Background VerfÜgung
MicroRNAs (miRNAs) sinn dagsiwwer Net-coding RNAs studéiert datt Gentherapie Ausdrock well. MiRNAs sinn an verschidden erhéijen dorënner gastric Kriibs (GC) dereguléierte an hunn Potential diagnostic an prognostic Konsequenzen. D'Zil vun eiser Etude war miRNA Profil an GC Stoffer ze bestëmmen, déi vun Evaluatioun vun dereguléierte miRNAs zu Plasma vun GC Patienten gefollegt. Benotzt sinn Datebanken an Bioinformatik Methoden mir och Potential Zil- Genen vun bestätegt differentially ausgedréckt miRNA diskutéieren anzeschätzen an dëse Conclusiounen am GC Stoffer validéieren. VerfÜgung
Method VerfÜgung
D'Etude 51 GC Patienten mat abegraff an 51 Kontrollen. Ufank, opgefouert mir miRNA Ausdrock Profil an 13 Otemschwieregkeeten Echantillon vun GC an 12 normal gastric Stoffer mat TaqMan niddreg Dicht vill (TLDA). An der zweeter Etapp, differentially ausgedréckt miRNAs sech zu engem Gedächtnis Kohort benotzt qRT-Hinnen alleguer an Otemschwieregkeeten a Plasma Echantillon validéiert. Duerno, analyséiert mir Potential Zil- Genen vun dereguléierte miRNAs Bioinformatik Approche benotzt, sech hiren Ausdrock an GC Stoffer a Korrelatioun Analyse standing mat miRNAs gezielt. VerfÜgung
Resultater VerfÜgung
Profiling mat TLDA 15 Teamchef dereguléierte miRNAs am GC Stoffer Verglach zu normal gastric mucosa. Gedächtnis Analys confirméiert datt Mir-148a-3p, Mir-204-5p, Mir-223-3p an Mir-375 huet an GC Stoffer konsequent dereguléierte. Analyse vun GC Patienten Plasma Echantillon zougedréckt a wesentleche verwandelt-Regulatioun vum Mir-148a-3p, Mir-375 a weider-Regulatioun vum Mir-223-3p Verglach zu gesond Sujeten. Weider, identifizéiert mir bioinformatic Tools benotzen Ziler vun Rollenger miRNAs a Krankheet-verbonne Gentherapie Beräicherung Analyse gesuergt. Schlussendlech Potential Zil- Gentherapie BCL2 VerfÜgung a DNMT3B VerfÜgung Ausdrock vun qRT-Hinnen alleguer am GC Otemschwieregkeeten, déi mat gezielt miRNA Ausdrock soll. VerfÜgung Konklusiounen VerfÜgung Fro:. Juzėnas S, Saltenienė V, Kupcinskas J, Link A , Kiudelis G, Jonaitis L, et al. (2015) Analys vun dereguléierte microRNAs an hirer Target Genen vun Gastric Cancer. PLoS NËMMEN 10 (7): e0132327. Doi: 10.1371 /journal.pone.0132327 VerfÜgung Redakter: Lin Zhang, Universitéit vun Pennsylvania School vun Medezin, USA VerfÜgung Arnaque: 22. Abrëll 2015; Akzeptéiert: 13 Juni, 2015; Publizéiert: 14. Juli 2015 zu Copyright: © 2015 Juzėnas et al. Dëst ass eng oppen Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz CC BY verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt si vum original Auteur an d'Quell Kaiser VerfÜgung Data Disponibilitéit: All Daten sinn bannent de Pabeier a seng Ennerstëtzung Informatiounen Fichieren VerfÜgung Funding:. Dës Aarbecht vun JK, LJ, SiJu, Oligarche, JS war vum europäeschen Sozialfond Nr VP1-3.1-ŠMM-07-K-01 ënnerstëtzt -156. D'Aarbecht vun PM ass déi däitsch Federal Edukatiounsministère a Fuerschung am Kader vun PUE-Net PathoGenoMics ënnerstëtzt. Grant Nee: BMBF-0315905D. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung D'Entdeckung vun microRNAs (MiRNAs) an Opstelle vun hirer Roll an molekulare Weeër huet e grousse Viraus zu molekulare Biologie bruecht [1] [2]. Dës kleng Net-coding RNAs aus vun ~ 22bp implizéiert an Post-transcriptional Regulatioun vun der Gentherapie Ausdrock. MiRNAs sinn déi héich Stabilitéit vun der biologescher Echantillon nees dës Molekülle eng attraktiv Zilscheif vun uweist Fuerschung Terrain charakteriséiert [3] [4]. Aktueller Beweiser weist dass miRNAs am groussen carcinogenesis Weeër Équipe ginn [5]. Virdrun Studien hunn bekannt ginn dass Dereguléierung vum miRNAs quasi zu all gréisser Zorte vu Kriibs existeiert [5] [6]. Doriwwer eraus, hunn miRNAs engem diagnostic oder prognostic Roll ze hunn dës Distanz an och potentiell Medeziner Implikatioune fir cibléiert Gentherapie zu Kriibs Patienten [7] [8]. VerfÜgung D'Heefegkeet vun gastric Kriibs (GC) am westlechen Länner huet de leschte Joerzéngten Fro iwwer; dës Zort vu Kriibs awer, Konte nach fir bal eng Millioun vun neie Krankheet Fäll weltwäit an dréit eng ganz héich veruerteelt Taux [9]. Rezent Fuerschung op GC huet vill nei Abléck an der pathogenesis vun dëser malignancy verroden. Trotzdem, déi genee Mechanismen vun malignant Transformatioun vun Helicobacter pylori VerfÜgung ( H VerfÜgung. pylori VerfÜgung) Wonn ze chronescher atrophic gastritis, intestinal metaplasia an GC ass nach ganz wéineg verstan [10 ]. Aktuell Hypothes vun GC Entwécklung implizéiert kombinéiert Auswierkunge vun bakteriell, Provider a muss Faktoren; awer, zu Datum, proposéiert dës Theorie ganz wéineg klinesch Toun respektiv Implikatioune [11]. D'Majoritéit vun GC Fäll sinn am spéiden Etappe vun der Krankheet diagnostizéiert, déi mat aarmséileg Patient Resultater verbonnen ass. Dofir, eng vun de groussen axéiert op GC Fuerschung ass d'Evaluatioun vun Potential molekulare biomarkers datt fir fréi Net-invasiv Diagnos vun dëser malignancy benotzt ginn hätt. VerfÜgung Déi enorm wichteg Roll vun miRNAs am GC ass an verschidden Etüden dës [12]. Volinia et al. hunn ee vun den éischten miRNA Ausdrock Profiler am GC Otemschwieregkeeten gëtt eng spezifesch Dereguléierung Muster [13] weisen. Weider Etuden hunn och däitlech Dereguléierung vum miRNAs gemellt Zougehéieregkeet zu Mir-17, Mir-21, Mir-223, Mir-135 a villen anere Famillen. Dorënner gemellt Studien am GC Stoffer, Mir-21, Mir-25, Mir-92, Mir-223 huet de meeschte konsequent miRNAs up-reegelen, iwwerdeems Mir-375 an Mir-148 am meeschte konsequent sech verwandelt-reegelen [14] [ ,,,0],15] [16]. Déi meescht vun dëse Studien hunn um miRNA Profil an Patienten mat GC a vläit bascht normal gastric mucosa [14] ausgesinn. Wichteg Studie berichten iwwer propedeutësch miRNAs sinn schon am Grondsteen vun gastric carcinogenesis dorënner H VerfÜgung dereguléierte. pylori VerfÜgung gastritis an premalignant Etappe vun gastric atrophy an intestinal metaplasia [17] [18]. Spannen, hunn e puer vun miRNAs Géigendeel Dereguléierung Richtungen an der Präsenz vun GC, als separat profiling Studien ënnert dereguléierte miRNAs bedeitendst anner weisen [14]. Mir-9 gouf fonnt an zwou Etuden an-regulariséiert ginn [15] [19], während zwou aner Aarbechten awer bedeitend erof-Regulatioun vun dëser miRNA am GC Stoffer [13] [20]. Dës Vigel iwwert Géigendeel Dereguléierung Resultater Mir-9 a vill aner miRNAs sinn héchstwahrscheinlech an Präparaten Lag vun der GC zu Differenzen Hausnummeren, histological subtype, Krankheet Etapp, profiling Quaien, statistesch Analyse a vill aner potentiell confounding Facteuren. Nieft, Cover d'Majoritéit vun den aktuelle publizéiert Etuden op miRNA Profil an GC Stoffer Sujeten aus asiatesch Länner; Tëschenzäit, Daten iwwert europäesch GC Patienten ass nach knapp [21]. VerfÜgung D'Zil vun eiser presentéieren Etude war miRNA Profil an GC Stoffer ze bestëmmen an dat bis den normal gesond gastric mucosa vergläichen breet duerginn miRNA TaqMan niddreg Dicht benotzt flamenden Ofgrond. Am weideren Analyse, fir mir eis profiling Resultater an Otemschwieregkeeten a Plasma vun enger grousser Grupp vun GC Patienten a gesond Kontrollen vun europäeschen Franzous ze validéieren. Terme, évaluéiert mir d'Potential Zil- Genen vun miRNA differentially ausgedréckt bestätegt an standing Krankheet-Associatioun Gentherapie Beräicherung Analyse vun hirem Ziel Genen. VerfÜgung IFLA- Ausso VerfÜgung D' Etude vun der Kaunas Regional Biomedical Research IFLA- Comité (Protokoll Nee BE-2-10) abruecht huet. All Patienten ënnerschriwwen eng Awëllegung Form vun der Etude fir matzemaachen. VerfÜgung Sécuritéit Populatioun VerfÜgung Ray uplanzen sech tëscht 2011 an 2014 am Beräicher vun Gastroenterology a befënnt, Hospital vun litauescher Universitéit vu Gesondheet Sciences elo gesammelt (Kaunas, Litauen). D'Etude abegraff Ganzen 51 Kontroll Sujeten an 51 GC Patienten, déi an der profiling (GC, n = 13; Kontrollen, n = 12) ënnerdeelt waren an Confirmatioun cohorts (GC, n = 38; Kontrollen, n = 39). All Sujeten waren vun europäeschen Ofstamung. Gastric Fro Echantillon waren aus antral Deel vun de Mo. aus Kontroll Sujeten kritt déi fir iewescht gi endoscopy bezeechent goufen wéinst dyspeptic Symptomer an hat kee virdrun Geschicht vun malignancy. GC Otemschwieregkeeten uplanzen sech aus chirurgesch uplanzen direkt no resection vu Patienten amgaang Primärschoul Agrëff fir GC mat kee preoperative irradiation an Chimiotherapie kritt. Gastric adenocarcinoma am GC Patienten war vun Histologie Fra a kleng laut Lauren an diffusen an intestinal Zorte [22]. H VerfÜgung. pylori VerfÜgung Zoustand war am GC a Kontroll Sujeten benotzt indirekt Elisa évaluéieren d'serum-spezifesch IgG antigen (Virion /Serion GmbH, Wünrzburg, Däitschland) ze entdecken. Séminairen a agebousst Charakteristiken vun de Patient cohorts dorënner Alter, Geschlecht a Krankheet Etapp sinn zu Table 1. VerfÜgung zesummegefaasst Ray Prouf Virbereedung an RNS Extraktioun VerfÜgung Gastric Otemschwieregkeeten Echantillon waren am RNAlater (Ambion, Austin gespäichert , Suerge, USA) zu + 4 ° C an 24 Stonnen méi spéit bei -80 ° C gespäichert. 30 mg vun Otemschwieregkeeten war zu steril Conditioun ier total RNS Isolatioun mat mirVana miRNA Isolatioun Kit (Ambion, Austin, Suerge, USA) fir profiling studéieren an miRNeasy Mini Kit (QIAGEN, Valencia, CA, USA) fir Confirmatioun studéieren, no der homogenized Producteure 'opfuerderen. D'Qualitéit vun den RNS war mat der Nanodrop 2000 spectrophotometer (Thermo Wëssenschaftlech, USA) évaluéieren. Qualitative Ënnersiche vun RNS Integritéit war vun electrophoresis op agarose gelies (5%) gesuergt. VerfÜgung Plasma Prouf Virbereedung an RNS Extraktioun VerfÜgung Plasma Echantillon sech aus gesondheetleche Patienten an Patienten mat GC gesammelt. D'miRNA Ausdrock zu Plasma Kohort bestoung aus Plasma Echantillon vun 38 gastric Kriibs Patienten an 39 gesond Fräiwëlleger. Schwächt Blutt war an héich anticoagulation Vakuum iech gesammelt a war bei 3500 Ziichter fir 15 min bei Raumtemperatur centrifuged; getrennt Plasma war an 1,5 ml Krunn transferéiert an zu engem -80 ° C am Frigo fir kuerzfristeg Stockage gesat. Kleng RNAs sech aus 200 μl vu Plasma verdeelt, andeems de Kit miRNeasy Serum /Plasma Quecksëlwer (QIAGEN, Valencia, CA, USA) als pro Fabrikant d'Instruktioune. VerfÜgung MiRNA profiling der TaqMan Low-Densitéit Singular benotzt VerfÜgung MiRNA profiling war mat der TaqMan Singular Mënscherechter MiRNA Card a v2.1 standing déi 377 mënschlech miRNAs zu miRBase v20 katalogiséiert ze ofgedonkelt aktivéiert [23]. Kuerz, war am Ufank 350 NG vun insgesamt RNS ausserdeem Géigendeel war de Megaplex RT benotzt Formatioun Pool A Versioun 2.1 (Obwuel Biosystems, Karlsbad, Kalifornien, USA) an 800 μl vun cDNA Produit dann op der TaqMan Singular Mënscherechter MiRNA Card iwwerlaascht an op der Course ViiA 7 Real-Time Hinnen alleguer System (Obwuel Biosystems). Primärschoul Analyse gouf benotzt gemaach ViiA 7 Software (Obwuel Biosystems) ze kréien Ausdrock vun Conditioune vun CT. Donnéeën Analyse huet mat Bioconductor HTqPCR Pak standing [24]. MiRNAs mat engem CT Wäert > 37 waren unamplified considéréiert. MiRNAs deen zu méi wéi 25% vun Echantillon net Implikatioune huet sech Gedanke gemaach ginn lowly ausgedréckt, an duerfir, aus weider Analyse ausgeschloss. MiRNA Ausdrock Donnéeën war mat Rang Fuerschung normalization normalized. NormFinder an geNorm algorithms sech benotzt eng Referenz Gentherapie aus TLDA Daten fir Confirmatioun studéieren ze identifizéieren [25]. Laut der algorithms Mir-127-3p zougedréckt niddregsten CT Varianz a gouf als Referenz Gentherapie fir d'Confirmatioun studéieren an dëse Match gaangen. Rezent Studie weisen dass d'Ausdrock Niveau vun RNU6A an e puer aner kleng nuklear RNAs kéint zu bestëmmte Stoffer a Konditiounen stabil ginn a kann net als bescht Referenz Genen [26] [27] [28] [29] déngen. Eng rezent Publikatioun huet och Mir-127-3p als gudde Kandidat fir Referenzmaterial Gentherapie Auswiel [30]. VerfÜgung Chemeschen ëmgedréint Transkriptiouns polymerase Kette Reaktioune (qRT-Hinnen alleguer) VerfÜgung Réckproduktioun Transkriptiouns (RT identifizéiert ) Reaktioune waren benotzt TaqMan miRNA Réckproduktioun Transkriptioun Kit (Obwuel Biosystems, Karlsbad, Kalifornien, USA) an miRNA-spezifesch RT Desaccord-Glück primers (Obwuel Biosystems, Karlsbad, Kalifornien, USA) gesuergt. Singleplex Reaktioune waren an engem Volume vun 7.5 μL duerchgefouert. All Reaktioun aus 2,08 μL nuclease gratis Waasser, 0,74 μL 10 × RT Prellbock, 0,08 μL dNTPs (100 mm), 1,5 μL 5 × miRNA-spezifesch RT primers, 0,1 μL RNase inhibitor, 0,5 μL Multiscribe Réckproduktioun Transcriptase an enger fester Volume vun miRNA Schablounen (2,5 μL). 16 ° C fir 30 min, 42 ° C fir 45 min an 85 ° C an 5 min, gefollegt vun engem Maustast bei 4 ° C VerfÜgung TaqMan real: RT huet zu enger thermocycler ënnert dëse Konditiounen higeriicht. hut Hinnen alleguer Reaktioune waren am zweete Reaktioune vu 6,25 μL TaqMan 2 × Universal Hinnen alleguer Master Mix mat Nee AmpErase UNG (Obwuel Biosystems, Karlsbad, Kalifornien, USA) 0.625 μL 20 × miRNA-spezifesch primer an Studiebäihëllefe Mix vun der TaqMan miRNA Assay Kit gesuergt (Obwuel Biosystems, Karlsbad, Kalifornien, USA), 3 μL vun de Géigendeel Transkriptiouns Produit an 2,625 μL nuclease gratis Waasser. 95 ° C fir 10 min, an dann 40 Zykle vun 95 ° C fir 15 Spiller, 60: RT-Hinnen alleguer huet andems en 7500 Fast Real-Time Hinnen alleguer System (Obwuel Biosystems, Karlsbad, Kalifornien, USA) ënnert dëse Konditiounen duerchgefouert ° C fir 60 Spiller, déi eng Emprise op 4 ° C gefollegt. All Prouf war am zweete Course. D'Date goufen mat automatesch Astellungen analyséiert d'baseline fir dorop, an der Moyenne CT a Fils Wäerter waren berechent. Den Ausdrock Niveau vun miRNA am Otemschwieregkeeten war bis Mir-127-3p normalized an der Ausdrock Niveau vun Plasma normalized war bis kann awer och sin-Mir-16-5p. D'Resultater goufen mat der ΔΔCT Method [31] berechent. D'Date goufen mat automatesch Astellungen analyséiert d'baseline fir dorop, an der Moyenne CT a Fils Wäerter waren berechent. VerfÜgung cDNA fir BCL2 VerfÜgung a DNMT3B VerfÜgung Gentherapie Ausdrock Analyse war Wierderbuch aus 500 NG vun RNS engem High-Kapazitéit cDNA Réckproduktioun Transkriptioun Kit (Obwuel Biosystems, Karlsbad, Kalifornien, USA) benotzt. Singleplex Reaktioune waren an engem Volume vun 7,5 μL duerchgefouert. All Reaktioun aus 2.1 μL nuclease gratis Waasser, 1 μL 10 × RT Prellbock, 0,4 μL dNTPs (100 mm), 1 μL 10 × RT Zoufall primers, 0,5 μL Multiscribe Réckproduktioun Transcriptase an enger fester Volume vun miRNA Skelett (2,5 μL). RT-Hinnen alleguer gouf zu engem thermocycler ënnert dëse Konditiounen higeriicht: 25 ° C fir 10 min, 37 ° C fir 120 min an 85 ° C an 5 min, duerch eng Emprise op 4 ° C gefollegt. Ier Echantillonen qPCR cDNA verdënntem huet 1: 1 mat nuclease gratis Waasser an 2 μl zu 10,5 μl RT-qPCR Reaktioune zesumme mat 6,25 μl 2x TaqMan Fast Universal Master Mëschung (Life Technologies, Karlsbad, Kalifornien, USA) benotzt, 0,625 μl 20x TaqMan Gene Expression Assay (Life Technologies, Karlsbad, Kalifornien, USA) an 3,625 μl steril Waasser. RT-qPCR assays sech zu triplicate op engem 7900HT Fast Real-Time Hinnen alleguer System (Obwuel Biosystems, Karlsbad, Kalifornien, USA) ënnert dëse Konditiounen lafen: 95 ° C fir 10 min, an dann 40 Zykle vun 95 ° C fir 15 ass, 60 ° C fir 60 Spiller, déi eng Emprise op 4 ° C gefollegt. Den Ausdrock Niveau vun BCL2 VerfÜgung a DNMT3B VerfÜgung am Otemschwieregkeeten war normalized zu ACTB VerfÜgung. VerfÜgung Target Gentherapie Reseau Analyse VerfÜgung D' Lëschte vun validéiert Zil- Genen vun de Kandidat miRNAs sech aus miRTarbase v4.5 (mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw) an miRecords v4.0 (mirecords.biolead.org) Datebank kritt. Gene-Krankheet association Date goufen aus der DisGeNET Datebank Sensor (http://www.disgenet.org/). Fir GC-verbonne Genen ze identifizéieren, de Begrëff "gastric adenocarcinoma" (umls: C0278701) war den fonktionnéiert fir d'Datebank benotzt. Biologesch Netzwierker huet mat Cytoscape v3.2 geschaf Open-Source Software mat CyTargetLinker Applikatioun [32]. VerfÜgung statistique Analyse VerfÜgung D'Medeziner Charakteristiken tëschent Gruppe waren am Verglach mat der χ VerfÜgung 2 Test an genau Test fir qualitative Daten, an T-Test fir grouss Daten d'Fisher. D'TLDA Donnéeën war t-Test an Benjamini Hochberg Verbesserung fir d 'falsch Entdeckung Taux esou datt Ënnerscheed Ausdrock war considéréiert gin wesentleche mat engem p &Si besteet analyséiert benotzt; 0,01. D'Daten war mat Rang Fuerschung normalization normalized [33] an analyséiert d'HTqPCR Pak benotzt. D'Confirmatioun a Plasma qPCR Ausdrock Donnéeën war mat nonparametric Mann-Whitney U-Test analyséiert. A Benjamini Hochberg seng p &Si besteet; 0,05 war als statistesch relevant ze ginn. Fir qRT-Hinnen alleguer Donnéeën, déi relativ Ausdrock Niveau vun all Zil- miRNA (Log2 relativ Niveau) huet no der Differenz vun CT Wäerter tëscht der Zil- miRNAs an Mir-127-3p an Otemschwieregkeeten Echantillonen an Mir-16-5p zu Plasma Echantillon berechent (ΔCT) [34]. Hypergeometric Test war fir GC-verbonne Zil- Beräicherung Analyse benotzt. A Receiver charakteristesche (ROC) rop Fonctionnementskäschten war fir all miRNA benotzt ΔCT Daten entsteet. Der Géigend ënner rop (AUC) Wäert an 95% Vertraue Intervalle (CI) waren berechent d'Spezifizitéit an Sensibilitéit ze bestëmmen. Fir diagnostic Wäert vun kombinéiert Ännerungen an Plasma miRNA Niveauen analyséieren, déi univariate Gentherapie Ausdrock Duerchschnëtt sind benotzt gouf [35]. ROC Kéiren benotzt generéiert ROCR Pak [36]. All Donnéeën analyséiert goufen benotzt R Versioun 3.1.1 Software gesuergt. VerfÜgung MiRNA Ausdrock profiling vun GC a gesond gastric mucosa Otemschwieregkeeten vun TLDA VerfÜgung TaqMan Mënscherechter miRNA Low-Densitéit vill Analyse war standing zu Kandidat miRNAs suer- verännert Ausdrock vun gastric Kriibs Otemschwieregkeeten z'identifizéieren. Ray miRNA Profiler vun GC Patienten sech mat Profiler vun gastric mucosa aus gesond Persounen Verglach. No Filter fir niddereg räich miRNAs (CT Wäert > 37 an Net-Magnéitfeld an iwwer 25% vun Echantillon), eng Formatioun vun 193 miRNAs (vun insgesamt 377) bleift fir weider analyséiert. E Verglach vum kriibserreegend versus normal Otemschwieregkeeten identifizéiert 15 differentially miRNAs ausgedréckt, 7 vun deem weider-regulariséiert goufen an 8 sech verwandelt-reglementéiert mat FDR seng p-Wäert &Si besteet; 0,01 a fantastesch änneren > 2 (Table 2). Resultater sinn an de Vulkan Komplott (Lalumi 1) bewisen. Dorënner, 6 miRNAs (Mir-135a-5p, Mir-148a-3p, Mir-204-5p, Mir-375, Mir-223-3p an Mir-155-5p), der héchster Bedeitung weisen an änneren Wäerter fantastesch, sech fir d'Confirmatioun Etude ausgewielt. Hierarchie Käre ënner ausgeet Distanz vun ausgewielt miRNA normalized Ausdrock Donnéeën réischt zwou subgroups: ee fir d'Kontroll Grupp entspriechend an der zweeter Prinzip bis de Patient Grupp entspriechend. (Lalumi 2). VerfÜgung MiRNA Confirmatioun vun GC a gesond Otemschwieregkeeten gastric mucosa mat qRT-Hinnen alleguer VerfÜgung Déi sechs Kandidaten ausgewielt miRNAs fir Kontrollen waren qRT-Hinnen alleguer laachen benotzt. Fir Referenzmaterial Gentherapie Auswiel war d'TLDA Date mat zwou verschiddene algorithms (NormFinder an geNorm) analyséiert ze referenzéieren Genen z'identifizéieren. Mir-127-3p zougedréckt héchste Ausdrock Stabilitéit um ganze all vun den Echantillon vun TLDA Daten a well vun dëser Fonktioun Mir-127-3p war als Referenz Gentherapie gewielt ze qPCR Donnéeën normaliséieren. Den Ausdrock Niveau vun Mir-148a-3p, Mir-204-5p, Mir-223-3p an Mir-375 zougedréckt groussen Ënnerscheed Ausdrock an déi selwecht Richtung wéi an der Entdeckung studéieren (FDR seng p &Si besteet; 0,05), iwwerdeems kee groussen Differenzen sech an der Ausdrock Niveau vun Mir-135a-5p an Mir-155-5p fonnt (FDR p > ugepasst; 0,05; Lalumi 3) VerfÜgung Plasma miRNAs als potentiell biomarkers fir gastric Kriibs VerfÜgung dës Target Gentherapie Cepheid VerfÜgung weider Fir d'méiglech Ziler vum Mir-148a-3p, Mir-204-5p, Mir-223- ermëttelen 3p an Mir-375, all hir experimentally miRNA-Zil- Interaktioune validéiert goufen aus zwee verschiddenen Datebanke (miRTarbase an miRecords) kritt. D'Daten war zu Cytoscape als eng biologesch Reseau visualized all vun der ernimmt miRNAs an hir Zil- Interaktioune (Lalumi 5) mat. All Interaktioun an d'Netz bestoung vun zwee Wirbelen, e reglementaresche miRNA Node (rout) an engem Zil- mRNA Node (rosa) verbonnen duerch eng ausernee Rand. Am Allgemengen, dorënner de Reseau 593 Ziler validéiert, dovunner 419 unerkannten Mir-375, 88 unerkannten Mir-204-5p, 83 unerkannten Mir-148a-3p an 21 unerkannten Mir-223-3p. D'Netz Analyse Teamchef Mir-148a-3p an Mir-375 hu sechs gemeinsam Ziler (MPP5, DNMT3B, PAPD4, RASSF8, PBXIP1 an RAB10), Mir-204-5p an Mir-375 och sechs gemeinsam Ziler (SERP1 haten, CTSC , EFNB2, HSP90AA1, TCF12 an IL1RAP), Mir-148a-3p an Mir-204-5p haten zwee gedeelt Ziler (AURKB an CDC25B), Mir-223-3p an Mir-148a-3p haten och zwou gemeinsam Ziler (HSP90B1 an IRS1), Mir-223-3p an Mir-375 huet eng gemeinsam Zil (PARP1) an Mir-148a-3p, Mir-204-5p an Mir-375 huet och eng gemeinsam Zil (BCL2). Target Genen déi gläichzäiteg déi zwou oder dräi miRNAs reglementéiert waren si zu orange a gréng Faarwen vertrueden, bzw. (Lalumi 5). VerfÜgung Genau-verbonne Gentherapie Beräicherung Analyse VerfÜgung An fir ob der Krankheet ze identifizéieren -associated Genen huet an eiser Formatioun vun miRNA Ziler däitlech beräichert, war Beräicherung Analyse gesuergt. Éischt, war d'Gentherapie Lëscht vun DisGeNet Datebank Sensor. Wéi fonktionnéiert fir d'Datebank benotzt mir de Begrëff "gastric adenocarcinoma" (umls: C0149826). miRNA, lncRNA an Genen no Filter aus deenen net an miRTarbase an miRecords waren, goufen 115 Genen identifizéiert mat GC verbonne ginn. An der Reseau Analyse 20 vun GC-verbonne Genen huet overlapped, 4 (BCL10, YAP1, IGFBP3 an JAG1) vun hinnen ze Mir-375 zougewisen, 6 (IL8, MMP9, IL1B, CDX2, SERPINE1 an SPARC) unerkannten Mir-204 -5p, 4 (CDKN1B, APC, NR1I2 an CCKBR) unerkannten Mir-148a-3p an 2 (STMN1 an IGF1R) unerkannten Mir-223-3p. Target Genen déi mam GC verbonne waren si zu blo (Lalumi 5) vertrueden. Endlech, Krankheet-verbonne Gentherapie Beräicherung Analyse huet e hypergeometric Verdeelung-baséiert Test standing benotzt déi konstant Nerve ob d'Zuel vun de GC-verbonne Genen grouss ass wéi an der Formatioun vum Zil- Genen vun ausgewielt miRNAs erwaart. Beräicherung Analyse Teamchef GC-verbonne Genen huet vill iwwer-representéiert (p &Si besteet; 0,05) an Mir-148a-3p, Mir-204-5p an Mir-223-3p, iwwerdeems kee groussen Beräicherung a Mir-375 Zil- Genen observéiert gouf (p > 0,05) (Table 3) VerfÜgung BCL2 VerfÜgung a DNMT3B VerfÜgung iwwer-Ausdrock an ëmgedréit, et gesäit Korrelatioun mat miRNAs zu gastric Kriibs Stoffer gezielt VerfÜgung verännert miRNA Ausdrock Profiler hunn. schonn am GC Otemschwieregkeeten a Blutt Echantillon [13] [20] [14] [38] gemellt. Verschidde vun dëse dereguléierte miRNAs gewiescht mat Iwwerliewe, metastatic Behuele vun entholl an aner clinicopathological Charakteristike vun GC [39] [40] verbonnen. Doriwwer eraus, hunn miRNAs dës entholl Wuesstem ze regléieren vum nächste Prolifératioun, Haftung, Iwwerfall a Migratioun zu GC Zell Linnen [41]. Méi wichteg, Zil- Genen vun dereguléierte miRNAs am GC sinn zu apoptosis, Zell Zyklus an aner wichteg carcinogenesis Weeër [12] Équipe. Dofir, Enquête vun miRNAs an hiren Potential Zil- Genen am GC vläicht fir Weiderentwécklung vun wichteg diagnostic a Behandlung Alternativen déngen. Et ass evident, datt miRNAs grouss Prioritéit vun gastric carcinogenesis sinn, mä mir feelen nach genee Donnéeën iwwert d'Mechanismussen an Potential Medeziner Programmer vun deene Molekülle an GC. VerfÜgung Eis presentéieren Etude fir de Profil vun dereguléierte miRNAs am GC ze bestëmmen Stoffer, Bewäert hinnen zu Plasma Echantillon a Potential Zil- Genen vun dereguléierte miRNAs ze diskutéieren. Benotzt TaqMan miRNA TLDA Kaarten, opmierksam 377 miRNAs primers, fonnt mir 15 differentially ausgedréckt miRNAs tëscht kriibserreegend GC a gesond gastric Stoffer. Eight miRNAs sech verwandelt-reegelen (loosse-7A-5p, loosse-7g-5p, Mir-26b-5p, Mir-30b-5p, Mir-135a-5p, Mir-148a-3p, Mir-204-5p, Mir -375), während siwen miRNAs sech weider-reegelen (Mir-146b-5p, Mir-155-5p, Mir-214-3p, Mir-223-3p, Mir-224-5p, Mir-331-3p an miR- 484). Eis profiling Resultater puer vun den Toast dereguléierte miRNAs net opgedeckt, déi virdrun am Rapport schonn an anere Studien dereguléierte ginn, dorënner Mir-21-5p, Mir-25-3p, Mir-92a-3p, Mir-29c-3p, an anerer [15] [19] [14]. Eng vun de méiglechen Ursaache fir dës vermësst miRNAs kéint mat ganz strikt statistesch Critèren verbonne ginn, déi fir TLDA Analyse vun eiser Donnéeën applizéiert goufen (FDR seng p-Wäert &Si besteet; 0,01 a fantastesch änneren > 2). Doriwwer eraus, kéint aus Differenzen an Präparaten Lag vun der Mo histological subtype, statistesch Analyse Resultat puer Niveau vun Ënnerscheeder an miRNA Resultater ënnert de Studien profiling an allem profiling Methoden [18]. Eng Etude vun Mestdagh et al. weist, datt verschidde Quaien vun miRNA profiling verschiddene erkennen Tariffer hunn, Spezifizitéit an reproducibility, an datt déi gëeegent Plattform op der Basis vun der experimentell Kader an der spezifesch Recherche Froen (Mestdagh et al., 2014) gewielt ginn. VerfÜgung an der zweeter Etapp vun eiser Etude mir benotzt qRT-Hinnen alleguer am Gedächtnis Kohort anerem sechs stäerkste dereguléierte miRNAs aus der profiling Phase (mir-135a-5p, mir-148a-3p, mir-155-5p, mir-204-5p , Mir-223-3p an Mir-375). Mir weisen dass Mir-148a-3p, Mir-204-5p, Mir-223-3p an Mir-375 huet tëscht normal a kriibserreegend GC Stoffer konsequent dereguléierte. D'Resultater vun eise Gedächtnis Kohort sinn déi virdrun Rapporten ënnerstëtzt. Puer Studie berichten iwwer propedeutësch Mir-148a-3p bedeitend an GC Zell Linnen an Otemschwieregkeeten Echantillon am Verglach zu der bascht normal Stoffer verwandelt-gereegelt gouf [42] [43]. Low Ausdrock Niveau vun Mir-375 huet och déi Studien gemellt, hypothesizing dass Mir-375 mat gastric carcinogenesis verbonne war, [44] [16]. Mir identifizéiert dass Mir-223-3p war vill weider-reglementéiert GC Otemschwieregkeeten Verglach zu normal Otemschwieregkeeten, wéi déi e puer virdrun Rapporten ugeholl [15] [19]. Mir-204-5p ass manner oft Rapport GC miRNA Studien profiling; allerdéngs, sinn eis Resultater an Linn mat enger viregter Etude déi bedeitendst verwandelt-Regulatioun vun dëser miRNA am GC Otemschwieregkeeten an GC Zell Linnen zougedréckt [45]. Mir-135a-5p Ausdrock niddreg zu GC Stoffer wéi zu Kontroll Sujeten; awer, war d'observéiert verwandelt-Regulatioun Trend zu virdrun Rapporten ähnlechen [15] an hunn erreecht Bedeitung mat enger méi héijer Zuel vu Leit am Gruppen néideg kéint. Et ass derwäert Virop eraus, datt mir keng Ennerscheeder fir Mir-155-5p an eiser Gedächtnis Kohort Sujeten an GC vergläichen Patienten Kontroll fonnt huet. Wahrscheinlechkeet ass dat brengt mat der Tatsaach Hausnummeren, dass, am initialen profiling Kohort, Kontroll Sujete waren H VerfÜgung. pylori VerfÜgung gratis, iwwerdeems an der Gedächtnis Formatioun, e puer vun de Kontroll Sujeten déi positiv serology fir dës Bakterie. Et ass bekannt, datt Mir-155-5p ass och zu demagogesch Weeër Équipe H VerfÜgung. pylori VerfÜgung gastritis [46]; dofir, dat kéint engem bestëmmte Westen un eise Resultater ginn. Eis Resultater sinn an der Linn virdrun Etude vun Link et al. (2015), wou den Ënnerscheed an der Expressioun vum Mir-155 zu biopsies aus GC zu Kontrollen Verglach net statistesch Bedeitung erreecht huet [18]. An der Gedächtnis Etapp vun eisem miRNA profiling Etude ausgewielt mir nëmmen sechs miRNAs, déi déi héchste biologescher Relevanz a statistesch Bedeitung huet. Mir accord datt et néideg wier bei all bedeitend dereguléierte miRNAs ze kucken an dat kéint e Potential Aufgab an weider Studien gin. VerfÜgung Fir d'Potential Roll vun differentially ausgedréckt miRNAs als biomarkers am GC ermëttelen, analyséiert mir miRNAs dereguléierte zu Plasma Echantillon. Libre miRNAs, besonnesch d'Kombinatioun vu multiple miRNAs kann, presentéieren wéi versprach biomarkers fir d'Diagnos vun gastrointestinal Cancers [21]. Eng Etude vun Zhu et al. bewisen, datt engem Rot vu fënnef miRNAs als potentiell uweist z'entdecken fréi Etapp GC [47] déngen kann. Fir Datum, gemellt miRNA Profiler am GC serum oder Plasma ënnerschiddlech gefierwt ënnert trennen Studien [21].
Aféierung VerfÜgung
spontan a Methode VerfÜgung
Resultater VerfÜgung
Diskussioun VerfÜgung
Firwat brauch ech eng Koloskopie?
Fecal Transplantatioun vu bestëmmte Spender besser wéi anerer
Et ass sécher rau Liewensmëttel fir Hausdéieren ze fidderen,
Wëssenschaftler entwéckelen eng Approche fir géint Darmentzündung ze vaccinéieren
Gutt a mëndlech Mikrobiome viraussoen der COVID-19 Gravitéit
Darmmikroben a Wasps hëllefen Pestiziden ze iwwerwannen
Fuerscher identifizéieren eng Bakterie mat Anti-SARS-CoV-2 Aktivitéit in vitro:Dolosigranulum pigrum
De schwéiere akuten Atmungssyndrom Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) huet iwwer 173.3 Millioune Leit weltwäit infizéiert. Vun dësen, eng bedeitend Minoritéit war schwéier oder kritesch, féiert zu iwwer 3.7 M
Metformin kann hëllefe leckeren Darm
En Team vu Fuerscher vun der University of California, San Diego, hunn erfollegräich Darmorganoiden an hirem Labo benotzt fir dAuswierkunge vu Medikamenter ze weisen fir Bedéngungen ze behandelen wéi
Plastik elo allgemeng a mënschlechen Hocker fonnt
Bal aacht Milliarde Tonne Plastik fënnt all Joer hire Wee an dOzeanen. Dës rieseg Quantitéit u Plastik wäscht entweder u Land oder brécht a kleng Stécker, déi manner wéi 5 Millimeter am Duerchmiesser