PLoS ONE: кивок-подобный рецептор Сигнальный Тропинка в хеликобактерной инфекции и связанной с ними Рак желудка: исследование случай-контроль и анализ экспрессии генов

Абстрактный

Фон
<р> В настоящее время хорошо известно, что рак возникает в хронически воспаленной ткани. Ряд NOD-подобных рецепторов (NLRs) образуют инфламмасома, внутриклеточные мультибелковых комплексы критические для формирования зрелых провоспалительных цитокинов (IL-1 и IL-18). Как хроническое воспаление слизистой оболочки желудка является следствием Helicobacter Pylori
инфекции, мы исследовали роль генетических полиморфизмов и экспрессии генов, участвующих в пути передачи сигналов NLR в H. Pylori
инфекции и связанной с раком желудка (GC).

Материалы и методы
<р> Пятьдесят один генетический полиморфизм генотипирования в 310 этнических китайцев (87 не-кардии случаев GC и 223 управления с функциональная диспепсия). Кроме того, экспрессия гена из 84 молекул, участвующих в пути передачи сигналов NLR оценивалась в ТНР-1 клеток, зараженных двумя H. Pylori S
поезда, GC026 (GC) и 26695 (гастрит).

Результаты

CARD8
-rs11672725, NLRP3
-rs10754558, NLRP3
-rs4612666, nlrp12
-rs199475867 и nlrx1
-rs10790286 показали значительные ассоциации с GC. При многомерном анализе, CARD8
-rs11672725 остается фактором риска (ОР: 4,80, 95% ДИ: 1.39-16.58). Кроме того, NLRP12-
rs2866112 повышает риск H. пилори
инфекции (ОР: 2,13, 95% ДИ: 1.22-3.71). Статистический анализ оценки совместного влияния H. пилори
инфекции и отобранные полиморфизмы выявлены сильные ассоциации с GC ( CARD8
, NLRP3
, CASP1
и nlrp12
полиморфизмы). В анализе экспрессии генов, пять генов, кодирующих NLRs были значительно регулируются в H. Pylori
-challenged клетки ( nlrc4
, nlrc5
, nlrp9
, nlrp12
и nlrx1
). Интересно отметить, что постоянные повышающая регуляция nfkb1
с одновременным понижающей регуляции nlrp12
и nlrx1
наблюдался в H. Pylori
GC026 заражали клетки. Кроме того, NF-kB целевые гены, кодирующие провоспалительных цитокинов, хемокинов и молекул, участвующих в процессе канцерогенеза были заметно повышающей регуляции в H. Pylori
GC026 заражали клетки.

Выводы

Новые ассоциации между полиморфизмом в пути передачи сигналов NLR ( CARD8
, NLRP3
, nlrp12
, nlrx1
и CASP1
) и GC были идентифицированы в китайских лиц. Наши генетические полиморфизмы и результаты экспрессии генов подчеркивают актуальность сигнального пути NLR в желудочном канцерогенезе и его тесное взаимодействие с NF-kB
<р> Цитирование:. Кастаньо-Родригеса N, Kaakoush NO, Гох KL, Фока KM, Митчелл HM (2014) кивок-подобный рецептор Сигнальный Тропинка в хеликобактерной
инфекции и связанной с ними рака желудка: случай-контроль исследование и анализ генов экспрессии. PLoS ONE 9 (6): e98899. DOI: 10.1371 /journal.pone.0098899
<р> Редактор: Дэвид М. Ojcius, Калифорнийский университет в Мерсед, Соединенные Штаты Америки
<р> Поступило: 2 марта 2014 года; Принято: 8 мая 2014 года; Опубликовано: 5 июня 2014
<р> Copyright: © 2014 Кастаньо-Родригес и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются

Финансирование:. Эта работа была частично поддержана раковыми Совета Новый Южный Уэльс, Австралия (грант № 66/04). Н.О. Kaakoush поддерживается раннего общения карьеры из Национального научно-исследовательского совета по здравоохранению и медицинским, Австралия. Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов

Введение
<р> общая частота развития рака желудка (GC) широко варьирует в разных странах. Согласно мировой статистике рака, в общей сложности 952,000 новых случаев GC и 723,000 смертей, связанных с GC, по оценкам, имели место в 2012 году, что составляет 6,8% от общего числа случаев рака и 8,8% от общего числа смертей, связанных с раком [1]. Более 70% новых случаев заболевания и смерти происходят в развивающихся странах, причем самые высокие показатели заболеваемости сообщается в Восточной Азии, Восточной Европы, а также Центральной и Южной Америки [2].
<Р> Бактериальный патоген хеликобактерной
является существенным этиологическим фактором для GC (IARC, 1994), однако, предыдущие исследования показывают, что в дополнение к H. Pylori
инфекции и пищевые факторы, принимающие генетика способствуют GC [3]. Генетические полиморфизмы возникли в последние годы как факторы, определяющие восприимчивость к болезни и тяжести, что особенно актуально в желудочно-злокачественности [4]. Таким образом, полиморфизм в пределах генов, участвующих в врожденного и адаптивного иммунитета может играть важную роль в патогенезе H. пилори
инфекции и развитие H. Pylori
осложнения в том числе о связанных GC.
<р> зародышевой линии кодируются рецепторы, известные как рецепторы распознавания образов (РРСС) являются частью врожденной иммунной системы и являются ключевыми для выявления инвариантных микробных мотивов, известного как патогена -associated молекулярные структуры (PAMPs). PRRs были разделены на пять различных генетических и функциональных клады: нуклеотид-связывающий домен олигомеризации (NOD) -подобных рецепторов (NLRs), Toll-подобные рецепторы, C-типа рецепторов лектинов, кислотно-индуцируемый ген ретиноевой (РИГ) -I-как рецепторов и отсутствует в меланоме 2 (AIM2) -подобных рецепторов [5] [6].
<р> семейство NLR не только признают PAMPs но и живучесть связанные молекулярные структуры (DAMPS) в цитоплазме, которые являются эндогенными лигандами производится после того, как повреждение тканей или клеток смерти [7]. NLRs характерная структура включает в себя центральный домен нуклеотида связывания и олигомеризации (NACHT), которая присутствует во всех членов семьи РНБ, С-концевой лейцин-богатый повторы (LRRs) и набор N-концевого каспазы (CARD) или Пырин (PYD ) домен. На основе филогенетического анализа доменов Nacht, было установлено, что семья NLR включает в себя три подсемейства: 1) семейство NOD, которая включает в себя NOD1-2, NOD 3 /nlrc3, NOD4 /nlrc5, NOD5 /nlrx1 и CIITA, 2) NLRPs включая NLRP1-14 (также известный как NALPs), и 3) IPAF подсемейство, который состоит из IPAF (nlrc4) и НПВП [7]. NLRP3 инфламмасома, наиболее полно охарактеризовать инфламмасома, состоит из каркасного белка NLRP3, апоптоз, связанный пятнышко-подобный белок (ASC) и каспазы-1. NLRP3 взаимодействует и вербует адаптера ASC через взаимодействие PYD-PYD [8]. Это взаимодействие приводит к набору каспазы-1, внутриклеточный аспартата конкретных цистеина протеазы, который впоследствии приведет к созреванию и высвобождение провоспалительных цитокинов, таких как IL-1 и IL-18.
<Р> В ЧАС. Pylori
инфекции, первые четыре физико-химические барьеры являются слой слизи, эпителиальные клетки желудка, в TLRs и NLRs. Ограниченное количество исследований оценили взаимодействие сигнального пути NLR и H. пилори
. Например, начальное исследование по Басак и соавт. [9] показали, что не только H. Pylori
липополисахарида (LPS) активирует каспазы-1, но, что эта активация каспазы-1 участвует в LPS-индуцированной IL-1β созреванию. Позже, Hitzler и др. [10] показал, что H. Pylori
инфекция активирует каспазы-1, что приводит к IL-1 /обработки и секреции IL-18, как в культивируемых дендритных клеток (ДК) и В естественных условиях
. Последовательно, два недавних исследования, с использованием клеточных линий желудка человека, подтвержденный повышенную экспрессию каспазы-1, IL-1β и IL-18 в H. Pylori
-infected клетки [11], [12]. Кроме того, недавнее исследование, проведенное Kim и соавт. [13] показал, что секрецию IL-1 с помощью контроллеров домена, инфицированных H. пилори
требует TLR2, NOD2 и инфламмасома NLRP3.
<р> Таким образом, предыдущие исследования ясно показывают, что, в ответ на H. пилори
, инфламмасома-зависимой каспазы-1 активации имеет решающее значение для формирования зрелых провоспалительных цитокинов, которые имеют решающее значение для Th1 ответов, связанных с желудочной иммунопатологии. Учитывая, что мало известно о роли инфламмасома и других молекул, участвующих в РНБ сигнального пути в ответ на H. пилори
инфекции, а также функционально соответствующие полиморфизмы в генах этого плеча иммунной системы имеют потенциал, чтобы влиять на величину и направление ответа хозяина против инфекции, мы исследовали роль сигнального пути NLR, включая inflammasome- родственные молекулы, в H. пилори
развитие GC по информации о связанных оценке 51 генетических полиморфизмов в китайских лиц, известное население с высокой степенью риска для GC, и обращаясь к экспрессии генов 84 молекул, участвующих в NLR сигнальных путей в клеточной линии моноцитов при воздействии H , пилори
.

Материалы и методы

генотипирование полиморфизма, задействованные в NOD подобные заявления рецепторных СИГНАЛИЗАЦИЯ Тропинка

по вопросам этики.
<р> Это исследование было одобрен Комитетом по этике человека (HREC) из университета Нового Южного Уэльса (UNSW) (HREC 08115 и HREC 02144) путем. Письменное информированное согласие было получено от каждого человека, набираемых к изучению.

Учебные предметы.

Субъекты были этнические китайские лица, перенесшие верхних отделов желудочно-эндоскопия в больнице общего профиля Чанги (Сингапур) и Университетской клиники Малайзии (Куала-Лумпур), в период с января 2004 года по апрель 2007 года Пациенты, известно, что они инфицированы вирусом иммунодефицита человека или которым были прописаны нестероидные противовоспалительные препараты, антимикробные агенты или огнезащиты кислоты в двухмесячный срок до приема на работу были исключены.

Восемьдесят семь пациентов с недавно диагностированным первичным, не кардиального GC (Международной классификации болезней, 9 ^{й ревизии, код 151) на основе гистологического подтверждения были приглашены принять участие в исследование. Контрольную группу составили 223 лиц с диагнозом функциональной диспепсии (FD), которая была определена как постоянные или периодические симптомы (боль или дискомфорт, расположенного в центре верхней части живота) при отсутствии органического заболевания (в том числе на верхней эндоскопии), в соответствии с Римским II система классификации [14].}

хеликобактерной
обнаружения.

H. Pylori
IgG антитела в этих китайских особей были определены с использованием в доме-фермент иммуноферментного анализа [15] и иммуноблот (MPD Helico Клякса 2.1, MP Biomedicals, Австралия).

выбор полиморфизмы.

Электронные базы данных (PubMed, Scopus, Science Direct, Овидий, BIOSIS Previews, базы данных Scirus, CINAHL, IMBIOMED, ​​SciELO и сирень) были найдены до февраля 2013 года для полиморфизмов, участвующих в пути передачи сигналов NLR, которые были связаны с раком, инфекционное заболевание, или были функционально несущественны. Пятьдесят один полиморфизм в 6 генов, которые, согласно сообщениям, имеют незначительную частоту аллеля &Гт. 1% в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) dbSNP, были отобраны для анализа (таблица S1 в таблицах S1)

методы генотипирования.
<р> для генотипирования 51 выбранных полиморфизмов в пути передачи сигналов NLR каждого человека, включенных в исследование, геномную ДНК экстрагировали из периферической образцов цельной крови с использованием QIAamp ДНК крови Mini Kit, как описано производителем (Qiagen; Чадстон, Австралия). ДНК регидратации в стерильной воде и нормализованы до 10 нг /мкл для индивидуальных SNP генотипирования путем применения матрицы лазерной десорбцией ионизации время пролета (MALDI-TOF) масс-спектрометрии, то Sequenom MassARRAY Iplex? Анализ (San Diego, CA , США) [16], [17] на Australian Геном научно-исследовательский центр Ltd, Сент-Люсия, университет Квинсленда, Австралия.
<р> Один полиморфизм, который не может быть включена в анализе Sequenom MassARRAY Iplex, известный как NLRP3-
42 п.н.-VNTR, было проведено генотипирование с помощью стандартной ПЦР. Праймеры были разработаны с олиго Primer Analysis Software версии 6.71 (молекулярная биология Insights, Inc; Колорадо-Спрингс, США). Эксперименты проводились с использованием 2720 термоциклеру (Applied Biosystems, Foster City, США). ПЦР-продукты были подвергнуты 1,5% агарозном геле и визуализировали в УФ-просвечивания с использованием гелевой системы Doc 2000 (Bio-Rad; Hercules, USA). Последовательности праймеров и температурные условия задействуя для генотипирования этого полиморфизма описаны в таблице S2 в в таблицах S1.
<Р> Четыре полиморфизмов ( CARD8
-rs2043211, CARD8
-rs6509368 , CARD8
-rs12984929 и NLRP3
-rs10754558) генотипирование с помощью масс-спектрометрии MALDI-TOF были выбраны случайным образом для подтверждения результатов с использованием ПЦР в реальном времени. Последовательности праймеров и температурные условия велоспорта изложены в таблице S2 в таблицах S1. В качестве обоснования методологии реализуемого для генотипирования NLRP3-
42 п.н.-VNTR, анализ секвенирования проводили в 10% случайно выбранных исследуемых образцов, в Ramaciotti Центре, UNSW, Австралия.

Статистический анализ.
<р> неспаренный Студента т
-test была использована для анализа клинических характеристик. Прямой метод подсчета был использован для оценки генотипов и частот аллелей. Отклонение от Харди-Вайнберга (HWE) была протестирована с использованием хи-квадрат-доброкачественность из посадки тест (χ ^{2). Определение неравновесия по сцеплению (LD) было основано на испытании отношения правдоподобия, в котором значение наблюдаемого отношения правдоподобия определяется путем вычисления нуль-распределение этого отношения при гипотезе рычажного равновесия, с использованием процедуры перестановки [18]. умозаключение гаплотипов проводили с помощью математическое ожидание Максимизация (EM) алгоритм полилокусной генотипических данных [19]. Эти отношения шансов (OR) и 95% доверительный интервал (ДИ) были рассчитаны с помощью точного критерия вероятности Фишера (двусторонний р
-значения). Для того, чтобы исправить для искажающих факторов, бинарная логистическая регрессия (LR) регулируется H. была проведена Pylori
статуса и пола. P
-значения &л; 0,05 считались статистически значимыми. Качественные фильтры для исключения полиморфизмов из статистического анализа включены назвать цены ниже 95% и отклонение от HWE. Данные были проанализированы с помощью программ Arlequin версии 3.1 [20], GraphPad Prism версия 5.02 (GraphPad Software Inc, Сан-Диего, США) и SPSS версии 19.0.0. (SPSS Inc, Чикаго, США)}

Ген Экспрессия молекул, участвующих в NOD-подобных рецепторов СИГНАЛИЗАЦИЯ Тропинка

мЛЕКОПИТАЮЩИХ культуры клеток
<р> человек моноцитарный лейкоз линия клеток ТНР-1 (код: TIB-202). (American Type Culture Сбор, Манассас, США), культивировали в среде RPMI 1640 с добавлением 10% инактивированной нагреванием фетальной бычьей сыворотки (FBS) (Invitrogen; Малгрейв, Австралия), 1 мМ пирувата натрия (Invitrogen), 2500 мг /л бикарбоната натрия (Invitrogen ) и 100 мкг /мл пенициллина-стрептомицина раствор (Invitrogen). Клетки поддерживали в 25-см ^{2 ткани культуры колб (Greiner-Bio-On; Frickenhausen, Германия).. При 37 ° C с 5% CO <суб> 2}

Бактериальные культуры
<р> H пилори
штамм GC026 ( CaGa
+, Кейдж
+, КАГЛ
+, cagT
+ , Вака
s1 m1 +, Baba
+, oipA
+, DUPA
+ и SABA
+) был выделен из пациент GC в больнице университета Малайзии, Куала-Лумпур [21], [22]. H. Pylori
штамм 26695 ( CaGa
+ и Вака
s1m1 +) был выделен от больного с гастритом [23] (АТСС код 700392). Оба H. штаммы пилори
выращивали в течение двух дней, на чашках с кровяным агаром, лошади (Blood Agar Base № 2, дополненной 6% стерильный дефибринированный крови лошади (Oxoid, Heidelberg West, Вика., Австралия) при 37 ° С в анаэробной сосуд, содержащий порождающим газа комплект (Oxoid), чтобы обеспечить микроаэробных атмосферу 6% O <югу> 2, 10% CO <югу> 2 и 84% N <югу> 2.

Заражение анализ.
<р> ТНР-1 клетки высевали в культуральную пластину 6-луночного в концентрации 5 × 10 ^{5 клеток /мл, а затем дифференцируются в макрофаги ПМЯЛ myrastate ацетат (Sigma-Aldrich) в течение 72 часов [24]. до бактериальной инфекции, клетки млекопитающих, инкубировали в антибиотической среде без. Элемент H. пилори
штаммы GC026 и 26695 были затем добавляли в среду при множественности инфекции 1, и инкубировали в течение 6 часов при температуре 37 ° с и 5% СО <суб> 2. Добавляют концентрация бактериальной была определена на основании стандартной кривой и оптической плотности (OD) при 595 отсчетов нм с использованием Bio-Rad микропланшет-ридера модель 550 (Bio-Rad). Фактическая концентрация Добавили подтверждена путем подсчета колониеобразующих единиц (КОЕ), выращенные на чашках с агаром лошадиной крови после серийного разведения бактериальной суспензии.}

экстракции РНК, синтеза кДНК и ПЦР-массивы.
<Р> После инфекция, не оспаривается и H. пилори
-challenged клетки ТНР-1, были использованы для выделения мРНК с использованием набора Qiagen RNeasy Mini Kit, как описано производителем (Qiagen). Для анализа экспрессии гена 84 молекул, участвующих в сигнальном NLR пути, кДНК синтезировали из 0,8 мкг суммарной РНК с использованием RT 2 первой цепи кДНК (Qiagen) и далее анализировались с помощью Human инфламмасома RT 2 Profiler ПЦР массив (PAHS-097R) (Qiagen) в соответствии с рекомендациями производителя. профили экспрессии генов были получены из трех независимых экспериментов H. Pylori
GC026-инфицированных, H. пилори
26695-инфицированных и соответствующих неинфицированных (контроль) образцов. Эксперименты проводились с использованием в Rotor-Gene Q циклер (Corbett Life наук; Донкастер, Австралия).
<Р> Для анализа данных экспрессии генов, ΔΔ Ct на основе метода относительной количественной оценки был реализован с использованием веб-интерфейс RT 2 Profiler ПЦР массив Анализ данных версии 3.5 (http://pcrdataanalysis.sabiosciences.com/pcr/arrayanalysis.php). По крайней мере в два раза изменения (≥2, ≤0.5) и P
-значения &л;. 0,05 рассматривались как статистически значимые

SDS-PAGE и Вестерн-блоттинга
<р> ТНР -1 клетки высевали, дифференцированные и заражаются в MOI 1, как описано выше. Белки экстрагировали с использованием RIPa буфера, отделенный на 12% додецилсульфата натрия полиакриламидном геле гели и переносили в метанол обработанных поливинилидин дифторида мембран с использованием транс-блот-системы переноса клеток (Bio-Rad). Мембраны immunolabeled с кроличьими поликлональными антителами против человеческого против nlrx1 (1:200) или мышиные моноклональные антитела против человеческого против бета-актина (1:1000) (Santa Cruz). Козы к антителам кролика и анти-мышиного IgG антитела, соединенные с HRP (1:2000; Bio-Rad), были использованы в качестве вторичных антител, соответственно. Мембраны зондируют в соответствии с протоколом Пирс ECL Вестерн-блоттинг Субстрат (Thermo Scientific, Скоресби, Австралия).

Результаты

Клинические характеристики

Клинические характеристики испытуемых в том числе пол, H. пилори
статус инфекции и средний возраст приведены в таблице S3 в таблицах S1. Мужской пол оказался более преобладающим у пациентов GC, чем в контрольной группе FD, показывая положительную связь с развитием GC в этой этнической китайского населения (ОР: 2,15, 95% ДИ: 1.29-3.58, P
-value: 0,0036). H. Pylori
инфекции было установлено, что в настоящее время 68,7% людей в этом исследовании (73/87 GC пациентов и 140/223 FD управления). Сравнение распространенности H. Pylori
инфекции у пациентов GC и управления FD показали, что H. Pylori
инфекция является фактором риска для развития GC (OR: 2,38, 95% ДИ: 1.41-3.99, P
-value: &л; 0,0001). Даже если субъекты в данном исследовании, были подобраны в соответствии с 5-летнего возраста, средний возраст пациентов GC (65,3 лет) был значительно выше, чем у контрольной FD (54,3 лет) ( P
-value: &ЛТ;. 0,0001)

полиморфизмы в генах, участвующих в NOD-подобных рецепторов сигнальный Pathway связаны с рака желудка в этнических китайских физических лиц

пятьдесят один полиморфизмов в генах, участвующих в пути передачи сигналов NLR были генотипированы в 310 этнических китайских физических лиц (87 случаев GC и 223 FD управления). Скорость вызова всех выбранных полиморфизмов был 97-100% в данном исследовании. Обнаружено, что все полиморфизмы сигнального пути NLR быть в HWE в контрольной группе показывает недостоверное χ ^{2 значения для CARD8
-rs12984929 (χ 2: 35.98), за исключением, CARD8-
rs4802445 (χ 2: 5,87) и CARD8-
rs6509368 (χ 2: 5,43). Двадцать один полиморфизм в NLRP3
(п = 5), nlrp12
(п = 3), nlrx1
(n = 3), ASC
(п = 4) и CASP1
(п = 6) были признаны не полиморфный в этой этнической китайского населения (таблица S1 в в таблицах S1).
<р> частот аллелей и генотипов как а также ПРС и 95% ДИ для остальных 27 полиморфизмов, приведены в таблице 1 и таблице S4 в таблицах S1. CARD8
-rs11672725 ТТ генотип показал сильную ассоциацию с GC в двумерную статистический анализ (ОР: 4,80, 95% ДИ: 1.39-16.58). В дополнение к CARD8
-rs11672725, еще четыре полиморфизмы показали пограничными результаты в двухмерном анализе ( NLRP3
-rs10754558, NLRP3
-rs4612666, nlrp12 <бр> -rs199475867 и nlrx1
-rs10790286) (таблица 1). Дальнейшие многомерный статистический анализ с поправкой на изменение H. пилори
инфекции и мужского пола, показал, что CARD8
-rs11672725 ТТ генотип остается фактором риска для GC в этой этнической китайского населения (таблица 2).
<р> гаплотипов на основе анализы мощный подход рассекать архитектуру сложных заболеваний. В текущем исследовании, EM алгоритм определил 25 гаплотипов с частотой > 0,01 в случаях GC (таблица S5 в таблицах S1). Используя основную гаплотипа в контрольной группе в качестве опорного гаплотипа, два элемента CARD8-nlrp12
(Hap1 и Hap8), один элемент NLRP3
(Hap3) и три nlrx1-CASP1 <бр> (Hap21, 23 и 24) были обнаружены гаплотипы, чтобы увеличить риск GC в этой этнической китайского населения. Интересно, что Hap1 таит в себе CARD8
-rs11672725 аллель Т и Hap21 и Hap23 гавани nlrx1
-rs10790286 C аллель, который показывает согласованность с результатами, полученными из аллеля и генотипа анализа.}

полиморфизмы в генах, участвующих в NOD-подобных рецепторов Сигнальный Pathway связаны с Helicobacter Pylori
Инфекция в этнических китайцев физических лиц
<р> Учитывая, что H. пилори
Известно, что одним из основных факторов риска, связанного с GC, дальнейшие анализы были проведены, чтобы оценить связь между генетическими полиморфизмов, участвующих в пути передачи сигналов NLR и H. пилори
инфекции. Интересно отметить, что наше этническое исследование случай-контроль показал, что китайский nlrx1
-rs10790286, nlrp12
-rs2866112, nlrp12
-rs4419163 и ASC
-rs8056505 были связаны со значительно повышенным риском H. пилори
инфекции у этих лиц (таблица S6 в таблицах S1). Многомерный статистический анализ подтвердил, что nlrp12
-rs2866112 было связано с повышенным риском H. пилори
в китайских лиц (ОР: 2,13, 95% ДИ: 1.22-3.71)

Совместное Влияние Helicobacter Pylori
Инфекция и генетический полиморфизм Заметно повышает риск развития рака желудка в. Этнические китайцы Физические лица
<р> Дальнейшие анализы были проведены для оценки не только наличие или отсутствие выбранных полиморфизмов, но и H. пилори
статус по отношению к риску GC, в попытке определить наличие биологического взаимодействия в виде синергизм или антагонизм. Поразительно, люди, несущие десять выбранных полиморфизмов ( CARD8
-rs10405717, NLRP3
-rs12079994, NLRP3
-rs3806265, NLRP3
-rs4612666, nlrp12
-rs2866112, nlrp12
-rs4419163, nlrx1
-rs10790286, CASP1
-rs2282659, CASP1
-rs530537 и CASP1
-rs61751523) и инфицировали H. пилори
наблюдались быть в большей опасности GC, большинство этих ОШ находится в диапазоне 4,0-5,0 (Таблица 3). В отличие от этого, в отсутствие Н. Pylori
инфекция, CARD8
-rs2043211 значительно снижает риск GC (ОР: 0,19, 95% ДИ: 0.06-0.63)

хеликобактер пилори
Влияния. экспрессию нескольких молекул, участвующих в NOD-подобных рецепторов Сигнальный Pathway

Для дальнейшего характеризуют влияние H. пилори
на молекул, участвующих в сигнальном пути NLR, мы оценивали экспрессию 84 генов, кодирующих NLRs, другие компоненты инфламмасома, негативные регуляторы, провоспалительных цитокинов, провоспалительных каспазы и молекул, участвующих в передаче сигналов вниз по течению, в ТНР-1 -derived макрофаги после воздействия к двум различным H. Pylori
штаммы (GC026 и 26695). В H. пилори
Thp1 клетки GC026 стимулированной, 49 генов были дифференцированно выражены по сравнению с контрольной группой (таблица S7 в таблицах S1 и рис S1 на фиг S1). Из них, статистически значимая повышающая регуляция и понижающая регуляция по крайней мере в два раза был найден в 17 и 28 генов, соответственно (таблицы 4 и 5). Через тридцать пять генов были дифференцированно выражены между контрольной группой и группой, подвергается H. пилори
26695 (таблица S7 в таблицах S1 и S2 рис в цифрах S1). Из них, статистически значимая повышающая регуляция и вниз-регулирование, по крайней мере в два раза был найден в 5 и 23 генов, соответственно (таблицы 4 и 5).

хеликобактер пилори
Штаммы Associated с Рак желудка и гастрит привести к различным уровни экспрессии цитокинов и хемокинов
<р> Учитывая, что воспаление является признаком рака желудка, мы дополнительно анализировали экспрессию провоспалительных цитокинов и хемокинов при воздействии двух H , Pylori
штаммов. Выражение из девяти генов, кодирующих провоспалительных цитокинов ( IFNB1
, IL1B
, IL12B
, ИЛ6
, IL33
и TNF
) и хемокинов ( CXCL1
, CXCL2, CCL5
) были значительно повышающей регуляции в ТНР-1 клеток, зараженных и H. пилори
GC026 и 26695 штаммов (таблица 4). Кроме того, интенсивный иммунный ответ ( CXCL1
, CXCL2
, CCL5
, ИЛ6
, IL12B
, TNF
и IFNB1
) было возбуждено в отношении H. пилори
GC026 (Рисунок 1А). Интересно, что ряд генов, кодирующих хемокинов ( CCL2
и CCL7
) и цитокинов ( IL18
, TNFSF11
и CD40LG <Ьг>) были вниз регулируется в H. Pylori
-challenged ТНР-1 клеток (таблица 5).

Helicobacter Pylori
Инфекция Результаты в повышающей регуляции nfkb1
с одновременным уцененные-регулирования nlrp12
и nlrx1

<р> Тринадцать гены, кодирующие NLRs были оценены в данном исследовании, в том числе члены подсемейства IPAF (Naip, nlrc4), NLRPs (nlrp1, NLRP3-6, nlrp9, nlrp12) и поклонами (NOD2, nlrc5, nlrx1 и CIITA) (рис 1В). Выражение пяти генов, кодирующих NLRs значительно регулируется в H. Pylori-оспариваемых клетках (nlrc4, nlrc5, nlrp9, nlrp12 и nlrx1) (таблица 5). Из них nlrp12 (сложите регулирование: 0.03, р-значение: 0.016298) и nlrx1 (сложите регулирование: 0,02, р-значение: 0.01762) были заметно понижающей регуляции в H. Pylori GC026 заражали клетки. В качестве способа проверки, далее Вестерн-блот-анализы, расследующие экспрессию nlrx1, были проведены. Последовательно, снижение уровня nlrx1 были найдены в ТНР-1 клеток, зараженных как хеликобактерной GC026 и 26695 (подтверждающей информации, рис S3).
<Р> Учитывая, что NF-kB негативно регулируется с помощью nlrp12 и nlrx1, мы дальше по сравнению выражение nfkb1
и РЕЛА
между H. пилори
GC026- и 26695 заражали клетки. Примечательно, что хотя РЕЛА
показали снижение уровней в клетках ТНР-1, обработанных обоими H. Pylori
штаммы (сложите регулирование: 0,49, р
-value: 0,044673 и сложите регулирование: 0,26, р
-value:. 0,131017 для H пилори
GC026 и 26695, соответственно), статистически значимая повышающая регуляция nfkb1
наблюдался только в H. Pylori
GC026 заражали клетки (сложите регулирование: 2,50, р
-value: 0,006825). (Рисунок 1C)

Helicobacter Pylori
увеличивает экспрессию PTGS2
и BIRC3

<р> экспрессии других молекул, участвующих не только в NLR сигнального пути, но и в канцерогенезе также анализируют путем сравнения ТНР-1 клеток ответов на обоих H. Pylori
штаммов. Интересно, что PTGS2
была значительно повышающей регуляции в ТНР-1 клеток при воздействии как H. Pylori
штаммы, H. Pylori
GC026 заражали клетки (сложите регулирование: 54.03, р
-value: 0,0247) показывает значительно более высокие уровни экспрессии по сравнению с H. пилори
26695 заражали клетки (сложите регулирование: 19.56, P
-value: 0,016089) (рис 1d). Кроме того, второй ген, участвующий в процессе канцерогенеза, BIRC3
, была исключительно вверх регулируется в H. Pylori
GC026 заражали клетки (сложите регулирование: 12,28, р
-value: 0.001638). (Рисунок 1D)

Обсуждение
<р> GC в настоящее время считается многофакторной процесс, в котором бактериальные, экологические и принимающие генетические факторы участвуют на различных стадиях патофизиологии рака. В настоящее время хорошо известно, что рак возникает в хронически воспаленной ткани, и это особенно заметно в желудочно-кишечном тракте [4]. Как хроническое воспаление слизистой оболочки желудка является следствием H. пилори
инфекции и эта бактерия первоначально мишенью PRRS, мы исследовали роль молекул, участвующих в пути передачи сигналов NLR в H. пилори
инфекции и связанной с GC.
<р> Насколько нам известно, это первое доказательство того, что сообщили полиморфизмы, участвующие в пути передачи сигналов NLR связаны с повышенным риском развития ГХ в человеческой популяции. Многомерный статистический анализ показал, что CARD8
-rs11672725 ТТ генотип является последовательным фактором риска для GC в китайских лиц. CARD8
, расположенный в 19q13, кодирует белок домена набора каспазы 8 (CARD8), также известный как TUCAN, о котором было сообщено взаимодействовать с NLRP3, подавляют NF-kB активирующие сигналы и быть избыточно экспрессируется в раковых тканях человека в том числе яичников, легких и рак молочной железы ткани [25] - [27]. На сегодняшний день только в одном исследовании, проведенном в немецкой популяции, оценила роль этого полиморфизма в развитии болезни [28]. Эти авторы обратились к ассоциации между CARD8
-rs11672725 и колоректальным раком, но не смог показать каких-либо существенных результатов (ОР: 1,02, 95% ДИ: 0.86-1.21) [28]. Различия в типе рака и исследуемой популяции может объяснить эти противоречивые результаты.
<Р> Как H. пилори
, как известно, является основным фактором риска для GC, мы также исследовали влияние генетических полиморфизмов, участвующих в пути передачи сигналов NLR на H. пилори
инфекции.

• PLoS ONE: Гиперэкспрессия ядерного апоптоз-индуцирующий фактор 1 изменившие Proteomic Профиль человеческого рака жел…
• PLoS ONE: Новый полиморфизм биомаркеров rs629367 ассоциируется с повышенным риском и бедных выживание рака желудка в…