Dans une nouvelle étude publiée le 9 août dans la revue Frontières en écologie et évolution , Les chercheurs de Duke ont trouvé des preuves de résistance aux antibiotiques dans le microbiome des lémuriens vivant à proximité des humains. Et plus le contact est proche, plus ils ont trouvé de résistance aux antibiotiques.
L'équipe de recherche, étudiante diplômée Sally Bornbusch et Christine Drea, Professeur d'anthropologie évolutionniste à l'Université Duke, échantillonné les excréments de lémurs catta et séquencé les gènes de tous les microbes qui s'y trouvent, à la recherche de marqueurs génétiques de résistance aux antibiotiques.
L'étude a comparé 10 populations de lémuriens :sept populations sauvages à Madagascar, deux provenant d'installations de recherche --le Lemur Rescue Center à Madagascar et le Duke Lemur Center aux États-Unis --et enfin un groupe de lémuriens gardés comme animaux de compagnie à Madagascar.
Chez les animaux sauvages, la proportion moyenne de gènes de résistance dans les microbiomes intestinaux était proche de zéro. Mais chez les animaux des installations de recherche, cette proportion était plus de 25 fois supérieure à celle des lémuriens sauvages. Chez les lémuriens de compagnie, la proportion était près de 35 fois plus élevée.
Cela est probablement dû en partie à de bons soins vétérinaires :les lémuriens vivant dans des installations de recherche sont traités contre les infections en cas de besoin, et ont donc une plus grande exposition directe aux antibiotiques que leurs cousins sauvages.
Cependant, les lémuriens de compagnie qui ne reçoivent probablement jamais de soins vétérinaires abritaient la plus grande abondance de gènes de résistance aux antibiotiques.
Garder un lémurien comme animal de compagnie est illégal à Madagascar, il est donc peu probable que ceux qui élèvent des lémuriens emmènent ces animaux chez un vétérinaire et risquent des conséquences juridiques. Ces lémuriens de compagnie acquièrent donc les microbes résistants aux antibiotiques simplement en partageant leur environnement avec les humains et les animaux domestiques.
Les lémurs catta sont des omnivores et des généralistes qui mangent de la terre, excrément, et tout ce qu'ils peuvent obtenir. Dans un ménage domestique, ils sont souvent en contact permanent avec les humains, perché sur les épaules de leur propriétaire, ou dans les bras de touristes prêts à payer pour une photo (une pratique qui nuit à la fois aux humains et aux animaux).
Bornbusch a déclaré que cet environnement physique et social contribue apparemment à la résistance aux antibiotiques des lémuriens de compagnie.
Les microbes sont comme une couverture qui recouvre tout. Ils ne sont pas seulement dans nos tripes, mais aussi sur notre peau, nos meubles, et dans notre nourriture et notre eau. Ils sont partout, tout le temps, et ils se transmettent facilement d'un environnement à l'autre."
Sally Bornbusch, Étudiant diplomé, université de Duke
Parmi les lémuriens sauvages, la résistance aux antibiotiques variait le long d'un gradient d'activité humaine. Animaux provenant de zones touchées par le pâturage du bétail, agriculture, ou le tourisme abritait plus de microbes résistants aux antibiotiques que ceux provenant d'environnements plus vierges, mais toujours beaucoup moins que les lémuriens vivant à proximité des humains.
"Le traitement antibiotique n'est clairement pas le seul mécanisme conduisant à une plus grande abondance de gènes de résistance chez ces animaux, " a déclaré Bornbusch.
En réalité, même parmi les lémuriens hébergés dans des installations de recherche, ceux qui n'avaient jamais reçu de traitement antibiotique présentaient un nombre similaire de gènes de résistance aux antibiotiques par rapport aux lémuriens du même établissement qui avaient été traités plusieurs fois pour des infections.
La proximité avec les humains a également déterminé le type de gènes de résistance qui ont été acquis. Les microbiomes des lémurs catta de Madagascar ont montré des signes de résistance aux antibiotiques utilisés pour lutter contre les épidémies de peste, tandis que les lémuriens des États-Unis ont montré une résistance aux antibiotiques fréquemment prescrits en Amérique du Nord.
Les gènes de résistance aux antibiotiques ne sont pas nouveaux. Les microbes ont muté et développé des gènes de résistance pendant des millions d'années dans une course aux armements avec des antibiotiques naturels.
Dans un scénario naturel, ce processus pose rarement des problèmes. Mais les choses ont commencé à mal tourner lorsque les humains ont exploité le pouvoir des antibiotiques naturels et ont rendu public des antibiotiques artificiels.
"Les humains sont arrivés, mis au point des antibiotiques, répandez-les tout autour de nous, et propagé ces gènes de résistance dans les environnements naturels et dans les microbiomes de la faune, " dit Bornbusch. Bien que sinistre, ces résultats peuvent avoir un impact positif sur les pratiques de conservation et de gestion de la faune.
"Même si ces résultats sont un peu effrayants, ils nous aident à utiliser la science du microbiome pour affiner les pratiques vétérinaires et les activités de conservation, ", a déclaré Bornbusch. Elle a également déclaré que davantage de recherches étaient nécessaires pour mieux comprendre l'impact de ces gènes de résistance sur la faune.
"À l'heure actuelle, nous savons que ces gènes de résistance existent, mais on ne sait pas s'ils sont vraiment nocifs pour les lémuriens, ", a déclaré Bornbusch. "Ces résultats nous donnent un tremplin pour la recherche sur l'impact de ces microbes résistants sur la faune et son environnement."
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