krokom. Databáza by mohla slúžiť ako východiskový bod pre porovnávaciu analýzu vzoriek a vývoj budúcej liečby mikrobiómov pacienta.

Autori dodávajú:

Našim cieľom je zmapovať zdravý črevný mikrobióm, aby sme my a ďalší vedci mohli použiť naše údaje na vývoj predikčných modelov špecifických pre chorobu. “

• Vzorky vírusu West Nile, nachádzajúce sa 10 míľ od seba, pochádzajú z rôznych miest,
• Abnormálne črevné baktérie spojené so zlým kognitívnym výkonom u veterinárov s PTSD a cirhózou