Az innovatív számítógépes szoftver új megvilágításba helyezi a halálos betegségek mögött álló genetikai folyamatokat

A Leicesteri Egyetem tudósai által kifejlesztett innovatív számítógépes szoftver új megvilágításba helyezi az agyhártya- és gasztroenteritiszért felelős halálos kórokozók genetikai összetételét.

A szoftver, hívott ' Phasome Azt ' , gyorsan átvizsgálja a nagy genomkészleteket, és azonosítja azok fázisváltozó génjeit, miközben ezeket a géneket is összehasonlítják egymással. Ez segíthet megérteni a halálos betegségek sorozata mögött álló genetikai folyamatokat.

A Leicesteri Egyetem kutatói, Dr. Chris Bayliss vezette a Genetikai és Genombiológiai Tanszékről, ezt a szoftvert számos baktériumcsalád genomszekvenciájára alkalmazták - Neisseria meningitidis ( az agyhártyagyulladás jelentős oka) és Campylobacter jejuni ( az élelmiszer -eredetű gasztroenteritis leggyakoribb oka) . A tanulmányok voltak folyóiratban tették közzé PLOS One és Mikrobiális genomika .

Dr. Bayliss kifejtette:"mi és mások azt jósoljuk, hogy e nagyméretű genomkészletek mélyreható elemzése rávilágít arra, hogy ezek a kórokozók hogyan alkalmazkodnak az emberi és baromfi-gazdaszervezeti élethez, és hogy a genetikai változások káros fertőzésekhez vezethetnek."

A modern DNS -szekvenáló technológiák mostantól óriási mennyiségben állítanak elő „genomikus” - a szervezet teljes genetikai tartalma - információt sok különböző szervezet számára - az emberektől a mikroorganizmusokig.

Sok esetben még túl sok adat is van ahhoz, hogy a jelenleg rendelkezésre álló számítógépes szoftverrel hatékonyan elemezni lehessen.

"Az egyik mechanizmus, amellyel mindkét baktérium alkalmazkodik a környezeti és gazdaszervezeti nyomáshoz, az a gének visszafordítható be- vagy kikapcsolása, amelyek a gazdaszervezetsel való kölcsönhatásért felelős molekulákat kódolják, - magyarázza Joe Wanford, PhD hallgató, aki a Leicester Egyetem Genetikai és Genombiológiai Tanszékének kutatásán dolgozik.

"Sok esetben ez a folyamat előnyös, mivel az" ON "állapotú gén lehetővé teszi a szoros kölcsönhatást a gazdasejt felületeivel (például a torokban), mivel a „KI” állapot lehetővé teszi a gazdaszervezet antitestjeinek kijátszását, ami végső soron a baktériumok halálához vezethet. Ezek közül néhány úgynevezett „fázisváltozó gén” könnyen azonosítható a DNS specifikus azonosító jellemzői miatt, de eddig nem volt mód a jelenlét gyors elemzésére, és ezeknek a géneknek a megoszlása ​​több genomban. "

A csapat elemzései azt mutatták, hogy a fázisváltozó gének nagyrészt megosztottak a kórokozók között (amelyek betegséget okoznak), és commensal (amelyek a testedben élnek, károsodás nélkül) baktériumfajok, de az enyhe különbségek a jelenlétben, vagy ezeknek a géneknek a kifejeződése szerepet játszhat a testünk tünetmentes kolonizációjából való átmenetben, teljes betegségre.

Laboratóriumukban jelenleg is folyik a munka, hogy jellemezzék ezeknek a géneknek a betegség folyamatában betöltött különleges szerepét.

Bayliss hozzátette:"Úgy gondoljuk, hogy új szoftverünk kritikus fontosságú lesz a genomszekvenciák egyre növekvő mennyiségének elemzésében, és továbbra is kulcsfontosságú betekintést enged a bakteriális szimbiiontaink életciklusaiba. "

• Biológiai tényezők, amelyek nem felelősek a vastagbélrák előfordulásának faji különbségeiért
• Az alsó húgyúti nemi különbségek ismerete elősegítheti a diagnózis áttörését,