Giliai sekos skrandžio karcinoma atskleidžia somatinės mutacijos svarbios asmeninį medicinoje

Giliai sekos skrandžio karcinoma atskleidžia somatinės mutacijos svarbios asmeninį medicinoje
Anotacija
faktai
Visame pasaulyje, skrandžio vėžys yra antra labiausiai paplitusi priežastis, dėl vėžio susijusių mirties, su sveikatos tenkančią naštą mažiau ekonomiškai dauguma -developed šalys.
metodai
Čia mes pranešti genetinę apibūdinimą 50 skrandžio adenokarcinoma mėginių, naudojant Affymetrix SNP matricas ir Illumina iRNR išraiška masyvus, taip pat ILLUMINA seka kodavimo regionuose 384 genų, priklausančių įvairių būdų žinomų turi būti pakeista kitų vėžio.
rezultatai
genetiniai pakitimai buvo pastebėti į WNT, Ežiukas, ląstelės ciklo, DNR pažeidimus ir epitelio iki mezenchimos-perėjimo kelius.
išvadas Viesbutis The duomenys rodo, skirta terapijos patvirtintas arba klinikinių tyrimų skrandžio karcinoma būtų naudinga ~ 22% tirtų pacientų. Be to, čia aptiktos naujoviškas mutacijos, gali turėti įtakos klinikinio atsako ir rodo naujus tikslus narkotikų atradimas.
Faktai
Nepaisant pastaruoju metu mažėja mirtingumas nuo skrandžio vėžio Šiaurės Amerikoje ir daugelyje Šiaurės ir Vakarų Europoje , skrandžio vėžys išlieka viena iš pagrindinių mirties priežasčių visame pasaulyje ir yra paplitusi Japonijoje, Korėjoje, Čilė, Kosta Rika, Rusijos Federacijos ir kitų šalių buvusios sovietų Sąjungos [1]. Nepaisant patobulinimų gydymo būdus bei tikrinimu, pacientams, sergantiems skrandžio adenokarcinoma prognozė išlieka prasta [2]. Norėdami suprasti, patogenezę bei kurti naujas gydymo strategijas, būtina perpjauti molekulinius mechanizmus, reguliuoja skrandžio vėžio progresavimą. Visų pirma, onkogeninėmis mechanizmai, kurie gali būti taikiniu asmeninį medicinoje.
Terminas "onkogeno priklausomybė" apibūdinti vėžio ląsteles labai priklauso nuo konkretaus onkogeno ar onkogeninių keliu buvo pristatytas Weinstein [3, 4]. Koncepcija pabrėžia tikslinių gydymo, kuris bando nukenksminti onkogeną, svarbu išgyventi vėžio ląstelių, o sulaikantys normalias ląsteles, kurios yra ne panašiai priklausomas plėtrą.
Keletas onkogenų aktyvuota aukšto dažnio kitose vėžio, taip pat buvo įrodyta, kad būti mutavo skrandžio vėžio. Darytina išvada, kad parduodami terapija skirtos šių onkogenų būtų efektyviai gydyti skrandžio karcinoma dalį, arba kaip vienos medžiagos arba kartu. 2010 sausio mėn trastuzumabu buvo patvirtintas kartu su chemoterapija pirmos eilės gydymo erbb2
-positive pažangių ir skrandžio vėžiui. Trastuzumabu yra pirmoji skirta agentas turi būti patvirtintas skrandžio karcinomą ir 12,8% padidėjimą atsako dažnis buvo pastebėtas su to trastuzumabo į chemoterapija erbb2
teigiamą skrandžio adenokarcinoma [5, 6]. Ji buvo apskaičiuota, kad 2-27% skrandžio vėžio uosto erbb2
amplifikaoija ir gali būti gydomi erbb2 inhibitorių [7, 8]. Be to, padidėjusi kitos tirozino kinazės receptorių (TKR) EGFR
, buvo pastebėta, skrandžio vėžio ir daugelio tyrimų EGFR
inhibitorių šiame vėžio rūšies tebevyksta (peržiūrėta [9, 10]). Be to kai skrandžio vėžio uosto DNR amplifikacija ar raiška iš RTK RER
[11, 12] ir jos paralogue MST1R
[13], ir gali būti gydomi RER
arba MST1R
inhibitorių [14-20 ]. Galiausiai, FGFR2
per saviraiškos ir stiprinimas buvo pastebėta mažą skrandžio vėžio (Tarpikliai) [21] ir inhibitorių parodė tam tikrą klinikoje [22] veiksmingumą.
Pasroviui RTKs, KRAS
laukinio tipo amplifikacija ir mutacija taip pat buvo nustatyta maždaug 9-15% skrandžio vėžio [23, 24] ir gali būti efektyviai gydomi MEK inhibitorių [25, 26]. Aktyvinimas PI3K /AKT /mTOR keliu taip pat buvo vertinamas 4-16% skrandžio vėžio [27-30], todėl gali būti jautrūs PI3K inhibitorių [31-34]. Be to, ląstelės ciklo kinazės AURKA
buvo įrodyta, kad būti aktyvuotas skrandžio vėžio [35, 36], AURKA inhibitorių klinikinė plėtros [37], gali turėti klinikinės naudos.
Ataskaitų įvairių rūšių onkogeninių aktyvavimo dažnio ir jų pasitaiko kartu yra ribotas. Priešingai gastrointestinonal stromos navikai (VTSN), kuris pasižymi aukštu dažniu KIT
ir PDGFRA
aktyvavimo [38] ir todėl efektyviai gydomas, kurį imitanib ir sunitinibo [39, 40] dauguma, atrodo, skrandžio adenokarcinoma būti molekules nevienalytė liga be aukšto dažnio onkogeninių sutrikdymo šiol atrastas. Tai iliustruoja neseniai atlikto tyrimo somatinėse mutacijos kinazės kodavimo genų visoje 14 skrandžio vėžio ląstelių linijų ir tris skrandžio vėžio audiniuose, kurie atrastų daugiau nei 300 romaną kinazės vieno nukleotido variantus ir kinazės susijusių struktūrinių variantus. Tačiau buvo atidengta nėra labai dažnai pasikartojantis mutacija ar mutavo kinazės [41].
Su nušviečiantys gydymo skrandžio karcinoma su tikslinių gydymo arba rinkoje, vystymosi ar reikia atrasti potencialą siekiant, mes būdingas klinikinis skrandžio karcinomos mėginiai, siekiant nustatyti onkogeno aktyvacijos.
Mes paėmė visuotinį požiūrį tiriant mėginius ant Affymetrix SNP masyvų ir Illumina mRNR ekspresijos matricos. Šios technologijos yra gerai patvirtinta aptikti genotipo, DNR kopijų skaičiaus kitimo ir iRNR ekspresijos profilio. Jie gali būti taikoma nevienalyčių klinikinius mėginius. Mėginiai taip pat buvo apklaustas antros kartos (ILLUMINA) sekos. Santykinai naujų antros kartos sekvenavimo technologijos siūlome tiek padidėjo pralaidumą ir didelį sekvenavimo pajėgumus. Pastarasis yra ypač svarbu apibūdinti vėžio mėginiai, kurie linkę įtraukti tipų ląstelių mišinį, įskaitant infiltrating normalios ląstelės, kraujagyslių ir vėžinių ląstelių skirtingų genotipų. Šiame tyrime mes naudojamas tikslinę sodrinimo ir ILLUMINA sekvenavimo technologiją seka kodavimo regionus 384 genų. Mes nusprendėme pirmenybę gylį aprėpties daugiau platesnės aprėpties siekiant užfiksuoti esančias mutacijas gyventojų grupėms per navikų. Naujausi tyrimai parodė, vėžio linkę uosto daug mutacijas mažesnio skaičiaus signalizacijos būdus [42, 43] Todėl mes sutelktas į genų šių būdų. Mes taip pat genus kodavimo baltymus anksčiau įrodyta, turi įtakos atsakymą į tikslines terapijų ir labiau tikėtina, kad būti sėkmingai taikiniu mažos molekulės įsikišimo, nes mūsų tikslas yra rasti efektyvesnius ir naujų būdų gydyti skrandžio karcinoma.
Metodų
audinio mėginiai
DNR ir RNR mėginiai buvo paimti iš ligoninių Rusijoje ir Vietnamo pagal IRB patvirtino protokolus ir IRB patvirtintas sutikimas formas molekuline ir genetinės analizės. patys medicinos centrai taip pat turi vidaus etikos komitetams įvertintų protokolą ir ICFs. Bandiniai buvo perkami per Audinių Solutions Ltd http:. //Www audinių sprendimus lt /.. Mėginio charakteristikos matyti papildomą failą 1 lentelė S1
masyvų
genotipų ir kopijų skaičiaus profiliai generuojamos kiekvienos mėginių naudojant 1 mikrogramo DNR paleisti Affymetrix SNP V6 masyvų naudojant Affymetrix protokolus. Kopijuoti numeris kitimo duomenys buvo analizuojami per ArrayStudio programinės įrangos http:. //Www Omicsoft lt.. Duomenų normalizavosi naudojant Affymetrix algoritmą ir segmentuoti naudojant CBS. Scenarijaus profilis buvo sukurtas kiekvienam mėginiui naudojant 1 mikrogramų visos RNR paleisti Illumnia HG-12 RNR raiškos matricos Po ILLUMINA protokolus. Duomenys buvo analizuojami per Illumina GenomeStudio programinės įrangos http:.. //Www Illumina Lt /Programinė įranga /genomestudio_ programinė įranga ilmn.. Kaip duomenų anksto perdirbti procedūrą, zondas rinkinys buvo tik išlaikė, jeigu jis turi "dabartis" (t.y. du standartinius nuokrypius, kas išdėstyta) Kvietimas į bent vieną iš pavyzdžių. Signalų reikšmės likusiems zondas rinkinių buvo pertvarkyta į 2-paremtą logaritmo skalę ir kvantilio normalizavimas buvo atliktas. DNR kopija ir RNR raiškos lygis buvo integruoti į genų lygmenyje per ArrayStudio programinės įrangos http:. //Www Omicsoft lt.. Kelias sodrinimo analizė buvo atlikta per GeneGO metacore analizė suite http:. //Www genego lt /.. Visi masyvo duomenis iš šio tyrimo yra prieinama GEO http: //www ncbi NLM NIH valst /GEO /po serijos inventorinį numerį GSE29999
Tikslinės giliai DNR sekos
5..... mikrogramų DNR buvo PGR praturtinti kodavimo egzonų bet žinoma stenograma 384 genų interesų (papildomas failo 2 lentelė s2), naudojant Raindance platformos http:... //www raindancetechnol ogies COM /
Gauti tikslinės bibliotekos buvo sekos naudojant Illumnia GAII ne skaityti-ilgis 54 nt. Seka skaito buvo susietas su atskaitos genomo (hg18) naudojant BWA programą [44]. Bazės lauko tiksliniuose regionuose buvo ignoruojami, kai apibendrinami statistikos apimtis ir variantų skambučius. SAMtools buvo išanalizuoti suderinimai ir padaryti genotipas skambučius [45], ir bet skambučio, kad nukrypsta nuo atskaitos pagrindo buvo laikomas potencialiu variantu. SAMtools paketas sukuria sutarimas kokybės ir variantas kokybės įvertinimus apibūdinti genotipas skambučius. Tikslumas genotipo skambučių buvo įvertintas nuoseklūs į genotipo skambučius iš Affymetrix 6.0 SNP microarray. Atitikimas matricos pavyzdžių, remiantis abiejų SNP ir sekos duomenų buvo sukurtas siekiant patikrinti mėginių ženklinimu (papildomas failas 3 pav S1). Atitikimas ir kiekis genotipo skambučių buvo lentelėse dėl slenksčių sutarimo kokybės, variantas kokybės ir gylio. Galutinis rinkinys variantas skambučių buvo nustatyti naudojant sutarimo kokybę didesnis nei arba lygus 50 ir variantų kokybę didesnis nei 0. Norėdami išimtinai nustatyti somatinių pokyčius, tik tas esančias mutacijas vėžio mėginio ir neaptiko bet normalių pavyzdžių buvo saugomi. Kaip papildomą filtrą gemalo variantų, visi esančių dbSNP ir 1000 genomo polimorfizmo rinkinių variantai buvo ištrintas.
K-PGR
K-PGR buvo atliekama per standartinį protokolą naudojant Fluidigm 48 * 48 dinaminis masyvas. Pirma, patvirtinimas paleisti buvo atliekami naudojant surinktus kontrolės RNR iš trijų egzempliorių. Keturi įvesties RNR sumos buvo išbandytas (125 ng, 250 ng, 375 ng ir 500 ng). Trimis egzemplioriais duomenų taškai buvo gautas vėliau 10 taškų serijos praskiedimo už kiekvieną sąlygą per tyrimą. Geriausi bendri rezultatai buvo 250 arba 500 ng, kuris uždirbtų efektyvumo vertybes ~ 85%. Todėl 250 ng įvesties suma eksperimentinių pavyzdžių. Duomenys buvo gaminamas trimis egzemplioriais ir reiškia derinama. Ct reikšmės buvo perskaičiuotos gausa naudojant standartinę formulę gausa = 10 (40-CT /3.5). Bandymo duomenys buvo standartizuoti namų šeimininkės, naudojantiems kovariacijos metodo analizę, pagal kurią dvi namų šeimininkės (GAPDH ir beta-Aktinis) buvo naudojami apskaičiuoti patikimą rezultatą ir rezultatas buvo naudojamas kaip kovariantą reguliuoti kitus genus. Duomenų analizė buvo atliekama Arraystudio programinės įrangos.
Sanger sekos
Genomo DNR PGR pradmenys buvo įsakyta iš IDT (Integruota DNR technologijos Inc, Coralville, Iowa). PGR reakcijos buvo atliekami naudojant Invitrogen Platnium polimerazės (Invitrogen, Carlsbad, CA). 50 ng genominės DNR buvo dar didesnis 35 ciklų 94 ° C temperatūroje 30 sekundžių, 58 ° C temperatūroje 30 sekundžių ir 68 ° C temperatūroje 45 sekundžių. PGR produktai buvo išgrynintas naudojant Agencourt AmPure (Agencourt biologijos Corporation, Beverly, MA). Tiesioginis sekos išgrynintųjų PGR produktų su sekos pradmenų buvo atliekami su AB "v3.1 BigDye-terminatoriaus ciklas sekos rinkinyje (Applied Biosystems Foster City ĮA) ir sekos reakcijos buvo išgrynintas naudojant Agencourt CleanSeq (Agencourt biologijos Corporation, Beverly, MA). Sekos reakcijos buvo analizuojami naudojant genetinį Analyzer 3730XL (taikoma BIOSYSTEMS Foster City, Kalifornija). Visi seka rezultatų duomenys buvo surinkti ir išanalizuoti naudojant kodono kodas Aligner (CodonCode Corporation, DEDHAM, MA).
Rezultatai
DNR ir RNR amplifikacijos modeliai visoje mėginiai atitiko ankstesnių tyrimų
Nuoseklus su daugeliu kitų žmogaus vėžio, kopijų skaičiaus pokyčiai įvyko skersai 50 skrandžio vėžiu pavyzdžių genomus, palyginti su suderintų normaliomis mėginių (1 pav.) Dideli regionai dažnai amplifikacija buvo rasti chromosomų regionai 8q, 13q, 20Q, ir 20p. Žinomos Onkogeny MYC parsisiųsti ir CCNE1
įsikūrę 8q ir 20p Amplikonų, atitinkamai ir galimas prisidėti prie augimo pranašumą iki amplifikacijos suteiktais. Šie amplifikacijos buvo pastebėti ankstesniais tyrimų skrandžio vėžiui kartu su amplifikacijos 20P, dėl kurių ZNF217 parsisiųsti ir TNFRSF6B
buvo pasiūlyta kaip kandidatas vairuotojo genų [46]. 1 pav vaizdas CNV aberacijos visose 50 skrandžio karcinoma mėginių, kiekvienam autosoma. Y-ašis sutampa su teigiamų arba neigiamų pokyčių dėl tam tikros su log2 santykis šio pakeitimo skaičiaus, suma. Vietos, kuriose padidėjęs arba sumažėjęs kopijų skaičiaus visuose mėginiuose nuosekliai analizuojami ar labai dideli pokyčiai keletą pavyzdžių rodys didelius teigiamus ir neigiamus kaitos dydžius. Kiekvienas taškas arba atkarpa paveiksle yra nuspalvinti mėginyje. Spalvų kodas yra savavališkas su kiekviena iš 50 vėžio mėginiai buvo priskirti spalvą. Amplifikuoti segmentuose yra chromosomų 8q, 20Q, 20 p, 3Q, 7p ir 1q.
Atitikimas tarp DNR kopijų skaičiaus padidėjimas ir RNR raiškos tarp vėžio mėginiai buvo įvertintos ir 200 geriausių genų, esančių per dažnai aukštos DNR kopijos regione vėžio mėginiai ir kuris turėjo didelius iRNR lygį (lyginant su suderinta normalaus audinio) bandiniuose papildomų failų 4 lentelė S3. Dauguma genų šiame sąraše yra iš chromosomų regionai 20Q ir 8q, tai rodo, kad šie amplifikacijos turi didžiausią poveikį mRNR lygius, mažuma yra genai 20P, 3Q, 7p ir 1Q. 2 paveikslas rodo RNR profilius matuojamos Q-PGR ir pavyzdinė geno iš kiekvieno regiono, kuriame bendrą raiška skrandžio vėžio, ypač tam tikrų mėginių. Be MYC
ir CCNE1
, yra keli genai šiuose regionuose, kurie galėtų prisidėti prie augimo pranašumo vėžio ląstelių. Biologiniai būdai svarbiausia praturtintas įgarsintam ir ekspresija genų dalyvauja reguliuojant vertimas (p = 0.000015) ir DNR pažaidų taisymo (p = 0,003). Mėginiai, kurių papildymą šių genomo regionų komentuojami 3 paveiksle nėra pastebimos tendencijos, papildymą šiuose regionuose bendrai atsirasti arba būti išskirtinis. Pagal susitarimą su ankstesniu tyrimu [47] PERLD1
lokusas buvo papildyta (per erbb2 pervežimas amplikono) į imtį 08280 ir MMP9
buvo ekspresija, bet ne aiškiai nėra papildomi. Taip pat paveiksle 3 židinio DNR amplifikacijos su Współbrzmieniowy RNR genų, galinčių paveikti reakciją į tikslinių gydymo žymimi, pavyzdžiui pagrindžiančiuose duomenyse matyti papildomą failą 5 pav S2. 2 pav išraiška pavyzdžiui genų iš kiekvienos papildyta chromosomų regione visoje patvirtino Q-PGR tyrimo pavyzdžius. Raudonais taškais pažymėti vėžio mėginiai ir balta taškai reiškia normalus mėginius. Y ašis žymi iRNR gausa.
3 paveikslas mutacijų profilį mėginių. Audinių mėginiai rodomi visoje viršuje ir anotacijos atitinkamuose jiems yra žemiau stulpelių. Red dėžės reiškia DNR amplifikacija ir sutinkantis iRNR raiška, oranžinės dėžės pažymėti RNR raiška be DNR amplifikacijos įrodymų, raudonos taškai reiškia DNR nuostolių. Blue dėžės pažymėti somatinių nonsynonymous mutacija patvirtintas Sanger sekos ir raudonos dėžės pažymėti nonsynonymous somatinės mutacijos, pastebėtas ILLUMINA duomenų nebuvo siekiama patvirtinti, Sanger sekos. Amino pokyčiai pažymėta dėžės ir pokyčius, dėl kurių praradimo ar pelnas sustojimo kodono yra raudonos tekstą.
Sekos duomenys rodo aukštą sutapimą su genotipo
Sekos biblioteka paruošimas nepavyko šešių originalių 50 vėžio mėginiai ir keturiolikos originalių suderintų normalių pavyzdžių. Todėl dar du suderintų porų buvo įtraukta į analizę, todėl 44 vėžio mėginių, 36 Atitikusį normalių porų (papildomas failas 1 lentelė S1) rinkinį. Tikslinė regionas įtrauktas 3,28 MB visoje 6,547 unikalių egzonų 384 genų (papildomas failas 2 lentelė S2). Mediana aprėptis visose mėginių buvo 88,3% ir nukrito iki 74%, kai reikia minimalų aprėpties 20. Visi sekos buvo atliktas iki 110x vidutinis skaitymo aprėpties minimumo visoje pagerintų genomo regionuose kiekvieno mėginio. Perskaito buvo suderintos su žmogaus genomo ir variantai nuo atskaitos genomas buvo vadinamas. Kaip kontrolės, analizės palyginti genotipo skambučius iš Affymetrix V6 SNP masyvų o Illumina sekos buvo atliktas. Regionai, kuriems sekos pateikta 1005 loci patenkanti Affymetrix V6 SNP matricos. Su jokia sekos variantas filtravimas ragina kokybės metrikos, mediana susitarimas genotipas ir sekos rezultatai buvo 97,8% su 65-99% intervale (papildomų failų 6a, S3a pav). Žalias bendras genotipas skambutis atitikimas buvo 96,8%. Kokybės metrikos buvo pasirinktos siekiant padidinti tarp genotipo ir sekos skambučių sutartį, tuo pačiu sumažinant klaidingų neigiamų rezultatų. Patys informatyvus rodiklis buvo sutariama kokybė ir atjungimo nuo ≥50 lėmė nuostolių apie 10% bendrų genotipų, bet bendras padidinimas 2% nuoseklūs iki 98,7% (papildomų failų 6B, S3b pav). Variant genotipas skambučiai buvo izoliuoti toliau konkordanci- analizė. Šiuo rinkiniu, variantas kokybės minimalios ribos > 0 padidėjo tikslumą variant genotipo skambučių į 98,9% (papildomų failų 6c, S3c pav). Kai abu kokybės ribos buvo taikomos mediana mėginio sutapimą yra 99,5% (papildomas failas 6d, S3D pav), kuri patenka į genotipo masyvo klaidos regione. Šeši mėginiai (08362T1, 08373T2, 336MHAXA, 08337T1, 89362T2, DV41BNOH) turėjo "<sutapimą; 98% ir du iš jų (08393T2 ir DV41BNOH) turėjo 82% ir 88% sutapimą atitinkamai. Todėl su sutarimas kokybės ≥ 50 ir variantas kokybės > 0, klaidingas teigiamas rodiklis buvo 0,5% ir 1,6% referencinių genotipų ir variantų genotipų, atitinkamai (papildoma failų 6e S3E pav.)
Iš visų pavienių nukleotidų pakeitimų pravažiuojančių pirmiau ribas, visi variantai pateikti bet normalių pavyzdžių arba į polimorfizmo duomenų bazių dbSNP (V130), arba 1000 genomų buvo laikoma germinacinės variantai ir išmesti. Variantai metu tik vėžio mėginių egzonų buvo laikoma somatinių ir saugomi. 18,549 somatinių variantai buvo aptikta iš viso visose 44 mėginių (papildomas failas 7 lentelė S4), 3357 buvo prognozuojama, kad bus exonic ir nonsynonymous. Prioritetą už mutacijų su funkciniu poveikiu mes sutelkti visas toliau analizuota nonsynonymous mutacijų ir pabrėžė mutacijų, dėl kurių praradimo ar pelnas stabdymo kodonams. Mes taikė atsijoti algoritmą [48] prognozuoti amino rūgščių pakeitimus, kurie yra netoleruojami evoliucija ir todėl yra labiau tikėtina, kad įtakos baltymų funkciją, 1509 somatinių nonsynonymous mutacijos turi perkratyti rezultatas < 0,05. Mutacijų su atsijoti balas <lygis; 0,05 už geno, pataisa CDS ilgis buvo apskaičiuojamas (4). 4 paveiksle parodytos, genai, kurių didžiausia koncentracija mažo atsijoti Scoring mutacijų buvo S1PR2
, LPAR2
, SSTR1
, TP53
, GPR78 parsisiųsti ir RET
, su S1PR2 yra dauguma ekstremalios. Yra penkiolika mutacijos su atsijoti balas < 0,05 visoje 353aa kompaktines S1PR2
, susitelkę devyni mėginiai. S1PR2
taip pat žinomas kaip EDG5
kodų G-baltymu sujungto receptoriaus iš S1P ir aktyvina RhoGEF, LarG
[49]. Mažai žinoma apie jo vaidmenį vėžio ir somatinių mutacijų nebuvo pastebėtas 44 audinių sekvenuotuose už S1PR2
į kosminės bazės [50]. 4 pav juostinė diagrama norma žalingų mutacijų visoje geno sekvenuotuose. Genai sekvenuo- rodomi x-ašies. Iš žalingų somatinių mutacijų nonsynonymous pastebėtas kiekvieno geno /skaičiaus amino rūgščių kiekvienoje kompaktinius diskus grafikas.
Eilės nustatymas duomenų, patvirtina Sanger sekos
buvo atrinkti Kai nonsynonymous somatinės mutacijos būti patvirtintas Sanger sekos. Visi mutacijos pranešta mėlynai 3 paveiksle patvirtino Sanger sekos ir taip pat buvo patvirtinta, kad somatinių pagal sekos iš laukinio tipo seka suderintos normalaus audinio (žr papildomą failą 8 S4 "Paveikslas pavyzdys sekos pėdsakų). Nors 74% buvo patvirtinta, kai kurios aptiktos į Illumnia sekos mutacijos nebuvo patvirtinta kaip somatinių mutacijų pagal Sanger sekos. Šešiolika iš 68 (24%) mutacijų Mes bandėme patvirtinti buvo pateikti įprastą ir vėžio mėginio, tai yra germinacinės mutacijos, bet nėra aptikta nė normalių mėginių ILLUMINA sekos ir nebuvo atstovaujama dbSNP arba 1000 genomų duomenis. Penki iš šešiolikos gemalo mutacijų buvo nuo vėžio mėginiai be suderinta normalaus audinio įtraukta į rinkinį, kiti vienuolika atėjo nuo vėžio mėginiai su suderinta normalaus audinio seka įtraukta į rinkinį. Tai liudija apie gemalo užteršimo nepanaikina suderintų įprastos kontrolės arba palyginti su žinomų polimorfizmo duomenų bazėse norma. Gali būti, kad iš pavadavimų aprėptis normalaus audinio atsitinka būti mažesnis nei vėžio mėginio ir todėl kai kurie germinacinės mutacijos išlieka, nepaisant somatinių filtrai. Du iš 68 (3%) mutacijų Mes bandėme patvirtinti nebuvo pateikti į normalų arba vėžio mėginyje pagal Sanger sekos. Vienas priežastis gali būti klaidingai teigiami in į Illumnia duomenų dėl artefakto; Tačiau papildomų failų 6 S3 pav klaidingas teigiamas rodiklis yra žemas bent jau tų variantų atstovaujama Affymetrix V6 matricos. Dar viena galimybė yra ta, kad tai yra dalyvauja santykiu, esančios žemiau Sanger metodiką jautrumo mėginio pogrupyje bet aptinka Illumina sekos. Todėl mutacijos, apie kuriuos pranešta ILLUMINA sekos taip pat pranešė, purpuru 3 paveiksle, kai atsargumas aiškinant šiuos rezultatus, nes jie gali būti germinacinės polimorfizmas arba pateikti tik dalį auglio mėginį pogrupyje.
Pasikeitimai RAS /Raf /MEK /ERK kelią
Trys navikų mėginiuose buvo kras
genetinius pakeitimus (3 paveikslas), rodančius, gydomąjį galimybę gydymo MEK inhibitoriais. Vienas iš šių pakeitimų yra G12D mutacija. Kras
G12D mutacijos buvo įrodyta, kad inicijuoti kancerogenezės ir naviko išlikimą [51]. Stiprinimas ir raiška laukinio tipo KRAS
buvo pastebėtas kitų 2 pavyzdžius. Kras
amplifikacija buvo pastebėta prieš 5% pirminių skrandžio vėžio. Skrandžio vėžio ląstelių linijas su laukinio tipo kras
amplifikacija Rodyti steigiamojo kras
įjungimo ir jautrumo kras
RNAi triuškinantis [24]. Taip pat buvo pastebėta, kad romanas mutacija KRAS
; . (Į imtį 08393) funkcinė pasekmė yra nežinoma
PIK3CA
mutacija bendrai, pasireiškiantis su kras
G12D, yra žinoma, kad įtakos jautrumą MEK inhibitorių [25]; be to, naujų mutacijų Šio tyrimo metu nustatyta taip pat gali turėti pasekmių tos pačios klasės terapijos. Pavyzdžiui: KSR2
veikia kaip molekulinė pastolių skatinti ERK signalizacijos [52, 53]. Todėl, mutacijos KSR2
, pavyzdžiui, kaip matyti iš septynių mėginių gali turėti įtakos jautrumą MEK inhibitorių. Antrasis pavyzdys yra ULK1
, kurie teigiamai kontroliuoja autofagija pasroviui mTOR [54] ir mutavo į keturiolika pavyzdžius. Autofagija didinamas kartu su ERK fosforilinimo, kai skrandžio vėžio ląstelės yra gydomi proteasomos inhibitorių [55], todėl mutacijos ULK1
gali turėti įtakos jautrumą proteasomal inhibitoriais gydymas, pavyzdžiui, kaip BORTEZOMIBO kaip vienas preparatas arba kartu su MEK inhibitorių.
Pasikeitimai į PI3K /AKT kelyje
Už Padaryta didelė seka sutrikdymas iš phosphoinositide-3-kinazės (PI3K) kelią genų mėginių rinkinys. Yra PI3K /AKT /mTOR inhibitoriais klinikinės plėtros ir pacientams, sergantiems aktyvuoti mutacijos keliu numeris yra kandidatai gydyti [56]. PIK3CA
mutacijos žinomos onkogeniškumo buvo rasta keturiuose mėginiuose. Tai lemia iš PIK3CA
hotspot mutacijos 9%, šiek tiek didesnis nei ankstesniais skaičiavimais 6% (12/185) [27], ir 4,3% (4/94) [57] dažniu. Bendros PIK3CA hotspot mutacijos žinomos onkogeniškumo (E545K ir H1047R) [58] buvo pastebėta du kartus kiekvienam. Kitas PIK3CA
K111E mutacija, kuri taip pat buvo pastebėta anksčiau keturis mėginių Cosmic, buvo pastebėta, kai potencialiai naujų somatinių mutacijų nepastebėta dar du bandiniai. Nepastebėta
Penki nonsynonymous AKT1
mutacijos. Nors AKT1
mutacijos randama apie 2% visų vėžio, jie dažniausiai atsiranda amino rūgšties 15 ir funkcinė svarba mutacijos kitų vietų yra nežinomas. Kitas nonsynonymous mutacija AKT2
buvo pastebėtas Pavyzdžio 08407. AKT2
mutacijų yra daug retesnis nei AKT1
mutacijų, Nors AKT2
mutacija buvo pastebėta anksčiau skrandžio karcinoma, bent 2% dažniu [ ,,,0],59]. Galiausiai mutacija PTEN
arba mTOR
gali paveikti reakciją į kelią inhibitorius. Keletas PTEN
mutacijos pažymėti ir mTOR
mutacijos dažnai.
Pasikeitimai tirozino kinazės receptorius Viesbutis The tirozino kinazės receptorius (RTKs) ir narkotikų skirta EGFR
, erbb2 parsisiųsti ir RER
buvo kiekvienas amplifikuotas (log2 > 0,6) ir ekspresija tuo RNR lygis vienoje vėžio mėginio. Darytina išvada, kad navikai gali būti jautrūs amplifikuoto RTKs inhibitoriais. Be to, kelis nonsynonymous mutacijos yra stebimas jų koduojančių regionų. Tolesni mutacijos būtų galima tikėtis paveikti reakciją. Pavyzdžiui, Met
papildyta mėginį nutraukiant mutacija AKT3
gali paveikti jautrumas meteorologinių inhibitoriais.
FGFR2
yra stiprinama ir RNR ekspresija į du mėginius, taip pat yra daug mutacijų FGFR1
-4. Platų RTK inhibitoriai, kurie taikinių FGFRs tarp kitų kinazės, gali būti veiksmingas šių pacientų [60, 61].
Pokyčių ląstelės ciklo Baltymai Viesbutis The virusinė onkogeno homologas SRC
yra mutavo iš keturių naviko mėginiai, du iš mutacijų yra prognozuojama, kad turi žalingą poveikį, įskaitant įvedimo stop kodono. Tai gali kovoti-rodo SRC inhibitorius. MET
amplifikacija yra taip pat žinomas atsparumo markerį anti-SRC terapijos, pavyzdžiui, dasatanib [62, 63]. Ląstelės ciklo susiję kinazės, AURKA
buvo išplėstos ir ekspresija viename mėginyje. AURKA inhibitoriai yra plėtros solidinių navikų [37] ir gali būti nurodomas ir šiuo atveju. CCNE1
buvo papildyta dviem mėginių (08390 ir 08357). Didelis CCNE1
buvo įrodyta, kad būti dažnai siejama su ankstyvojo skrandžio vėžio ir metastazes, bet ekspresijos lygį ne koreliuoja su išlikimo [64, 65]. Vyriausiojo CCNE1
lygiai buvo siūloma kaip jautrumo žymeklis genų nukreiptas pro-vaistas fermentų aktyvuota gydymo [66]
aktyvinimas WNT keliu yra paplitusi
mutacijos buvo pastebėtas APC į karcinoma mėginių
genas 22 mėginių. APC navikas slopintuvas žinomas aktyvuoti CTNNB1 ir WNT keliu signalizacijos, be kitų padarinių [67]. WNT kelias anksčiau buvo nustatyta, kad dažnai aktyvuojamas skrandžio vėžio [68]. Mes naudojome transkripcijos parašas, sukurtas iš ankstesnių tyrimų [69, 70] ir galima rasti Platus institutas MSigDB duomenų bazėje klasifikuoti studijų mėginius jų WNT transkripcijos parašų. 5A paveikslas rodo šilumos žemėlapis transkripcijos lygių WNT parašo genų duomenų rinkinių. Aktyvinimas Šiuo keliu yra didesnis beveik visų vėžio mėginių, palyginti su įprastų bandinių. WNT inhibitoriai yra intensyvaus tyrimo farmacijos ir akademinių tyrimų [71-73] objektas. Šie rezultatai rodo, kad jos turės skrandžio vėžio, taip pat nuo daugelio kitų vėžio indikaciją. 5 paveikslas transkripcijos parašų visoje mėginių. Susitelkę spalvinis duomenų žemėlapis rodo išraiška WNT parašo genų ir B ežys parašo genų, visoje mėginių tyrimo. Visi išraiška vertybės Zscore normalizuotas. Zscore < -1 yra mėlyna, Z-balas > 1 yra raudonos spalvos su rūšiavo spalvos per baltas ne 0. Imties pavadinimų yra ant x ašies, jie susitelkę išraiška modelio ir mėginių su aukštos parašo balai į dešinę. Mėginiai, kurių somatinių nonsynonymous APC mutacijų (A) arba PTCH1 mutacijų (B) ir kuriam suteiktas virš spalvinių diagramų žvaigždute. WNT parašas genai (iš viršaus į apačią): FSTL1, DACT1, CD99, LMNA, SERPINE1, TNFAIP3, GNAI2, ID2, MVP, ACTN4, CAPN1, LUZP1, MTA1, RPS19, PTPRE, AXIN2, NKD2, SFRS6, CCND1, scap, CPSF4 , SENP2, DKK1, PRKCSH, SLC1A5, HDGF, CBX3, SCML1, PCNA, RPS11, SNRPA1, TGM2, LY6E, IFITM1, NSMAF, TCF20, BCAP31, AXIN1, AGRN, PLEKHA1, SLC2A1, CTNNB1, EIF5A, IMPDH2, GSK3B, PFN1 , UBE, MAP3K11, ARHGDIA, HNRPUL1, FLOT2, GYPC, NCOA3, CENTB1, SYK, POLR2A, KRT5, DHX36, ELF1, SMG2, FGD6, MAPKAP1, LOC389435, RPL27A, SRP19, RPL39L, SFRS2IP, FUSIP1
; Ežys parašas genai (iš viršaus į apačią). LRFN4, JAG2, RPL29, WNT5A, SNAI2, FST, MYCN, BMP4, CCND1, BMI1, CFLAR, PRDM1, GREM1, FOXF1, CCND2, CD44
aktyvavimo ežys būdas yra taip pat paplitusi vėžio mėginiai
PTCH1
yra navikas slopintuvas ir veikia kaip ežys ligandų receptorių ir slopina smoothened funkciją. Kai smoothened išlaisvino, tai signalai Ląstelėse pirmaujanti prie GLI transkripcijos veiksnių [74] aktyvacijos. Keli somatinės mutacijos PTCH1
yra įrašyti COSMIC, laikydamasi savo auglio slopinamojo vaidmenį. D362Y mutacija matyti šiame tyrime imties FICJG, yra ketvirtoje transmembraniniu domeno PTCH1 ir anksčiau buvo vertinama kaip netekus funkcijos gemalo mutacijos pacientui su Gorlin sindromas, linkusiems į navikais (sunumeruoti D513Y dėl skirtingo stenograma ) [75].

• Downregulation SPARC išraiška mažėja skrandžio vėžio ląstelių invazija ir survival
• BRCAA1 monokloninis antikūnas konjuguoto liuminescencines magnetinių nanodalelių in vivo tikslingai magnetofluorescent vaizdo skrandžio cancer