La maladie de Crohn est une maladie intestinale inflammatoire grave largement répandue dans les pays développés. Parmi ses facteurs de causalité possibles figurent la prédisposition génétique, environnement et mode de vie des patients. La maladie est associée à une réaction anormale du système immunitaire aux microbes intestinaux d'une personne; la dysbiose intestinale est typique. Afin d'étudier son évolution et de trouver les méthodes de diagnostic et de traitement efficaces, les scientifiques explorent le rôle des bactéries dans le processus pathologique.
Parmi les approches les plus prometteuses figure l'analyse métagénomique - le séquençage du matériel génétique total d'une communauté microbienne. Une équipe de recherche comprenant des scientifiques de l'Université ITMO et des spécialistes du Centre fédéral de recherche et clinique de médecine physico-chimique, en collaboration avec des cliniciens de plusieurs centres médicaux, a récemment étudié le métagénome intestinal de patients atteints de la maladie de Crohn. Il a été découvert que la composition du microbiote chez ces patients est significativement différente de celle des sujets sains :à mesure que la fraction de microbes normaux diminue, les espèces pathogènes qui ne sont pas répandues chez l'homme commencent à dominer.
Bien que le type de dysbiose varie d'un patient à l'autre, la plupart d'entre eux ont manifesté une augmentation plusieurs fois de l'abondance de Escherichia coli . Les scientifiques ont entrepris d'identifier les gènes spécifiques qui distinguent les sous-types de Escherichia coli habitant l'intestin des patients atteints de la maladie de Crohn et commun Escherichia coli qui existe chez les personnes en bonne santé. La comparaison menée sur la population russe a montré l'absence de telles différences universelles. Les observations ont été confirmées lors de l'analyse des ensembles de données accessibles au public sur des sujets sains et des patients atteints de la maladie de Crohn du monde entier.
" Escherichia coli est considéré comme l'un des microbes intestinaux les mieux étudiés et a également été l'un des premiers à être découvert. Son abondance accrue dans l'intestin est observée dans un certain nombre de maladies. Notre analyse métagénomique a montré que le contenu génétique des maladies associées à la maladie de Crohn Escherichia coli varie beaucoup, malgré la croyance existante selon laquelle il n'existe que quelques variétés spécifiques. Les résultats soutiennent le concept que la maladie de Crohn est un syndrome, c'est à dire., une maladie dans laquelle des manifestations similaires dans plusieurs cas sont causées par des facteurs différents dans chaque cas, " commente Alexandre Tyakht, chercheur associé à l'Université ITMO.
La recherche a indiqué que plusieurs souches de Escherichia coli peuvent coexister dans un intestin humain. Comme les souches avec des génomes différents peuvent jouer des rôles écologiques très différents, les mêmes schémas de traitement peuvent avoir un effet différent sur différentes souches. Cette découverte offre une opportunité d'améliorer l'équilibre du microbiote intestinal chez les patients atteints de la maladie de Crohn, tandis que l'analyse personnalisée du génotype bactérien offre la possibilité de sélectionner les médicaments les plus efficaces, des probiotiques et même des donneurs de greffe de masse fécale (FMT) pour chaque patient.
Ces découvertes résonnent également avec les recherches antérieures des scientifiques qui impliquaient l'analyse du génome de E. coli souches. Les nouveaux résultats mettent en lumière l'évolution du microbiote chez les patients atteints de la maladie de Crohn et les espèces et souches de bactéries qui participent à son développement. Cette, à son tour, peut aider à mieux comprendre l'apparition et l'évolution de la maladie, ainsi que d'optimiser les méthodes de traitement.
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