Raziskovalci razvijajo orodje, ki pospeši analizo in objavo biomedicinskih podatkov

Raziskovalci na Medicinski fakulteti Icahn na gori Sinaj so razvili orodje, ki pospeši analizo in objavo biomedicinskih podatkov iz več mesecev ali let na zgolj minute, spremeni način, kako raziskovalci sporočajo rezultate svojih študij. Do zdaj, primarna metoda za izmenjavo biomedicinskih raziskovalnih podatkov je bila tiskana objava v znanstvenih revijah. Novo orodje, BioJupies, se za analizo in vizualizacijo velikih količin podatkov opira na tehnologije v oblaku, na primer tisto, pridobljeno s sekvenciranjem genoma, kot je opisano v številki novembra 2018 Celični sistemi .

Zaporedje RNA je najpogostejša eksperimentalna metoda, ki se uporablja za profiliranje celic v biomedicinskih raziskavah. V preteklih letih, tehnologija sekvenciranja je revolucionirala način, kako znanstveniki preučujejo genetske podatke, in ta napredek ima ključno vlogo pri odkrivanju in razvoju zdravil. Tradicionalno, Analiza zaporedja RNA zahteva obsežne računalniške sposobnosti programiranja in dostop do lokalnih visoko zmogljivih računalniških zmogljivosti, upočasnitev hitrosti analize biomedicinskih podatkov, v skupni rabi, in objavljeno.

Z ustvarjanjem BioJupies, uporabniki lahko zdaj v delčku časa nalagajo in analizirajo svoje podatke o zaporedju RNA, kot so to storili prej. Platforma uporablja cevovod računalništva v oblaku, ki zniža stroške obdelave podatkov z zaporedjem RNA na manj kot en cent na vzorec. BioJupies proizvaja tudi popolno, odprtokodno, interaktivno poročilo iz obdelanih podatkov, ki omogoča 300, 000 javno dostopnih naborov podatkov o zaporedju RNA, ki jih je treba pridobiti, ponovno analizirano, in ponovno uporabljena za krepitev biomedicinskih raziskav.

"Ker se količina pridobljenih biomedicinskih podatkov še naprej eksponentno povečuje, tudi orodja za njihovo analizo in skupno rabo, "je rekel Avi Ma'ayan, Doktor znanosti, Direktor Centra za bioinformatiko Mount Sinai, Profesor, Oddelek za farmakološke znanosti, fakulteta Icahn Inštituta za podatkovno znanost, in višji avtor publikacije. "BioJupies ne samo pospešuje način, na katerega analiziramo in razlagamo podatke, ponuja pa tudi popolnoma nov način za izmenjavo rezultatov s svetovno raziskovalno skupnostjo. "

Ker so nove genomske tehnologije omogočile zbiranje ogromne količine biomedicinskih informacij, ki jih je mogoče uporabiti za prizadevanja za natančno medicino, dostopnost, interoperabilnost, in ponovna uporaba teh podatkov je postala ključnega pomena za znanstvene raziskave. BioJupies utira pot raziskovalcem brez računalniškega ozadja za izvajanje analize zaporedja RNA brez potrebe po sodelovanju z bioinformatiki, ki omogočajo, da se v našem svetu, bogatem s podatki, razcveti več medicinskega in znanstvenega napredka.

• Raziskovalci raziskujejo, ali je mogoče dieto z nizko vsebnostjo glutena priporočiti ljudem brez alergij
• Študija ponuja nov vpogled v izbruhe norovirusov,