Forscher entwickeln ein Tool, das die Analyse und Veröffentlichung biomedizinischer Daten beschleunigt

Forscher der Icahn School of Medicine am Mount Sinai haben ein Tool entwickelt, das die Analyse und Veröffentlichung biomedizinischer Daten von vielen Monaten oder Jahren auf wenige Minuten beschleunigt. die Art und Weise, wie Forscher die Ergebnisse ihrer Studien kommunizieren, verändert. Bis jetzt, Die primäre Methode zum Austausch biomedizinischer Forschungsdaten war die gedruckte Veröffentlichung in wissenschaftlichen Zeitschriften. Das neue Werkzeug, BioJupies, setzt auf Cloud-Technologien, um große Datenmengen zu analysieren und zu visualisieren, wie die durch Genomsequenzierung gewonnene, wie in der November-Ausgabe 2018 von . beschrieben Zellsysteme .

Die RNA-Sequenzierung ist die am häufigsten verwendete experimentelle Methode zur Profilierung von Zellen in der biomedizinischen Forschung. In den vergangenen Jahren, Sequenzierungstechnologie hat die Art und Weise revolutioniert, wie Wissenschaftler genetische Daten untersuchen, und dieser Fortschritt spielt eine entscheidende Rolle bei der Entdeckung und Entwicklung von Medikamenten. Traditionell, Die RNA-Sequenzierungsanalyse erfordert umfassende Kenntnisse in der Computerprogrammierung und den Zugang zu lokalen Hochleistungsrechnereinrichtungen. Verlangsamung der Geschwindigkeit, mit der biomedizinische Daten analysiert werden können, geteilt, und veröffentlicht.

Durch die Schaffung von BioJupies, Benutzer können jetzt ihre RNA-Sequenzierungsdaten in einem Bruchteil der Zeit wie zuvor hochladen und analysieren. Die Plattform nutzt eine Cloud-Computing-Pipeline, die die Kosten für die RNA-Sequenzierungsdatenverarbeitung auf weniger als einen Cent pro Probe reduziert. BioJupies produziert auch ein komplettes, Open Source, interaktiver Bericht aus den verarbeiteten Daten mit 300, 000 öffentlich zugängliche RNA-Sequenzierungsdatensätze zum Abrufen, reanalysiert, und wiederverwendet, um die biomedizinische Forschung zu stärken.

„Da die Menge der generierten biomedizinischen Daten exponentiell ansteigt, das sollten auch die Tools sein, die verwendet werden, um sie zu analysieren und zu teilen, " sagte Avi Ma'ayan, Doktortitel, Direktor des Mount Sinai Center for Bioinformatics, Professor, Institut für Pharmakologische Wissenschaften, Fakultät des Icahn Institute for Data Science, und leitender Autor der Publikation. "BioJupies beschleunigt nicht nur die Art und Weise, wie wir Daten analysieren und interpretieren, aber es bietet auch eine völlig neue Möglichkeit, Ergebnisse mit der globalen Forschungsgemeinschaft zu teilen."

Da neue genomische Technologien die Sammlung riesiger Mengen biomedizinischer Informationen ermöglicht haben, die für präzisionsmedizinische Bemühungen genutzt werden können, Barrierefreiheit, Interoperabilität, und die Wiederverwendbarkeit dieser Daten ist für die wissenschaftliche Forschung von entscheidender Bedeutung. BioJupies ebnet den Weg für Forscher ohne Computerhintergrund, um RNA-Sequenzierungsanalysen durchzuführen, ohne mit Bioinformatikern zusammenarbeiten zu müssen. Damit mehr medizinische und wissenschaftliche Fortschritte in unserer datenreichen Welt gedeihen können.

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