Cilj pregled
Da bi se ispitala i okarakterizirati zametne linije varijante za E-kadherina (CDH1) pregled, u ne-nasljednih rak želuca (GC) pacijenata te u osoba koje imaju rizik od GC. pregled Metode pregled 59 GCS 59 prvi stupanj srodnici (FDRs) GC, 20 autoimune metaplastičnim atrofični gastritis (AMAGs) i 52 davatelji krvi (BDS) analizirani su za CDH1 pregled izravnim sekvenciranje, strukturne modeliranje i bioinformatika. Funkcionalni učinak na srastanje je određena za intronske mutacija. E-kadherina /β-katenina imunohistokemijski bojenje i E-kadherina mRNA kvantifikaciju pomoću RT-PCR su izvedene pregled Rezultati U GCS, 4 misscnsc varijante (p.G274S;. P.A298T; p.T470I, p.A592T), 1 mutacije u 5'UTR (-71C > G) i 1 mutacija u intronske IVS12 (c.1937-13T > C) regija pronađen. Prvo patogeni učinak p.A298T mutacije je predvidio proteina 3D modeliranje. Romana p.G274S mutacija pokazali nikakvu jasnu funkcionalno značenje. Osim toga, prvi, intronske IVS12 (c.1937-13T > C) mutacija je pokazao da će dovesti do nenormalnog CDH1 pregled transkripta sa eksona 11 brisanja. Ova mutacija je pronađena u 2 GCS i 1 BD. U FDRs, identificirali smo 4 varijante: polimorfne (p.A592T) i 3 mutacije u neprevedenih regijama s nepoznatom funkcionalnu ulogu, osim 5'UTR (-54G &C) koje je utvrđeno da smanjuju CDH1 pregled transkripcija. U AMAGs, otkrili smo 2 promjene: 1 missense (p.A592T) i 1 novu varijantu (IVS1 (c.48 + 7C > T)) bez učinka na CDH1 pregled spajanjem. Nekoliko tihih i polimorfne zamjene pronađeni su u svim skupinama studirao. Pregled Zaključci pregled Sve u svemu naša studija poboljšava trenutne karakterizaciju CDH1 pregled mutacije i njihova funkcionalna uloga u GC i u osoba s rizikom od GC. Mutacije se nalaze u neprevedenih regija i podataka o razdvajanje utjecaja zaslužuju posebnu pažnju kao povezane sa smanjenom količinom E-kadherina. Korisnost CDH1 pregled screeninga, uz utvrđivanje drugih faktora rizika, mogu biti korisni za rano otkrivanje GC u predmetima u riziku (tj FDRs i AMAGs), te jamči daljnje istraživanje. Pregled Izvor: Garziera M Canzonieri V, Cannizzaro R, Geremia S, Caggiari L, De Zorzi M, et al. (2013) Identifikacija i karakterizacija CDH1 pregled zametne linije varijanti u sporadičnim rak želuca bolesnika i osoba s rizikom od raka želuca. PLoS ONE 8 (10): e77035. doi: 10,1371 /journal.pone.0077035 pregled Urednik: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Sjedinjene Američke Države pregled Primljeno: 29. travnja 2013; Prihvaćeno: 5. rujan 2013; Objavljeno: 29. listopad 2013 pregled Copyright: © 2013 Garziera et al. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled Financiranje:. Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro (AIRC De Re N. 10.266 i AIRC Cannizzaro poseban program za molekularnu onkologiju kliničke 5x1000 N. 12.214), a Direzione Centrale del Lavoro, Formazione, Università e Ricerca Della Regione Autónoma Friuli Venezia Giulia, Codice Progetto 200502027001. se donatori nije imao ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled u konkurenciji interese: dr. Valli De Re izjavljuje da je ko-autor i članovi uredništva PLO JEDAN. To ništa ne mijenja pridržavanje autorovih svim PLoS ONE politika na razmjenu podataka i materijala. Pregled Uvod pregled Rak želuca (GC) i dalje je četvrti najčešći zloćudni tumor u svijetu, iako je njena učestalost i povezane stope smrtnosti smanjen u posljednjih nekoliko desetljeća. GC prognoza je usko povezana s stadiju bolesti u vrijeme postavljanja dijagnoze [1]. Rani početak raka želuca (EOGC) je definiran kao GC predstavljanja u dobi od 45 godina ili mlađi [2] i ima slabu ukupno preživljenje [3], [4]. Većina GCS su sporadični i često se razviti nakon Helicobacter pylori pregled (KS) -associated gastritis [5], [6]. Međutim, obiteljskoj sklonosti studije naglašavaju važnost genetskom predispozicijom u sporadičnim razvoj GC. Učestalost obiteljske želučane agregacije je oko 10% pregled Najšire prihvaćena GC patohistološko klasifikacija (Lauren je klasifikacija) [7] razlikuje dvije vrste GC. Crijevna vrstom i difuzno tipa. Difuzni GC pokazuje veću nasljednih osnovu i općenito lošiju prognozu u odnosu na intestinalni podtipa. [8] pregled CDH1 pregled gen koji kodira za E-kadherina je identificirano da ima uzročnu ulogu u oko 30% -50% od nasljednih difuznog GC (HDGC), autosomno dominantno GC i lobularni karcinom dojke osjetljivost sindrom čine 1-3% od obiteljskoj povezanosti od GCS [9], [10] i difuznim GC podtip [11] , CDH1 pregled zametne linije mutacije (kao mutacija je prošao na svakoj stanici u potomstvu tijela) posebno su povezane s HDGC (oko 30% -40% slučajeva); Veliki CDH1 pregled brisanja su pronađeni u oko 6,5% slučajeva [12]. Familijarna crijevni karcinom želuca (FIGC) s pozitivnom obiteljskom anamnezom su također opisani, ali do sada, nema klica CDH1 pregled nedostaci povezani su sa FIGC ili intestinalnih GCS. Ovaj nedostatak dokaza o CDH1 pregled mutacije u probavnom podtip dovela do hipoteze da obiteljskoj povezanosti u tim slučajevima je određena zajedničkim čimbenicima iz okoliša, za razliku od nasljedne genetske predispozicije. Međutim, najnoviji podaci pokazuju da je CDH1 pregled somatske alteracije (takve promjene nakupljaju u stanicama raka u tijelu preko osobe životni vijek) su česti u crijeva, kao difuznim GC [13], što ukazuje na značajnu ulogu CDH1 pregled u oba histotypes. Ipak, točan prevalencija CDH1 pregled zametne linije promjene u crijevnoj GCS je još uvijek nepoznat. CDH1 pregled promotor Hipermetilacija je najčešći drugi genetski hit u GC kancerogenog procesa [14], [15]. CDH1 pregled mutacije su povezane s povećanom osjetljivošću na invazivna i metastatska [16], [17] debelog crijeva, mjehura, prostate, dojke, ginekološki karcinom [18] - [20]. E-kadherin transmembranski glikoprotein koji igra važnu ulogu u održavanju arhitekture epitelnog tkiva uključivanjem Ca 2+ interakcije stanica-stanica ovisne o [21], [22]. E-kadherina sadrži citoplazmatske domene, kratki transmembranski domenu i pet izvanstanične domene ponoviti kadherina nalik (EC1-5) koje se protežu eksona 4-13 i sadrže jako konzervirane regije veže kalcij [23], [24] i konzervirani cistein vjerojatne da se formira disulfidnim mostovima [25] pregled U ovoj studiji analizirali smo CDH1 pregled zametne linije mutacije u nizu uzastopnih slučajnim GC slučajevima i pojedinaca kojima prijeti GC. uglavnom prvi stupanj GC-Rođaci (FDRs) i autoimune metaplastičnim atrofični gastritis (AMAG) bolesnika usmjerena na našem Institutu za gastrointestinalnih simptoma i endoskopske procjene. Kako bi istražili ulogu izražavanja E-kadherina, strukturalne, funkcionalne i imunohistokemijske analize provedene su u uzorcima s CDH1 pregled zametne linije mutacije. Cilj ovog istraživanja bio je procijeniti prevalenciju i okarakterizirati CDH1 pregled zametne linije mutacije u nizu uzastopnih sporadičnih GC pacijenata koji nemaju kriterije HDGC klasifikacije, te u odabranoj populaciji s rizikom od razvoja GC, za testiranje njegove svrhovitosti kao marker za poboljšanje rano otkrivanje tumora. Podaci dobiveni bi se mogla koristiti za razvoj alat koji brzo i jeftino otkriva CDH1 pregled mutacije uglavnom prisutan u našoj populaciji. Pregled Rezultati Pacijent karakterizacija i CDH1 kliničke i patohistološke karakteristike GC, FDR i AMAG ispitanika su sumirani u tablicama 1 i 2. Među GC pacijenata 59, 2 (3,4%) imaju obiteljsku povijest GC (S15 je brat S16) bez ispunjavanja kriterija za nasljedne difuznog GC, kao što je definirano od strane Međunarodne rak želuca Povezanost Consortium (IGCLC) u trenutku uzimanja uzorka. U našem GC seriji, 5 sporadični rano GC pacijenata (≤45 godina) prisutna, ali ne i pronađen CDH1 pregled promjene u ovih bolesnika. Medijan dobi od FDRs je 49 godina (raspon, 28-78 godina) i za AMAGs 56 godina (raspon, 31-72 godina). Među GC pacijenata 59, 16 ispitanici su imali prvi stupanj povezanosti uključeni u studiju (16/59 FDRs). FDRs i AMAGs došao u našu ustanovu za gastroenterologiju posjetu i gastroskopija ispit, oni manifestiraju različite simptome, ali ni rak, niti intestinalne metaplazije /displazija je bio prisutan u tim predmetima. CDH1 pregled genetski rezultati probira navedeni su u tablici 3 s novi Ostale promjene rezultirale zajedničkih polimorfizama (učestalost od najmanje 1% u populaciji) ili tihe mutacije koje koda za ista aminokiselina od izvorne cjedilu. Nitko statistička povezanost zabilježeno je među četiri skupine bolesnika koji su ispitani za ID 4, ID 6 ili ID 19 varijanti. RefSNP (RS) broj za identifikaciju genetske varijante ranije objavljenih kao i njihove prijavljene frekvencija (NIEHS Genome Project okoliša, Seattle, WA (URL: http://evs.gs.washington.edu/niehsExome/Pristup kolovoza 2013); ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/phase1/analysis_results/paper/pogledana prosinca 2012.) su u tablici 3. Sve CDH1 pregled varijante bile u heterozigotnom stanju, osim za ID 4 i ID-19 u kojem je također otkriven homozigota stanje. pregled Učestalost mutacija i varijante su izračunati u ispitanika bez GC ili AMAG bolesti (52BDs + 59FDRs, n = 111). Šesnaest FDRs bili prvi stupanj srodnici našeg GC serije; kada je jedna od varijanti je bio prisutan u GC i povezanim slučaju FDR, isključeni smo FDR osobu iz izračuna frekvencija. ID4 na primjer, bila je prisutna u 5 FDRs se odnose na naše GC naše serije; Stoga je učestalost kontrola populacije promijenio od ukupno 111 do 106 osoba (7FDRs + 8BDs /106; 14,5%). Slika 1 prikazuje sekvenciranja kromatograma romana mutacija koje smo pronašli. Mi smo ranije izvijestili ID 10 kromatograma u drugom radu [26]. Pregled bioinformatiku prediktivni uloga i modeliranje konstrukcija rezultati missens varijanti naći pregled misscnsc mutirani ostaci koje smo našli su sve lokaliziran na E -cadherin izvanstanične domene. Kodon pozicija u nezreo i zrele (nakon N-terminalnih cijepanje) proteina i podataka iz PolyPhen-2 i prosijati kompjutora pregled analize su prikazani u tablici 4. Sve četiri varijante misscnsc su potencijalno štetni po PolyPhen -2, ali samo p.A298T (ID 11) i p.A592T (ID 15) supstitucije mogu utjecati na funkciju proteina prosijati analize (tablica 4). U p.G274S (ID 10) koje smo nedavno opisani [26], međutim, ne perturbacije u lokalnom okruženju, ali uvodi potencijalni ostatak za fosforilaciju i glikozilacije koje mogu imati moguće posljedice na stabilnost i integritet E-kadherina kao i mi pretpostavili [26]. Patogenog učinak ID 11 zamjene ranije osnovana [27], ali je ovdje prvi put pokazala strukturnom analizom. Kao što je prikazano na slici 2A, promjena AA u eksona 7. p.A298T (ID 11) smještene su u blizini interaktivni području između protomeri EC1 i EC2. Dakle, polarni zamjena ostatak alanin-treonin može voziti formiranje H-veza preko svog oxydrilic skupine, a to može utjecati na lokalne strukture proteina u regiji koja je temeljna za Ca 2 + interakcije. Treonin na poziciji 144 prostorno je pokazao nametljiv, jer ona je u interakciji s dva ostatka asparaginske kiseline (Asp136 i ASP 138), koji su izravno uključeni u Ca 2 + obvezujući. Osim toga, s duljinom veze su posebno naglašeni, što je manje od 3 A (slika 2B). Pregled Što se tiče preostale dvije missense mutacija, oni imaju manje jasno funkcionalni učinak kao i navedeni u tablici 4. str. T470I (ID 12) supstitucija [28] mijenja AA površinu extradomain EC3 u zrelom proteinu (Slika 2C). U oba glodavca E-kadherina i slijeda N-kadherina (PDB kod: 3Q2W) treonin obično nalazi O pregled -glycosylated ukazuje na važnu ulogu ovog ostatka u strukturi proteina. Međutim, kao što je prikazano na Slici 2D, promjeni izoleucin, nepolarno AA hidrofobnim bočnog lanca koji se ne može podvrći nakon prevođenja modifikacije, smatra ni posebnu intermolekularnih napetost. Pretpostavljamo da je u ekstracelularni medij, prisutnost izoleucin ostatka na istoj poziciji od treonin mogu favorizirati protein-protein interakcije, a ova mutacija na taj način može pretpostaviti zaštitnu značenje. Posljednja mutacija prijavio, p.A592T (ID 15), pronađen je u svim ispitivanim skupinama (vidi tablicu 3), što ukazuje na nevjerojatan učinak na GC patogenezi. U tom slučaju, alanin na extradomain EC4 zrelog E-kadherina (Slika 2E) pruža konformacije slobodu, čak i kada je u blizini od Ca 2 + veznih mjesta. Supstitucije treonin ovdje ima ograničen utjecaj na lokalne strukture i torzijskih kutova proteina. Međutim, ne možemo isključiti da je oxydrilic bočni lanac mogao biti posttranslacijska modificiran u određenoj situaciji i na taj način utjecati na strukturu i funkciju CDH1 pregled (Slika 2F). Kako bi istražili ako intronske mutacije otkrivene u našem GC serija (Tablica 3) može potencijalno izazvati učinak na srastanje, proveli smo CDH1 pregled, analiza transkripcija. Polimorfne i tihe inačice su isključeni iz ove analize, jer oni vjerojatno nemaju patogenu ulogu. cDNA proizvedene iz periferne krvi odabranih GC pojedinaca koji nose intronske ID 5, osobne 9 ili ID 17 mutacija (Tablica 3) su u usporedbi s onom iz dva zdravih davatelja krvi, jedan jedini koji ima isto ID 17 mutacija kao GC bolesnika (BD broj S190 ), a drugi (BD broj S189) bez CDH1 pregled mutacija. pregled za ID 5 i ID 7 intronske mutacija, pojačani smo regiju koja obuhvaća dio eksona 1. dio eksona 5, za ID 17 mutacijom, eksona 10-13 (slika 3). RT-PCR eksona 1 do 5 fragmenata nije pokazala razlike kada se provodi na 4% agaroznom gelu (slika 3A), niti nakon dvosmjernog sekvenciranje (podaci nisu pokazali); po obratnim ID 17 intronske varijanta može utjecati na spajanje dovodi do abnormalnog manji CDH1 pregled transkripta (slika 3B). Nakon izolacije i sekvenciranje, otkrili smo da je manji bend rezultirao je preskočila transkriptu nedostaje ekson 11, s eksona 10 izravno spojene eksona 12. Ova netipična transkript je također otkriven u BD S190 nosi istu zametne linije zamjenu (slika 3B). Analiza CDH1 pregled proteina obilje i ekspresija mRNA razina u ispitanika pokazuje CDH1 pregled intronske mutacije pregled usporedba E-kadherina razine ekspresije mRNA je izvedena iz EBV ovjekovječio su dobiveni iz periferne krvi S10 i S190 (ID mutacija 17), S97 (ID 9) i S189 (nema CDH1 pregled mutacija) ispitanika. Predmet S10 bio je pod utjecajem raka želuca, u skladu S97 je prvi stupanj relativne bolesnika s rakom želuca (FDR), dok je S189 i S190 su bili i davatelji krvi. Uočili smo između kontrola krvnog donora (S189) nemajući CDH1 pregled mutaciju i pacijenata, relativno snažan pad ekspresije E-kadherina (oko 60%, Slika 4) u S10 bolesnika koji imaju i ID 17 mutaciju i A GC, dok je samo oko 2% smanjenja u krvi davatelja S190 ima ID 17 isto mutaciju ( p pregled i 0,05, u odnosu na GC S10). Za S97 (ID mutacije 9, FDR temu), gledali smo sličnu izraz E-kadherina kao i da je u kontroli S189. Pregled Imunohistokemijska analiza na tumor želuca tkivu intronske ID 17 slučaja (kod pacijenta S10, na slici 5E) pokazuje smanjenu ekspresiju membranskim E-kadherina u tumorskim stanicama prstenom (crne strelice), dok i membrane i citoplazmatski bojenja bili su prisutni u uobičajenom epitela. Isti pacijent pokazuje smanjeno β-katenina bojenje u prstenom stanica u usporedbi s jakim ekspresiju tog proteina u normalnim susjednih stanica (Slika 5H). Gubitak oba E-kadherina i β-katenina bojanjem bio je vidljiv za drugi pacijenata (S46) koji ima istu intronske ID 17 mutacije i na koje GC previše (Slika 5F i 5i, odnosno za E-kadherina i beta-katenina) . pregled Rasprava pregled GC pacijenti obično imaju lošu prognozu [29]. Identifikacija bolesnika s povećanim rizikom od razvoja GC i rano otkrivanje GC su obećavajuće pristupi za smanjenje morbiditeta i mortaliteta od GC. FDR GC bolesnika se zna da imaju 2-3 puta veći rizik od GC, vjerojatno zbog izloženosti istih faktora rizika za okoliš i /ili naslijedio sklonost prema raka [30]. Pregled Uništavanje parijetalni stanice naći u AMAG kombinaciji s važnom ulogom E-kadherina u epitelnim polariteta i želučane žljezdanog arhitekture, sugerira da zametne linije preinake CDH1 u 1998, Guilford i suradnici opisali po prvi put zametne linije mutacije CDH1 pregled gena [28]. Nakon toga, različite vrste mutacija su iskazane u obitelji različitim nacionalnosti s difuznim GC [32], [33]. Prva CDH1 pregled klica mutacija je opisano u talijanskoj obitelji u 2006. godini, u bolesnika koji su zadovoljile kriterije IGCLC za HDGC [34]. Međutim, vrlo malo istraživanja pokazuju CDH1 pregled zametne linije mutacije u sporadičnim slučajevima GC bez obiteljskoj sklonosti ili u osoba koje imaju rizik od razvoja GC [35], [36]. Osim toga, u tim istraživanjima funkcionalne učinke CDH1 pregled varijante često se istražuju. Pregled Snaga našeg istraživanja je prikupljanje 59 kavkaskih pacijenata sa sporadičnim GC, 59 FDRs i 20 AMAGs koji prisustvovali Gastroenterologija usluga u posljednjih nekoliko godina za želučane simptome i dijagnoze ili isključenjem GC nakon endoskopskih i evaluaciju histološki tkiva. pregled Kao što je sažeto u tablici 3, i različitih zametne linije CDH1 pregled varijante imaju otkrivena. U 59 GC serije, isključujući polimorfne i tihe promjene koje vjerojatno nemaju patogenu ulogu, pronašli smo 6 različitih supstitucije u 9 bolesnika (9/59 GCS = 15.2%): 4 tipa missense (ID 10, ID 11, ID 12, broj 15) u 4 različite bolesnika (6,8%) i 2 tipa ne-missense (ID 2 i ID 17) u 5 različitih GCS (3,4%). pregled ID 10 (p.G274S) je roman missense mutacija koje smo pronašli u staroj muškoj sa GC mješovitim Histotip. Ova varijanta nije detektiran u 187 pojedinaca slobodnog raka (108BDs + 59FDRs + 20AMAGs) čime se isključuje polimorfizma. Patogeni učinak ID 10 mutacija nije podržan nakon funkcionalne (agregacije i invaziju) In vitro pregled testovi što smo nedavno izvijestili [26], ipak podaci iz kompjutora pregled karakterizaciju mutacije i smanjenje β-katenina izraza naći u tkivu tumora ne može u potpunosti isključiti značaj ove mutacije u razvoju GC. Tako je, na danas ID 10 ostaje roman CDH1 pregled mutacija uz patogenezu nekog neodređenog značenja. Pregled ID 11 (p.A298T) supstitucija u eksona 7 od CDH1 ID 12 (p.T470I) pronađen je u 57-godišnjeg mužjaka (S39) s dijagnozom GC , Ova promjena je prvi put opisana u obitelji Maori nacionalnosti, s EOGC, ali predmet koji prikazuje ovu mutaciju nije utjecao na GC u vrijeme studija [28]. Evo, utvrdili smo da je promjena p.T470I AA toleriraju prosijati i analizom modela. Nažalost, tumorske bioptic uzorak tkiva bio je nedostatan za obavljanje E-kadherina IHC bojenje. Pregled ID 15 supstitucija (p.A592T) otkrivena je u svakoj kliničkoj skupini testiranih, što upućuje na vjerojatnu polimorfni širenje. Ipak, ova varijanta koja je prije izviještena povezana s tumorima štitnjače i lobularni raka dojke [41] - [43]. Naša strukturna analiza i In vitro pregled [35] i u silico Kao što je preporučeno od posljednjih kliničkih smjernica za upravljanje [44], endoskopija nadzor treba provoditi jednom godišnje u onih osoba s mutacijama neodređenog značenja (npr missense). Prema našem mišljenju, predmeti koje nose broj 15 te ID 10, moraju se poštivati do 10 godina prije nego što isključujući ulogu, iako slab za tu promjenu u patogenezi GC. Pregled U ID-2 smo identificirali C -to-G promjena prije start kodona (-71C > G, CDH1 pregled 5'UTR regija), koja je predstavljala najčešći varijanta povezana s GC u našoj seriji, javlja se u tri od 59 GC pacijenata ( 5,1%). Ova varijanta je također bio prijavljen u finskoj studiji [45] u jednom od 13 (7,7%) GC bolesnika i 2 od 51 ispitanika (3,9%), a također u dvije EOGC pacijenata Sjeverne američkog podrijetla (3,4%) [46] , Ukupni podaci iz ove studije sugeriraju da ID 2 je sasvim uobičajeno mutacija, ali autori nisu prijavili podatke o ID 2 varijante u odnosu na status ekspresije E-kadherina. ID 2 pronađen je u našoj seriji u jednom crijeva, jedan mješoviti i jednim difuznim GC histotypes. Svi ovi bolesnici su imali više od 50 godina u dijagnostici i bili su negativni za HP infekcije. Niti jedan od kontrolnih ispitanika (n = 111) testiranih bez GC, pokazalo je mutacijom (tablica 3). in situ pregled, evaluaciju i korelacije između ID 2 i izražavanja E-kadherina nije bio u mogućnosti da se izvodi zbog nedostatka tumora materijala. Potencijal patogeni učinak ove promotora varijante na E-kadherina razine ekspresije zaslužuje daljnja istraživanja intronske ID 17 varijanti (IVS12 c.1937-13T &C). Pronađen je u 2 ženke sa GC (2/59 GCS = 3,4%) i pozitivan za HP infekcije, te je ustanovljeno u 1. BD (1/52 = 1,9%, tablica 3). Ista promjena ranije bio prijavljen u lobularni karcinom dojke s visokom učestalošću (12/53 = 23%) [47], u HDGC obitelji (2/27 = 7,4%) [48] i EOGC bolesnika (7/79 = 8,9% ) [46], ali također u relativnom kontrolne skupine [46]. Treba spomenuti, mi pokazati po prvi put da je ova supstitucija dovodi do nenormalnog CDH1 pregled transkripta utočište za brisanje CDH1 pregled eksona 11. eksona 11, zajedno s djelomičnim sekvencama bočnih eksona , kodira domenu EC4 zrelog proteina [25]; ID 17 je izvan okvira brisanje i dovodi do stvaranja prerane zaustavnog kodona na položaju 384 u EC4 promotora. Prema tome, u prijevodu protein od CDH1 pregled ID 17 cjedilu moglo nedostajati transmembranski domenu i citoplazmatski rep koji je uključen u beta-katenina obvezujući. Oba S10 i S46 GC pacijenti, nakon što je ID 17 mutaciju, reducirane ekspresije E-kadherina i β-katenina po IHC analize (slika 5.); GC S10 pacijent s karcinomom pečatnjak stanica, dijagnosticirana u dobi od 61 godina, a GC S46 bolesnik, s difuznom adenokarcinom, dijagnosticirana u dobi od 58 godina. Štoviše, ocjenjivanje ekspresije E-kadherina s EBV imortaliziranih B-limfociti su pokazali jaku redukciju (60%) u GC S10 koji nose ID 17 mutacija u usporedbi s kontrolom BD (S189) bez CDH1 pregled izmjena, ali također u odnosu na jednu krvi donora (S190) koji nosi isti ID 17 varijantu. Budući da su svi predmeti koji nose ID 17 mutaciju su heterozigotni za CDH1 pregled gena, naši podaci pokazuju da je S190 pojedinca, ali ne i tumorske stanice S10 i S46 bolesnika, može iskoristiti neki kompenzacijski mehanizam koji poništava E-kadherina smanjivanje se. U tumorima, što E-kadherina u ekspresija povezana je na poboljšane β-katenina transkripcijsku aktivnost, glavni efektor Wnt put [49]. Izraz velikog broja gena povezanih s napredovanja tumora, uključujući i one ciklina D1, C myc pregled, faktor rasta vaskularnog endotela, te survivin kontrolira putem Wnt /β-katenina puta [50]. E-kadherina vezanje na P-katenina sprječava njegovu translokacije u jezgru; prema tome, smanjenje ekspresije E-kadherina mogu favorizirati GC patogenezu kroz povećanu akumulaciju nuklearnog β-katenina. Budući da pacijenti S10 i S46 sa ID17 varijante su obje žene pokazuju Helicobacter pylori (HP) infekcija, možemo pretpostaviti da je ID 17 može biti povezana s prognostički faktor seksualnog specifični (poznato je da je incidencija GC je veći za muškarce nego za žene) i /ili HP-infekcije. Delecija eksona 11 u CDH1 pregled gena također je opisano u HDGC bolesnika, ali u ovom posljednjem slučaju nenormalna srastanje bila povezana s nekom drugom intronske mutacije (IVS11 c.1711 + 5G > A) [27] , Zanimljivo, An alternativno spojeni, nefunkcionalna E-kadherina transkript koji nema ekson 11 gena također su bili uključeni u neke glave i vrata stanica raka [51] i kroničnim slučajevima limfocitne leukemije (CLL) i iako je na nižoj razini u odnosu na KLL, također u normalnim B stanicama [52]. U tim slučajevima nije bilo nikakvih genetskih promjena u eksona 11 ili u njezine postranične intronske regija; ne-funkcionalna prijepis ima preuranjeno terminalnog kodona i razgrađuje besmislenih posredovane RNA razgradnje [52]. Nadovezivanja faktori, obvezujući u regiji eksona 11 CDH1 Netlogu mogao promijenio razine ekspresije ili stanja aktivacije u leukemijskih stanica u usporedbi s normalnim B stanicama kao što je nedavno pokazao [53]. Pregled u FDR grupe predmeta, uz isključenje polimorfnih i tihih CDH1 pregled, mutacija, gledali smo 3 supstitucije (ID 1, ID3 i ID 9), koji nisu pronađene u GC. pregled ID 1 (5'near gena-176C > T) varijanta otkrivena je u 32-godišnja žena s nepoznatom HP statusu infekcije. Ova varijanta je već podnesen u popularnih baza podataka, ali njegov značaj je nepoznat pregled ID 3 (5'UTR-54 g > C). Varijanta pronađen je u 72-godišnjeg muškarca pozitivnim za HP infekcije. Interesa, ova mutacija već je otkriven u zdrav 41-godišnjeg japanskog temu, bez klinički može detektirati tumor u vrijeme upisa, a opisuje se kao rijetka varijanta u mogućnosti smanjiti transkripcijsku aktivnost CDH1 ID 9 (intronske IVS4 c.532-18C > T). nađeno je u 41-godišnjeg muškog subjekta negativan za HP infekcije. ID9 je prvi izvijestio u dva EOGC bolesnika iz Engleske i Portugala, odnosno [56], u dva HDGC njemačkih pacijenata i 1 kontrolnim predmeta upisanih u istom radu [35]. Nedavno je predloženo ne patogenu ulogu za ovu varijantu. [2] Nismo primijetili nikakav utjecaj na CDH1 pregled spajanjem. Pregled pacijenti AMAG imaju tri puta veću relativni rizik od razvoja GC, i nikada nisu istraženi za CDH1 pregled rasplodnih mutacija do sada. U AMAG seriji našli smo samo polimorfnih varijanti s izuzetkom ID 5, novi intronske mutacija u blizini eksona 1 (IVS1 c.48 + 7C > T). ID pet pronađen je u ženku 51-godišnjak s hipergastrinemija. Nismo pronašli nijedan skraćivanja ili frameshifts u proizvodnji proteina povezanog s ovom mutacijom. Iako je naša serija je ograničena (n = 20), ovi podaci se čini da ne podržavaju važnu ulogu u CDH1 pregled genetskih promjena povezanih s AMAG bolesti. Pregled U zaključku, naši rezultati pokazuju da je dobro poznato patogeni ID 11 mutacija (p.A298T) može se otkriti u bolesnika sporadičnim GC a ne ispunjava stroge kriterije HDGC. Nadalje smo pokazali štetan učinak ID 17 varijante (IVS12 c.1937-13T > C) na CDH1 pregled sastavljanje i srodni smanjenje ekspresije E-kadherina kao i za beta-katenina. Isto ID 17 mutacija i srastanje učinak naći u 1 darivatelja krvi, ali s ograničenim učinkom na E-kadherina razini mRNA, je intrigantna i zaslužuje daljnja istraživanja. S obzirom na vezu između određenih CDH1 pregled rasplodnih stanica izmjenama i Histotip tumora, otkrili smo da 8,3% (1 od 12 GCS) mješovite (ID11) i 7,7% (2 od 26 GCS) difuzno (ID17) podtipovi , nosio potencijalni patogeni mutaciju pregled na kraju, u FDR pojedinca na rizik za GC, pronašli smo ID 3 varijante (5'UTR-54 g &C). s potencijalnim učinkom povećanja status Hipermetilacija od CDH1 pregled, poznati događaj rizik povezan s razvojem i napredovanjem GC. pregled Sjeveroistok Italije predstavlja visoki GC incidencije i mortaliteta, iako niži odnosu na središnjim područjima, kao što su Toskane i Marche [57] , Naši rezultati pokazuju prevalenciju u misscnsc CDH1 pregled, zamjena u odnosu na ne-missens promjene, kako je izvijestio u Nedavna metaanaliza za srednje-visoko rizičnim područjima GC poput središnjoj Italiji [58].
klica genetski screening pregled
mutacija: 1 intronske (ID 5), 1 missens (ID 10), te 2 tihi (ID 13 i ID18). Sveukupno smo pronašli 4 varijante koje kodiraju za amino kiseline (AA) supstitucije (1 roman (ID10) i 3 prije izviještena u drugim populacijama (ID 11, ID 12, ID 15), 1 u genskom regiji 5'near i 2 mutacije u netranslatiranom (UTR) regulacijskog elementa (ID 1, ID 3, već prijavljen) i 6 supstitucije u intronske regijama (tri mutacije: ID 5, ID 9, ID 17; tri intronske polimorfne varijante: ID 4, ID 6, ID 8, vjerojatno bez učinka na GC kancerogeneze). Nema brisanja ili umetanja pronađeni su u granicama eksona. pregled
prijepis analizu intronske zametne linije mutacije pregled
može biti dodatni faktor rizika za razvoj GC u AMAG bolesnika [31].
već je opisan u 36-godišnjeg mladog bijele rase Muški u obitelji HDGC [27]. U našoj seriji, ova varijanta je otkriven samo u 1 mužjaka (S47) za 74-year-old s mješovitim Histotip. Potencijal patogeni učinak ove mutacije potvrđena je in vitro pregled funkcionalne studije u različitim laboratorijima [27], [37], [38]. Evo prvih rezultata modeliranja (slika 2a-b) analizom 3D obvezujućih interakcija protein-ligand, snažno podržavaju potencijal za izmijenjenu funkciju proteina i dovesti do mogućeg molekularni mehanizam koji održavaju taj proces. Potencijal mijenjati funkcija proteina je podržan i od prosijati analize (tablica 4) s dobrim rezultatom. Osim toga, nedavna studija, pomoću u silico
dizajn proteina FoldX algoritamski pristup [39], ponovno potvrđuje patogeno ulogu ID 11 (p.A298T) supstitucije, na temelju izračuna promjene porijeklom-državne stabilnosti (ΔΔG > 0,08 kcal /mol) [40]. Autori karakterizira pacijenata koji nose tu mutaciju missens kao vlasništvo mlađoj dobi dijagnozu i difuzno Histotip. Naš slučaj je istaknuo da je ID 11 i može se otkriti u staroj bolesnika s miješanom GC. Pregled
studija [38], [40] ne podržavaju patogenu ulogu za ovu varijantu u GC. Pregled
[54]. Pretpostavljamo da je ta mutacija uvođenjem otok CpG u CDH1 pregled promotorska regija povećava vjerojatnost CDH1 pregled Hipermetilacija, poznati događaj pogoduje transkripcijski inaktivaciju, rani događaj u HP gastritis [ ,,,0],55], a ključni faktor rizika povezane s razvojem GC pregled
Zapadnjačka prehrana može povećati rizik od "smrtonosne sepse",
Vrsta bakterija gornjih dišnih putova mogla bi utjecati na težinu astme
Novi model za transplantaciju mikrobioma rodnice
Nove interakcije domaćin-virus-mikrobiom tijekom COVID-19 mogu odrediti ishod
Vaginalni mikrobiom može utjecati na učinkovitost preventivne terapije protiv HIV -a
Nanotehnologija i dijagnostika i liječenje COVID-19
Ulcerozni kolitis i nestali mikrobi u crijevima
Ulcerozni kolitis je ozbiljno iscrpljujuća upalna bolest crijeva koja dovodi do osakaćujućih simptoma koji mogu ozbiljno utjecati na kvalitetu života. Istraživači s Medicinskog fakulteta Sveučilišta S
Korištenje FLUOstar Omega za proučavanje novih crijevnih bakterija koje mogu utjecati na naše zdravlje
Grupa za mikrobiološku biologiju i metagenomiku na Institutu Diamantina Sveučilišta u Queenslandu koristi čitač mikroploča BMG LABTECH FLUOstar Omega za razvoj novih metoda za proučavanje mikrobioma c
Plastika se danas obično nalazi u ljudskoj stolici
Gotovo osam milijardi tona plastike svake godine nađe put do oceana. Ova ogromna količina plastike ili se ispire na obalu ili se raspada na sitne komade promjera manjeg od 5 milimetara koji se nazivaj