El software, llamado ' Fasome Eso ' , escanea rápidamente a través de grandes conjuntos de genomas e identifica sus genes variables de fase, al mismo tiempo que se comparan todos estos genes entre sí. Esto puede ayudar a comprender los procesos genéticos que subyacen a una variedad de enfermedades mortales.
Investigadores de la Universidad de Leicester, dirigido por el Dr. Chris Bayliss del Departamento de Genética y Biología del Genoma, han aplicado este software a una gran cantidad de secuencias del genoma de dos familias de bacterias: Neisseria meningitidis ( una causa importante de meningitis) y Campylobacter jejuni ( la causa más frecuente de gastroenteritis transmitida por alimentos) . Los estudios han sido publicado en la revista Más uno y Genómica microbiana .
El Dr. Bayliss explicó:"Nosotros y otros predecimos que el análisis en profundidad de estos grandes conjuntos de genomas arrojará luz sobre cómo estos patógenos se adaptan a la vida dentro de sus huéspedes humanos y aves de corral y cómo los cambios genéticos pueden conducir a infecciones perjudiciales".
Las tecnologías modernas de secuenciación de ADN ahora producen un enorme volumen de información 'genómica' - todo el contenido genético de un organismo - para muchos organismos diferentes - desde los humanos hasta los microorganismos.
En muchos casos, incluso hay demasiados datos para analizar de manera efectiva con el software informático disponible actualmente.
"Un mecanismo que utilizan estas dos bacterias para adaptarse a las presiones ambientales y del huésped es el encendido o apagado reversible de los genes que codifican las moléculas responsables de las interacciones con el huésped, "explica Joe Wanford, estudiante de doctorado que trabaja en la investigación en el Departamento de Genética y Biología del Genoma de la Universidad de Leicester.
"En muchos casos, este proceso es ventajoso porque el gen del 'estado ON' permite una estrecha interacción con las superficies de la célula huésped (como en la garganta), mientras que el "estado APAGADO" permite la evasión de los anticuerpos del huésped que, en última instancia, pueden provocar la muerte de la bacteria. Algunos de estos denominados 'genes de fase variable' pueden identificarse fácilmente debido a características de identificación específicas de su ADN, pero hasta ahora no había forma de analizar rápidamente la presencia, y distribución de estos genes en múltiples genomas ".
Los análisis del equipo indicaron que los genes de fase variable se comparten en gran medida entre patógenos (que causan enfermedades), y comensal (que viven en tu cuerpo, sin causar daño) especies de bacterias, pero esas ligeras diferencias en la presencia, o la expresión de estos genes puede desempeñar un papel en la transición de la colonización asintomática de nuestro cuerpo, a la enfermedad en toda regla.
Actualmente se está trabajando en su laboratorio para caracterizar las funciones específicas de estos genes en el proceso de la enfermedad.
El Dr. Bayliss agregó:"Creemos que nuestro nuevo software será fundamental para analizar un volumen cada vez mayor de secuencias del genoma, y continuará aportando información clave sobre los ciclos de vida de nuestros simbiontes bacterianos ".
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