Studie beschrijft initiële baseline gezonde darmmicrobioom-database en overvloedprofiel

Een eerste baseline-database met gezond darmmicrobioom en abundantieprofiel wordt beschreven in een onderzoek dat op 11 september is gepubliceerd, 2019 in het open-access tijdschrift PLOS ONE door Charles Hadley King van het George Washington University Medical Center, VS, en collega's.

Gestapelde staafgrafiek van de fylogenetische samenstelling van alle microbioomtaxa in deze studie stortte in op phyla-niveau in fecale monsters. Groene balken vertegenwoordigen Firmicutes en de blauwe vertegenwoordigen Bacteroidetes, de twee meest voorkomende bacteriële families. Voor esthetische doeleinden zijn de monsters (n =98, onderaan) werden gesorteerd op basis van hun samenstelling van Bacteroidetes en Firmicutes om aan te tonen hoe de baseline darmmicrobioomresultaten van dit onderzoek kunnen worden gebruikt in combinatie met resultaten uit eerdere onderzoeken. Krediet:King et al, 2019

Hoewel de onderzoeksinteresse in het belang van het menselijke darmmicrobioom voor de algehele gezondheid blijft groeien, er is momenteel geen uitgebreide referentielijst voor het darmmicrobioom beschikbaar voor onderzoekers en patiënten. In dit onderzoek, King en collega's beginnen de organische samenstelling van gezonde menselijke darmmicrobiomen te catalogiseren, en ontwikkelde een prototype rapportagesjabloon voor clinici om resultaten door te geven aan patiënten.

Om hun database samen te stellen, de auteurs hebben 48 fecale monsters genetisch gesequenced van zestien gezonde deelnemers die waren gerekruteerd op de campus van de George Washington University in Washington, gelijkstroom, naast het gebruik van 50 fecale metagenomische monsters die zijn gedownload van het Human Microbiome Project van personen die als "gezond" zijn gescreend.

Na het ontleden van de genomische en metagenomische sequenties van alle monsters met behulp van een nieuwe op software gebaseerde workflow, King en collega's hebben een eerste database samengesteld van bevestigde microben en hun relatieve overvloed in alle monsters, de GutFeelingKB, gebruikmakend van de uitgebreide en openbaar beschikbare genetische informatie van NCBI om metagegevens over de beschreven organismen te verstrekken.

De GutFeelingKB beschrijft 157 organismen (155 bacteriële en twee archaeale organismen) over 60 verschillende geslachten. De grootste vertegenwoordigde stam van bacteriën was Firmicutes (40 procent van alle organismen op de lijst), die op zijn beurt voor 20 procent uit Clostridia bestond, 19 procent Bacterioidia, 17 procent Bifidobacteriën, 14 procent Enterobacterales, en 14 procent Lactobacillales-bacteriën - klassen van bacteriën die ook worden aangetroffen in yoghurt en andere probiotische voedingsmiddelen. De auteurs merken ook op dat 84 organismen gemeenschappelijk waren voor alle monsters, wat mogelijk aangeeft dat dit mogelijk kernsoorten zijn voor de menselijke darm.

Deze studie rekruteerde slechts zestien deelnemers, een kleine steekproef. Maar hoewel verdere studies mogelijk nog meer organismen in gezonde darmen van over de hele wereld zullen blijven identificeren, GutFeelingKB is een belangrijke eerste stap. De database zou kunnen dienen als startpunt voor vergelijkende analyse van monsters en de ontwikkeling van toekomstige microbioombehandelingen voor patiënten.

De auteurs voegen toe:

Ons doel is om het gezonde darmmicrobioom in kaart te brengen, zodat wij en andere onderzoekers onze gegevens kunnen gebruiken om ziektespecifieke voorspellingsmodellen te ontwikkelen."

• Monsters van West-Nijlvirus die 10 mijl van elkaar verwijderd zijn, kwamen van verschillende plaatsen,
• Abnormale darmbacteriën gekoppeld aan slechte cognitieve prestaties bij dierenartsen met PTSS en cirrose