Die Studie beschreibt die erste Baseline-Datenbank des gesunden Darmmikrobioms und das Abundanzprofil

Eine erste Baseline-Datenbank des gesunden Darmmikrobioms und ein Abundanzprofil werden in einer am 11. September veröffentlichten Studie beschrieben. 2019 im Open-Access-Journal PLOS ONE von Charles Hadley King vom George Washington University Medical Center, VEREINIGTE STAATEN VON AMERIKA, und Kollegen.

Das gestapelte Balkendiagramm der phylogenetischen Zusammensetzung aller Mikrobiom-Taxa in dieser Studie kollabierte auf Phyla-Ebene in Kotproben. Grüne Balken stehen für Firmicutes und die blauen für Bacteroidetes, die beiden häufigsten Bakterienfamilien. Aus ästhetischen Gründen sind die Stichproben (n =98, unten) wurden nach ihrer Zusammensetzung von Bacteroidetes und Firmicutes sortiert, um zu zeigen, wie die Ausgangsergebnisse des Darmmikrobioms aus dieser Studie in Verbindung mit Ergebnissen aus früheren Studien verwendet werden können. Bildnachweis:King et al., 2019

Obwohl das Forschungsinteresse an der Bedeutung des menschlichen Darmmikrobioms für die allgemeine Gesundheit weiter zunimmt, Derzeit steht Forschern und Patienten keine umfassende Referenzliste für das Darmmikrobiom zur Verfügung. In dieser Studie, King und seine Kollegen beginnen mit der Katalogisierung des Organismus gesunder menschlicher Darmmikrobiome. und entwickelte eine Prototyp-Berichtsvorlage für Kliniker, um die Ergebnisse an die Patienten weiterzugeben.

Um ihre Datenbank zusammenzustellen, die Autoren haben 48 Stuhlproben von sechzehn gesunden Teilnehmern, die auf dem Campus der George Washington University in Washington rekrutiert wurden, genetisch sequenziert, DC, zusätzlich zur Verwendung von 50 fäkalen metagenomischen Proben, die aus dem Human Microbiome Project von als „gesund“ gescreenten Personen heruntergeladen wurden.

Nach dem Parsen aller genomischen und metagenomischen Sequenzen aller Proben mit einem neuartigen softwarebasierten Workflow King und Kollegen erstellten eine erste Datenbank mit bestätigten Mikroben und ihrer relativen Häufigkeit in allen Proben. die GutFeelingKB, Nutzung der umfassenden und öffentlich zugänglichen genetischen Informationen des NCBI, um Metadaten zu den beschriebenen Organismen bereitzustellen.

Die GutFeelingKB beschreibt 157 Organismen (155 Bakterien- und zwei Archaeen) aus 60 verschiedenen Gattungen. Der größte vertretene Bakterienstamm war Firmicutes (40 Prozent aller Organismen auf der Liste), die wiederum zu 20 Prozent aus Clostridien bestand, 19 Prozent Bakterioidien, 17 Prozent Bifidobakterien, 14 Prozent Enterobakterien, und 14 Prozent Lactobacillales-Bakterien – Bakterienklassen, die auch in Joghurt und anderen probiotischen Lebensmitteln vorkommen. Die Autoren stellen auch fest, dass allen Proben 84 Organismen gemeinsam waren, Dies deutet möglicherweise darauf hin, dass es sich um Kernarten für den menschlichen Darm handeln könnte.

Diese Studie rekrutierte nur sechzehn Teilnehmer, eine kleine Probe. Aber während weitere Studien möglicherweise weitere Organismen aus der ganzen Welt in gesunden Eingeweiden identifizieren könnten, GutFeelingKB ist ein wichtiger erster Schritt. Die Datenbank könnte als Ausgangspunkt für die vergleichende Analyse von Proben und die Entwicklung zukünftiger Behandlungen für das Mikrobiom von Patienten dienen.

Die Autoren fügen hinzu:

Unser Ziel ist es, das gesunde Darmmikrobiom abzubilden, damit wir und andere Forscher unsere Daten nutzen können, um krankheitsspezifische Vorhersagemodelle zu entwickeln."

• Die Proben des West-Nil-Virus, die 10 Meilen voneinander entfernt gefunden wurden, stammten von verschiedenen Orten.
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