Мышиные опухолевые желудка модели с активацией простагландина Е2 затрагивающего пути обнаруживают сходные профили экспрессии генов кишечного типа человека cancer

желудка мыши желудка модели опухоли с простагландина Е <суб> 2 активация пути обнаруживают сходные профили экспрессии генов кишечного типа рака желудка человека
Аннотация
Предпосылки
рака желудка, как правило, подразделяются на более дифференцированной опухоли кишечного типа и слабо дифференцированы диффузного типа один в соответствии с гистологической категоризации Лорен. Хотя индукция простагландина Е <к югу> 2 пути способствует опухоли желудка у мышей в сотрудничестве с нерегулируемым Wnt или BMP Сигналиации, она остается нерешенной Повторим ли желудочные модели опухоли мыши любой из желудка человека типа рака. Это исследование позволило оценить сходство в выражении профилирование между желудочных опухолей у трансгенных мышей и различных тканях злокачественных опухолей человека, чтобы найти наиболее подходящую для опухолей человека трансгенных моделей мышей.

Результаты Global профилирование выражение первоначально найдены опухоли желудка от COX- 2
/mPGES-1
(C2mE) трансгенных мышей, о связанных (K19-C2mE
, K19-Wnt1 /C2mE
и K19-моголь /C2mE
) напоминали рак желудка Среди несколько тканей злокачественных опухолей человека, в том числе толстой кишки, молочной железы, легких и опухолей желудка. Далее, классификация C2mE связанных трансгенных мышей с помощью генной подписи различать intestinal- и диффузного типа опухоли человека показали C2mE связанные с трансгенные мыши были больше похожи на кишечно-типа по сравнению с диффузным. Мы, наконец, показал, что индукция Wnt пути, взаимодействующую с простагландина Е <к югу> 2 пути у мышей (K19-Wnt1 /C2mE
мышей) дополнительно воспроизводят особенности опухолей кишечного типа желудка человека.
Заключение
Мы Показано, что C2mE связанные с трансгенные мыши обнаруживают значительное сходство с кишечными типа рака желудка при анализе глобальной экспрессии профилирования. Эти результаты свидетельствуют о том, что C2mE связанные трансгенные мыши, особенно K19-Wnt1 /C2mE
мышей, служат в качестве наиболее подходящую модель для изучения молекулярного механизма, лежащего в основе онкогенеза раковых заболеваний кишечного типа желудка человека.
Фона
рак желудка классически классифицированы по типу кишечного и диффузного типа на основе гистологической классификации Лорен [1]. Кишечные типа рака желудка характеризуются более дифференцированными, сплоченных и железистой подобных групп клеток. Тип кишечного тракта является прогрессировала через несколько стадий, начиная с атрофический гастрит, который сопровождается кишечной метаплазии, дисплазии и карциномы [2, 3]. Диффузный тип соответствует слабо дифференцированы, инфильтрации и Несвязные опухолевые клетки. Хотя диффузный тип не характеризуется несколькими шагами протекающих, это свидетельствует о более метастатического фенотипа с неблагоприятным прогнозом.
Несколько генетические изменения чаще наблюдаются в любом подтипа рака желудка. Сверхэкспрессия ErbB2
селективно найден в опухолях кишечного типа и может служить в качестве прогностического маркера для инвазии опухоли [4, 5]. ERBB2
уровень экспрессии коррелируют с лимфатического узла или метастазов в печени [6, 7]. Значительное снижение экспрессии Е-кадгерина (CDH1
) также была описана преимущественно в раке желудка диффузного типа в пределах от 20% до 90% от частоты [8-10]. Снижение экспрессии CDH1
вызвана LOH или гиперметилированием. Интересно, что наследственная диффузный рак желудка вызвано зародышевых мутации CDH1
гена [11, 12]. Кроме того, мутация в аденоматозных полипоз coli (APC
), которое активирует Wnt /β-катенина путь является преимущественно в рака кишечника типа желудка [13]. Циклооксигеназы-2 (ЦОГ-2
), что является одним из важнейших ферментов, чтобы синтезировать простагландина Е <к югу> 2 высоко повышающей регуляции в злокачественных опухолей кишечного типа по сравнению с единицами диффузного типа [14]. Эти генетические изменения могут быть использованы в качестве отличительной чертой каждого типа рака желудка, а также гистологических признаков.
Генома экспрессии мРНК профили определили подписи гена, чтобы отличить intestinal- и диффузные типа раковых заболеваний желудка. Boussioutas и др
. [15] сообщили, что ген подписи отличительным для кишечного типа проявляет повышающей регуляции маркеров пролиферации, связанных с репликацией ДНК, сборки веретена и расхождения хромосом. Понижающей регуляции генов в подписи связаны с эпителиальной дифференцировки. Jinawath и др
. [16] также разработал еще один ген подписи, который дифференциально экспрессируется между кишечным типа и диффузного типа рака желудка с японскими образцов опухолей. Кишечный подпись типа представлено усиление клеточного цикла, в то время как гены ассоциируют с внеклеточного матрикса (ЕСМ) дерегулирования в диффузного типа подписи. Эти подписи могут обеспечить возможности разработки биомаркеров для диагностики /различать эти два типа в клинических и доклинических исследований.
Трансгенных мышей, которые развиваются опухоли желудка, присутствующих подходящих моделей для расшифровки желудка туморогенез и идентификации новых терапевтических мишеней. Ранее мы уже разработали несколько трансгенных мышей, в которых простагландин Е <суб> 2 производства путь сильно активируется специально в слизистой оболочке желудка. K19-C2mE
мыши, экспрессирующие COX-2
и микросомальной простагландина Е синтазы-1 (mPGES-
1) развитие ассоциированных с воспалением гиперплазии [17]. Это было опосредовано путем набора слизистых оболочек макрофагов. Пересекая K19-C2mE
мышей с K19-Wnt1
мышей, кооперативного эффекта Wnt1 и PGE <суб> 2 на желудочную онкогенеза была исследована. В К19-Wnt1 /C2mE
мышей привело к развитию диспластических аденокарциномы желудка, обозначающего значение активации пути Wnt, чтобы сохранить клетки-предшественники недифференцированной [18]. Для того, чтобы изучить дополнительный эффект подавления BMP пути на простагландина Е <суб> активации 2, соединение мышей K19-моголь /C2mE
были созданы. В К19-моголь /C2mE
мышей вызывают развитие желудка гамартом, которые морфологически сходны с ювенильного полипоза (JP) [19]. Хотя детальное гистологическое и гипотезы на основе молекулярного анализа замешан ключевую роль простагландина Е <суб> 2, Wnt и Ног пути соответственно в желудочном онкогенеза, остается неуловимым показать, является ли K19-C2mE и его соединение трансгенных мышей сходство кишечного типа или диффузный тип рака желудка человека при анализе несмещенным глобального профиля экспрессии.
для того, чтобы определить, какие типы опухолей желудка человека (кишечная или диффузного типа), C2mE связанных мышей больше похожи, мы сравнили профиль экспрессии Эти два типа рака желудка человека с таковыми K19-C2mE
, K19-Wnt1 /C2mE
и K19-моголь /C2mE
трансгенных мышей.

Результаты в целом профили экспрессии генов трансгенные животные
ранее мы разработали несколько видов трансгенных мышей, в которых активированные простагландина Е <к югу> 2 пути. K19-C2mE
мыши, экспрессирующие COX-2
и mPGES-1
индуцируют гиперпластическими опухоли желудка. K19-Wnt1 /C2mE
мышей, в которых оба Wnt и простагландин Е <суб> 2 пути активируются вызывают диспластические опухоли желудка. K19-моголь /C2mE
мышей, выражающие башка, а также C2mE развитие желудка гамартом. Для того, чтобы обеспечить понимание молекулярного механизма желудочного онкогенеза, желудочные ткани от трансгенных мышей и дикого типа мышей были подвергнуты анализу микрочипов. Используя систему Affymetrix GeneChip, уровни экспрессии мРНК были измерены для 45,037 наборов зондов, которые представляют 21,066 гены ENTREZ и 5324 других последовательностей. наблюдалась повышенная экспрессия введенного гена в каждой трансгенной мыши, как сообщалось ранее [17-19].
Обзор Геном масштаба данных микрочипов показало, что изменения в экспрессии трех опухолевых моделях К19-C2mE
, K19- Wnt1 /C2mE
и K19-моголь /C2mE
были очень похожи, тогда как избыточная экспрессия Wnt1 только или Ног только привело к изменениям экспрессии в небольшой части генов (Рисунок 1). Это наводит на мысль наиболее экспрессивного изменений в трех трансгенных мышей были вызваны активацией PGE <суб> 2 пути. Гипергеометрическое тест для обогащения генов показало, что гены, вовлеченные в заживление раны и воспалительной реакции были значительно конденсировать с р-значение 1,5 × 10 -21 и 4,2 × 10 -13, соответственно, в наборе генов изменен по индукции C2mE. Рисунок 1 Геном шкалы паттерн экспрессии трансгенных мышей, показывающих основные изменения вызваны PGE 2 индукции. Кластерный в строках являются 5,440 наборы датчик, выбранный кратным порогом смены 2 или более в среднем дикого типа и отношение п-величины 0,01 или менее, а столбцы являются мышиные образцов желудочного сгруппированных по генотипу. Генотипы показаны на верхней части тепловой карты. Красно-зеленый цвет шкала представляет log10 отношение к среднему образцов дикого типа, как показано в цветные полосы на верхнем левом углу: красный цвет указывает на ген вверх регулируется в образце, и зеленый указывает вниз регулируется. WT:. Дикого типа
Классификация опухолей мыши моделей под желудка человека подтипа рака
Для того, чтобы подтвердить, что мыши желудка модели опухоли похожи на рак желудка человека, профили экспрессии сравнивали с таковыми рака человека образцы. Во-первых, данные экспрессии генов человеческой молочной железы, легкого, толстой кишки и опухоли желудка были собраны из общественности. Для того, чтобы оценить сходство между мышиных опухолей желудка и четырех типов злокачественных опухолей человека, контролируемой классификации анализа главных компонент (РСА) проводили с использованием 1,925 генов, которые были изменены более чем в два раза больше, чем в 50 образцах всех человеческих образцов. PCA с выбранными генами обнаружили, что мыши желудка образцы из C2mE связанных мышей были наиболее тесно кластерный к раку желудка человека среди четырех исследованных тканей, что указывает на глобальные изменения экспрессии в желудочных опухолей у трансгенных мышей напоминали при раке желудка человека ( Фигура 2). Рисунок 2 Общие изменения экспрессии в опухолях желудка C2mE связанных трансгенных мышей наиболее близки к тем, при раке желудка человека. K19-C2mE
, K19-Wnt1 /C2mE
и K19-моголь /C2mE
мыши опухоли желудка и желудка человека (диффузный, кишечные и смешанного типа), толстой кишки, молочной железы и рака легких были нанесены по основным компонентом 1 до 3 (PC1-PC3), рассчитанной с использованием 1,925 генов, которые были изменены более чем в два раза больше, чем в 50 образцах всех. Совокупный вклад трех компонентов было 32%. Точки показаны синим цветом: рака желудка человека; Cyan: рака толстой кишки человека; красный: рак легкого человека; зеленый: рак молочной железы человека; пурпурного:. мышиной модели опухоли
Далее, для того, чтобы исследовать, который подтип рака желудка показывает межвидовой сходство, опухоли у мышей сравнивались с желудка человека с кишечно-типа и диффузные типа раковых заболеваний на основе их профилей экспрессии. Предыдущие экспрессии профилирование исследования образцов желудочного опухолей человека выявили подписи генов, которые классифицируют два типа. Кишечные и диффузные типы являются два основных типа рака классифицируются на основе микроскопической морфологии [1]. Boussioutas и др
. [15] показали, что гены пролиферации были чрезмерно выражены в опухолях кишечного типа, чем в опухолях диффузного типа; в противоположность этому, внеклеточные матричные гены белка были повышающей регуляции при диффузной типа по сравнению с опухолями кишечного типа. Для того, чтобы определить, какой тип рака желудка человека модели мыши больше похожи, мы нормализовали человеческие данные [20] в среднем нормальных образцов, и выбраны 122 генов, которые были изменены в противоположном направлении по типу кишечного и диффузного типа [см дополнительный файл 1], классифицировать кишечные и диффузные типы с использованием нормированных данных. Частота ложных обнаружения оценивался в 2,4%. Точность предсказания класса, используя этот набор генов, по оценкам, 85% несмываемые одной из перекрестной проверки человеческих образцов. Мы также исследовали, могут ли этот набор генов может быть использован, чтобы правильно классифицировать другой желудочный набор данных рака [15]. Набор тестовых данных включены 22 кишечную типа, 35 диффузного типа, а также десять нормальных выборок, и нормализовалась к среднему значению всех нормальных образцов. Частота появления ошибок составила 25% в общей сложности, 29% и 18% в диффузного и кишечного типа рака, соответственно.
Для сравнения паттерны экспрессии генов подписи в опухолях мыши для тех случаев рака желудка человека, иерархическая кластеризация анализ проводился с мышью желудочных данных и человека intestinal- и наборов данных диффузного типа. Паттерн экспрессии генов наших модифицированных сигнатур для различения intestinal- и диффузного типа рака желудка показало, что опухоли желудка от C2mE связанных трансгенных мышей были более похожи на кишечного типа рака желудка человека, чем диффузного типа рака желудка человека (Рисунок 3 ). Под линейным дискриминантного анализа, все C2mE связанные с опухолями желудка, за исключением одного образца K19-Wnt1 /C2mE были классифицированы как опухоли кишечного типа. Рисунок 3 профилей экспрессии C2mE связанных опухолей желудка группируется к раковым заболеваниям человеческого кишечного типа желудка. Кластерный в рядах 93 генов, отвечавшие р-значение меньше, чем 0,001 и противоположное направление изменения между кишечная типа и диффузного типа рака желудка человека, и кластерные в колонках являются опухоли желудка человека и мыши. В качестве меры расстояния, использовалась косинус корреляции. Увязка метод кластеризации была средней связи. Образцы, показанные в красном цвете: кишечного типа рака человека желудка; синий: человеческий тип диффузный; желтый: K19-C2mE
мышей; пурпурного: K19-Wnt1 /C2mE
: Cyan: K19-моголь /C2mE
. Красно-зеленый цвет шкала представляет log10 отношение к среднему дикого типа или нормальных образцов, как показано в цветные полосы на верхнем левом углу.
Паттерн экспрессии генов часто дерегулированы при раке желудка человека в подтипа определенным образом
известно, что усиление или избыточная экспрессия некоторых генов найдены в подтипу-специфическим образом. мутации гена Е-кадгерина или потери специально найдены при раке диффузного типа желудка [11, 12]. В отличие от этого, усиление erbB2
гена наблюдается только в кишечном типа, а не сообщается в диффузном типа [6, 7]. LOH удаленных в колоректальный рак (DCC
) преимущественно наблюдается примерно у половины кишечника типа [21, 22]. Уровни экспрессии трех генов сравнивали между мышами и желудочных типами рака человека (таблица 1). CDH1
выражение было значительно снижено по типу диффузного человека, но не в кишечном типа, как и ожидалось. В трех трансгенных мышей, CDH1
ген не был уменьшен ни в одном из трансгенных мышей, по сравнению с диким типом, выводя, что одним из наиболее характерных изменений в рак желудка человеческого типа диффузного не наблюдалось в мышиных моделях. Повышающая регуляция ErbB2
наблюдалась в данных микрочипов кишечного типа человека, а также в наших данных мыши. DCC
выражение восстанавливали в человеческом кишечном типа, как и ожидалось, в то время как уменьшение гена наблюдалась в модели мышей, особенно в K19-Wnt1 /C2mE
мышей. Выражения трех генов, определяющих тканевого типа рака желудка человека также поддерживают идею о том, что мышиные модели больше похожи на кишечного типа человека cancer.Table 1. Экспрессия изменения подтип-специфических генов у мышей и опухолей желудка человека.
<й>
Mouse

Human

<й>
C2mE

Wnt1/C2mE

Nog/C2mE

Diffuse

Intestinal

CDH1
1.13*
1.00
1.10
0.43*
1.09
ErbB2
1.37*
1.43*
1.25*
0.92
1.37*
DCC
0.91
0.85*
0.94
0.98
0.71*
Значения выражений приведены в средних соотношениях LOG (базовые 10) дикого типа или нормальных образцов. Звездочка указывает на Т-критерия р-значение &лт; 0,05.
Разница между PGE2 Тропинка активированных мышиных моделях
Опухоли из трех моделей мышей с PGE <суб> 2 активация пути показывают различные гистологию. K19-C2mE
развивается гиперплазия с макрофагальной инфильтрацией, тогда как K19-Wnt1 /C2mE
развивается дисплазия [17, 18]. K19-моголь /C2mE
развивается гамартома, похожий на полипоза человека по делам несовершеннолетних [19]. Далее мы попытались идентифицировать гены дифференциально выраженные среди трех мышиных моделей, которые позволили нам оценить наиболее подходящую модель среди трех, чтобы изучить рак желудка кишечного типа. С помощью ANOVA р-значение порога 0,001, мы отобрали 155 генов, которые по-разному регулируются среди трех групп. Лишь немногие из этих генов показал изменения экспрессии в том же направлении между K19-Wnt1 /C2mE
и K19-моголь /C2mE
(рисунок 4). гены Wnt тропинка Porcn
, ацилтрансферазы требуется для секреции белка Wnt, бета-катенина (Ctnnb1
) и Tcfe2a
(Tcf3
у человека) были избыточно экспрессируется в K19-Wnt1 /C2mE
мышей, но не в K19-моголь /C2mE
(рисунок 4). TGF-бета генов пути /BMP Smad3
и Tgfbr2
также повышающей регуляции и Bmp2
подавлялась в K19-Wnt1 /C2mE
но не в K19-моголь /C2mE
, Рисунок 4 Wnt /β-катенин регуляторные гены являются повышающей регуляции у мышей Wnt1 /C2mE. Кластерный в строках 155 наборов зондов, которые по-разному регулируются среди трех генотипов, K19-C2mE
, K19-Wnt1 /C2mE
и K19-моголь /C2mE
, с использованием ANOVA порога р-значение 0,001. Столбцы показывают мыши желудка образца, сгруппированные по генотипу и генотипы показаны на верхней части тепловой карты. Цветовая гамма такой же, как на рисунке 1.
В К19-моголь /C2mE
мышей, некоторые гены, которые способствуют туморогенез были вверх или вниз регулируется, хотя они не были представлены в нижнем течении BMP пути. ROCKII
был специально повышающей регуляции в К19-моголь /C2mE
, а его избыточная экспрессия ассоциируется с прогрессированием в нескольких типах раковых образований с помощью модулирующего организацию актинового цитоскелета. Вниз-регулируемых генов включают в себя и
Изменение скорости 2 PPARGC1A
, и их инактивацию или под выражением было показано, что способствуют раку легких и развития гепатомы соответственно.
Поскольку дерегуляции Wnt пути, включая APC
или CTNNB1
мутации были чаще наблюдаются в кишечном типа по сравнению с диффузным типа [23, 24], результаты показали, что K19-Wnt1 /C2mE
могла бы предложить модель, которая лучше всего подходит опухолей кишечного типа среди трех C2mE связанных мышей.
Обсуждение
Настоящее исследование показало, что человек кишечного типа рака желудка выставлены значительное сходство с C2mE связанных мышей, особенно K19-Wnt1 /C2mE
мышей с помощью глобальной экспрессии профилирования. Предсказание подобного типа опухоли путем глобального профиля экспрессии согласуется с фенотипами трансгенных мышей. Накопленные данные показали, что уровень воспаления, которое вызвано повышающей регуляции экспрессии /активности ЦОГ-2
и mPGES-
1 является строже в раке желудка кишечного типа по сравнению с диффузным типом один, хотя оба типа опухолей связаны с Helicobacter Pylori
, которые, как известно, вызывают воспаление на пораженный участок [14, 25-28]. Это знание поддерживает наше наблюдение, что опухоли желудка в C2mE связанных мышей, в которых PGE <югу> 2 путь активируется проявляют сходство с кишечными типа опухоли желудка. Кроме того, активация и инактивирующих мутаций в CTNNB1
и APC
чаще наблюдаются при раке кишечного типа. Нет APC
LOH /мутации не наблюдалось при раке желудка диффузного типа, в то время как 60% были найдены в кишечном типа один [24, 29, 30]. Мутация в CTNNB1
был преимущественно наблюдается в кишечном типа один [13]. Это также согласные с нашим предыдущим выводом, что K19-Wnt1 /C2mE
мышей, которые только развиваются аденокарциномы среди трех мышей C2mE связанных активации вниз по течению генов Wnt /β-катенина пути.
Как правило, несколько видов трансгенных Мыши для одного типа опухоли необходимо исследовать сходство в глобальной экспрессии профилированию между мышей опухолевых моделей и человеческими, так как гены, которые были вверх или вниз регулируется в каждой модели мышей извлекали по сравнению со средним показателем всех исследованных образцов опухолей. При таком подходе, Lee и др
. [31] анализировали экспрессии данных генов семи мышей гепатоцеллюлярной карциномой (ЖСК), включая пять ГЭУ с человеческими ЖСК, чтобы определить модели, которые перепросматривать рак человека или тип рака у человека, и обнаружили, что некоторые подклассы человеческого ГЦК мимических моделей мышей в паттерне экспрессии. Гершкович и др
. [32] также использовали тот же метод нормализации, и обнаружили, что характерные паттерны экспрессии, наблюдаемые в опухолях молочной железы человека были законсервированы в 13 мышей моделей опухоли молочной железы. Поскольку имеющиеся данные профиля экспрессии для мыши опухолей желудка ограничены нашей K19-C2mE
и его составных мышей, мы взяли другую стратегию, чтобы оценить сходство опухоли желудка между двумя видами. Вместо того чтобы использовать среднее значение всех образцов в наборе данных в качестве эталона для расчета коэффициентов выражения, мы нормализовал мыши желудка данные в среднем образцов дикого типа. Для того, чтобы сравнить наши профили экспрессии у мышей с таковыми рака желудка человека, ген подписи, чтобы классифицировать человека intestinal- и диффузного типа рака желудка также изменен из исходной путем нормализации данных экспрессии в среднем нормальных образцов желудка. Это позволило нам выявить, что C2mE связанных трансгенных мышей напоминают опухоли желудка человека кишечного типа в выражении профилирования.
Сравнение генов выражений между мышиных моделях показали, что одновременное индукция Wnt1 и PGE <суб> 2 дерегулирование не только экспрессию генов из Ctnnb1
и Porcn
в Wnt сигнализации, но и Smad3
и Tgfbr2
в TGF-бета /BMP сигнализации. С учетом перекрестных помех между TGF-бета /BMP и Wnt путей сообщалось в нескольких предыдущих исследованиях, дерегулированном экспрессия генов в дополнительных сигнальных путей может быть объяснено положительной и отрицательной обратной связи на пути от повышающей регуляции передачи сигналов Wnt. Например, передача сигналов BMP, как известно, подавляет β-катенина активность в кишечных стволовых клеток [33]. передача сигналов BMP может быть подавлено в K19-Wnt1 /C2mE
, потому что Bmp2
выражение значительно подавлялась. Увеличение Smad3
и Tgfbr2
может быть результатом отрицательной обратной связи по BMP подавления сигнализации, как показано в исследовании на TGF-бета индуцированного фиброза [34]. В отличие от K19-Wnt1 /C2mE
трансгенных мышей, экспрессии изменениях генов пути Wnt не наблюдались в K19-C2mE
и K19-моголь /C2mE
мышей. Было бы большой интерес для дальнейшего анализа перекрестных помех сигнальных путей в соединении трансгенных мышей.
Выводы
Генетически сконструированную мышь (GEM) модели обеспечивают полезные инструменты для изучения механизма онкогенеза, для проверки новой цели для лекарственного средства разработка и найти биомаркеры. Достижения в области генной инженерии позволили нам разработать различные трансгенных или нокаутных моделей заболеваний человека. Основной вопрос об использовании GEMS в качестве моделей заболевания является ли резюмирует модель болезни человека. Ранее мы разработали несколько опухолей желудка трансгенных мышей, в которых активируется простагландина Е <к югу> 2 пути. Хотя мы провели подробный гистологический анализ с трансгенных мышей, она остается недостижимой глобальные молекулярные изменения в трансгенных мышей, воспроизводят ли признаки опухоли желудка человека или нет. Этот отчет предоставил доказательства того, что первоначальный K19-C2mE
и их составных мышей, K19-моголь /C2mE
, K19-Wnt1 /C2mE
, показать сходство с раком желудка человека, особенно для кишечного типа один на анализ экспрессии мРНК профиля. Среди прочего, добыча вверх или вниз регулируемых генов конкретно в K19-Wnt1 /C2mE
или K19-моголь /C2mE
соответственно сделал вывод, что K19-Wnt1 /C2mE
мышей обеспечит наиболее подходящую модель мыши для опухолей кишечного типа желудка. Эти данные потенциально обеспечивают различные преимущества в наших будущих исследованиях, включая выяснение желудка онкогенеза и оптимальной терапевтической идентификации цели.
Методы
Образцы тканей желудка
Строительство трансгенных мышей были описаны в наших предыдущих работах [17-19 ]. В кратком изложении, K19-Wnt1
и K19-моголь
штаммы гиперэкспрессией Wnt1
и Ног
гены, соответственно, а именно в желудке. K19-C2mE
сверхэкспрессирует ген
mPGES-1 и ЦОГ-2
генов одновременно и конкретно в желудке. K19-Wnt1 /C2mE
и K19-моголь /C2mE
являются составными трансгенных мышей с K19-Wnt1
и K19-моголь
соответственно; как штаммы мыши имеют K19-C2mE
. Для экспрессии профилированию, три дикого типа C57BL /6, пять K19-Wnt1
, три K19-C2mE
, пять K19-Wnt1 /C2mE
, два K19-моголь
, и три K19- были использованы Ног /C2mE
мышей. Все животные, используемые в данном исследовании, были женщинами в возрасте 18-65 мышей недель. Железистый желудок каждой мыши разрезали для анализа микрочипов. Все исследования на животных проводились в соответствии с надлежащей практикой животного, как определено по уходу и использованию комитета Institutional животных (IACUC) путем.
Microarrays
GeneChip Mouse Геном 430 2.0 Массивы (Affymetrix, Inc.) были использованы для мониторинга профили экспрессии образцов желудочного. Общую РНК получали с использованием набора RNeasy Mini (QIAGEN) после обработки TRIzol (Invitrogen Corp.), и меченый кРНК получали с использованием стандартных протоколов Affymetrix. Интенсивности сигналов множеств зонда были нормализованы с помощью метода Инструменты СМД Affymetrix мощности реализованы в программном обеспечении распознавателя (Розетта Biosoftware), и регистрации значений соотношении к средней образцов дикого типа были вычислены для каждого образца с использованием Разрешитель. Все данные микрочипов были депонированы в Gene Expression Omnibus (GEO) при наборе данных о присоединении нет. GSE16902 [35].
Публичные данные Microarray человеческих
Человеческий рак желудка [20] и рака молочной железы [36] Данные микрочипов были получены из онлайн дополнения в базе данных Стэнфордского Microarray [37]. Данные рак желудка включает в себя 68 рака кишечника типа, 13 рак диффузного типа и 15 нормальных выборок желудка. Данные рака молочной железы включают в себя 115 опухоль молочной железы и семь образцов нормальной ткани. Данные рака толстой кишки человека [38], в том числе 100 колоректального рака и пять образцов нормальной ткани, были получены из NCBI GEO под инвентарным GSE5206. Опухоль легкого набора данных Ann Arbor [39] в том числе 86 аденокарциномы легких и 10 неопухолевых образцов легких была получена с веб-сайта Национального института рака США [40]. значения экспрессии были преобразованы в log10 (отношение к геометрических средних нормальных образцов), чтобы сравнить с данными мыши.
Кишечные vs. диффузные гены сигнатура типа
желудка человека опухолевые данные Chen и др
. [20] были использованы для разработки кишечной против типа диффузного классификатора. Мы выбрали гены, которые отвечали следующим критериям: (1) Т-критерия р-значение &лт; 0,001 между двумя группами, (2) противоположные изменения средней экспрессии генов в подписных опухолей кишечного типа и что сигнатуры генов в опухолях диффузного типа. Частота ложных обнаружения оценивали по методу Benjamini и Hochberg [41]. Опухолевые классы мышиных и человеческих образцов были предсказаны с помощью линейного дискриминантного анализа с использованием счет подписи, определяемый следующей формулой:
Подпись оценка = (Среднее логарифмическое отношение генов повышающей регуляции в опухолях кишечного типа и понижающей регуляции в диффузной -типа опухоли) - (среднее отношение журнала генов понижающей регуляции в опухолях кишечного типа и повышающей регуляции в опухолях диффузного типа)
Сочетание мыши и человека экспрессии генов
данных чтобы объединить данные мыши с человеком желудочные данные микроматричные рак, мыши и человека данные были вновь ratioed к Среднегеометрический дикого типа и нормальных образцов, соответственно. Когда был более чем один зонд установлен для гена в микрочипе, усредненные коэффициенты экспрессии были использованы для гена. Далее, используя только гомологичных генов, которые представлены в обоих массивах, мы объединили мышь и наборы данных человека в единый набор данных. Микрочипов мыши содержит 45,037 наборы зондов, которые соответствуют 21,066 генов ENTREZ, а человеческий микрочипов содержит 6,688 зонды, которые соответствуют 4,463 генов ENTREZ. Когда они были объединены, были идентифицированы 4094 гомологичных генов.
Статистический анализ
Гипергеометрическая тест для Gene Онтология обогащения проводили с использованием гена Set Annotator разработанный Rosetta Inpharmatics [42]. Для других статистических анализов в данном исследовании использовалась программа MATLAB (MathWorks Inc.).
Заявления
Благодарности
Авторы хотели бы поблагодарить д-ра Цутому Кобаяши за его помощь в эксперименте микрочипов, и доктор Синдзи Mizuarai для его обсуждения и представления замечаний по рукописи
Электронный дополнительный материал
12864_2009_2499_MOESM1_ESM.XLS Дополнительный файл 1:. список кишечного типа против генов подписи диффузного типа. Последовательность присоединения, символ гена, и среднее значение log10 соотношений в кишечном типа, так и в диффузно-типа, соответственно, показаны для каждого из 122 кДНК. (XLS 28 Кб) авторов оригинальные представленные файлы для изображений изображения Ниже приведены ссылки на авторов оригинала, представленных файлов для изображений. 'Исходный файл для фигурного 1 12864_2009_2499_MOESM3_ESM.pdf Авторского 12864_2009_2499_MOESM2_ESM.pdf авторов исходного файла для фигурного 2' исходного файла для фигурного 3 12864_2009_2499_MOESM5_ESM.pdf Авторского 12864_2009_2499_MOESM4_ESM.pdf Авторского исходного файла для фигуры 4

• Экспериментальная модель мягкого диабета: долгосрочная оценка гликемического профиля и желудка сократимост…
• Выживание и долгосрочные тенденции пациентов с раком желудка в Шанхае, Китай