Metagenominen analyysi auttaa ymmärtämään bakteerilajien roolia Crohnin taudissa

Crohnin tautia sairastavien potilaiden suoliston metagenomia koskeva tutkimus selvittää, miten se vaikuttaa suoliston mikrobiston taksonomiseen ja toiminnalliseen koostumukseen. Yleisimpiä muutoksia ovat hyödyllisten mikrobien monimuotoisuuden väheneminen ja niiden lisääntyminen Escherichia coli ja muut tulehdukseen liittyvät mikrobit. Tulokset voivat auttaa ymmärtämään paremmin taudin syitä ja etenemistä, sekä optimoida hoitojärjestelmiä. Tulokset julkaistiin vuonna BMC Genomics .

Crohnin tauti on vakava tulehduksellinen suolistosairaus, joka on laajalti levinnyt kehittyneissä maissa. Sen mahdollisia syytekijöitä ovat geneettinen alttius, ympäristöön ja potilaiden elämäntapaan. Sairaus liittyy immuunijärjestelmän epänormaaliin reaktioon ihmisen omiin suolimikrobiin; suoliston dysbioosi on tyypillinen. Jotta voidaan tutkia sen edistymistä ja löytää menetelmiä tehokkaaseen diagnostiikkaan ja hoitoon, tutkijat tutkivat bakteerien roolia patologisessa prosessissa.

Yksi lupaavimmista lähestymistavoista on metagenominen analyysi - mikrobiyhteisön koko geneettisen materiaalin sekvensointi. Tutkimusryhmä, johon kuuluu ITMO-yliopiston tutkijoita ja fysikaalis-kemiallisen lääketieteen liittovaltion tutkimus- ja kliinisen keskuksen asiantuntijoita yhteistyössä useiden lääkärikeskusten lääkäreiden kanssa, on äskettäin tutkinut Crohnin tautia sairastavien potilaiden suoliston metagenomia. Havaittiin, että tällaisten potilaiden mikrobiston koostumus on merkittävästi erilainen kuin terveillä koehenkilöillä:kun normaalien mikrobien osuus pienenee, patogeeniset lajit, jotka eivät ole yleisiä ihmisillä, alkavat hallita.

Vaikka dysbioosin tyyppi vaihteli potilaasta toiseen, useimpien niiden määrä lisääntyi useita kertoja Escherichia coli . Tutkijat pyrkivät tunnistamaan erityiset geenit, jotka erottavat alatyypit Escherichia coli Crohnin tautia sairastavien ja yleisten potilaiden suolistossa Escherichia coli joka on terveillä ihmisillä. Venäjän väestöön tehty vertailu osoitti, että tällaisia ​​yleismaailmallisia eroja ei ollut. Havainnot vahvistettiin analysoitaessa julkisesti saatavilla olevia tietojoukkoja terveistä henkilöistä ja Crohnin tautia sairastavista potilaista kaikkialta maailmasta.

" Escherichia coli sitä pidetään parhaiten tutkittujen suolistomikrobien joukossa ja se oli myös yksi ensimmäisistä löydetyistä. Sen lisääntynyttä suolistossa havaitaan useissa sairauksissa. Metagenominen analyysimme osoitti, että Crohnin tautiin liittyvä geneettinen sisältö Escherichia coli vaihtelee suuresti, huolimatta olemassa olevasta uskomuksesta, että on olemassa vain tiettyjä lajikkeita. Tulokset tukevat käsitystä siitä, että Crohnin tauti on oireyhtymä, eli sairaus, jossa samankaltaisia ​​ilmenemismuotoja useissa tapauksissa aiheuttavat kussakin tapauksessa eri tekijät, "kommentoi Alexander Tyakht, ITMO -yliopiston tutkimusapulainen.

Tutkimus osoitti, että useita kantoja Escherichia coli voi esiintyä rinnakkain ihmisen suolistossa. Koska kannoilla, joilla on eri genomit, voi olla merkittävästi erilainen ekologinen rooli, Samat hoitomenetelmät voivat vaikuttaa eri kantoihin eri tavoin. Tämä löytö tarjoaa mahdollisuuden parantaa suoliston mikrobiston tasapainoa Crohnin tautia sairastavilla potilailla, Bakteerien genotyypin yksilöllinen analyysi tarjoaa mahdollisuuden valita tehokkaimmat lääkkeet, probiootit ja jopa ulosteen massansiirto (FMT) luovuttajat jokaiselle potilaalle.

Nämä havainnot resonoivat myös tutkijoiden aikaisemman tutkimuksen kanssa, joka sisälsi eristettyjen genomien analyysin E. coli kantoja. Uudet tulokset valaisevat sitä, miten mikrobiota muuttuu Crohnin tautia sairastavilla potilailla ja mitkä bakteerilajit ja -kannat osallistuvat sen kehittämiseen. Tämä, vuorostaan, voi auttaa ymmärtämään paremmin taudin alkamista ja etenemistä, sekä optimoida hoitomenetelmät.

• Kielen mikrobeja voitaisiin käyttää haimasyövän diagnosointiin
• Tutkimus avaa uuden tien haavaisen paksusuolitulehduksen tai Crohnin taudin hoitoon