Metoda temeljena na pretraživanju mikrobioma može poboljšati učinkovitost u otkrivanju i dijagnostici bolesti

Klasifikacija bolesti temeljena na mikrobiomima ovisi o dobro potvrđenom, modele ili markere specifične za bolest. Međutim, sadašnjim modelima nedostaju te informacije za mnoge bolesti. "

Dr. SU Xiaoquan, iz jednoćelijskog centra na Qingdao institutu za bioenergiju i tehnologiju bioprocesa (QIBEBT) Kineske akademije znanosti (CAS)

U Dodatku, SU je rekao, više bolesti može dijeliti iste biomarkere - mikroorganizme koji ukazuju na nešto neobično, kao što je mutirani protein koji se nalazi u stanicama raka, što otežava istraživačima ispravnu klasifikaciju svake od njih.

Za borbu protiv ovih pitanja radi otkrivanja i klasifikacije bolesti, SU i njegov zajednički softverski tim iz Single-Cell Centra, QIBEBT i Centar za mikrobiomske inovacije (CMI), Kalifornijsko sveučilište u San Diegu (UCSD), razvio je novi pristup pretraživanja temeljen na cijeloj mikrobnoj zajednici koju sadrži ljudsko tijelo, zajednički nazvan mikrobiom. Svaka osoba ima mikrobiom, čak i ako nemaju bolest.

Tradicionalni modeli uspoređuju uzorke zdravih ispitanika s uzorcima ljudi za koje je poznato da imaju određene bolesti. S novom metodom, pretraživanjem na temelju specifičnog izdvajanja, umjesto poznatih biomarkera koji mogu kodirati nekoliko bolesti, istraživači mogu identificirati stanje mikrobioma povezano s bolešću u različitim kohortama ili platformama za sekvenciranje.

U ovom novom pristupu, istraživački tim koristi postupak u dva koraka za identifikaciju bolesti. Prvi, pretražuju osnovnu bazu podataka o zdravim pojedincima kako bi otkrili bilo kakvu novinu izdvajanja mikrobioma - ili bilo koju poznatu anomaliju koja razlikuje mikrobiom od zdravog stanja. Zatim traže tu izdvojenost u bazi primjera specifičnih za bolest.

"Preciznost naše strategije, osjetljivost i brzina nadmašuju pristupe temeljene na modelu, "Rekao je SU.

Rezultati pretraživanja mogu pružiti brza predviđanja koja će kliničarima pomoći u dijagnosticiranju i liječenju bolesti.

"Ova strategija zasnovana na pretraživanju obećava kao važan prvi korak u mikrobiomskoj dijagnostici temeljenoj na velikim podacima, "prema Robu Knightu, Direktor CMI -ja i UCSD -a. "U svjetlu općeg pomaka fokusa sekvenciranja mikrobioma sa zdravih na bolesne domaćine, ovdje se nalazi zalažu za dodavanje više osnovnih uzoraka sa različitih geografskih lokacija. "

XU Jian, Direktorica jednostaničnog centra, QIBEBT, slaže se. Sljedeći, zajednički kinesko-američki tim radi na poticanju svojih kolega da se pridruže koordiniranim naporima za nastavak proširenja baze podataka o mikrobiomima, uključiti svako stanovništvo i svaki ekosustav na kugli zemaljskoj.

"S tražilicom Microbiome, pretraživanje može postati standardno i omogućiti nove studije mikrobioma, jer je danas izvođenje BLAST -a protiv vašeg novog DNK slijeda. "rekao je XU.

Ovaj rad podržala je Nacionalna zaklada za prirodne znanosti Kine, Kineska akademija znanosti, Nacionalni institut za zdravlje, Nacionalna zaklada za znanost, zaklade Alfreda P. Sloana i Nacionalnog vijeća za zdravstvena i medicinska istraživanja.

Institut za bioenergiju i tehnologiju bioprocesa Qingdao (QIBEBT), Kineska akademija znanosti (CAS) osnovana je 2006. Glavno sjedište instituta nalazi se u Qingdau, Provincija Shandong, Kina. Institut se sastoji od tima od preko 500 članova osoblja, 207 diplomiranih studenata, i 64 post-dokumenata.

QIBEBT je jedna od primarnih kineskih nacionalnih istraživačkih institucija za obnovljive izvore energije i zelene materijale, usredotočujući se uglavnom na istraživanje i razvoj resursa, tehnologije, proizvode i procese za proizvodnju energije i materijala na biološkoj osnovi.

QIBEBT je posvećen pružanju sustavnih i održivih rješenja za kineske bioenergetske potrebe integriranjem znanosti, tehnologija, i inženjering u područjima industrijske biologije, zelena kemijska tehnologija, i procesno inženjerstvo.

• Uobičajeno korištena tekućina za ispiranje usta povećava bakterije koje proizvode laktat i snižavaju pH sline
• Probavni simptomi česti su u pacijenata s COVID-19,