Metoda, ki temelji na iskanju mikrobiomov, lahko izboljša učinkovitost pri odkrivanju in diagnosticiranju bolezni

Veliki podatki obljubljajo, ko gre za vpogled v vedenje in zdravje ljudi. Težava je v tem, kako učinkovito izkoristiti informacije, ki jih ponuja. Mednarodna skupina raziskovalcev je predlagala metodo, ki temelji na iskanju mikrobiomov, prek iskalnika Microbiome (MSE), analizirati bogastvo razpoložljivih zdravstvenih podatkov za odkrivanje in diagnosticiranje človeških bolezni.

Svojo metodo so objavili 17. marca, 2020 v mSistemi , recenzirana revija odprtega dostopa Ameriškega združenja za mikrobiologijo.

Razvrstitev bolezni na osnovi mikrobiomov je odvisna od dobro potrjenih, za bolezen specifične modele ali označevalce. Vendar pa trenutni modeli nimajo teh podatkov za številne bolezni. "

SU Xiaoquan, dr. iz enoceličnega centra na inštitutu za bioenergijo in tehnologijo bioprocesov Qingdao (QIBEBT) Kitajske akademije znanosti (CAS)

Poleg tega SU je rekel, več bolezni ima lahko iste biomarkerje - mikroorganizme, ki nakazujejo nekaj nenavadnega, na primer mutirani protein, ki ga najdemo v rakavih celicah, kar raziskovalcem otežuje pravilno razvrstitev vsakega.

Za boj proti tem vprašanjem pri odkrivanju in razvrščanju bolezni, SU in njegova skupna programska ekipa iz enoceličnega centra, QIBEBT in Center za mikrobiomske inovacije (CMI), Kalifornijska univerza v San Diegu (UCSD), razvil nov pristop iskanja, ki temelji na celotni mikrobni skupnosti, ki jo vsebuje človeško telo, skupaj imenovano mikrobiom. Vsak človek ima mikrobiom, tudi če nimajo bolezni.

Tradicionalni modeli primerjajo vzorce zdravih osebkov z vzorci ljudi, za katere je znano, da imajo posebne bolezni. Z novo metodo, z iskanjem glede na določeno odstopanje, namesto znanih biomarkerjev, ki kodirajo več bolezni, raziskovalci lahko identificirajo stanje mikrobioma, povezano z boleznijo, v različnih kohortah ali platformah za zaporedje.

V tem novem pristopu je raziskovalna skupina uporablja dvostopenjski postopek za identifikacijo bolezni. Prvič, iščejo izhodiščno bazo podatkov o zdravih posameznikih, da bi odkrili kakršno koli novost izločanja mikrobioma - ali katero koli znano anomalijo, ki razlikuje mikrobiom od zdravega stanja. Nato iščejo to odstopanje v zbirki primerov, značilnih za bolezen.

"Natančnost naše strategije, občutljivost in hitrost presegajo pristope, ki temeljijo na modelih, "Je rekel SU.

Rezultati iskanja lahko zagotovijo hitre napovedi za pomoč zdravnikom pri diagnosticiranju in zdravljenju bolezni.

"Ta iskalna strategija kaže na obljubo kot na pomemben prvi korak pri mikrobiomski diagnozi, ki temelji na velikih podatkih, "po besedah ​​Roba Knighta, Direktor CMI in UCSD. "Glede na splošni premik fokusa sekvenciranja mikrobiomov z zdravih na obolele gostitelje, te ugotovitve zagovarjajo dodajanje več osnovnih vzorcev z različnih geografskih lokacij. "

XU Jian, Direktorica enoceličnega centra, QIBEBT, se strinja. Naslednji, skupna kitajsko-ameriška ekipa si prizadeva spodbuditi svoje kolege, da se pridružijo usklajenim prizadevanjem za nadaljnje širjenje baze podatkov o mikrobiomih, vključiti vsako populacijo in vsak ekosistem na svetu.

"Z iskalnikom Microbiome, Iskanje lahko postane standard in omogoča nove študije mikrobiomov, saj je danes izvedba BLAST proti vašemu novemu zaporedju DNK. "je dejal XU.

To delo je podprla Kitajska nacionalna naravoslovna fundacija, kitajska akademija znanosti, Nacionalni inštitut za zdravje, Nacionalna znanstvena fundacija, fundacijo Alfreda P. Sloana in Nacionalni svet za zdravje in medicinske raziskave.

Inštitut za bioenergijo in tehnologijo bioprocesov Qingdao (QIBEBT), Kitajska akademija znanosti (CAS) je bila ustanovljena leta 2006. Glavni sedež inštituta se nahaja v Qingdau, Provinca Shandong, Kitajska. Inštitut sestavlja ekipa več kot 500 zaposlenih, 207 podiplomskih študentov, in 64 post-dokumentov.

QIBEBT je ena od primarnih kitajskih nacionalnih raziskovalnih ustanov za obnovljive vire energije in zelene materiale, osredotočeni predvsem na raziskave in razvoj virov, tehnologije, izdelki in postopki za pridobivanje energije in materialov na biološki osnovi.

QIBEBT je namenjen zagotavljanju sistematičnih in trajnostnih rešitev za kitajske bioenergetske potrebe z vključevanjem znanosti, tehnologija, in inženiring na področju industrijske biologije, zelena kemična tehnologija, in procesni inženiring.

• Pogosto uporabljena ustna voda poveča bakterije, ki proizvajajo laktat in znižujejo pH sline
• Prebavni simptomi so pogosti pri bolnikih s COVID-19,