PLoS One: Elemzés a szabályozatlan mikroRNS és a célzott gének Gyomor- Cancer

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

A mikroRNS (miRNS) széles körben tanulmányozták, nem kódoló RNS-ek, hogy génexpresszió. MiRNS szabályozatlan különböző tumorokban, beleértve a gyomorrák (GC) és potenciális diagnosztikai és prognosztikai jelentősége. A vizsgálat célja annak megállapítása volt, miRNS profil GC szövetekben, majd értékelése szabályozatlan miRNS plazmában GC betegeknél. A rendelkezésre álló adatbázisok és bioinformatikai módszerekkel is, amelyek célja, hogy értékelje a lehetséges célgénjeit megerősítette differenciáltan expresszálódó miRNS és érvényesítse ezeket a megállapításokat GC szövetekben. Katalógusa

Módszerek katalógusa

A vizsgálatban 51 beteg GC és 51 kontroll. Kezdetben árnyékolt miRNS expressziós profil 13 szövetminta a GC-12 normál gyomor szövetek TaqMan kis sűrűségű array (TLDA). A második szakaszban, differenciálisán expresszált miRNS validálták egy replikációs kohorsz segítségével QRT-PCR szöveti és plazma mintákban. Ezt követően elemeztük potenciális célgénjeit szabályozatlan miRNS segítségével bioinformatikai megközelítés határozza meg a kifejezést GC szövetek és végzett korrelációs elemzés célzó miRNS. Katalógusa

Eredmények katalógusa

profilozni TLDA feltárt 15 szabályozatlan miRNS GC szövetek, mint a normális gyomor nyálkahártyáját. Replikációs elemzés megerősítette, hogy a miR-148a-3p, miR-204-5p, miR-223-3p és miR-375 következetesen szabályozatlan GC szövetekben. Elemzése GC betegek plazma mintákban szignifikánsan down-regulációja miR-148a-3p, miR-375 és up-reguláció miR-223-3p, mint egészséges egyénekben. Továbbá, a bioinformatikai eszközök azonosítottunk célok többszörözött miRNS és végre a betegséggel kapcsolatos gént dúsítás elemzést. Végül is értékeltük potenciális célpont gén BCL2 katalógusa és DNMT3B katalógusa kifejezés qRT-PCR GC szövetben, ami korrelál a célzási miRNS expressziós. Katalógusa

Következtetések katalógusa

a vizsgálat feltárta miRNS profil GC szövetek és kimutatta, hogy a miR-148a-3p, miR-223-3p és miR-375 szabályozatlan GC plazma mintákban, de ezek a keringő miRNS együtt viszonylag gyenge teljesítmény diagnosztikai egyedüli biomarkerek. Megcélzott gén elemzése kimutatta, hogy BCL2 katalógusa és DNMT3B katalógusa kifejezést GC szövet korrelációban vannak célzó miRNS expressziós. Katalógusa

Citation: Juzėnas S, Saltenienė V. KUPČINSKAS J, Link A , Kiudelis G, Jonaitis L, et al. (2015) elemzése szabályozatlan mikroRNS és a célzott gének gyomorrákban. PLoS ONE 10 (7): e0132327. doi: 10,1371 /journal.pone.0132327 katalógusa

Szerkesztő: Lin Zhang, a Pennsylvaniai Egyetem Orvostudományi AMERIKAI EGYESÜLT ÁLLAMOK katalógusa

Beérkezett: április 22, 2015; Elfogadva: június 13, 2015; Megjelent: július 14, 2015 katalógusa

Copyright: © 2015 Juzėnas et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra katalógusa

Az adatok elérhetősége: Minden lényeges adatot belül a papír és az azt támogató információs fájlokat. katalógusa

Forrás: Ez a munka a JK, LJ, SiJu, LK, JS támogatta az Európai Szociális Alap No. VP1-3.1-SMM-07-K-01 -156. A munka a PM által támogatott német Szövetségi Oktatási és Kutatási keretében ERA-Net PathoGenoMics. Grant No: BMBF-0315905D. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

A felfedezés mikroRNS (miRNS) és létrehozását a szerepük a molekuláris útvonalakat hozott egy hatalmas előrelépést jelent a molekuláris biológia [1] [2]. Ezek a kis nem-kódoló RNS-ek álló ~ 22bp is részt vesz annak poszt-transzkripciós génexpresszió szabályozásában. MiRNS jellemzi nagy stabilitásúak biológiai mintákban, hogy ezek a molekulák egy vonzó célpont a biomarker kutatás terén [3] [4]. Egyre több bizonyíték mutatja, hogy a miRNS-ek részt vesznek a nagy karcinogenezissel utak [5]. Korábbi tanulmányok kimutatták, hogy deregulációja miRNS fordul szinte minden nagyobb ráktípus [5] [6]. Továbbá miRNS kimutatták, hogy egy diagnosztikai vagy prognosztikai szerepét, és még lehetséges klinikai következményekkel jár a célzott génterápia rákos betegekben [7] [8].

Az előfordulási gyomorrák (GC) a nyugati országokban van csökkent az elmúlt évtizedekben; Azonban ez a fajta rák még számlák közel egymillió új betegség esetek világszerte, és hordoz egy nagyon magas halálozási arány [9]. A legújabb kutatások GC vizsgálat sok új betekintést patogenezisében ez rosszindulatú. Mindazonáltal, a pontos hatásmechanizmus malignus átalakulás Helicobacter pylori katalógusa ( H katalógusa. pylori katalógusa) fertőzés krónikus atrófiás gastritis, intestinalis metaplasia és GC még kevéssé ismert [10 ]. A jelenlegi hipotézis GC fejlesztés magában együttes hatásai a bakteriális, fogadó és táplálkozási tényezők; Azonban a mai napig, ez az elmélet arra utal, nagyon kevés klinikailag hang transzlációs következményei [11]. A legtöbb GC esetet diagnosztizálnak végén szakaszában a betegség, amely kapcsolatban van a rossz páciens eredményeket. Ezért, az egyik legfontosabb súlypontja GC kutatás az értékelés a potenciális molekuláris biomarkerek, hogy fel lehetne használni a korai nem-invazív diagnosztikai e rosszindulatú.

A döntő szerepe miRNS-ek GC kimutatták különböző vizsgálatokban [12]. Volinia et al. adtak az egyik első miRNS expressziós profilok GC szövet mutató specifikus dereguláció minta [13]. További vizsgálatok azt is bizonyították, jelentős dereguláció a miRNS tartozó miR-17, miR-21, miR-223, miR-135 és sok más család. Között jelentett vizsgálatok GC szövetekben, miR-21, miR-25, miR-92, miR-223 volt a leginkább következetesen fel szabályozott miRNS, míg a miR-375 és miR-148 volt a leginkább következetesen leszabályozott [14] [ ,,,0],15] [16]. A legtöbb ilyen tanulmány nézett miRNS profil betegeknél GC és párosítva szomszédos normál gyomornyálkahártya [14]. Fontos vizsgálatok kimutatták, hogy a miRNS-ek már szabályozatlan korai szakaszában gyomor carcinogenesis beleértve H katalógusa. pylori katalógusa gyomorhurut és a humán papillómavírus szakaszában gyomor atrófia és intestinalis metaplasia [17] [18]. Érdekes módon, néhány miRNS ellentétes dereguláció irányban jelenlétében GC, mint önálló profilozás vizsgálatok azt mutatják, jelentős inkonzisztencia között deregulált miRNS [14]. MiR-9 találták fel szabályozott két vizsgálatban [15] [19], míg a másik két papírokat mutatott szignifikáns down-regulációja ezen miRNS GC szövetekben [13] [20]. Ezek az eltérések tekintetében ellentétes dereguláció eredménye miR-9 és sok más miRNS nagy valószínűséggel kapcsolódnak különbségek anatómiai helyét a GC, szövettani altípus, a betegség stádiuma, a profil és állványok, statisztikai elemzés és sok más lehetséges zavaró tényezőket. Különben is, a legtöbb jelenleg közzétett tanulmányok miRNS profil GC szövetekben fednie az ázsiai országokban; Közben adatok az európai GC betegek még mindig kevés. [21] katalógusa

A cél a jelenlegi tanulmány volt, hogy meghatározzuk a miRNS profil GC szövetek és hasonlítsa össze a normális, egészséges gyomornyálkahártya segítségével széles lefedettség miRNS TaqMan kis sűrűségű tömbök. További elemzést, célul tűztük ki, hogy érvényesítse a profilalkotás eredményeket szöveti és plazma egy nagyobb csoportja GC betegek és egészséges kontrollok európai származású. Végül is értékelték a lehetséges célgénjeit megerősítette differenciáltan expresszálódó miRNS és végre betegségtől egyesület gén dúsítás elemzést a target gének. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

Etikai nyilatkozat katalógusa

A jóváhagyta a vizsgálatot a Kaunas Regionális Biomedical Research Etikai Bizottság (jegyzőkönyv BE-2-10). Minden beteg írásos beleegyezését formában vesz részt a vizsgálatban. Katalógusa

Study lakosság katalógusa

Tissue egyedeket prospektív között gyűjtött 2011-ben és 2014 megyék Gastroenterology and Surgery, Kórház litván University of Health Sciences (Kaunas, Litvánia). A vizsgálatban összesen 51 kontroll és 51 GC páciens, osztottuk a profil (GC, n = 13; ellenőrzések, n ​​= 12) és validációs kohorsz (GC, n = 38; ellenőrzések, n ​​= 39). A vizsgálatba bevont személyek európai származású. A gyomor biopszia mintákat vettünk antrális része a gyomor kontroll alanyok, akik átadták felső GI endoszkópia miatt emésztési tünetek és nem volt a kórtörténetben rosszindulatú. GC szövetmintából nyerték sebészeti mintákban közvetlenül a műtét után honnan átesett betegek elsődleges műtét GC nélkül preoperatív besugárzás és a kemoterápia. Gyomor adenocarcinoma GC betegeknél igazoltuk szövettan szerint osztályozott Lauren diffúz és bélrendszeri típusok [22]. H katalógusa. pylori katalógusa állapotát értékelték GC és a kontroll indirekt ELISA felismerni a szérum-specifikus IgG antigén (Virion /Serion GmbH, Wünrzburg, Németország). Klinikai és patológiai jellemzői a betegcsoportok, köztük az életkor, a nem és a betegség stádiuma -ról 1. táblázat katalógusa

Tissue minta-előkészítés és az RNS kivonását katalógusa

A gyomor szöveti mintákat tároljuk RNAlater (Ambion, Austin , TX, USA) + 4 ° C-on, és 24 órával később -80 ° C-on. 30 mg szövetet homogenizáltuk steril állapotban, mielőtt a teljes RNS izolálás Mirvana miRNS Isolation Kit (Ambion, Austin, TX, USA) profilozó tanulmány és miRNeasy Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA, USA) hitelesítési vizsgálat szerint a gyártói utasítást. A minőségi RNS-t értékelték a Nanodrop 2000 spektrofotométerrel (Thermo Scientific, USA). Kvalitatív vizsgálat RNS integritás végeztük elektroforézissel agaróz gél (5%).

Plazma minta előállítása és RNS extrahálás

plazmamintákat gyűjtöttünk egészségügyi betegek, GC. A miRNS expressziós plazmában kohort plazma mintákat 38 gyomorrákos betegek és 39 egészséges önkéntes. Vénás vért gyűjtöttünk EDTA antikoaguláns vákuumcsövek és centrifugáljuk 3500 rpm-en 15 percig, szobahőmérsékleten; elválasztott plazmát vittünk át 1,5 ml-es csövekbe és helyezzük -80 ° C hőmérsékletű fagyasztószekrényben, a rövid távú tároláshoz. Kis RNS extraháltunk 200 ul plazmát a miRNeasy szérum /plazma Kit (Qiagen, Valencia, CA, USA), mint egy a gyártó utasításai alapján.

miRNS profilozási a TaqMan alacsony sűrűségű Array

Mirna profilalkotás végeztük TaqMan Array emberi miRNS-Card v2.1, amely lehetővé tette, hogy számszerűsíteni 377 emberi miRNS katalogizálandó miRBase v20 [23]. Röviden, 350 ng teljes RNS-t kezdetben reverz transzkripció révén Megaplex RT meghatározott Pool A 2.1 verzió (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornia, USA) és 800 mikroliter cDNS-terméket ezután betöltve a TaqMan Array emberi miRNS kártya és fut a VIIa 7 Real-Time PCR System (Applied Biosystems). Elsődleges analízis segítségével végeztük VIIa 7 szoftver (Applied Biosystems), hogy kifejezése szempontjából Ct. Adatelemzés végeztük Bioconductor HTqPCR csomag [24]. MiRNS egy Ct érték > 37 tekintettük amplifikálatlan. MiRNS amiket nem amplifikáltunk több mint 25% -a mintákat tekinthető alázatos kifejezni, és ezért kizárt a további elemzést. Mirna kifejezés adatok normalizálása segítségével rangot invariáns normalizálás. NormFinder és geNorm algoritmusok segítségével azonosították a referencia gén TLDA adatok validálási vizsgálat [25]. Az algoritmusok miR-127-3p megmutatta legalacsonyabb Ct variancia és választották, mint a referencia gén a validációs vizsgálat. A legújabb tanulmányok azt mutatják, hogy az expressziós szintjét RNU6A és néhány más kisebb nukleáris RNS ingatag lehet bizonyos szövetekben és feltételek, és nem szolgálhat a legjobb referencia gén [26] [27] [28] [29]. Egy közelmúltban megjelent azonosította is miR-127-3p mint egy jó jelölt referencia gén kiválasztása [30]. Katalógusa

kvantitatív reverz transzkripciós polimeráz láncreakció (qRT-PCR) hotelben

Reverz transzkripció (RT ) reakciót végeztünk TaqMan miRNS Reverse Transcription Kit (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornia, USA) és a miRNS-specifikus RT szár-hurok primereket (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornia, USA). Singleplex reakciókat térfogatban 7,5 pl. Minden reakció tartalmazott 2,08 jil nukleáz mentes víz, 0,74 ul 10 × RT-puffert, 0,08 ul dNTP (100 mM), 1,5 ul 5 x miRNS-specifikus RT primereket, 0,1 ul RNáz inhibitor, 0,5 | il Multiscribe reverz transzkriptázt és egy rögzített térfogatú miRNS sablon (2,5 | il). RT végeztük thermocycler a következő körülmények között: 16 ° C-on 30 percig, 42 ° C-on 45 percig, majd 85 ° C-on 5 percig, majd egy hold 4 ° C-on.

TaqMan valós -time PCR-reakciókat végeztünk párhuzamos reakciók tartalmazó 6,25 jil TaqMan 2 × Universal PCR master mix No AmpErase UNG (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornia, amerikai Egyesült Államok) 0,625 jil 20 × miRNS-specifikus primer és próba mix a TaqMan miRNS Assay Kit (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornia, amerikai Egyesült Államok), 3 ul reverz transzkripciós termék és 2,625 jil nukleáz szabad vizet. RT-PCR-t hajtjuk végre egy 7500 Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornia, Amerikai Egyesült Államok) a következő körülmények között: 95 ° C-on 10 percig, majd 40 ciklus 95 ° C-on 15 s, 60 ° C-on 60 s, majd a hold 4 ° C-on. Minden mintát két párhuzamosban. Az adatok elemzését az automatikus beállítások sorolására az alapvonal és az átlagos Ct és SD értékeket számoltunk. Az expressziós szintjének miRNS a szövetben normalizáltuk miR-127-3p és az expressziós szint a plazmában normalizáltuk HSA-miR-16-5p. Az eredményeket kiszámított ΔΔCT módszer [31]. Az adatok elemzését az automatikus beállítások sorolására az alapvonal és az átlagos Ct és SD értékeket számoltunk. Katalógusa

cDNS BCL2 katalógusa és DNMT3B katalógusa génexpressziós analízist elő 500 ng RNS alkalmazásával egy nagykapacitású cDNS reverz transzkripciós Kit (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornia, USA). Singleplex reakciókat térfogatban 7,5 ul. Minden reakció tartalmazott 2.1 jil nukleáz mentes víz, 1 pl 10 × RT-puffert, 0,4 ul dNTP (100 mM), 1 pl 10 × RT random primert, 0,5 | il Multiscribe reverz transzkriptázt és egy rögzített térfogatú miRNS sablon (2,5 il). RT-PCR-t végeztünk egy thermocycler a következő körülmények között: 25 ° C 10 percig, 37 ° C-on 120 percig, és 85 ° C-on 5 percig, majd egy hold 4 ° C-on. Mielőtt qPCR cDNS mintákat hígítottuk 1: 1 nukleázzal szabad víz és 2 pl használt 10,5 ul RT-qPCR reakciók együtt 6,25 ul 2x TaqMan gyors univerzális Master Mix (Life Technologies, Carlsbad, Kalifornia, Amerikai Egyesült Államok), 0,625 ul 20x TaqMan Gene Expression Assay (Life Technologies, Carlsbad, Kalifornia, amerikai Egyesült Államok) és 3,625 ul steril vízben. RT-qPCR assay háromszoros ismétlésben futtatjuk az egy 7900HT Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystems, Carlsbad, Kalifornia, Amerikai Egyesült Államok) a következő körülmények között: 95 ° C-on 10 percig, majd 40 ciklus 95 ° C-on 15 s, 60 ° C-on 60 s, majd a hold 4 ° C-on. Az expressziós szintje BCL2 katalógusa és DNMT3B katalógusa a szövetben normalizáltuk ACTB katalógusa.

cél gén hálózati elemzés katalógusa

A listái validált célgénjeit jelölt miRNS nyerték miRTarbase v4.5 (mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw) és miRecords v4.0 (mirecords.biolead.org) adatbázisok. Gene-kór egyesület adatokat letölteni az DisGeNET adatbázis (http://www.disgenet.org/). Annak érdekében, hogy azonosítani GC-asszociált gének, a "gyomor adenokarcinóma" (umls: C0278701) használtunk lekérdezést az adatbázis. Biológiai hálózatok segítségével létrehozott Cytoscape v3.2 nyílt forráskódú szoftverek CyTargetLinker alkalmazása [32]. Katalógusa

A statisztikai elemzés katalógusa

A klinikai jellemzőit csoportok között hasonlítottuk össze a χ katalógusa 2 teszt és Fisher exact teszt kvalitatív adatok és a t-próba mennyiségi adatokat. A TLDA adatokat elemeztük t-próba és Benjamini- Hochberg korrekciót téves elfogadási arány olyan, hogy eltérő expressziója volt tekinthető jelentősnek a p < 0,01. Az adatok normalizálása segítségével rangot invariáns normalizálása [33] és elemezték a HTqPCR csomagot. Az érvényesítés és a plazma qPCR expresszió adatokat elemeztük paraméteres Mann-Whitney U-tesztet. A Benjamini- Hochberg korrigált p < 0,05 értéket tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. QRT-PCR adatok, a relatív expressziós szintjének egyes megcélzott miRNS (log2 relatív szintje) szerint számolva a különbség CT értékek között a cél miRNS és miR-127-3p szöveti minták és miR-16-5p vérmintából (ΔCT) [34]. Hipergeometrikus tesztet használtuk GC-asszociált célpont dúsítás elemzést. A vevő működési karakterisztika (ROC) görbét vettünk minden egyes miRNS segítségével ΔCT adatokat. A görbe alatti területet (AUC) értéket és a 95% -os megbízhatósági intervallumok (CI) kiszámítottuk, hogy meghatározzák a specificitás és érzékenység. Elemezni diagnosztikai értékét kombinált változás a plazma miRNS szinten, az egyváltozós génexpresszió átlagos algoritmust alkalmaztuk [35]. ROC görbéket generáltunk ROCR csomag [36]. Minden adat analízishez R változat 3.1.1 szoftver. Katalógusa

Eredmények katalógusa

A miRNS expressziós profiljának meghatározása GC és egészséges gyomornyálkahártya szöveteinek TLDA katalógusa

TaqMan emberi miRNS alacsony sűrűségű Array elemzést végeztünk azonosítani jelölt miRNS megváltoztatott expresszió gyomorrák szövetben. Tissue miRNS profilok GC betegeket összehasonlítva profilok gyomornyálkahártya egészséges egyének. Szűrés után az alacsony bőséges miRNS (Ct érték > a 37. és a nem kimutatható több mint 25% -a minta), egy sor 193 miRNS-ek (az összesen 377) maradt a további elemzéshez. Összehasonlítása rákos versus normál szövet 15 olyan differenciáltan expresszálódó miRNS, melyből 7-ig szabályozott és 8. leszabályozott FDR korrigált p-érték < 0,01 és hajtsa változás > 2 (2. táblázat). Az eredményeket mutatjuk be Ulcerációval (1. ábra). Ezek közül 6 miRNS (miR-135a-5p, miR-148a-3p, miR-204-5p, miR-375, miR-223-3p és miR-155-5p), ami a legnagyobb jelentősége, és hajtsa határértékek, választottak ki a validációs vizsgálat. Hierarchikus klaszterezés alapján euklideszi távolság kiválasztott miRNS normalizált kifejezés adatok azt igazolták, két alcsoportra: az egyik megfelel a kontrollcsoport és a második megfelelő elsősorban a betegcsoportban. (2. ábra). Katalógusa

Mirna érvényesítés GC és egészséges gyomornyálkahártya szövet qRT-PCR katalógusa

A hat jelölt miRNS ellenőrzésre kiválasztottak mennyiségi meghatározását qRT-PCR-rel. Referenciaként gén szelekciós a TLDA adatokat elemeztük két különböző algoritmusok (NormFinder és geNorm) azonosítására referencia gének. MiR-127-3p megmutatta legmagasabb expressziós stabilitását, valamennyi minta TLDA adatok, és mivel ezt a funkciót a miR-127-3p választották, mint a referencia gén normalizálni qPCR adatok. Az expressziós szinteket a miR-148a-3p, miR-204-5p, miR-223-3p és miR-375 szignifikáns eltérés expressziót azonos irányba, mint a felfedezés vizsgálatban (FDR korrigált p < 0,05), míg nincs jelentős különbségeket mutattunk expressziós szintjét miR-135a-5p és miR-155-5p (FDR korrigált p > 0,05; 3. ábra). katalógusa

plazma miRNS potenciális biomarkerek gyomorrák katalógusa

a GC szövet validált miR-148a-3p, miR-204-5p, miR-223-3p és miR-375 választottunk ki a további elemzés a vérmintából. A relatív szintje a jelölt mRNS-ek az egyes mintákban határoztuk meg QRT-PCR (3. ábra). A miR-16-5p használtuk az endogén kontroll normalizálására expressziós szintjét jelölt miRNS. A mai napig a vita a válogatott legmegfelelőbb referencia gének miRNS profil vizsgálatok folyamatban van. Hagyományosan használt kis nukleáris RNS (RNU6A, RNU44, RNU48 és mások) lehet instabil a plazmában, és vezessen be elfogultságot a kísérletben. Végeztünk alapos szakirodalmi elemzés kiválasztása előtt miR-16-5p referenciaként gént. Korábbi tanulmányok már azonosított miR-16-5p endogén kontroll miRNS, ami szolgálhat pontos referencia gén miatt a relatív stabil expressziós szintje a szérumban [37] [21]. Az expressziós szintje miR-148a-3p és miR-375 szignifikáns leszabályozza a GC plazmában; míg a miR-223-3p szignifikánsan felülszabályozott (FDR korrigált p < 0,05). Nem volt szignifikáns különbség volt kimutatható expressziós szintjét miR-204-5p (3. ábra). Annak vizsgálatára, a jellemzői eltérően expresszált miRNS mint potenciális biomarkerek a GC, a ROC görbe analízist végeztünk. A ROC görbék a miR-148a-3p, miR-375 és miR-223-3p megmutatta AUC értéke 0,349 (95% CI, 0,289-0,408), 0,32 (95% CI, 0,261-0,377) és 0,671 (95% CI , 0,614-0,731), illetve (4. ábra). Az egyváltozós génexpressziós átlagos elemzés a alulszabályozott miR-148a-3p és miR-375, a kapott ROC görbe volt AUC értéke 0,711 (95% CI 0,657-0,769), ami megfelel a mérsékelt elválasztása GC és kontroll minták (lásd 4. ábra). Sajátosságait és érzékenységét jelölt miRNS ábrán láthatók 4. katalógusa

cél gén becslés katalógusa

Ahhoz, hogy tovább vizsgálja a lehetséges célpontjai miR-148a-3p, miR-204-5p, miR-223- 3p és miR-375, minden a kísérletileg validált miRNS-target kölcsönhatások kaptuk, két különböző adatbázisok (miRTarbase és miRecords). Az adatokat láthatóvá Cytoscape mint biológiai tartalmazó hálózat összes említett miRNS-ek és a megcélzott kölcsönhatások (5. ábra). Minden interakció a hálózat állt két csomópont, egy szabályozó miRNS csomópont (piros) és a cél-mRNS-csomópont (rózsaszín) keresztül csatlakozik egy irányított él. Összességében, a hálózat foglalt 593 validált célokat, 419 közülük rendelt miR-375, 88 rendelt miR-204-5p, 83 rendelt miR-148a-3p és 21. rendelt miR-223-3p. A hálózati elemzés kimutatta, hogy a miR-148a-3p és miR-375 már hat közös célok (MPP5, DNMT3B, PAPD4, RASSF8, PBXIP1 és RAB10), miR-204-5p és miR-375 is volt hat közös célok (SERP1, CTSC , EFNB2, HSP90AA1, TCF12 és IL1RAP), miR-148a-3p és miR-204-5p két közös célok (AURKB és cdc25B), miR-223-3p és miR-148a-3p is volt két közös célok (HSP90B1 és IRS1), miR-223-3p és miR-375 volt egy közös cél (PARP1) és miR-148a-3p, miR-204-5p és miR-375 is volt egy közös cél (BCL2). Cél gének szabályozták egyszerre két vagy három miRNS képviselteti narancs és zöld színekben, illetve (5. ábra). Katalógusa

betegséggel kapcsolatos gént dúsító elemzés katalógusa

Annak érdekében, hogy azonosítsa, hogy a betegség -asszociált géneket jelentősen feldúsult a sor miRNS célok, dúsító analízist végeztünk. Először is, a gén lista kivettük DisGeNet adatbázisban. A lekérdezés az adatbázis használtuk a "gyomor adenokarcinóma" (umls: C0149826). Kiszűrve miRNS, lncRNA és a gének, amelyek nem voltak miRTarbase és miRecords, 115 gént azonosítottunk, hogy részt GC. A hálózat analízis 20. GC-asszociált gének egymást, 4 (BCL10, YAP1, IGFBP3 és JAG1) közülük rendelt miR-375, 6 (IL-8, MMP9, IL1B, CDX2, SERPINE1 és SPARC) rendelt miR-204 -5p, 4 (CDKN1B, APC, NR1I2 és CCKBR) rendelt miR-148a-3p és 2 (STMN1 és IGF1R) rendelt miR-223-3p. Cél gének kapcsolatban voltak GC képviselteti kék (5. ábra). Végül, a betegséggel asszociált gén dúsítás elemzést végeztünk hipergeometrikus eloszlás-alapú vizsgálat, amely vezetett annak értékelésére, hogy a száma GC-asszociált gének nagyobb, mint várható a halmaza célgének kiválasztott miRNS. Gazdagodás elemzés kimutatta, hogy a GC-asszociált gének szignifikánsan felülreprezentáltak (p < 0,05) miR-148a-3p, miR-204-5p és miR-223-3p, míg nincs jelentős dúsítás volt megfigyelhető a miR-375 célgének (p > 0,05) (3. táblázat). katalógusa

BCL2 katalógusa és DNMT3B katalógusa túlzott kifejeződése és inverz korrelációt célzó miRNS gyomorrákban szövetek katalógusa

A bioinformatikai szűrés lehetséges miRNS meghatározott célok BCL2 katalógusa mint egy feltételezett cél miR-148a-3p, miR-204-5p és miR-375 és DNMT3B katalógusa a miR-148a-3p és miR-375. Mindezek a miRNS-ek a vizsgálatunkban azt találtuk, hogy lefelé szabályozni a gyomor rákos szövetekben. Ahhoz, hogy tovább támogassa ezeket az eredményeket, először a kifejezés elemzése BCL2 katalógusa és DNMT3B katalógusa gének végeztünk. Az adatok qRT-PCR jelentős növekedést mutatott expressziós szintje egyaránt BCL2 katalógusa és DNMT3B katalógusa gének gyomorrák szövetben. BCL2
mutatott 2,7-szeres növekedést, míg a DNMT3B
volt egy 16,7-szeres növekedését mRNS-szintek (6. ábra). Pearson-féle korrelációs elemzést végeztünk annak érdekében, hogy leleplez a kapcsolat között a BCL2 katalógusa és DNMT3B katalógusa mRNS és miRNS célzási szint a normál és rákos gyomor szövetek (6. ábra). Fordított összefüggés volt megfigyelhető mind a megjósolt DNMT3B katalógusa -targeting miRNS: miR-375 (r = -0,49; p = 0,00001) és miR-148a-3p (r = -0,26; p = 0,0328) . A negatív korreláció volt kimutatható BCL2 katalógusa és miR-375 (r = -0,32; p = 0,0116), míg nem találtunk összefüggést BCL2 katalógusa és miR-148a-3p (r = -0,06; p = 0,6631), vagy a BCL2 katalógusa és miR-204-5p (r = -0,02; p = 0,8546). katalógusa

Vita katalógusa

A megváltozott miRNS expressziós profilok számoltak be a GC szövet- és vérmintákat [13] [20] [14] [38]. Néhány ilyen deregulált miRNS is kapcsolódik a túlélés, metasztázisos viselkedésének tumor és más klinikopatológiai jellemzői GC [39] [40]. Továbbá miRNS kimutatták, hogy szabályozza a tumornövekedést érintő proliferáció, adhézió, invázió és migrációval GC sejtvonalak [41]. Ennél is fontosabb, célgénjeit deregulált miRNS GC részt vesznek az apoptózis, a sejtciklus és más kulcsfontosságú carcinogenesis utak [12]. Ezért vizsgálata miRNS és a bennük rejlő célgének GC szolgálhatnak további fejlesztése a fontos diagnosztikai és kezelési alternatívákat. Nyilvánvaló, hogy a miRNS-ek fontos szerep gyomor karcinogenezis, de még mindig nincsenek pontos adatok arról, mechanizmusok és lehetséges klinikai alkalmazásai ezen molekulák GC. Katalógusa

A jelen tanulmány célja, hogy meghatározza a profilja szabályozatlan miRNS GC szövetek, értékelje azokat a vérmintából, és értékeli a lehetséges célgénjeit szabályozatlan miRNS. TaqMan miRNS TLDA kártya, amely magában foglalja 377 miRNS primerek, találtunk 15 differenciáltan expresszálódó miRNS között rákos GC és az egészséges gyomor- szövetekben. Nyolc miRNS arra lecsökkent (let-7a-5p, let-7 g-5p, miR-26b-5p, miR-30b-5p, miR-135a-5p, miR-148a-3p, miR-204-5p miR -375), míg hét miRNS volt akár szabályozott (miR-146b-5p, miR-155-5p, miR-214-3p, miR-223-3p, miR-224-5p, miR-331-3p és miR 484). A profilalkotás eredmények nem mutattak néhány általánosan szabályozatlan miRNS, amelyeket előzőleg közölték, hogy szabályozatlan más vizsgálatok, beleértve a miR-21-5p, miR-25-3p, miR-92a-3p, miR-29c-3p, és mások [15] [19] [14]. Az egyik lehetséges magyarázat a hiányzó miRNS lehet kapcsolni, nagyon szigorú statisztikai szempontok alkalmaztak TLDA Adatfeldolgozásunk (FDR korrigált p-érték < 0,01 és hajtsa változás > 2). Továbbá bizonyos szintű eltérést miRNS profilalkotás eredmény közül a vizsgálatok egy eltéréseiből adódnak anatómiai helyét a gyomor, a szövettani altípus, statisztikai elemzés és különösen a profilalkotás módszerek [18]. Egy tanulmány szerint Mestdagh et al. azt mutatja, hogy a különböző platformok miRNS profilalkotás különböző észlelési arány, sajátosságait és a többszörözést, és hogy a legmegfelelőbb platform kell választani alapján a kísérleti beállítást, és a konkrét kutatási kérdés (Mestdagh et al., 2014). katalógusa

a második szakaszban a mi vizsgálatunkban használt qRT-PCR replikációs csoportban, beleértve a hat leginkább liberalizált miRNS a profilalkotás fázis (miR-135a-5p, miR-148a-3p, miR-155-5p, miR-204-5p miR-223-3p és miR-375). Kimutattuk, hogy a miR-148a-3p, miR-204-5p, miR-223-3p és miR-375 következetesen szabályozatlan a normális és a rákos szövetekben GC. Az eredmények a replikáció kohorsz által támogatott korábbi jelentéseket. Több tanulmány kimutatta, hogy a miR-148a-3p szignifikánsan down-szabályozott GC sejtvonalak és szövetminták összehasonlítva a szomszédos normális szövetekben [42] [43]. Szintje alacsony miR-375 is beszámoltak tanulmányok feltételezték, hogy a miR-375 társult gyomor carcinogenesis [44] [16]. Kimutattuk, hogy a miR-223-3p szignifikánsan up-szabályozott GC szövetben normális szövetekhez viszonyítva, ahogy azt több korábbi jelentések [15] [19]. MiR-204-5p már ritkábban számoltak be GC miRNS profil tanulmányok; Ezen eredmények összhangban vannak a korábbi vizsgálatokkal, amelyek azt mutatták, jelentős down-regulációja ezen miRNS GC szövetben és GC sejtvonalak [45]. MiR-135a-5p expresszió alacsonyabb GC szövetekben, mint a kontroll; azonban a megfigyelt leszabályozza hasonló trend volt az előző jelentések [15], és lehet, hogy elérte a kívánt jelentősége nagyobb számú egyén a csoportokon belül. Érdemes rámutatni, hogy nem találtunk különbséget a miR-155-5p mi replikációs csoportban összehasonlítva kontroll és GC betegeknél. A legvalószínűbb ez a megállapítás kapcsolódik az a tény, hogy az első értékelés kohorsz kontroll alanyok H katalógusa. pylori katalógusa ingyenes, míg a replikációs sor, néhány kontroll pozitív szerológiai erre baktérium. Jól ismert, hogy a miR-155-5p részt vesz a gyulladásos folyamatok, beleértve a H
. pylori katalógusa gastritis [46]; Ezért, ez lehet, hogy egy bizonyos elfogultság eredményeink. Eredményeink összhangban vannak a korábbi tanulmánya link et al. (2015), ahol a különbség a kifejezés a miR-155 a származó biopsziák GC kontrollokhoz képest nem érte el a statisztikai szignifikancia [18]. A replikáció fázisában a miRNS profilalkotás tanulmányban kiválasztott csak hat miRNS, amely azt mutatta, a legmagasabb biológiai relevanciáját és statisztikai jelentősége. Egyetértünk azzal, hogy érdemes lenne megnézni az összes jelentős szabályozatlan miRNS és hogy lehet egy potenciális feladat további vizsgálatokra. Katalógusa

A potenciális szerepének vizsgálatához a differenciáltan expresszálódó miRNS mint biomarkerek GC elemeztük szabályozatlan miRNS in plazma minták. A keringő miRNS, különösen a kombináció a többszörös miRNS, jelenthetnek ígéretes biomarkerek a diagnózis a gasztrointesztinális rákok [21]. Egy tanulmány szerint Zhu et al. igazolták, hogy a panel öt miRNS szolgálhat potenciális biomarker felderítésében korai szakaszban GC [47]. Eddig számolt miRNS profilok GC szérumban vagy plazmában jelentős mértékben eltérnek külön tanulmány [21].

• PLoS One: Jóslás Model gyomorrák incidenciája koreai Népesség
• PLoS One: Szerepét DPY30 a és -motilitást a gyomorrák sejtek