Naujoviška kompiuterinė programinė įranga suteikia naują šviesą genetiniams procesams, kuriais grindžiamos mirtinos ligos

Inovatyvi kompiuterinė programinė įranga, sukurta Lesterio universiteto mokslininkų, atskleidžia mirtinų patogenų, atsakingų už meningitą ir gastroenteritą, genetinę sudėtį.

Programinė įranga, vadinamas „ Fazinis Tai ' , greitai nuskaito didelius genomų rinkinius ir nustato jų fazę kintančius genus, taip pat lygindami visus šiuos genus vienas su kitu. Tai gali padėti suprasti genetinius procesus, kuriais grindžiamos įvairios mirtinos ligos.

Lesterio universiteto mokslininkai, vadovauja Chrisas Baylissas iš Genetikos ir genomo biologijos katedros, pritaikė šią programinę įrangą daugybei genomo sekų dviem bakterijų šeimoms - Neisseria meningitidis ( reikšminga meningito priežastis) ir Campylobacter jejuni ( dažniausia per maistą plintančio gastroenterito priežastis) . Tyrimai buvo paskelbta žurnale PLOS Vienas ir Mikrobų genomika .

Dr Bayliss paaiškino:„Mes ir kiti prognozuojame, kad nuodugni šių didelių genomų rinkinių analizė parodys, kaip šie patogenai prisitaiko prie žmogaus ir naminių paukščių šeimininkų gyvenimo ir kaip genetiniai pokyčiai gali sukelti žalingų infekcijų“.

Šiuolaikinės DNR sekos nustatymo technologijos dabar sukuria didžiulį kiekį „genomo“ - viso organizmo genetinio turinio - informacijos daugeliui skirtingų organizmų - nuo žmonių iki mikroorganizmų.

Daugeliu atvejų yra net per daug duomenų, kad būtų galima efektyviai analizuoti naudojant šiuo metu turimą kompiuterinę programinę įrangą.

„Vienas mechanizmas, kurį abi šios bakterijos naudoja prisitaikydamos prie aplinkos ir šeimininko spaudimo, yra grįžtamas genų, koduojančių už sąveiką su šeimininku, įjungimas arba išjungimas, “ - aiškina Joe Wanfordas. doktorantė, dirbanti tyrimus Lesterio universiteto Genetikos ir genomo biologijos katedroje.

„Daugeliu atvejų šis procesas yra naudingas, nes„ ON “būsenos genas leidžia glaudžiai sąveikauti su ląstelių šeimininkų paviršiais (pvz., Gerklėje), kadangi „išjungta būsena“ leidžia išvengti šeimininko antikūnų, kurie galiausiai gali baigtis bakterijų mirtimi. Kai kuriuos iš šių vadinamųjų „fazinių kintamųjų genų“ galima lengvai atpažinti dėl specifinių jų DNR identifikavimo ypatybių, bet iki šiol nebuvo galimybės greitai išanalizuoti buvimo, ir šių genų pasiskirstymas keliuose genomuose ".

Komandos analizė parodė, kad fazės kintamieji genai iš esmės yra bendri tarp patogeninių (sukeliančių ligas), ir commensal (kurie gyvena jūsų kūne, nesukeliant žalos) bakterijų rūšys, bet tie nedideli buvimo skirtumai, ar šių genų ekspresija gali turėti įtakos perėjimui nuo besimptomės mūsų kūno kolonizacijos, iki visiškos ligos.

Dabar jų laboratorijoje vyksta darbas, apibūdinantis specifinius šių genų vaidmenis ligos procese.

Bayliss pridūrė:„Manome, kad mūsų nauja programinė įranga bus labai svarbi analizuojant vis didėjantį genomo sekų kiekį, ir toliau skleis pagrindines įžvalgas apie mūsų bakterijų simbiontų gyvenimo ciklus “.

• Biologiniai veiksniai, neatsakingi už rasinius skirtumus nuo gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžio
• Žinios apie lyties skirtumus apatiniuose šlapimo takuose gali padėti paskatinti diagnozės proveržį,