Pelės skrandžio naviko modeliai su prostaglandinų E
2 kelias aktyvacijos parodyti panašius genų ekspresijos profilius žarnyno tipo žmogaus skrandžio vėžys
tezės
Background
Skrandžio vėžio paprastai skirstomi į geriau diferencijuota žarnyno tipo naviko ir prastai diferencijuotas difuzinis tipo vienas pagal Lauren anketa histologinio kategorijas. Nors indukcija prostaglandinų E 2 Kelias skatina skrandžio navikų pelių bendradarbiaujant su nereguliuojamose WNT arba BMP signalings, ji liko neišspręsti, ar skrandžio naviko pelės modeliai reziumuoti vieną iš žmogaus skrandžio vėžio tipo. Šis tyrimas įvertino panašumą išraiška profiliavimo tarp skrandžio navikų transgeninių pelių ir įvairių audinių žmogaus vėžio rasti geriausiai tinkami žmogaus navikų už transgeninių pelių modelių.
Rezultatai
Pasaulinis išraiška profiliavimo iš pradžių nustatė, skrandžio navikų iš COG- 2
/mPGES-1
(C2mE) padarė išvadą transgeninių pelių (K19-C2mE
, K19-Wnt1 /C2mE
ir K19-nog /C2mE
) priminė skrandžio vėžio tarp keletas audinių žmogaus vėžio, įskaitant gaubtinės žarnos, krūties, plaučių ir skrandžio navikų. Be to, iš C2mE susijusiai transgeninių pelių genų pasirašymo klasifikacija atskirti žmogaus intestinal- ir difuzinis tipo navikai parodė C2mE susijusios transgeninių pelių buvo labiau panašūs žarnyno tipą palyginti su difuzinio vieną. Mes pagaliau atskleidė, kad WNT keliu indukcijos bendradarbiauja su prostaglandinų E 2 keliu pelių (K19-Wnt1 /C2mE
MICE) toliau daugintis funkcijų žmogaus skrandžio žarnyno tipo navikų.
Išvada
We parodė, kad C2mE susijusios transgeninių pelių rodo didelį panašumą žarnyno tipo skrandžio vėžys, kai analizuojami pasaulinės ekspresijos. Šie rezultatai rodo, kad C2mE susijusios transgeninių pelių, ypač K19-Wnt1 /C2mE
pelėms, tarnauti kaip geriausiai tinka modelis studijuoti molekulinę mechanizmo, lemiančio žmogaus skrandžio žarnyno tipo vėžio Tumorigenesis.
Faktai
Skrandžio vėžys yra klasikinės suskirstyti į žarnyno tipo ir difuzinio tipo remiantis Lauren anketa histologinio klasifikacijos [1]. Žarnų tipo skrandžio vėžio pasižymi geriau diferencijuoti, darnią ir liaukų panašių ląstelių grupes. Žarnyno tipas progresavo per kelis žingsnius pradedant atrofinį gastritas, kad yra po žarnyno Metaplasia, displazija ir karcinomos [2, 3]. Difuzinė tipas atitinka prastai diferencijuotas, patekę ir ne darnius vėžinių ląstelių. Nors difuzinis tipas nėra būdingas daugelio procesinių etapų, tai rodo daugiau metastazavusiu fenotipą su prastesne prognozė.
Keletas genetiniai pakitimai dažniau pastebima arba potipio skrandžio vėžio. ErbB2
yra pasirinktinai rasti žarnyno tipo auglių ir gali tarnauti kaip prognostinę žymeklį toje vietoje, naviko invazijos [4, 5]. Erbb2
išraiška lygis buvo pranešta, kad jie koreliuoja su limfmazgiuose ar kepenų metastazių [6, 7]. Reikšmingas sumažėjimas E-cad (CDH1 pervežimas) išraiškos taip pat buvo aprašyta, labiausiai į difuzinis tipo skrandžio vėžio svyruoja nuo 20% iki 90% dažnis [8-10]. Sumažėjo išraiška CDH1
sukelia LOH ar hypermethylation. Įdomu tai, kad paveldimas difuzinis skrandžio vėžį sukelia gemalo mutacijų CDH1
geno [11, 12]. Be to, mutacija adenomatozinio polipozės coli (APC
), kuris aktyvuoja WNT /β-kateninai kelią daugiausia rasta žarnyno tipo skrandžio vėžio [13]. Ciklooksigenazės-2 (COX-2
), kuris yra vienas iš svarbiausių fermentų sintezėje prostaglandinų E 2 yra labai iki-reguliuojama žarnyno tipo vėžio, palyginti su difuzinis-tipo tie [14]. Šie genetiniai pakitimai gali būti naudojamas kaip kiekvieno skrandžio vėžio, taip pat histologinių funkcijų rūšies bruožas.
Pločio Genomo-iRNR raiška profiliai nustatyti genų parašus atskirti intestinal- ir difuzinis tipo skrandžio vėžio. Boussioutas kt
. [15] pranešė, kad genas parašas skiriamasis žarnyno tipo eksponatų UP-reguliavimą platinimo žymenų, susijusių su DNR replikacija, verpstės surinkimo ir chromosomų segregaciją. Žemyn-reguliuojamų genų parašas yra susijęs su epitelio diferenciaciją. Jinawath kt
. [16] taip pat sukūrė vieną genų parašą, kuris bus skirtingai išreikštas tarp žarnyno tipo ir pasklidusius tipo vėžio su Japonijos skrandžio navikų mėginiuose. Žarnyno tipo parašas atstovavo stiprinimą ląstelių ciklo progresavimo, o genai susieti su Ekstraląstelinė matricos (ECM) yra nereguliuojama į difuzinio tipo parašu. Šie parašai gali suteikti galimybes besivystančių biologinius žymenis diagnozuoti /išskirti dviejų tipų abiejų klinikinių ir ikiklinikinių tyrimų.
Transgeninių pelių plėtoti skrandžio auglių esamus tinkamus modelius iššifruoti skrandžio tumorigenezei, ir nustatyti naujus terapinius tikslus. Mes jau anksčiau sukūrė keletą transgeninių pelių, kurioje prostaglandinų E 2 iš gamybos būdų yra labai aktyvuota specialiai skrandžio gleivinę. K19-C2mE
pelės išreiškiantys COX-2 parsisiųsti ir mikrosomų prostaglandinų sintezės E-1 (mPGES-1
) plėtoti uždegimas susijęs hiperplazija [17]. Tai buvo tarpininkaujant per gleivinės makrofagų įdarbinimo. Iki kertant K19-C2mE
peles su K19-Wnt1
pelėms, kooperatinės poveikio Wnt1 ir PGE 2 skrandžio Tumorigenesis buvo tiriami. Į K19-Wnt1 /C2mE
pelės paskatino displazijos skrandžio adenokarcinoma, reiškiantis, kad WNT rūšyse aktyvavimo svarbą plėtros išlaikyti kamieninės ląstelės nediferencijuotą [18]. Išnagrinėti papildomą poveikį į BMP kelio slopinimo apie prostaglandinų E 2 įjungimo, sudėtiniai peles, K19-nog /C2mE
buvo įkurta. Į K19-nog /C2mE
pelės sukelti skrandžio hamartomos plėtrą, kuri yra morfologiškai panašus į nepilnamečių polipoze (JP) [19]. Nors Detali histologinis ir hipotezė pagrįsta molekulinė analizė padariusiu lemiamą vaidmenį prostaglandinų E 2, WNT ir nog kelias atitinkamai skrandžio Tumorigenesis, jis lieka nepagaunamas ar K19-C2mE ir jo junginys transgeninių pelių rodo panašumą į žarnyno tipo ar difuzinis tipo žmogaus skrandžio vėžio, kai analizuojami ne šališkai pasaulio išraiška profilyje.
siekiant nustatyti, kurie tipų žmogaus skrandžio navikų (žarnyno arba pasklidųjų taršos rūšis) C2mE susijusios pelės yra labiau panašūs į, mes palyginti išraiška profilį šių dviejų tipų žmogaus skrandžio vėžio su tų K19-C2mE
, K19-Wnt1 /C2mE
ir K19-nog /C2mE
transgeninių pelių.
rezultatai
Bendras genų ekspresijos profilius transgeniniai gyvūnai
Mes jau anksčiau sukurtos kelias rūšis transgeninių pelių, kurioje prostaglandinų E 2 stažuotė yra aktyvuota. K19-C2mE
pelės išreiškiantys COX-2 parsisiųsti ir mPGES-1
sukelti hiperplazuotos skrandžio navikų. K19-Wnt1 /C2mE
pelėms, kurioje tiek WNT ir prostaglandinų E 2 būdai yra aktyvuota pasirūpinti displazijos skrandžio navikų. K19-nog /C2mE
pelės išreiškiantys Taurė taip pat C2mE plėtoti skrandžio hamartomos. Norėdami pateikti įžvalgų molekulinio mechanizmo skrandžio Tumorigenesis, skrandžio audinius nuo transgeninių pelių ir laukinio tipo pelėms buvo taikoma mikrogardeliq analizė. Naudojant Affymetrix GeneChip sistemą, iRNR raiška koncentracija buvo matuojama 45,037 zondas rinkiniai, kurios sudaro 21,066 Entrez genus ir 5,324 kitus sekas. buvo pastebėta padidėjusi išraiška pristatė geno kiekvienoje transgeninių pele kaip buvo pranešta anksčiau [17-19].
genomo masto apžvalga mikrogardeliq duomenys parodė, kad ekspresijos pokyčiai trijų auglio modelių K19-C2mE
, K19- Wnt1 /C2mE parsisiųsti ir K19-nog /C2mE
buvo gana panašus, o Padidėjusi Wnt1 tik ar nog lėmė tik ekspresijos pokyčių nedidelė dalis genų (1 paveikslas). Tai rodo, dauguma Išsiskiriantis pokyčių trijų transgeninių pelių buvo sukelia PGE 2 keliu aktyvacijos. Hypergeometric testas genų praturtėjimo parodė, kad dalyvaujantys žaizdų gijimą ir uždegiminio atsako genai buvo žymiai kondensuotas su p-reikšmė 1,5 × 10 -21 ir 4,2 × 10 -13, atitinkamai genų rinkinį pasikeitė pagal C2mE indukcija. 1 pav genomo masto išraiška modelis transgeninių pelių rodomi didelių pokyčių sukelia PGE 2 indukcija. Susitelkę eilučių yra 5,440 zondas rinkiniai atrinkti kartų kaitos ribos 2 ar daugiau į laukinio tipo vidurkį ir santykis p-reikšmė 0,01 arba mažesnis, ir stulpeliai pelės skrandžio mėginius sugrupuoti pagal genotipą. Genotipai rodomi ant Spalvinė diagrama viršuje. Raudona-žalia spalva skalė rodo log10 santykis su laukinio tipo ėminiuose, kaip parodyta spalvota juosta viršuje kairėje: raudona spalva rodo genas yra iki reguliuojama atrankoje, o žalia rodo žemyn reguliuojama. WT. Laukinio tipo
klasifikacija pelės navikų modelių pagal žmogaus skrandžio vėžio potipio
Siekiant patvirtinti, kad pelės skrandžio naviko modeliai yra panašūs į žmogaus skrandžio vėžio, ekspresijos profilius buvo lyginamas su žmogaus vėžio pavyzdžiai. Pirma, genų ekspresijos, duomenys žmogaus krūties, plaučių, gaubtinės žarnos, ir skrandžio navikų buvo surinkti iš viešo naudojimo. Norėdami įvertinti panašumą tarp pelės skrandžio navikų ir keturių tipų žmogaus vėžio, prižiūri pagrindinių komponentų analizė (PCA) klasifikaciją buvo atliekami naudojant 1,925 genus, kurie buvo pakeisti daugiau nei du kartus daugiau nei 50 mėginių visų žmogaus mėginiais. PBS su pasirinktomis genų nustatė, kad pelės skrandžio mėginius iš C2mE susijusių su pelėmis buvo labiausiai susitelkę į žmogaus skrandžio vėžio tarp keturių audinių ištirtų nurodant pasaulines raiškos pokyčius skrandžio navikų transgeninių pelių priminė tuos žmogaus skrandžio vėžio ( 2 pav.) 2 pav Bendras ekspresijos pokyčiai skrandžio navikų C2mE susijusiai transgeninių pelių yra labiausiai panašūs į žmogaus skrandžio vėžio. K19-C2mE
, K19-Wnt1 /C2mE
ir K19-nog /C2mE
pelės skrandžio navikai ir žmogaus skrandžio (difuzinis, žarnyno, ir mišraus tipo), gaubtinės žarnos, krūties ir plaučių vėžio buvo brėžiamas iki apskaičiuoto naudojant 1,925 genus, kurie buvo pakeisti daugiau nei pagrindinio komponento 1 iki 3 (PC1 į PC3) du kartus daugiau nei 50 mėginių iš visų. Kaupiamasis indėlis iš trijų komponentų buvo 32%. Dots rodomi mėlynai: žmogaus skrandžio vėžio; žalsvai mėlyna: žmogaus gaubtinės žarnos vėžio; raudona: žmogaus plaučių vėžio; Žalia: žmogaus krūties vėžio; Magenta. pelės modelis navikai
Pirmyn, siekiant išnagrinėti, kuri potipis skrandžio vėžio rodo, kryžminio rūšių panašumą, pelės navikai buvo lyginamas su žmogaus skrandžio žarnyno tipo ir difuzinis tipo vėžio ant jų raiškos profilių pagrindu. Ankstesnės ekspresijos tyrimai žmogaus skrandžio navikų mėginiuose nustatė genų parašus, kad klasifikuoti dviejų tipų. Žarnyno ir pasklidųjų rūšys yra dviejų pagrindinių tipų vėžys klasifikuojamas pagal Morfologinis [1] pagrindu. Boussioutas kt
. [15] parodė, kad platinimo genai buvo per išreikštas žarnyno tipo auglių nei difuzinis tipo navikų; priešingai, ekstraląstelinės matricos baltymo genai buvo iki reguliuojama išsklaidytoje-tipo, palyginti su žarnyno tipo navikų. Tam, kad nustatyti, kokio tipo žmogaus skrandžio vėžio pelės modeliai yra labiau panašūs į, mes normalizuoti duomenis [20] ryšiu su įprastomis mėginių vidurkį žmogaus, ir yra parinktas 122 genų, kurie buvo pakeisti į priešinga kryptimi į žarnyno tipo ir difuzinio tipo [žr Papildoma failą 1], klasifikuoti žarnyno ir difuzinių tipų naudojant normalizuotų duomenis. Netikras atradimas norma buvo apskaičiuota, kad 2,4%. Klas ÷ s prognozavimas naudojant šį geną tikslumas buvo įvertintas atostogas-one-out kryžminio patvirtinimo žmogaus mėginiai turi būti ne mažiau kaip 85%. Mes taip pat nagrinėjo, ar šis genas rinkinys gali būti naudojamas teisingai klasifikuoti kitą skrandžio vėžys duomenų rinkinį [15]. Bandymas duomenų rinkinys įtraukti 22 žarnyno tipą, 35 Difuzinis tipą ir dešimt normalių pavyzdžių, ir buvo normalizuotas visų įprastų bandinių vidurkį. Klaidų lygis buvo 25% viso ir 29% ir 18% diffuse- ir žarnyno tipo vėžio, atitinkamai.
Palyginti raiškos modelius parašo genų pelių navikams tiems žmogaus skrandžio vėžio, hierarchinė grupavimas analizė buvo atliekama su pele skrandžio duomenų ir žmogaus intestinal- ir difuzinis tipo duomenų rinkiniai. Sąvoka modelis mūsų modifikuotų parašo genų atskirti intestinal- ir difuzinis tipo skrandžio vėžio parodė, kad skrandžio navikų iš C2mE susijusių transgeninių pelių buvo labiau panašūs žarnyno tipo žmogaus skrandžio vėžio nei skleisti tipo žmogaus skrandžio vėžio (3 pav ). Tiesiškai diskriminantinio analizę, visi C2mE susijusios skrandžio navikai, išskyrus vieną K19-Wnt1 /C2mE mėginyje buvo klasifikuojami kaip žarnyno tipo navikų. 3 paveiksle Expression profiliai C2mE susijusių skrandžio navikų yra susitelkę į žmogaus žarnyno tipo skrandžio vėžio. Susitelkę eilių yra 93 genų, kurie susitiko p-reikšmė mažesnė nei 0,001 ir priešingą pakeisti kryptį tarp žarnyno tipo ir difuzinis tipo žmogaus skrandžio vėžio ir susitelkę kolonų yra žmogaus ir pelės skrandžio navikų. Kaip nuotolinio priemonę, buvo naudojamas kosinusas koreliacija. Ryšys metodas grupavimas buvo vidutinis ryšys. Mėginiai rodomas raudonai: žmogaus žarnyno tipas skrandžio vėžys; Mėlyna: žmogaus difuzinis tipas; geltona: K19-C2mE
pelių; Magenta: K19-Wnt1 /C2mE
: žalsvai mėlyna: K19-nog /C2mE
. Raudona-žalia spalva skalė rodo log10 santykis su laukinio tipo arba normalioms ėminiuose, kaip parodyta spalvota juosta viršuje kairėje.
Išraiška modelio genų dažnai nereguliuojama žmogaus skrandžio vėžio į potipio specialiu būdu
yra žinoma, kad amplifikacija arba raiškos kai kurių genų randama potipio-specialiu būdu. El cad genų mutacijų ar nuostolis yra specialiai rastas difuzinis tipo skrandžio vėžio [11, 12]. Priešingai, amplifikacija erbb2
geno yra stebimas tik į žarnyno tipo, o ne pranešė, kad į difuzinio tipo [6, 7]. LOH iš išbraukti iš tiesiosios žarnos karcinoma (DCC
) daugiausia pastebėta maždaug pusė žarnyno tipo [21, 22]. Ekspresijos lygis trijų genų buvo lyginami tarp pelių ir žmogaus skrandžio vėžio rūšių (1 lentelė). CDH1
išraiška buvo gerokai sumažėjo žmonių difuzinio tipo, bet ne žarnyno tipo, kaip tikėtasi. Per tris transgeninių pelių, Cdh1
genas buvo ne sumažėjo į bet kurį iš transgeninių pelių, palyginti su laukinio tipo, nurodantį, kad vienas iš labiausiai būdingų pokyčių žmogaus difuzinis tipo skrandžio vėžio nebuvo pastebėtas tiriant pelių modelių. Iki-reguliavimo ErbB2
buvo pastebėtas žmogaus žarnyno tipo microarray duomenų, o taip pat mūsų pelės duomenis. DCC
išraiška buvo sumažinta žmogaus žarnyno tipo kaip ir tikėtasi, tuo tarpu genų sumažėjimas buvo stebimas pelių modelį, ypač K19-Wnt1 /C2mE
pelių. Šių trijų genų apibrėžiančių audinių tipo žmogaus skrandžio vėžiu išraiška taip pat remti idėją, kad pelė modeliai yra labiau panašūs į žarnyno tipo žmogaus cancer.Table 1 Expression pokyčių potipio konkrečių genų pele ir žmogaus skrandžio navikų.
Pelės
žmogaus
|
C2mE
Wnt1/C2mE
Nog/C2mE
Diffuse
Intestinal
CDH1
1.13*
1.00
1.10
0.43*
1.09
ErbB2
1.37*
1.43*
1.25*
0.92
1.37*
DCC
0.91
0.85*
0.94
0.98
0.71*
Expression vertės parodyta vidutiniškai rąstinių santykis (pagrindas 10) laukinio tipo arba normalių pavyzdžių. Žvaigždute rodo T-testo p vertė < 0,05.
Skirtumas tarp PGE2 kelią aktyvuota pelės modeliai
Navikai iš trijų pelių modelių su PGE 2 kelias aktyvacijos parodyti kitokį histologinių. K19-C2mE
vystosi hiperplazija su makrofagų infiltracija, o K19-Wnt1 /C2mE
vystosi displazija [17, 18]. K19-nog /C2mE
vystosi hamartoma panaši į žmogaus nepilnamečių polipoze [19]. Mes šalia mėgino nustatyti diferencijuotai išreikštus genus tarp trijų pelių modelių, kurie leido mums įvertinti geriausiai tinka modelis tarp trijų studijuoti skrandžio žarnyno tipo vėžiu. Su ANOVA p ribinės vertės, 0,001, mes išrinkome 155 genų, kurie buvo skirtingai reglamentuojami tarp trijų grupių. Nedaugelis iš šių genų parodė raiškos pokyčius pačia kryptimi tarp K19-Wnt1 /C2mE
ir K19-nog /C2mE
(4 paveikslas). WNT kelio metu genai Porcn
, aciltransferazės reikalingas WNT baltymų sekrecijos, beta-kateninai (Ctnnb1 pervežimas) ir Tcfe2a
(TCF3
žmogaus), buvo ekspresija ir K19-Wnt1 /C2mE
pelėms, bet ne K19-nog /C2mE
(4 paveikslas). TGF-beta /BMP kelio metu genai Smad3 parsisiųsti ir Tgfbr2
taip pat buvo iki reguliuojama ir Bmp2
buvo žemyn reguliuojama K19-Wnt1 /C2mE
bet ne K19-nog /C2mE
, 4 pav WNT /β-kateninai reguliavimo genai yra up-reguliuojami Wnt1 /C2mE pelių. Susitelkę eilučių yra 155 probe rinkinius, kurie buvo skirtingai reglamentuojami tarp trijų genotipų, K19-C2mE
, K19-Wnt1 /C2mE
ir K19-nog /C2mE
, naudojant ANOVA p reikšmė ribą 0,001. Stulpeliai rodo pelės skrandžio mėginį suklasifikuotą pagal genotipą ir genotipai rodomi viršuje Spalvinė diagrama. Spalvų skalė yra toks pat kaip ir 1 pav
K19-nog /C2mE
pelėmis, kai genai, skatinantys tumorigenezei buvo aukštyn arba žemyn reguliuojama, nors jie nebuvo pranešta pasroviui BMP keliu. ROCKII
buvo specialiai iki-reguliuojami K19-nog /C2mE
, o jo raiška yra susijusi su progresavimo kelių tipų vėžio per tolygiam aktino citoskeleto organizaciją. Žemyn reguliuojama genai yra RAMP2 parsisiųsti ir PPARGC1A
ir jų nukenksminimą arba nepakankamai išraiška buvo parodyta prisidėti prie plaučių vėžio ir hepatomos plėtros atitinkamai.
Nuo dereguliavimo WNT kelius, įskaitant APC
arba CTNNB1
mutacija buvo dažniau pastebėti žarnyno tipo, palyginti su difuzinio tipo [23, 24], rezultatai parodė, kad K19-Wnt1 /C2mE
galėtų pasiūlyti modelį, kuris geriausiai tinka žarnyno tipo navikai tarp trijų C2mE susijusių pelėms.
Diskusijos
šiame tyrime nurodyta, kad žmogaus žarnyno tipo skrandžio vėžio eksponuojami didelį panašumą į C2mE susijusių su pelėmis, ypač K19-Wnt1 /C2mE
pelių pasaulio ekspresijos. Iš panašaus naviko tipo pasaulio išraiška profilyje prognozavimas yra suderinamas su transgeninių pelių fenotipų. Daugėja įrodymų, nurodė, kad uždegimas lygis, kuris sukelia COX-2
ir mPGES-1 Viesbutis The iki reguliuojama išraiška /veikla yra atšiauresnis žarnyne tipo skrandžio vėžiu, palyginti su vienu difuzinio tipo, nors abiejų tipų navikų yra susiję su Helicobacter pylori pervežimas, kad yra žinoma, kad sukelti uždegimą prie užkrėsto svetainėje [14, 25-28]. Šios žinios palaiko mūsų pastebėjimą, kad skrandžio navikai C2mE susijusių su pelėmis, kurioje PGE 2 stažuotė yra aktyvuotas parodų panašumą žarnyno tipo skrandžio navikų. Be to, įjungiant ir nukenksminti mutacijų CTNNB1
ir APC
dažniau stebimas žarnyno tipo vėžio. Ne APC
LOH /mutacija buvo pastebėtas difuzinis-tipo skrandžio vėžio, kadangi 60% buvo nustatė, kad vienoje žarnyno tipo [24, 29, 30]. Mutacija CTNNB1
buvo daugiausia pastebėta žarnyno tipo vieno [13]. Tai taip pat sutinkantis su mūsų ankstesniu konstatavimu, kad K19-Wnt1 /C2mE
peles kurios kuria tik adenokarcinoma tarp trijų C2mE susijusių su pelėmis aktyvuoti pasroviui genus WNT /β-kateninai keliu.
Paprastai keletas tipų transgeninių pelių vieną naviko rūšies, reikalingos ištirti panašumas pasaulio išraiškos profiliavimo pelių navikų modelių ir žmogaus tie tarp, nuo genų, kurie buvo aukštyn arba žemyn reguliuojama kiekvienoje pelių modelį buvo paimti, palyginti su visų tirtų navikų mėginiuose vidurkį. Naudodami šį metodą, Lee et al
. [31] analizavo genų ekspresijos duomenis septynių pelės kepenų ląstelių karcinoma (HCC), įskaitant penkių brangakmenių su žmogaus HCC nustatyti modelius, kurie Apibendrinant žmogaus vėžio arba žmogaus vėžio tipą, ir nustatė, kad kai kurios žmogaus HCC mimikos pelėmis modelių poklasiai išraiška modelio. Hershkowitz kt
. [32] Taip pat naudojo tą patį normalizavimo metodą ir nustatė, kad pastebėti žmogaus krūties navikų požymio išraiška modeliai buvo užkonservuotas 13 pelės krūties navikų modelių. Kadangi turimi duomenys saviraiškos profilis pelės skrandžio navikų yra tik mūsų K19-C2mE
ir jos sudėtinių pelių, mes priėmėme kitą strategiją įvertinti skrandžio navikų tarp dviejų rūšių panašumą. Vietoj to, naudojant vidutiniškai visų mėginių rinkinio kaip nuoroda apskaičiuoti išraiška santykį, mes normalizuoti pelės skrandžio duomenis vidurkį laukinio tipo pavyzdžius. Norėdami palyginti mūsų pelės raiškos profilius su žmogaus skrandžio vėžio, genas parašas klasifikuoti žmogaus intestinal- ir difuzinis tipo skrandžio vėžio taip pat buvo pakeistas iš pradinės One normalizuoti raiškos duomenis į normalių skrandžio mėginius vidurkį. Tai leido mums atskleidžia, kad C2mE susijusios transgeninių pelių primena žmogaus žarnyno tipo skrandžio auglių ekspresijos.
Palyginimas genų išraiškos tarp pelės modeliai parodė, kad vienu metu indukcija Wnt1 ir PGE 2 nereguliuojama ne tik genų ekspresiją iš Ctnnb1
ir Porcn
WNT signalizacijos, bet ir Smad3 parsisiųsti ir Tgfbr2
TGF- /BMP signalizacijos. Kadangi tarp TGF-beta /BMP ir WNT kelius Šķērsruna buvo pranešta keliose ankstesnėse tyrimus, nereguliuojama išraiška iš papildomų signaliniu keliu genų galima paaiškinti teigiamą ir neigiamą grįžtamąjį ryšį su keliais iš iki reguliuojama WNT signalizacijos. Pavyzdžiui, BMP signalizacijos yra žinoma, kad slopinti β-kateninai veiklą žarnyno kamieninių ląstelių [33]. BMP signalizacijos gali būti represuoti į K19-Wnt1 /C2mE
, nes Bmp2
išraiška buvo gerokai žemyn reguliuojama. Padidėjimas Smad3
ir Tgfbr2 pervežimas gali būti lėmė neigiamą grįžtamąjį ryšį BMP signalizacijos slopinimas, kaip parodė tyrimas dėl TGF-beta sukeltos fibrozės [34]. Skirtingai K19-Wnt1 /C2mE
transgeninių pelių, ekspresijos pokyčiai per WNT kelią genų nepastebėta K19-C2mE
ir K19-nog /C2mE
pelių. Būtų labai svarbu toliau analizuoti signalų kelius į kombinuotuosius transgeninių pelių Šķērsruna.
Išvados
genetinės inžinerijos pelę (GEM) modeliai suteikia naudingų įrankių mokytis mechanizmą Tumorigenesis, įteisinti naują tikslą narkotikų plėtra ir rasti biologinius žymenis. Pažanga genų inžinerijoje leido mums sukurti transgeninių ar nokautas modelių ligų įvairovė. Pagrindinis klausimas naudojant perlus kaip liga modelių ar modelis atkartoja žmogaus liga. Mes anksčiau sukūrė keletą skrandžio naviko transgeninių pelių, kurioje prostaglandinų E 2 stažuotė yra aktyvuota. Nors mes atlikome išsamią analizę histologiniai su transgeninių pelių, jis išliko silpnas, ar pasauliniai molekuliniai pokyčiai transgeninių pelių atgaminti funkcijų žmogaus skrandžio auglių, ar ne. Ši ataskaita teikiama pradinį įrodymų, kad K19-C2mE parsisiųsti ir jų sudėtiniai pelės, K19-nog /C2mE
, K19-Wnt1 /C2mE
, rodyti panašumo į žmogaus skrandžio vėžio, ypač žarnyno tipo vienas po mRNR ekspresijos profilio analizė. Be kita ko, gavybos tiekėjų arba žemyn reguliuoja genų konkrečiai K19-Wnt1 /C2mE
arba K19-nog /C2mE
atitinkamai daryti išvadą, kad K19-Wnt1 /C2mE
pelės teiktų geriausiai tinka pelės modelį už žarnyno tipo skrandžio navikų. Šie duomenys būtų potencialiai suteikia įvairios naudos mūsų ateities studijoms, įskaitant išsiaiškinti skrandžio Tumorigenesis ir optimali terapinė tikslinės identifikuoti.
Metodai
Skrandžio audinio mėginiai
Statybos transgeninių pelių buvo aprašyta mūsų ankstesnių tyrimų [17-19 ]. Trumpai tariant, K19-Wnt1 parsisiųsti ir K19-nog
padermių superekspresuotų Wnt1 parsisiųsti ir nog
genus, atitinkamai, ypač į skrandį. K19-C2mE
pernelyg didelius į mPGES-1
geną ir COX-2
genus vienu metu ir konkrečiai į skrandį. K19-Wnt1 /C2mE parsisiųsti ir K19-nog /C2mE
yra junginys transgeninių pelių su K19-Wnt1
ir K19-nog
, atitinkamai; tiek pelės štamai turi K19-C2mE
. Dėl išraiškos profiliavimo, trys laukinio tipo C57BL /6, penki K19-Wnt1
, trys
K19-C2mE, penki K19-Wnt1 /C2mE
, du K19-nog
ir trys K19- buvo naudojami nog /C2mE
pelių. Visi naudojami šiame tyrime gyvūnai buvo moterys pelės amžiaus 18-65 savaites. Liaukiniame skrandžio kiekvieno pele buvo nupjauti mikrogardeliq analizė. Visi tyrimai su gyvūnais buvo atliekami laikantis geros gyvūnų praktikos, kaip apibrėžta institucinė gyvūnų priežiūrai ir naudojimui komiteto (IACUC).
Mikrogardelių
GeneChip Pelės genomo 430 2,0 matricos (Affymetrix, Inc) buvo naudojami stebėti ekspresijos profilius skrandžio mėginius. Iš viso RNR buvo parengta naudojant RNeasy Mini rinkinį (QIAGEN) po gydymo su TRIzol (Invitrogen Corp.) ir paženklinti Juodos buvo parengta naudojant standartines Affymetrix protokolus. Signalo intensyvumas zondo rinkinių buvo normalizavosi Affymetrix Elektriniai įrankiai RMA metodu įgyvendinamos vardų vertimo programinė įranga (Rozetės Biosoftware) ir prisijunkite verčių santykis su laukinio tipo ėminiuose buvo apskaičiuojamas kiekvieno mėginio, naudojant išsprendimo. Visi mikrogardeliq duomenys buvo deponuota genų ekspresijos Omnibus (GEO) pagal rinkinio stojimo Nr. GSE16902 [35].
Viešųjų žmogaus mikrogardeliq Duomenis
Žmogaus skrandžio vėžio [20] ir krūties vėžys [36] mikrogardeliq duomenys buvo gauti iš interneto papildas Stanfordo mikrogardeliq duomenų bazės [37]. Skrandžio vėžys duomenys apima 68 žarnyno tipo vėžį, 13 difuzinis-tipo vėžio, ir 15 normalus skrandžio mėginius. Krūties vėžio duomenys apima 115 krūties auglį, ir septynis sveikus audinius mėginius. Žmogaus gaubtinės žarnos vėžio duomenys [38], įskaitant 100 storosios žarnos vėžio ir penkių normalių audinių mėginių, buvo gauti iš NCBI GEO pagal stojimo GSE5206. Ann Arbor plaučių navikas rinkinys [39], įskaitant 86 plaučių adenokarcinomos ir 10 ne navikinių plaučių mėginiai buvo gautas iš JAV Nacionalinio vėžio instituto interneto svetainėje [40]. Expression vertės buvo pertvarkyta į log10 (santykis su geometrinių vidurkių normaliomis mėginiai) siekiant palyginti su pele duomenis.
Žarnų vs pasklidųjų tipas parašas genai
žmogaus skrandžio naviko duomenis iš Chen et al
. [20] buvo naudojami sukurti žarnyno vs difuzinis tipo klasifikatorių. Mes pasirinkome genus, kurie atitiko šiuos kriterijus: (1) T-testo p vertė < 0,001 tarp šių dviejų grupių, (2) prieš pokyčiai vidutinis išraiška parašo genų žarnyno tipo auglių ir kad parašo genų difuzinis-tipo navikų. Netikras atradimas norma buvo apskaičiuota pagal Benjamini ir Hochberg metodas [41]. Naviko klases pele ir žmogaus mėginiai buvo prognozuojama taikant tiesinį diskriminantinio analizę, naudojant parašo rezultatą apibrėžtą pagal šią formulę: Rīga, parašas rezultatas = (vidutinis žurnalas santykis genų iki-reguliuojama žarnyno tipo auglių ir žemyn reguliuojama pasklidosios -type navikai) - (Suskirstymas žurnalo santykis genų žemyn reglamentuota žarnyno tipo auglių ir up-reguliuojami difuzinis tipo navikų)
Suderinus pele ir žmogaus genų ekspresijos duomenų
siekiant suderinti pelės duomenis su žmogaus skrandžio vėžio mikrogardeliq duomenys, pelės ir žmogaus duomenys buvo pakartotinai ratioed geometrinį vidurkį laukinio tipo ir paprastų pavyzdžių, atitinkamai. Kai buvo nustatytas taip, kad į microarray geno daugiau nei vienas zondas, suvidurkintoms ekspresijos rodikliai buvo naudojami genų. Be to, naudojant tik homologinius genus, kurie yra atstovaujama abiejų masyvų, mes susijungė pele ir žmogaus duomenų rinkinius į vieną duomenų rinkinį. Pelė Mikrogardelė yra 45,037 probe rinkinių, kurie atitinka 21,066 Entrez genų, o žmogaus Mikrogardelė yra 6,688 zondai, kurie atitinka 4,463 Entrez genuose. Kai jie buvo sujungtos, buvo nustatyta 4,094 homologinių genų.
Statistinė analizė
hypergeometric tyrimas ir genų ontologija praturtėjimo buvo atliktas naudojant geną Annotator sukurtą Rosetta Inpharmatics [42]. Dėl kitų statistinių analizių šiame tyrime buvo naudojamas MATLAB programinė įranga (MATHWORKS Inc).
Deklaracijos
Padėka Viesbutis The autorių norėtų padėkoti dr Tsutomu Kobayashi savo pagalbą mikrogardeliq eksperimento ir dr Shinji Mizuarai savo diskusijas ir pastabas dėl rankraščio
Elektroninės papildoma medžiaga
12864_2009_2499_MOESM1_ESM.XLS Papildoma failą 1: a. žarnyno tipo vs difuzinis tipo parašo genų sąrašas. Seka prisijungimas, genų simbolis, ir log 10 santykis vidutiniškai žarnyno tipo ir išsklaidytu-tipo, atitinkamai, yra parodyta kiekvienam iš 122 kDNR. (Xls 28 KiB) Autorių originalios pateikti failai vaizdų
Žemiau išvardintos nuorodos į autorių originalus pateiktų failų vaizdų. 12864_2009_2499_MOESM2_ESM.pdf Autorių originalus failas 1 pav 12864_2009_2499_MOESM3_ESM.pdf Autorių originalaus failo 2 pav 12864_2009_2499_MOESM4_ESM.pdf Autorių originalios 3 pav 12864_2009_2499_MOESM5_ESM.pdf Autorių originalaus failo 4 paveiksle
| 
Jei tau daugiau nei 50,
Mokslininkai kuria 3D spausdintą piliulę, iš kurios imami žarnyne rastų bakterijų mėginiai
„DeNovix“ skelbia „Platinum DS11 FX+“ spektrofotometro / fluorometro nugalėtoją
Žarnyno mikrobioma taip pat yra realybė vaisiaus gyvenime
Imuninės ląstelės atkuria pažeistą žarną vaikams, sergantiems IBD
Augalinės dietos gerina širdies sveikatą per žarnyno mikrobiomą
Vandenilio kvėpavimas nėra iš Bikini atolo
Šiomis dienomis su visomis kvailomis kalbomis apie branduolinį karą, pamatę žodį „vandenilis“, galite iš karto pagalvoti apie tą skurdžią salą Ramiajame vandenyne, Bikinio atolas, kur jie išbandė visa
Mokslininkai kuria metodą skiepytis nuo žarnyno uždegimo
Uždegiminė žarnyno liga (IBD) yra bendras terminas, apibūdinantis daugelį sutrikimų, susijusių su lėtiniu virškinamojo trakto uždegimu, įskaitant opinį kolitą ir Krono ligą. Šios sąlygos yra susijusio
Žarnyno bakterijos gali numatyti plaučių hipertenzijos riziką
Mokslininkų komanda nustatė, kad bakterijų mikroflora žmogaus žarnyne gali prisidėti prie plaučių arterinės hipertenzijos (PAH) vystymosi. Tyrimas pavadintas, „Pakeistas žarnyno mikrobiomų profilis pa