Onderzoekers ontwikkelen tool die analyse en publicatie van biomedische gegevens versnelt

Onderzoekers van de Icahn School of Medicine op de berg Sinaï hebben een tool ontwikkeld die de analyse en publicatie van biomedische gegevens van vele maanden of jaren tot slechts enkele minuten versnelt. de manier waarop onderzoekers resultaten van hun onderzoek communiceren, veranderen. Tot nu, de primaire beschikbare methode om biomedische onderzoeksgegevens te delen is door gedrukte publicatie in wetenschappelijke tijdschriften. Het nieuwe gereedschap, Biojupies, vertrouwt op cloudtechnologieën om grote hoeveelheden gegevens te analyseren en te visualiseren, zoals die verkregen door genoomsequencing, zoals beschreven in het novembernummer van 2018 van: celsystemen .

RNA-sequencing is de meest gebruikte experimentele methode om cellen te profileren in biomedisch onderzoek. In recente jaren, sequencing-technologie heeft een revolutie teweeggebracht in de manier waarop wetenschappers genetische gegevens onderzoeken, en deze vooruitgang speelt een cruciale rol bij de ontdekking en ontwikkeling van geneesmiddelen. traditioneel, RNA-sequencing-analyse vereist uitgebreide computerprogrammeervaardigheden en toegang tot lokale high-performance computerfaciliteiten, het vertragen van de snelheid waarmee biomedische gegevens kunnen worden geanalyseerd, gedeeld, en gepubliceerd.

Door de oprichting van BioJupies, gebruikers kunnen nu hun RNA-sequencinggegevens uploaden en analyseren in een fractie van de tijd, zoals voorheen. Het platform maakt gebruik van een cloud computing-pijplijn die de kosten van RNA-sequencing gegevensverwerking tot minder dan één cent per monster reduceert. BioJupies produceert ook een complete, open source, interactief rapport van de verwerkte gegevens waardoor 300, 000 openbaar beschikbare RNA-sequencing-datasets die moeten worden opgehaald, opnieuw geanalyseerd, en hergebruikt om biomedisch onderzoek te ondersteunen.

"Aangezien de hoeveelheid gegenereerde biomedische gegevens exponentieel blijft stijgen, zo moeten de tools die worden gebruikt om ze te analyseren en te delen, " zei Avi Ma'ayan, doctoraat, Directeur van het Mount Sinai Center for Bioinformatics, Professor, Afdeling Farmacologische Wetenschappen, faculteit van Icahn Institute for Data Science, en senior auteur van de publicatie. "BioJupies versnelt niet alleen de manier waarop we data analyseren en interpreteren, maar het biedt ook een geheel nieuwe manier om resultaten te delen met de wereldwijde onderzoeksgemeenschap."

Aangezien nieuwe genomische technologieën het mogelijk hebben gemaakt om enorme hoeveelheden biomedische informatie te verzamelen die kunnen worden gebruikt voor inspanningen op het gebied van precisiegeneeskunde, toegankelijkheid, interoperabiliteit, en herbruikbaarheid van deze gegevens is cruciaal geworden voor wetenschappelijk onderzoek. BioJupies maakt de weg vrij voor onderzoekers zonder computationele achtergrond om RNA-sequencing-analyse uit te voeren zonder de noodzaak om samen te werken met bio-informatici, waardoor meer medische en wetenschappelijke vooruitgang kan gedijen in onze gegevensrijke wereld.

• Onderzoekers onderzoeken of glutenarme diëten kunnen worden aanbevolen voor mensen zonder allergieën
• Studie geeft nieuw inzicht in norovirusuitbraken,