Deep sequencing vun gastric carcinoma verréid somatic kennen relevant fir personaliséiert medicine

Deep sequencing vun gastric carcinoma somatic kennen relevant fir personaliséiert Medezin verréid VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung weltwäit, gastric Kriibs ass déi zweet Équipe gemeinsam Ursaach vum Kriibs-Zesummenhang Doud , mat der Majoritéit vun der Belaaschtung Gesondheet vun wirtschaftlech dréit manner-entwéckelte Länner. VerfÜgung Method Hei VerfÜgung, Rapport mir eng genetesch characterization vun 50 gastric adenocarcinoma Echantillonen, affymetrix SNP flamenden Ofgrond an Illumina mRNA Ausdrock flamenden Ofgrond souwéi Illumina sequencing benotzt vun der coding Regioune vun 384 Genen fir verschidde Weeër bekannt Zougehéieregkeet zu anere Cancers geännert gin. VerfÜgung Resultater VerfÜgung genetesch hire Restaurant goufen an der WNT, Däreldéier, Zell Zyklus, DNA Schued a epithelial-ze-mesenchymal-Iwwergank Weeër observéiert guttgeheescht oder zu Medeziner Entwécklung mobiliséiert. VerfÜgung Konklusiounen VerfÜgung d'Donnéeën Therapien cibléiert fir gastric carcinoma ze wier vun Virdeel ~ 22% vun de Patienten studéiert. Zousätzlech, erwëscht de Roman kennen hei, wahrscheinlech Medeziner Äntwert un Afloss a nei Ziler fir Drogenofhängeger Entdeckung schloen. VerfÜgung Background VerfÜgung Trotz rezent Réckgang vun veruerteelt Tariffer vun gastric Kriibs an Nordamerika an an de meeschte vun Northern a Westeuropa , Mo. Kriibs bleift ee vun de groussen Ursaache vun Doud weltwäit an ass am Japan, Korea, Chile, Costa Rica, russesch Federatioun an anere Länner vun der fréierer Sowjetunioun [1] gemeinsam. Trotz Verbesserungen am Traitement Aberuffung a Kontroll, hätt vu Patienten mat gastric adenocarcinoma bleift aarmséileg [2]. Fir d'pathogenesis verstoen an nei therapeutesch Strategien ze entwéckelen, ass et essentiell de molekulare Mechanismen dissect datt de Werdegang vun gastric Kriibs regléieren. Besonnesch, wat d'oncogenic Mechanisme kënnen déi personaliséiert Medezin cibléiert ginn. VerfÜgung De Begrëff "oncogene Sucht" ze Kriibs Zellen héich ofhängeg op eng bestemmten oncogene oder oncogenic Passerelle beschreiwen war vun Weinstein agefouert [3, 4]. D'Konzept ënnersträicht d'Entwécklung vun geziilte Therapien wéi eng oncogene zu inactivate Versuch, kritesch ze Iwwerliewe vu Kriibs Zellen während normal Zellen sparing déi sinn net ähnlech ofhängeg. VerfÜgung puer oncogenes an aner Cancers op héich Frequenz ageschalt hunn och gewise gi mutated ginn zu gastric Kriibs. Et ass deemno déi vermaart therapeutics dës oncogenes gezielt wierksam engem Undeel vun gastric carcinomas Plëséier géif, entweder als eenzeg Agenten oder zu geschéckt. Am Januar 2010, Stad gouf a Kombinatioun mat Chimiotherapie fir d'éischte-Linn Behandlung vun ERBB2 VerfÜgung -positive fortgeschratt a metastatic gastric Kriibs guttgeheescht. Stad ass den éischte geziilte Agent fir d'Behandlung vun gastric carcinoma an eng Hausse vun 12.8% an Äntwert Taux mat zousätzlech vu Stad zu Chimiotherapie zu ERBB2 VerfÜgung positive gastric adenocarcinoma [5, 6] gesi war ofgeseent ze ginn. Et gouf ugeholl, datt 2-27% vun gastric Cancers ERBB2 VerfÜgung amplifications Angang vläicht mat ERBB2 inhibitors [7, 8] behandelt ginn. Den Zerfall, overexpression vun aneren receptor tyrosine kinase (RTK) EGFR VerfÜgung, an gastric Kriibs a verschidde Prozesser vun EGFR VerfÜgung inhibitors an dëser Kriibs Typ sinn éierlechen (iwwer- [9, 10]) uginn ass. Doriwwer puer gastric Cancers Hafe DNA amplification oder overexpression vun der RTK begéint VerfÜgung [11, 12] a seng paralogue MST1R VerfÜgung [13] a vläicht mat sech VerfÜgung oder MST1R VerfÜgung inhibitors behandelt ginn [14-20 ]. Endlech, huet mussen e puer Efficacitéit an Klinik dës [22] FGFR2 VerfÜgung iwwer Ausdrock an amplification zu engem klengen Deel vun gastric Cancers (scirrhous) [21] an inhibitors observéiert ginn. VerfÜgung afgerappt vun der RTKs, KRAS VerfÜgung wildtype amplification an stattfannen huet och zu ronn 9-15% vun gastric Cancers [23, 24] an kann wierksam behandelt mat MEK inhibitors [25, 26] fonnt ginn. Aktivatioun vun der Pi3K /AKT /mTOR Passerelle huet och vun 4-16% vun gastric Kriibs gesi gouf [27-30] an esou kann zu PI3K inhibitors sensibel ginn [31-34]. Den Zerfall, huet Zell Zyklus kinase AURKA VerfÜgung gouf zu gastric Kriibs ageschalt gewise ginn [35, 36] an AURKA inhibitors zu Medeziner Entwécklung [37] kann Medeziner profitéiert hunn. VerfÜgung Rapporten vun der Heefegkeet vu verschidden Zorte vun oncogenic Aktivéierung an hir Co-Optriede si limitéiert. Am Géigesaz stromal erhéijen zu gastrointestinonal (Schued) déi duerch eng héich Frequenz vun KIT VerfÜgung an PDGFRA VerfÜgung Aktivéierung [38] an domat och effektiv behandelt an der Majoritéit vun imitanib an sunitinib charakteriséiert sinn [39, 40], schéngt gastric adenocarcinoma engem molecularly heterogen Krankheet mat kee héich-Frequenz oncogenic perturbation gin also wäit entdeckt. Dëst ass duerch eng rezent Ëmfro vun somatic stattfannen an kinase coding Genen ganze 14 gastric Kriibs Zell Linnen an dräi gastric Kriibs Stoffer illustréiert déi méi wéi 300 Roman kinase Single Nukleotid Variatiounen an kinase-Zesummenhang strukturell Varianten entdeckt. Allerdéngs, kee ganz dacks onbekannt stattfannen oder mutated kinase sënnlech war [41]. VerfÜgung mam Zil vun der Potential fir Behandlung vun gastric carcinoma mat geziilte Therapien elucidating entweder op de Maart, an Entwécklung oder entdeckt ze ginn, hu mir Medeziner charakteriséiert gastric carcinoma Echantillon oncogene Aktivatioun ze entdecken. VerfÜgung Mir hunn eng global Approche vun der Echantillon assaying op affymetrix SNP flamenden Ofgrond an Illumina mRNA Ausdrock flamenden Ofgrond. Dës Technologien sinn gutt fir ze erkennen genotype, DNA Kopie Zuel Variant an mRNA Ausdrock Profil validéiert. Si sinn atomar ze heterogen Medeziner Echantillon. D'Echantillon waren och déi zweet Generatioun (Illumina) sequencing goufe. Relativ Roman sequencing zweeter Generatioun Offer Technologien souwuel fräi duerch dat an déif sequencing Muecht. De Fonds ass besonnesch wichteg fir Kriibs Echantillon characterizing déi eng Mëschung vun Zell Zorte dorënner infiltrating normal Zellen ze gehéieren dozou, vasculature an entholl Zell vun verschidden genotypes. An dëser Etude geheescht mir Zil- Beräicherung an Illumina sequencing Technologie der coding Regioune vun 384 Genen ze féieren. Mir hunn decidéiert Déift vun duerginn iwwer indirekten duerginn fir dofir kennen présentéieren an subpopulations bannent de erhéijen ze knipsen. Rezent Studie berichten iwwer propedeutësch Cancers vill Projet'en zu engem méi kleng Zuel vu sécher Weeër ervirbréngen éischter [42, 43] dofir konzentréiere mir op Genen an dës Weeër. Mir och Genen fir Proteinen coding abegraff virdrun Äntwert ze geziilte Therapien dës Distanz ze beaflossen a méi wahrscheinlech duerch kleng Protein Interventioun erfollegräich cibléiert ginn, wéi eist Zil méi effikass a Roman Weeër vun bestéet gastric carcinoma. VerfÜgung Produktivitéit ze fannen ass VerfÜgung Ray Echantillon VerfÜgung DNA an RNS Echantillon waren aus Spideeler an Russland a Vietnam kritt laut IRB guttgeheescht Adhésiounsprotokollen a mat IRB guttgeheescht Zoustëmmung Forme fir molekulare a genetesch Analyse. D'medizinesch Zentren selwer hunn och intern ethesch Comitée mat iwwer- de Protokoll an ICFs. D'Echantillon sech duerch Ray Solutions Ltd http Zucht:. //Www Otemschwieregkeeten-Léisungen com /.. mat 1 μg vun DNA lafen op Affymetrix SNP V6 flamenden Ofgrond benotzt Affymetrix Ëmwelt- fir Prouf Charakteristiken zousätzlech gesinn Fichier 1 Dësch S1 VerfÜgung flamenden Ofgrond VerfÜgung Genotypes a kopéieren Zuel Profiller ware fir all Echantillon entsteet. Copy Zuel Variant Donnéeën war bannent de ArrayStudio Software http analyséiert:. //Www Omicsoft com.. Donnéeën war mat Affymetrix sind normalized an alleguerten Scheinbar benotzt. folgenden der Illumina Ëmwelt- mat 1 μg vun insgesamt RNS lafen op Illumnia HG-12 RNS Ausdrock flamenden Ofgrond A ët Profil war fir all Prouf entsteet. Donnéeën ass bannent der Illumina GenomeStudio Software http analyséiert:.. //Www illumina com /Software /genomestudio_ Software ilmn.. Als Donnéeën Pre-Veraarbechtung Prozedur, war e Studiebäihëllefe Formatioun zréckbehalen nëmme wann et eng "präsent" (i.e. zwee Standard Hitparad virun Hannergrond) ruffen an op d'mannst een vun den Echantillon huet. Signal Wäerter vun de Rescht Studiebäihëllefe baut sech transforméiert zu 2-baséiert uräicheren Skala an quantile normalization gesuergt huet. DNA Kopie a RNS Ausdrock Niveauen sech bei der Gentherapie Niveau am http ArrayStudio Software integréiert:. //Www Omicsoft com.. Passerelle Beräicherung Analyse war bannent de GeneGO metacore Analyse Suite http gesuergt:. //Www genego com /.. All Partie Date vun dëser Etude ass am Geo http sinn: //www ncbi nlm nih Gov /Geo /ënner Serie Bäitrëtt Zuel GSE29999 geziilte déif DNA sequencing
5..... μg vun DNA war fir d'coding exons vun all bekannt ët vun 384 Genen vun interesséieren (zousätzlech Fichier 2 Dësch S2) mat der Raindance Plattform http-Hinnen alleguer beräichert:... //www raindancetechnol ogies com /
D'Konsequenz Zil- Bibliothéiken benotzt Illumnia GAII op engem liesen-Längt vun 54 NG Nepgen. Haaptrei liest sech un d'Referenz Nepgen Ëmgéigend (hg18) mat der BWA Programm [44]. Base ausserhalb der geziilte Regiounen ignoréiert goufen wann duerginn Statistiken an abezuelt rifft Message. SAMtools war benotzt der Alignementer zu Parsing- an genotype rifft maachen [45], an all ruffen, datt aus Referenzmaterial huel deviates war wéi e Potential Variant erauskoum. D'SAMtools Pak generéiert Konsens Qualitéit an abezuelt Qualitéit Schätzunge der genotype Appeller ze Markenzeeche. Richtegkeet vun genotype rifft war vun concordance geschate Appellen aus der Affymetrix 6.0 SNP microarray zu genotype. Concordance matrices vun Echantillon baséiert op béide SNP an Haaptrei Date goufen entsteet fir Prouf mislabelling (zousätzlech Fichier 3 Figur S1) ze kontrolléieren. Concordance an Quantitéit vun genotype rifft sech fir Betrag vun Konsens Qualitéit, Variant Qualitéit, an Déift tabulated. D'Finale Formatioun vun Variant rifft sech mat Konsens Qualitéit grouss-oder-selwecht zu 50 an abezuelt Qualitéit identifizéiert grouss wéi 0 exklusiv Fir somatic Ännerungen identifizéieren, nëmmen déi heiteg Projet'en am Kriibs Echantillonen an net an eng vun de normal Echantillon fonnt goufen zréckbehalen. Wéi eng zousätzlech filter fir germline Varianten, all Moment Varianten an dbSNP an 1000 Nepgen polymorphism konsultéieren goufen ofgegruewen. VerfÜgung Q-Hinnen alleguer VerfÜgung Q-Hinnen alleguer war via Standard Protokoll standing Fluidigm mat 48 * 48 dynamesch vill. Eischtens, war eng Confirmatioun Course mat hinzeginn Kontroll RNS aus dräi uplanzen gehaal. Véier Input RNS Quantitéiten getest (125 NG, 250 NG, 375 NG an 500 NG). Triplicate Eckdate sech fir d'Folleg 10-Punkte Serien dilution pro all Conditioun pro assay kritt. Déi bescht globale Resultater goufen um 250 oder 500 NG, déi Effizienz Wäerter Kriseperiod ~ 85%. Dofir 250 NG Input Montant fir den experimentell Echantillon. Donnéeën war zu triplicate produzéiert an kombinéiert heeschen. CT Wäerter sech ze Iwwerfloss benotzt Standard Formule Iwwerfloss ëmgerechent = 10 (40-CT /3.5). mat der Analyse vun de Leit Method Test Donnéeën war bis housekeepers normalized woubäi déi zwou housekeepers (GAPDH a Beta-actin) war als covariate benotzt engem sécherlech Ball an de Virsprong fir auszerechnen benotzt huet den Trainer Genen ze ajustéieren. Donnéeën Analyse war an der Arraystudio Software gesuergt. VerfÜgung Sanger Sequencing VerfÜgung Frankräich DNA Hinnen alleguer primers aus IDT bestallt waren (Integréiert DNA Technologies INC, Coralville, Iowa). Hinnen alleguer Reaktioune waren Hëllef duerchgefouert Invitrogen Platnium polymerase (Invitrogen, Karlsbad CA). 50 NG vu Frankräich DNA war fir 30 Sekonnen, 58 ° C fir 45 Sekonne fir 30 Sekonnen an 68 ° C an 94 ° C fir 35 Zykle Kick. Hinnen alleguer Produite goufen sidd mat Agencourt AmPure (Agencourt Bioscience Corporation, Beverly, MA). Direct sequencing vun sidd Hinnen alleguer Produite mat sequencing primers sech mat AB v3.1 BigDye-terminator Zyklus sequencing Kit gesuergt (Obwuel Biosystems, Foster City, CA) an sequencing Reaktioune waren sidd mat Agencourt CleanSeq (Agencourt Bioscience Corporation, Beverly, MA). D'sequencing Reaktioune waren mat engem genetesch Organer 3730XL (Obwuel Biosystems, Foster City, CA) analyséieren. All Haaptrei Resultater Donnéeën sech versammelt an analyséiert benotzt Codon Code Aligner (CodonCode Corporation, Dedham, MA). VerfÜgung Resultater VerfÜgung DNA an RNS amplification Musteren ganze Echantillon konsequent sinn mat virdrun Studien VerfÜgung haalt mat meeschten anere Mënsch Cancers, Kopie Zuel Ännerungen Priedegt ganze genomes vun der 50 gastric Kriibs Echantillon Verglach zu reagéiert normal Echantillon (Dorënner 1). Grouss Regiounen vun heefeg amplification sech um chromosomal Regiounen 8q fonnt, 13q, 20q, a 20p. Bekannt oncogenes MYC VerfÜgung an CCNE1 VerfÜgung an der 8q a 20p amplicons etabléiert sinn, respektiv an wahrscheinlech bäidroen engem Wuesstem dee vun der amplification conferred. Dës amplifications goufen zu virewech Studien zu gastric Kriibs zesumme mat amplification vun 20p gesinn fir deen ZNF217 VerfÜgung an TNFRSF6B VerfÜgung als Kandidat Chauffer Genen ugeholl goufen [46]. Figur 1 View vun CNV geometrescher Figur an alle 50 gastric carcinoma Echantillonen, fir all autosome. D'y-Achs entsprécht der Zomm vun der Zuel vun positiv oder negativ Ännerunge fir eng bestëmmte Segment mat der log2 Verhältnis vun deene änneren. Beräicher mat méi oder ofgeholl Kopie Zuel konsequent duerch all d'Echantillonen analyséiert oder ganz groussen Ännerungen zu puer Echantillon gëtt grouss positiv an negativ Verännerung Gréisste weisen. All Punkt oder Segment vun Donnéeen vun Prouf faarweg. D'Faarf Code ass willkürlech mat all eenzel vun de 50 Kriibs Echantillon eng Faarf zougewisen gëtt. Implikatioune Segmenter och chromosome 8q, 20q, 20p, 3q, 7P, an 1q. VerfÜgung Concordance tëschent DNA Kopie Zuel Mosconi an RNS Ausdrock ënnert de Kriibs Echantillon war évaluéiert an den Top 200 Genen bannent enger Regioun vun heefeg héich DNA Kopie Texter am Kriibs Echantillonen an déi héich mRNA Niveauen haten (am Verglach zu reagéiert normal Otemschwieregkeeten) sinn an zousätzlech Fichier 4 Dësch S3 tabulated. Déi meescht vun den Genen op dëser Lëscht sinn aus chromosomal Regiounen 20q an 8q suggeréiert datt dës amplifications déi Effekt op mRNA Niveauen hunn, an der Minoritéit sinn Genen fir 20p, 3q, 7P, an 1q. Figur 2 weist den RNS Profiler gemoos Q-Hinnen alleguer en exemplar Gentherapie aus all Regioun allgemeng overexpression zu gastric Kriibs weist, besonnesch zu bestëmmte Echantillon. Nieft MYC VerfÜgung an CCNE1 VerfÜgung, do si verschidde Genen an deene Regiounen, déi zu engem Wuesstem dee fir de Kriibs Zell bäidroen kéinten. Der biologescher Weeër déi wiesentlech fir Kick an overexpressed Genen beräichert ginn an Regulatioun vun Iwwersetzung (p = 0.000015) an DNA Schued gefléckt (p = 0.003) Équipe. Echantillon mat amplifications an dës Frankräich Regioune sinn an Dorënner forcéiert 3. Et Extrem Tendenz fir amplifications an dëse Regiounen ass exklusiv fir Co-geschéien oder ze ginn. Am Accord mat enger viregter Etude [47], war d'PERLD1 VerfÜgung nët Kick (innerhalb vun der ERBB2 VerfÜgung amplicon) zu Prouf 08280 an MMP9 VerfÜgung overexpressed war awer net discernibly Kick. Och zu kengem 3 Brennwäit DNA amplifications mat concordant RNS Ausdrock vun Genen wahrscheinlech d'Äntwert op geziilte Therapien ze beaflossen si mat, zum Beispill Basisdaten Donnéeën zousätzlech Fichier 5 Figur S2 gesinn. Figur 2 Expression vun Beispill Genen vun all deenen hire chromosomal Regioun ganze Etude Echantillon bestätegt duerch Q-Hinnen alleguer. Red dots Geleeënheet Kriibs Echantillon a wäiss dots Geleeënheet normal Echantillon. D'y-Achs ADR der Heefegkeet mRNA. VerfÜgung 3 Mutational Profil vun Echantillon Dorënner. Ray Echantillon sinn ganze erop an configuréieren relevant hinnen ugewisen sinn op Saile ënnendrënner. Red Këschte Geleeënheet DNA amplification an concordant mRNA overexpression, orange Këschte RNS overexpression mat kee Beweis vun DNA amplification Geleeënheet, Geleeënheet rout dots DNA Verloscht. Blue Këschte Geleeënheet somatic nonsynonymous stattfannen validéiert vun Sanger sequencing an mauve Këschte Geleeënheet nonsynonymous somatic kennen, an der Illumina Date mat kee Versuch observéiert vun Sanger sequencing ze confirméieren. Héicht Ännerungen sinn an der Rumm an Ännerungen flénke Verloscht oder Gewënn vun enger stoppen codon sinn an rout Text feststellen. VerfÜgung Sequencing Donnéeën weist héich concordance mat genotyping VerfÜgung Sequencing Bibliothéik Virbereedung fir sechs vun der Original 50 Kriibs Echantillon dunn a véierzéng vun der original reagéiert normal Echantillon. Dofir zwee méi stemmt Puer goufen zu der Analyse notéiert, an eng Donnéeën vun 44 Kriibs Echantillon doraus, 36 mat ë.a. normal Puer (zousätzlech Fichier 1 Dësch S1). D'geziilt Regioun abegraff 3,28 MB ganze 6.547 eenzegaarteg exons zu 384 Genen (zousätzlech Fichier 2 Dësch S2). Paracetamol Some vum ganze all Echantillon war 88,3% an zu 74% zréckgaang, wou minimal Deckung vum 20. All sequencing verlanngt, war fir all Prouf ganze beräichert Frankräich Regiounen zu engem Minimum vun 110x Duerchschnëtt liesen duerginn duerchgefouert. Déi liest sech géint de Mënsch Nepgen bilden an Varianten aus dem rouenden Nepgen genannt goufen. Als Kontroll, vergläichen eng Analyse ze telefonéieren aus der Affymetrix V6 SNP flamenden Ofgrond genotyping an der Illumina sequencing gesuergt huet. Der Regioun fir sequencing geziilte enthale 1005 loci vun der flamenden Ofgrond V6 SNP Affymetrix iwwerzunn. Mat kee Filter vun der sequencing Variant fir Qualitéit Chef rifft, war d'Steiren Accord tëscht der genotyping an sequencing Resultater 97,8% mat enger Rei vun 65-99% (zousätzlech Fichier 6a, Dorënner S3a). D'Matière globale genotype Opruff concordance war 96,8%. Qualitéit Chef sech dëse Match gaangen den Accord tëscht der genotyping an der sequencing rifft schreift iwwerdeems falsch Negativer kucken. De stäerkste praktesch Tonne war Konsens Qualitéit an e präventive vun ≥50 zu Perte vun iwwer 10% vun de gemeinsame genotypes duerchgesat, mä eng allgemeng 2% Erhéigung vun concordance zu 98,7% (zousätzlech Fichier 6B, Dorënner S3b). Variant genotype rifft sech fir weider concordance Analyse isoléiert. An dëser Formatioun, eng Variant Qualitéit loung vu > 0 erhéicht Richtegkeet vun Variant genotype rifft zu 98,9% (zousätzlech Fichier 6C, Dorënner S3c). Wa béid Qualitéit watfir der Steiren Prouf concordance applizéiert sech ass 99,5% (zousätzlech Fichier 6d, Dorënner S3d), déi bannent der Regioun vun genotyping vill Feeler ass. Sechs Echantillon (08362T1, 08373T2, 336MHAXA, 08337T1, 89362T2, DV41BNOH) haten eng concordance vu &Si besteet; 98% an zwee vun dësen (08393T2 an DV41BNOH) haten eng concordance vun 82% an 88% ofginn. Also mat engem Konsens Qualitéit ≥ 50 an eng Variant Qualitéit > 0, war de falschen positiven Taux 0,5% an 1,6% fir Referenzmaterial genotypes an abezuelt genotypes, bzw. (zousätzlech Fichier 6e Dorënner S3e). VerfÜgung Vun all eenzel Nukleotid Ännerungen déi virun watfir laanschtgoungen, all Moment Varianten an all vun den normal Echantillon oder an der polymorphism Datenbanken vun dbSNP (v130) oder 1000 genomes goufen ugeholl germline Varianten an discarded gin. Varianten Moment nëmmen am exons vun Kriibs Echantillon waren ugeholl somatic erëmgewielt ze ginn. 18.549 somatic Varianten goufen am Ganzen an alle 44 Echantillonen (zousätzlech Fichier 7 Table S4) fonnt, waren 3357 virausgesot exonic an nonsynonymous gin. Fir Prioritär fir kennen mat funktionell Impakt mir all weider konzentréieren Analysë op nonsynonymous Projet'en a Optakt Projet'en ze verléieren oder Gewënn vun stoppen codons Haaptfiguren. Mir hunn déi z sind applizéiert [48] Aminosaier Ännerungen ze soe, dass net an Evolutioun toleréiert ginn an esou méi wahrscheinlech d'Funktioun vun der FAQ, 1509 somatic nonsynonymous kennen hunn eng z stoung vu &Si besteet zu Afloss; 0,05. Den Taux vun Projet'en mat z stoung &Si besteet; 0,05 pro Gentherapie, fir CDen Längt korrigéiert gouf berechent (4). Figur 4 weist, d'Genen mat der héchster Konzentratioun vu niddereg z spillen kennen sech S1PR2 VerfÜgung, LPAR2 VerfÜgung, SSTR1 VerfÜgung, TP53 VerfÜgung, GPR78 VerfÜgung an RET VerfÜgung, mat S1PR2 Wiesen meeschte extrem. Et sinn fofzéng kennen mat z stoung &Si besteet; 0,05 ganze 353aa Disken vun S1PR2 VerfÜgung, an néng Echantillon konzentréiert. S1PR2 VerfÜgung och als EDG5 VerfÜgung Coden fir eng G-FAQ kräftegen receptor vun S1P an activéiert RhoGEF, LARG VerfÜgung [49] bekannt. Little ass bekannt fir seng Roll an Kriibs an somatic kennen hunn net an der 44. Stoffer fir S1PR2 VerfÜgung vun der kosmescher Datebank [50] Nepgen observéiert ginn. Figur 4 Bar Beräich vum Taux vun Liewer kennen ganze Gentherapie Nepgen. Genen Nepgen sinn op d'x-Achs gewisen. D'Zuel vun Liewer somatic nonsynonymous zu all Gentherapie observéiert kennen /Nummer vun Aminosaier Saieren zu all Disken am opgezeechent. VerfÜgung Sequencing Donnéeën ass vun Sanger sequencing bestätegt VerfÜgung puer nonsynonymous somatic Projet'en vun Sanger sequencing bestätegt sech ausgewielt ginn. All am bloen gemellt kennen Dorënner 3 goufen duerch Sanger sequencing bestätegt an huet och vun sequencing vun der wildtype Haaptrei am reagéiert normal Otemschwieregkeeten (kuckt zousätzlech Fichier 8 Dorënner S4 zB sequencing Spure) gin somatic confirméiert. Obwuel 74% bestätegt goufen, e puer vun de Illumnia sequencing fonnt kennen sech net als somatic Projet'en vun Sanger sequencing confirméiert. Aachtelsfinalë vun der 68 (24%) déi kennen mir waren an der normal a Kriibs Prouf Moment versicht ze bestätegen, des germline Projet'en sinn, mä net an all vun den normal Echantillon vun Illumina sequencing an och net vertrueden an dbSNP oder 1000 genomes Daten fonnt. Fënnef vun den Aachtelsfinalë germline Projet'en vu Kriibs Echantillon waren mat nee stemmt normal Otemschwieregkeeten an der Donnéeën abegraff, huet den Trainer eelef vu Kriibs Echantillon mat reagéiert normal Otemschwieregkeeten Haaptrei am Donnéeën abegraff. Dëst dofir engem Taux vun germline kontaminéierte net vun der stemmt normal Kontrollen oder de Verglach zu bekannt polymorphism Datenbanken éliminéiert. Et kann dass de Nivo vun der Auswiesselungen an de normal Otemschwieregkeeten geschitt wéi niddreg ze ginn an de Kriibs Echantillonen an esou e puer germline kennen bleiwen trotz der somatic Filter. Zwee vun den 68 (3%) kennen mir bestätegen envisagéiert fir sech net präsent an de normalen oder Kriibs Prouf vun Sanger sequencing. Eng Ursaach kéint falsch positiv an d'Illumnia Daten ginn wéinst artefact; Ee weidere Fichier 6 Dorënner S3 weist de falschen positiven Taux niddreg op d'mannst fir déi Varianten op der Affymetrix V6 flamenden Ofgrond vertrueden gin. Aner Méiglechkeet ass, datt dës zu engem Ziel vun der Prouf ënnert der Empfindlechkeet vun den Jimbo Methodik präsent sinn, mä vun der Illumina sequencing fonnt. Dofir, sinn an der Illumina sequencing gemellt kennen och an mauve zu Dorënner 3 an Untersuchungshaft, ass e puer eruwoen hëllt wann dës Resultater Interpretatioun wéi se germline schiefgang oder nëmmen present kann zu engem Ziel vun der entholl Prouf. VerfÜgung hire Restaurant op der RAS /RAF /MEK /Erk Passerelle VerfÜgung Dräi entholl Echantillon haten KRAS VerfÜgung genetesch hire Restaurant (Dorënner 3) suggeréiert therapeutesch Geleeënheet fir Behandlung mat MEK inhibitors. Ee vun dëse hire Restaurant ass eng G12D stattfannen. KRAS VerfÜgung G12D kennen gewiescht ze lancéieren carcinogenesis an entholl Iwwerliewe dës [51]. Amplification an overexpression vun wildtype KRAS VerfÜgung war an der aner 2 Echantillon gesinn. KRAS VerfÜgung amplification gouf virun zu 5% vun der Primärschoul gastric Cancers observéiert. Gastric Kriibs Zell Linnen mat wildtype KRAS VerfÜgung amplification weisen konstitutiven KRAS VerfÜgung Aktivéierung an Empfindlechkeet op KRAS VerfÜgung RNAi knockdown [24]. E Roman stattfannen an KRAS VerfÜgung war och observéiert; . (An Echantillonen 08393) déi funktionell Konsequenz onbekannt ass VerfÜgung D'PIK3CA VerfÜgung stattfannen Co-Preretraite mat KRAS VerfÜgung G12D, bekannt ass Empfindlechkeet op MEK inhibitors ze beaflossen [25]; Nieft, zu dëser Etude observéiert Roman Projet'en kann och Konsequenze fir déi selwecht Klass vun therapeutics hunn. Zum Beispill: KSR2 VerfÜgung Funktiounen als molekulare scaffold zu Erk sécher [52, 53] förderen. Dofir, VerfÜgung zu KSR2 Projet'en wéi zu siwen Echantillon gesinn Empfindlechkeet op MEK inhibitors Afloss kann. Eng zweet Beispill ass ULK1 VerfÜgung, déi positiv autophagy afgerappt vun mTOR Kontrollen [54] an ass zu véierzéng Echantillon mutated. Autophagy ass mat Erk phosphorylation fräi laanscht wann gastric Kriibs Zellen mat engem proteasome inhibitor behandelt ginn [55], dofir kennen ULK1 VerfÜgung Empfindlechkeet Behandlungen ze proteasomal inhibitor Afloss kann wéi bortezomib als eenzeg Agent oder a Kombinatioun mat MEK inhibitors.
hire Restaurant op der PI3K /AKT Passerelle VerfÜgung Et war substantiell Haaptrei Stéierungen vun der phosphoinositide-3-kinase (Pi3K) Passerelle Genen an d'Prouf gesat. Et sinn eng Rei vu PI3K /AKT /mTOR inhibitors zu Medeziner Entwécklung an Patienten mat Projet'en an der Passerelle activating sinn Kandidate fir Behandlung [56]. PIK3CA VerfÜgung Projet'en vun bekannt oncogenicity sech zu véier Echantillon fonnt. Dëst Resultat vun enger Frequenz vun PIK3CA VerfÜgung Hotspot stattfannen vun 9%, méi héich wéi virdrun Schätzunge vun 6% (12/185) [27] an 4,3% (4/94) [57]. D'gemeinsam PIK3CA Hotspot Projet'en vun bekannt oncogenicity (E545K an H1047R) [58] huet zweemol all observéiert. Aner stattfannen an PIK3CA VerfÜgung K111E, déi och virdrun zu véier Echantillon vun kosmescher observéiert gouf, war eng Kéier an eventuell Roman somatic kennen observéiert goufen zu zwee méi Echantillon observéiert. VerfÜgung Five nonsynonymous AKT1 VerfÜgung kennen observéiert goufen. Obwuel AKT1 VerfÜgung kennen an iwwer 2% vun all Cancers fonnt ginn, dee se haaptsächlech op Aminosaier 15 an der funktionell Wichtegkeet op aner Siten vun stattfannen ass onbekannt. Aner nonsynonymous stattfannen an AKT2 VerfÜgung war zu Prouf 08407. AKT2 VerfÜgung Projet'en si vill méi rar wéi AKT1 VerfÜgung kennen observéiert, obwuel eng AKT2 VerfÜgung stattfannen huet virun an gastric carcinoma observéiert goufen, bei engem 2% Frequenz [ ,,,0],59]. Endlech stattfannen vun PTEN VerfÜgung oder MTOR VerfÜgung Äntwert inhibitors zu Passerelle Afloss kann. Puer PTEN VerfÜgung Projet'en si feststellen an MTOR VerfÜgung Projet'en sinn heefeg. VerfÜgung hire Restaurant zu Receptor Tyrosine Kinases VerfÜgung D'receptor tyrosine kinases (RTKs) an Drogenofhängeger Ziler EGFR VerfÜgung, ERBB2 VerfÜgung a begéint
sech Kick all (log2 > 0.6) a bei de RNS Niveau an ee Kriibs Prouf overexpressed. Et ass deemno, datt d'erhéijen zu der inhibitors vun den Kick RTKs sensibel kënnen. Ausserdeem sinn Multiple nonsynonymous kennen hir coding Regiounen observéiert. Afgerappt kennen wier erwaart Äntwert ze beaflossen. Zum Beispill, an d'Implikatioune Prouf VerfÜgung begéint engem truncating stattfannen an AKT3 VerfÜgung Empfindlechkeet op begéint inhibitors Afloss kann. VerfÜgung FGFR2 VerfÜgung Kick ass an RNS zu zwee Echantillon overexpressed, sinn do och verschidde Projet'en am FGFR1
-4. Kéis- RTK inhibitors, déi FGFRs ënner anerem kinases Zil, kann an deene Patienten [60, 61] efficacious ginn. VerfÜgung hire Restaurant zu Zell Cycle Proteinen VerfÜgung D'Haren oncogene homolog SRC VerfÜgung zu véier vun der entholl mutated ass Echantillonen, zwou vun de Projet'en si virausgesot eng Liewer Effekt dorënner Aféierung vun engem Arrêt codon ze hunn. Dëst kann Konter weg SRC inhibitors. Erfëllt VerfÜgung amplification ass och e bekannte Resistenz Bewaacher fir anti-SRC therapeutics wéi dasatanib [62, 63]. D'Zell Zyklus Zesummenhang kinase, war AURKA VerfÜgung Kick an eng Prouf overexpressed. AURKA inhibitors sinn an Entwécklung fir staark erhéijen [37] a kann an deem Fall annoncéiert ginn. CCNE1 VerfÜgung war an zwou Echantillon Kick (08390 an 08357). Héich Niveaue vu CCNE1 VerfÜgung gewise goufen dacks mat fréi gastric Kriibs an Metastasen mä Ausdrock Niveauen vergläichen net mat Iwwerliewe [64, 65] verbonne ginn. Héich CCNE1 VerfÜgung Niveau gewiescht wéi eng Empfindlechkeet Bewaacher fir d'Gene-Direkter pro-Drogenofhängeger Aktivitéit-ageschalt Therapien [66] zu Activatiounscode vun wnt Passerelle recommendéiert ass heefeg an der carcinoma Echantillon VerfÜgung Projet'en am APC observéiert goufen VerfÜgung Gentherapie zu 22 Echantillonen. APC ass eng bekannt entholl suppressor CTNNB1 an wnt Passerelle sécher, ënner aneren Effeten [67] ze aktivéieren. D'wnt Passerelle gouf fonnt virdrun dacks zu gastric Kriibs [68] ageschalt gin. Mir ginn eng transcriptional Ënnerschrëft, vun virdrun Studien entsteet [69, 70] a sinn op déi breet Institut MSigDB Datebank der Etude Echantillon vun hire wnt transcriptional Ënnerschreften ze klassifizéieren. Figur 5A weist eng Hëtzt Plang vun der transcriptional Niveau vun der WNT Ënnerschrëft Genen vun der konsultéieren. Aktivatioun vun dëser Passerelle ass héich an bal all de Kriibs Echantillon am Verglach zu der normaler Echantillon. Wnt inhibitors sinn d'Thema vun intensiv Enquête an pharmazeuteschen an akademescher Fuerschung [71-73]. Dës Resultater proposéiere si gëtt ën Hinweis zu gastric Kriibs wéi och vill aner Cancers hunn. Figur 5 Transcriptional Ënnerschrëfte ganze Echantillon. Op der Strooss heatmap weist Ausdrock vun enger wnt Ënnerschrëft Genen an B Kéiseker Ënnerschrëft Genen, iwwerall Echantillon vun der Etude. All Ausdrock Wäerter sinn Zscore normalized. Zscore &Si besteet; -1 blo sinn, Z-stoung > 1 si rout mat engem graded gemoolt duerch wäiss op 0 Sample Nimm sinn op d'x-Achs, si vun Ausdrock Muster an Echantillon mat héije Ënnerschrëft stin op der Strooss sinn si zu Recht. Echantillon mat somatic nonsynonymous APC kennen (A) oder PTCH1 kennen (B) an duerch e Stär virun der heatmaps mat. WNT Ënnerschrëft Genen (vun uewen no ënnen): FSTL1, DACT1, CD99, LMNA, SERPINE1, TNFAIP3, GNAI2, ID2, MVP, ACTN4, CAPN1, LUZP1, MTA1, RPS19, PTPRE, AXIN2, NKD2, SFRS6, CCND1, SCAP, CPSF4 , SENP2, DKK1, PRKCSH, SLC1A5, HDGF, CBX3, SCML1, PCNA, RPS11, SNRPA1, TGM2, LY6E, IFITM1, NSMAF, TCF20, BCAP31, AXIN1, AGRN, PLEKHA1, SLC2A1, CTNNB1, EIF5A, IMPDH2, GSK3B, PFN1 , UBE, MAP3K11, ARHGDIA, HNRPUL1, FLOT2, GYPC, NCOA3, CENTB1, SYK, POLR2A, KRT5, DHX36, ELF1, SMG2, FGD6, MAPKAP1, LOC389435, RPL27A, SRP19, RPL39L, SFRS2IP, FUSIP1 VerfÜgung; Kéiseker Ënnerschrëft Genen (vun uewen no ënnen):. LRFN4, JAG2, RPL29, WNT5A, SNAI2, FST, MYCN, BMP4, CCND1, BMI1, CFLAR, PRDM1, GREM1, FOXF1, CCND2, CD44
Activatiounscode vun der Kéiseker Passerelle ass am carcinoma Echantillon VerfÜgung PTCH1 och gemeinsam VerfÜgung fir de Kéiseker ligands entholl suppressor an Akten als receptor ass an bremst d'Funktioun vun smoothened. Wéini ass nodeems smoothened, et Signaler Virwaat intracellularly zu der Aktivatioun vun der GLI Transkriptiouns Faktoren [74]. Multiple somatic Projet'en vun PTCH1 VerfÜgung zu kosmescher opgeholl ginn, mat sengem entholl suppressor Roll konsequent.

• Downregulation vun SPARC Ausdrock Verloschter gastric Kriibs bewosst Invasioun an Iwwerliewe
• BRCAA1 monoclonal antibody unisse Magnéitfeld nanoparticles fir an VIVO geziilte magnetofluorescent Imaging vun gastric Kriibs conjugated