tiivistelmä
tavoite
seulomiseksi ja luonnehtivat ituradan variantteja E-kadheriinin (CDH1) B ei-perinnöllinen mahasyövän (GC) potilailla ja henkilöillä on riski GC. Methods 59 GC, 59 ensimmäisen asteen sukulaiset (FDR) GC, 20 autoimmuuni metaplastiset atrofinen gastriitti (AMAGs) ja 52 verenluovuttajien (BD) analysoitiin CDH1 GC, 4 missense variantteja (p.G274S; p.A298T; p.T470I; p.A592T), 1 mutaatio 5'UTR- (-71C > G) ja 1 mutaatio introni IVS12 (c.1937-13T > C) alueella ei löytynyt. Ensimmäinen patogeeninen vaikutus p.A298T mutaation ennusti proteiinin 3D-mallinnukseen. Romaani p.G274S mutaatio osoitti mitään selkeää toiminnallista merkitystä. Lisäksi ensimmäinen, introni IVS12 (c.1937-13T > C) mutaation osoitettiin johtavan poikkeava CDH1 Yleisesti tutkimuksemme parempi kuin nykyinen luonnehdinta CDH1 Citation: Garziera M, Canzonieri V, Cannizzaro R, Geremia S, Caggiari L, De Zorzi M, et al. (2013) tunnistaminen ja karakterisointi CDH1 Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat vastaanotettu: 29 huhtikuu 2013; Hyväksytty: 05 syyskuu 2013; Julkaistu: 29 lokakuu 2013 Copyright: © 2013 Garziera et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään. Rahoitus: Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro (AIRC De Re N. 10266 ja AIRC Cannizzaro Special Program Molecular Clinical Oncology 5x1000 N. 12214), ja Direzione Centrale del Lavoro, Formazione, Università e Ricerca Della Regione Autonoma Friuli Venezia Giulian, Codice Progetto 200502027001. rahoittajat ei ollut roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen. Kilpailevat edut: Dr. Valli De Re vakuuttaa, että hän on ollut mukana kirjoittamassa ja toimitusneuvosto jäsen PLoS YKSI. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen kaikki PLoS ONE politiikan tietojen jakamista ja materiaaleja. Mahasyöpää (GC) jää neljänneksi yleisin maligniteetti maailmanlaajuisesti, vaikka sen esiintyvyys ja liittyvä kuolleisuus on vähentynyt viime vuosikymmeninä. GC ennuste liittyy läheisesti taudin vaiheesta diagnoosin [1]. Varhain alkava mahasyövän (EOGC) määritellään GC esittelee vuoden iässä 45 tai nuorempi [2] ja on huono eloonjäämiseen [3], [4]. Useimmat GC ovat satunnaisia ja usein kehittyvän Helicobacter pylori laajimmin hyväksytty GC histopatologinen luokitus (Lauren luokitus) [7] mukaan on olemassa kahdenlaisia GC: suoliston tyyppi ja hajanainen tyyppi. Diffuusi GC näyttää suuremman perinnöllinen perusteella ja yleensä huonompi ennuste verrattuna suoliston alatyypin [8]. CDH1 tässä tutkimuksessa kartoitettiin CDH1 Patient kuvaamista ja CDH1 Kliiniset ja histopatologiset ominaisuudet GC, FDR ja AMAG aiheita esitetään yhteenveto taulukoissa 1 ja 2. Niistä 59 GC potilaat, 2 (3,4%) on suvussa GC (S15 on veli S16) ilman täyttävät perinnöllinen diffuusia GC, kuten on määritelty kansainvälisessä mahasyövän Linkage Consortium (IGCLC) ajankohtana näytteenotosta. Meidän GC-sarja, 5 satunnaista varhainen GC potilailla (≤45 vuotias) oli läsnä, mutta ei CDH1 CDH1 Muut muutokset johtivat yhteiseen polymorfismit (taajuus vähintään 1% väestöstä) tai hiljaisia mutaatioita, jotka koodaavat samaa aminohappoa kuin alkuperäinen säikeen. ei ole tilastollinen yhteys havaittiin yksi neljästä potilasryhmille testattiin tunnus 4, ID 6 tai tunnus 19 variantteja. RefSNP (rs) numerot tunnistaa geneettisiä variantteja aiemmin julkaistu sekä niiden raportoitu taajuudet (NIEHS Environmental Genome Project, Seattle, WA (URL: http://evs.gs.washington.edu/niehsExome/Käsiksi elokuu 2013); ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/phase1/analysis_results/paper/Accessed päivänä joulukuuta 2012) on esitetty taulukossa 3. Kaikki CDH1 Taajuus mutaatioiden ja varianttien laskettiin henkilöillä ilman GC tai AMAG sairaus (52BDs + 59FDRs, n = 111). Kuusitoista FDR oli ensimmäisen asteen sukulaisia meidän GC-sarja; kun yksi variantti oli läsnä GC ja siihen liittyvät FDR tapauksessa voimme sulkea pois FDR yksilön taajuuden laskentaa. ID4 esimerkiksi oli läsnä 5 FDR liittyvät meidän GC meidän sarjassa; Siksi vertailupopulaatiossa taajuus muuttunut yhteensä 111-106 yksilöitä (7FDRs + 8BDs /106; 14,5%). Kuvio 1 havainnollistaa sekvensointi kromatogrammeja romaanin mutaatioiden olemme löytäneet. Olemme aiemmin raportoineet ID 10 kromatogrammissa toisessa paperissa [26]. missensemutaatio muuntunut jäännökset löydettiin kaikki lokalisoitu E -cadherin ekstrasellulaarinen domeeni. Kodoni asema epäkypsien ja kypsien (sen jälkeen, kun N-pään katkaisukohta) proteiineja ja tietoja PolyPhen-2 ja SIFT in silico Koska huomioon loput kaksi missensemutaatioita, niillä on vähemmän selkeä toiminnallinen vaikutus kuin myös esitetty taulukossa 4. p. T470I (ID 12) korvaamista [28] muuttuu AA pinta extradomain EY3 kypsässä proteiinissa (kuvio 2C). Sekä hiiren E-kadheriinin ja N-kadheriinin sekvenssi (PDB-koodi: 3Q2W) treoniini on yleensä löytyy O Tutkitaan jos introni mutaatiot havaittu omassa GC-sarja (taulukko 3) saattaa aiheuttaa vaikutusta liittämiseen, suoritimme CDH1 ID 5 ja ID 7 introni mutaatioita, amplifioimme alue kattaa osan eksonin 1 osaan eksonista 5, ja ID 17-mutaatio, eksonin 10-13 (kuvio 3). RT-PCR eksoni 1-5 fragmentteja ei todettu eroja, kun ajetaan 4% agaroosigeelillä (kuvio 3A) eikä sen jälkeen kaksisuuntaisen sekvensointi (tietoja ei osoittivat); by Converse ID 17 introni variantti voi vaikuttaa silmukoinnin johtaa epänormaaliin pienempiin CDH1 Analyysi CDH1 vertailu E-kadheriinin mRNA-ilmentymisen määrä suoritettiin alkaen EBV kuolemattomaksi lymfosyytit saadaan perifeerisestä verestä S10 ja S190 (mutaatio ID 17), S97 (ID 9) ja S189 (ei CDH1 immunohistokemiallinen analyysi kasvaimen mahalaukun kudoksesta introni ID 17 tapauksessa (potilas koodi S10, kuvio 5E) osoitti alennettua ilmaus kalvoon sitoutuneen E-kadheriinin että sinettisormuksella kasvainsoluja (mustat nuolet), kun taas molemmat ja sytoplasman värjäytymistä oli läsnä normaalissa epiteelissä. Saman potilaan oli vähentynyt β-kateniinin värjäytymistä sinettisormuksella soluja verrattuna vahva tämän proteiinin ilmentymisen normaalissa vierekkäisissä soluissa (kuvio 5H). Menetys Sekä E-kadheriinin ja β-kateniinin värjäytymistä oli myös havaittavissa toisen potilaille (S46), jolla on sama introni ID 17 mutaatio ja vaikuttaa GC liian (kuvio 5F ja 5I, vastaavasti E-kadheriinin ja β-kateniinin) . keskustelu GC potilailla on tyypillisesti huono ennuste [29]. Tunnistaminen potilailla, joilla on lisääntynyt riski sairastua GC ja varhaisen havaitsemisen GC ovat lupaavia lähestymistapoja vähentää sairastuvuutta ja kuolleisuutta GC. FDR GC potilaiden tiedetään olevan 2-3 -kertaisesti kohonneen riskin GC, mikä johtuu todennäköisesti altistumisen samaan ympäristöön liittyvien riskitekijöiden ja /tai perinnöllinen alttius syövälle [30]. parietaalisolujen tuhoaminen löydetty AMAG yhdistettynä tärkeä rooli E-kadheriinin in epiteelin polaarisuus ja mahalaukun rauhas arkkitehtuuri, viittaa siihen, että ituradan korjauksilla CDH1 Vuonna 1998 Guilford ja kollegat kuvattiin ensimmäisen kerran ituradan mutaatioita CDH1 Vahvuus tutkimus on kokoelma 59 valkoihoinen potilaalla on satunnaista GC, 59 FDR ja 20 AMAGs jotka osallistui meidän gastroenterologia palvelua viime vuosina mahalaukun oireita ja diagnoosi tai poissulkeminen GC jälkeen endoskooppinen ja histologiset kudosten arviointia. Kuten koottu taulukkoon 3, erilaisia ituradan CDH1 ID 10 (p.G274S) on uusi missensemutaatio että löysimme vanhan miehen kanssa GC sekoitettu histotype. Tämä vaihtoehto ei havaittu 187 vapaa-syöpä yksilöitä (108BDs + 59FDRs + 20AMAGs) mikä sulkee pois polymorfia. Patogeenisen vaikutuksen ID 10 mutaatiota ei tukenut jälkeen toiminnallista (aggregaatiota ja hyökkäys) in vitro ID 11 (p.A298T) korvaamista eksonissa 7 CDH1 ID 12 (p.T470I) löydettiin 57-vuotias mies (S39), jossa diagnoosi GC . Tämä muutos oli ensimmäinen kuvattu perheen maori etnisyyden kanssa EOGC, mutta aihe osoittaa tämä mutaatio ei vaikuttanut GC ajankohtana tutkimuksen [28]. Täällä, huomasimme, että p.T470I AA muutos siedetty SEULOA ja myös mallintamalla analyysi. Valitettavasti kasvaimen Biopsiakudos yksilö oli riittämätön suorittamaan E-kadheriinin IHC värjäystä. ID 15 korvaaminen (p.A592T) havaittiin kussakin kliinisessä ryhmässä testattu, mikä viittaa todennäköiseen polymorfinen diffuusio. Kuitenkin, tämä muunnos on aiemmin raportoitu liittyvän kilpirauhasen kasvaimet ja lobulaarinen rintasyöpiä [41] - [43]. Rakenteiden analysointi ja in vitro suosittelema viime kliinisen hoidon suuntaviivat [44], tähystys valvonta tulisi suorittaa vuosittain henkilöitä, joiden mutaatiot määrittelemätön merkitys (esim missense). Mielestämme koehenkilöt kätkeminen ID 15 ja ID 10, on noudatettava enintään 10 vuotta ennen ilman rooli vaikka heikko tätä muutosta patogeneesissä GC. ID 2 tunnistimme C to-G muutos ennen aloituskodonin (-71C > G, CDH1 intronisekvenssejä ID 17 variantti (IVS12 c.1937-13T > C) havaittiin 2 naarasta GC (2/59 GC = 3,4%) sekä positiivisia HP infektiota, ja havaittiin myös 1 BD (1/52 = 1,9%, taulukko 3). Sama muutos on aiemmin raportoitu lobulaarinen rintasyövän korkean taajuuden (12/53 = 23%) [47], vuonna HDGC perheet (2/27 = 7,4%) [48] ja EOGC potilailla (7/79 = 8,9% ) [46], mutta myös suhteellinen ohjaus väestöstä [46]. Huomattavaa on, että osoitamme ensimmäistä kertaa, että tämä korvaaminen johtaa poikkeavaan CDH1 Kun FDR ryhmä kohteita, lukuun polymorfisten ja hiljainen CDH1 ID 1 (5'near geeni-176C > T) variantti havaittiin 32-vuotias nainen, jolla tuntematon HP infektio tila. Tämä variantti jo toimitettu suosittuja tietokantoihin, mutta sen merkitys ei ole tiedossa. ID 3 (5'UTR-54G > C) variantti löydettiin 72-vuotiaan miehen positiivinen HP infektio. Kiinnostaa, tämä mutaatio oli jo havaittu terveen 41-vuotiaan japanilaisen aihe, jossa ei ole kliinisesti havaittavissa kasvain aikaan ilmoittautuminen ja kuvata harvinainen variantti kykenee vähentämään transkriptionaalista aktiivisuutta CDH1 ID 9 (introni IVS4 c.532-18C > T) löydettiin 41-vuotias mies aihe negatiivinen HP infektio. ID9 raportoitiin ensimmäisen kerran kaksi EOGC potilasta Englannista ja Portugali, vastaavasti [56], kahdessa HDGC Saksan potilasta ja 1 valvonta koehenkilö samassa tutkimuksessa [35]. Äskettäin ei patogeeninen rooli tämän variantin ehdotettiin [2]. Emme huomaa mitään vaikutusta CDH1 AMAG potilailla on 3-kertainen suhteellinen riski GC ja on koskaan tutkittu CDH1 Yhteenvetona tuloksemme osoittavat, että hyvin tunnettu patogeeninen ID 11 mutaatio (p.A298T) voidaan havaita satunnaisesti GC potilailla täyttämättä tiukat kriteerit HDGC. Lisäksi osoitimme haitallinen vaikutus ID 17 variantin (IVS12 c.1937-13T > C) CDH1 Lopuksi on FDR riskialttiin yksilön GC, löysimme ID 3 variantti (5'UTR-54G > C) mahdollisen lisäämisen vaikutuksen hypermetylaation asema CDH1 Koillis-Italiassa esittelee suuren GC ilmaantuvuus ja kuolleisuus vaikka pienempi suhteessa keskiosassa, kuten Toscanan ja Marchen [57] . Meidän tulokset osoittavat esiintyvyys missensemutaatio CDH1
suoralla sekvensoinnilla, rakennemallinnus ja bioinformatiikan. Toiminnalliset vaikutus liitos arvioitiin varten introni mutaatioita. E-kadheriinin /β-kateniinin immunohistokemiallinen värjäys ja E-kadheriinin mRNA kvantifiointiin käyttäen RT-PCR suoritettiin.
Tulokset
transkriptio kanssa eksonin 11 deleetio. Tämä mutaatio löydettiin 2 GC ja 1 PU. Vuonna FDR tunnistimme 4 vaihtoehtoja: polymorfisen (p.A592T) ja 3 mutaatiot transloimattomat alueet tunnistamattoman toiminnallista roolia paitsi 5'UTR (-54G > C), jotka oli todettu alentavan CDH1
transkriptio. Vuonna AMAGs Havaitsimme 2 muutoksia: 1 missensemutaatio (p.A592T) ja 1 uusi variantti (IVS1 (c.48 + 7C > T)) ilman vaikutus CDH1
liittämiseen. Useita hiljainen ja polymorfiset substituutioita havaittiin kaikissa tutkituissa ryhmissä.
Johtopäätökset
mutaatioita ja niiden toiminnallista roolia GC ja yksilöillä vaarassa GC. Mutaatiot löytyy transloimattomat alueet ja tietojen liittämiseen vaikutuksista ansaitsevat erityistä huomiota kuin liittyy alentunut E-kadheriinin määrä. Hyödyllisyys CDH1
seulonta, lisäksi tunnistaminen muiden riskitekijöiden, voisi olla hyödyllistä havaita varhaisessa vaiheessa GC potilailla on riski (eli FDR ja AMAGs), ja optio lisätutkimuksia.
Ituradan variantit Sporadic mahasyöpäpotilaista ja riskiryhmistä mahasyövän. PLoS ONE 8 (10): e77035. doi: 10,1371 /journal.pone.0077035
Johdanto
(HP) -associated gastriitti [5], [6]. Kuitenkin familiaalinen yhdistäminen tutkimukset korostaa geneettinen taipumus on satunnaista kehittämisessä GC. Taajuus familiaalinen mahalaukun yhdistäminen on noin 10%.
koodaava geeni E-kadheriinin on todettu olevan kausaalinen rooli noin 30% -50% perinnöllisen diffuusi GC (HDGC), autosomaalinen hallitseva GC ja lobulaarinen rintasyöpä alttius oireyhtymä muodostavat 1-3% suvuittain klusterointi GC [9], [10] ja hajanainen GC alatyyppi [11] . CDH1
ituradan mutaatioita (tällainen mutaatio siirtyy jokaisen solun jälkeläisillä ruumis) on nimenomaan liittyy HDGC (noin 30% -40% tapauksista); suuret CDH1
deleetioita on löydetty noin 6,5%: ssa tapauksista [12]. Perinnöllinen suoliston mahasyövän (FIGC) positiivinen suvussa on myös kuvattu mutta toistaiseksi ei ituradan CDH1
viat on liittynyt FIGC tai suoliston GC. Tämä puute todisteita CDH1
mutaatioita suoliston alatyyppi on johtanut hypoteesiin, että familiaalinen klustereiden näissä tapauksissa määräytyy jaetun ympäristötekijät, toisin kuin perinnöllinen geneettinen taipumus. Kuitenkin viimeaikaiset tiedot osoittavat, että CDH1
somaattiset muutokset (esim muutoksia kerääntyvät syöpäsolujen kehon yli ihmisen elinikä) ovat yleisempiä suoliston kuin hajanainen GC [13], mikä viittaa tärkeä rooli CDH1
sekä histotypes. Kuitenkin tarkka esiintyvyys CDH1
ituradan muutoksia suoliston GC on vielä tuntematon. CDH1
promoottori hypermetylaation on yleisin toinen geneettinen osuman GC karsinogeenisia prosessi [14], [15]. CDH1
mutaatiot ovat myös liittyy lisääntynyt alttius invasiivinen ja metastaattinen [16], [17] paksusuolen, virtsarakon, eturauhasen, rinnan ja gynekologisten syöpien [18] - [20]. E-kadheriinin on läpäisevä glykoproteiini, joka on rooli ylläpitämisessä epiteelin kudosrakenne ottamalla Ca 2+ riippuvainen solu-vuorovaikutuksiin [21], [22]. E-kadheriinin käsittää sytoplasmisen domeenin, lyhyt transmembraanidomeeni ja viisi solunulkoinen toista kadheriinin kaltaiset domeenit (EC1-5) span eksonit 4-13 ja sisältää hyvin säilyneitä kalsiuminsitomisominaisuudet alueilla [23], [24] ja niitä ylläpidetään kysteiinin todennäköisesti disulfidisiltojen muodostamiseksi [25].
ituradan mutaatioiden peräkkäisten satunnaisia GC tapauksissa ja riskiryhmistä GC; pääasiassa ensimmäisen asteen GC-sukulaiset (FDR) ja autoimmuunisairauksien metaplastiset atrofinen gastriitti (AMAG) potilasta ohjataan meidän instituutin ruoansulatuskanavan oireet ja endoskopiamäärityksellä. Tutkia rooli E-kadheriinin ilmentymisen, rakenteellisten, toiminnallisten ja immunohistokemiallinen analyysit tehtiin näytteistä, joissa on CDH1
ituradan mutaatio. Tavoitteena tässä tutkimuksessa oli arvioida esiintyvyyttä ja luonnehtivat CDH1
ituradan mutaatioiden peräkkäisten satunnaista GC potilailla puuttuvat kriteerit HDGC luokittelun ja valitun riskiryhmään GC kehityksen, testata hyödylliseksi merkki parantaa kasvaimen varhaiseen havaitsemiseen. Saatuja tietoja voidaan käyttää kehittämään työkalu, joka nopeasti ja edullisesti havaitsee CDH1
mutaatiot pääasiassa läsnä meidän väestöstä.
Tulokset
ituradan geeniseulonta
muutoksia havaittiin näillä potilailla. Mediaani-ikä FDR oli 49 vuotta (vaihteluväli, 28-78 vuotta) ja AMAGs 56 vuotta (vaihteluväli 31-72 vuotta). Niistä 59 GC potilaat, 16 koehenkilöstä oli ensimmäisen asteen sukulainen mukana tutkimuksessa (16/59 FDR). FDR ja AMAGs tuli meidän laitoshoito gastroenterologian käynti ja gastroskopian tentti, ne ilmenevät erilaisia oireita, mutta ei syöpä eikä suolen metaplasiaa /dysplasia oli läsnä näissä aineissa.
geeniseulonnan tulosta luetellaan taulukossa 3 uusi
mutaatiot: 1 introni (ID 5), 1 missense (ID 10), ja 2 hiljainen (ID 13 ja ID18). Kaiken kaikkiaan löysimme 4 vaihtoehtoja, jotka koodaavat aminohappo (AA) korvaaminen (1 novel (ID10) ja 3 Aiemmin muissa populaatioissa (ID 11, tunnus 12, ID 15), 1. 5'near geenialueen ja 2 mutaatiot transloimattomassa (UTR) sääntely elementti (ID 1, ID 3, jo raportoitu) ja 6 substituutioita introni alueilla (kolme mutaatiota: tunnus 5, ID 9, ID 17, kolme introni polymorfisia variantteja: tunnus 4, ID 6, ID 8, luultavasti ole vaikutusta GC cancerogenesis). ei deleetioita tai insertioita löydettiin eksonissa rajoja.
variantteja heterotsygoottisessa tilassa paitsi tunnus 4 ja ID 19, jossa homotsygoottinen tila havaittiin myös.
bioinformatiikka- ennakoiva rooli ja rakennemallinnus tulokset missensemutaatio varianttien löytyi
analyysien tulokset on esitetty taulukossa 4. Kaikki neljä missense vaihtoehdot ovat mahdollisesti haitallista, jonka PolyPhen -2, mutta vain p.A298T (ID 11) ja p.A592T (ID 15) substituutiot voivat vaikuttaa proteiinin toimintaan, jonka SIFT analyysi (taulukko 4). P.G274S (ID 10) että olemme hiljattain kuvattu [26], ei kuitenkaan häiritse paikallista ympäristöä, mutta tuo potentiaalinen tähteen fosforylaatiota ja glykosylaation, joilla voi olla mahdollisia vaikutuksia vakauden ja eheyden E-kadheriinin kuten me hypoteesin [26]. Patogeeniset vaikutus ID 11 korvaaminen on aiemmin perustettu [27], mutta tässä ensin osoitettiin rakenneanalyysiin. Kuten on havainnollistettu kuviossa 2A, AA muutos eksonissa 7 p.A298T (ID 11) on sijoitettu lähelle interaktiivisella välisellä alueella protomeerien EC1 ja EC2. Siten alaniini-treoniini polaarisen tähteen korvaaminen voidaan ajaa H-sidoksen muodostumisen kautta oxydrilic ryhmä ja tämä saattaa häiritä paikallista proteiinin rakenne alueella, joka on olennaista Ca 2+ vuorovaikutusta. Treoniini asemassa 144 on steerisesti osoittanut häiritsevä, koska se on vuorovaikutuksessa kaksi asparagiinihappotähteitä (Asp136 ja Asp 138), jotka ovat suoraan mukana Ca 2 + sitova. Lisäksi sidospituudet ovat erityisen korosti, on alle 3 Å (kuvio 2B).
-glycosylated viittaa tärkeä rooli tämän tähteen proteiinin rakenne. Kuitenkin, kuten osoitti kuviossa 2D, muutos isoleusiini, ei-polaarinen AA hydrofobinen sivuketju, joka voi läpikäydä translaation jälkeisiä muutoksia, ei osoita erityisesti molekyylien välistä jännitystä. Oletamme, että solunulkoiseen, kun läsnä on isoleusiinitähde samassa asemassa kuin treoniini voi suosia proteiini-proteiini-vuorovaikutusten ja tämä mutaatio voisi siten olettaa suojaava merkitys. Viimeinen mutaatio ilmoiteta, p.A592T (ID 15), havaittiin kaikissa ryhmissä testattu (katso taulukko 3), mikä viittaa epätodennäköinen vaikutus GC synnyssä. Tällöin alaniini on extradomain EC4 kypsän E-kadheriinin (kuvio 2E) tarjoaa konformationaalisten vapautta, vaikka läheisyyteen Ca 2 + sitoutumiskohtia. Treoniinin korvaaminen tässä on rajallinen vaikutus paikalliseen rakenteeseen ja vääntö kulmat proteiinin. Emme kuitenkaan voi sulkea pois, että oxydrilic sivusuunnassa ketju voisi olla translaation jälkeinen muokattu erityisesti tilanteessa ja siten vaikuttamaan rakenteeseen ja toimintaan CDH1
(kuvio 2F).
Transcript analyysi Introniset ituradan mutaatioita
transkriptio analyysi. Polymorfiset ja hiljainen variantteja suljettiin pois tämän analyysin, koska ne todennäköisesti ole patogeeninen rooli. cDNA valmistettu ääreisverenkierron valitun GC yksilöiden kätkeminen introni tunnus 5, ID 9 tai tunnus 17 mutaatioita (taulukko 3) verrattiin että kahdelta terveitä verenluovuttajia, yksi ainoa, jolla on sama tunnus 17 mutaation GC potilaiden (BD koodi S190 ), ja toinen (BD koodi S189) sanotun CDH1
mutaatio.
transkripti (kuvio 3B). Kun eristäminen ja sekvensointi, huomasimme, että pienemmän bändi johti ohitetun transkriptio puuttuu eksoni 11, jossa eksonin 10 liitetty suoraan eksonia 12. Tämä poikkeava transkripti havaittiin myös BD S190 kuljettavat samaa ituradan korvaaminen (kuva 3B).
proteiinin runsauden ja mRNA: n ilmentymisen taso henkilöillä osoittaa CDH1
introni mutaatioita
mutaatioita) aiheita. Aihe S10 vaikutti mahasyövän, jollei S97 on ensimmäinen aste suhteellinen potilaan kanssa mahasyövän (FDR), kun taas S189 ja S190 olivat molemmat verenluovuttajia. Me havaittiin kontrollin verenluovuttajien (S189), jossa ei ole CDH1
mutaatio ja potilaita, suhteellinen voimakas lasku E-kadheriinin ilmentymisen (noin 60%, kuva 4) potilaan S10 joilla on molemmat ID 17 mutaation ja GC, kun taas vain noin 2%: n vähennys verenluovuttajien S190, joilla on sama tunnus 17 mutaatio ( p
< 0,05, suhteessa GC S10). For S97 (mutaatio ID 9, FDR aihe), havaitsimme samanlainen E-kadheriinin ilmentymisen kuin kontrolliryhmän S189.
voisi olla ylimääräinen riskitekijä GC kehityksen AMAG potilaalla [31].
geeni [28]. Tämän jälkeen erilaisia mutaatioita on raportoitu perheiden vaihtelevan etnisten ryhmien kanssa diffuusi GC [32], [33]. Ensimmäinen CDH1
ituradan mutaatio kuvattiin italialainen perhe vuonna 2006, potilaalla, jotka täyttivät IGCLC kriteerit HDGC [34]. Kuitenkin vain harvat tutkimukset raportoivat CDH1
ituradan mutaatioita satunnaisia GC tapauksissa ilman familiaalinen aggregaatiota tai henkilöillä, joilla on riski sairastua GC [35], [36]. Lisäksi näissä tutkimuksissa toiminnalliset vaikutukset CDH1
variantteja usein ole tutkittu.
versioiden havaittu. Vuonna 59 GC-sarja, ilman Monimuotoinen ja hiljaisia muutoksia, jotka todennäköisesti ole patogeeninen rooli, löysimme 6 eri substituutioita 9 potilaalla (9/59 GC = 15,2%): 4 missense tyyppi (ID 10, tunnus 11, ID 12, ID 15) 4 erillistä potilaalla (6,8%) ja 2 ei-missensemutaatio tyyppi (ID 2 ja ID 17) 5 erillistä GC (3,4%).
määrityksissä äskettäin raportoitu [26], kuitenkin tietoja in silico
luonnehdinta mutaation ja väheneminen β-kateniinin ilmaisun löytyy kasvainkudoksessa ei voi täysin sulkea pois tämän merkitystä mutaation GC kehittämiseen. Siten tämän päivän tunnus 10 on edelleen uusi CDH1
mutaation kanssa synnyssä määrittämättömän merkityksen.
on jo kuvattu 36-vuotias nuori valkoihoinen mies on HDGC perhe [27]. Meidän sarja, tämä muunnos havaittiin vain 1 uros (S47) 74-vuotiaan sekoitetulla histotype. Mahdollinen patogeeninen vaikutus tämän mutaation on vahvistettu kautta in vitro
toiminnallisia tutkimuksia eri laboratorioissa [27], [37], [38]. Tässä ensimmäinen mallinnuksen tulokset (kuva 2A-B) analysoimalla 3D proteiini-ligandi sitovia vuorovaikutuksia, tukevat voimakkaasti mahdollisuuksia muuttuneen proteiinien toimintaa ja johtavat mahdollisesti molekyylimekanismin että yllä tätä prosessia. Mahdollinen muuttunut proteiinien toimintaa tukivat myös SEULOA analyysi (taulukko 4), jossa on hyvät pisteet. Lisäksi tuoreessa tutkimuksessa, käyttäen in silico
proteiini suunnittelu FoldX algoritminen lähestymistapa [39], toistaa, patogeeninen rooli ID 11 (p.A298T) korvaamista, joka perustuu laskemiseen natiivin tilan vakaus muutosten (AAG > 0,08 kcal /mol) [40]. Tekijät tunnettu potilaat kätkeminen tämän missensemutaatio olevan nuorempi ikä diagnoosin ja hajanainen histotype. Meidän tapauksessamme korosti, että tunnus 11 voidaan myös havaita vanhassa potilaalla sekavin GC.
[35] ja in silico
tutkimuksissa [38], [40] eivät tue synnyssä tämän variantin GC.
5'UTR alue), joka edusti yleisin variantti liittyy GC meidän sarjassa, esiintyy kolmessa 59 GC potilaiden ( 5,1%). Tämä variantti myös raportoitu Suomen tutkimuksessa [45] 1 13 (7,7%) GC: lla potilaista ja 2 51 valvonnan (3,9%), ja myös kaksi EOGC potilasta Pohjois-Amerikan alkuperää (3,4%) [46] . Kaiken kaikkiaan tiedot näistä tutkimuksista viittaavat siihen, että tunnus 2 on melko yleinen mutaatio mutta kirjoittajat eivät ilmoita tietoja ID 2 variantti suhteessa E-kadheriinin ilmentymisen tila. ID 2 löydettiin meidän sarjassa yhdessä suoliston, yksi sekoitettu, ja yksi diffuusi GC histotypes. Kaikki nämä potilaat olivat yli 50 vuotta diagnoosin ja olivat negatiivisia HP infektio. Mikään verrokeilla (n = 111) testattiin ilman GC osoitti, tämä mutaatio (taulukko 3). in situ
arviointiin tai korrelaatio ID 2 ja E-kadheriinin ilmentymisen ei voinut suorittaa puuttumisen vuoksi kasvaimen materiaalia. Mahdollinen patogeeninen vaikutus tämän promoottorin vaihtoehtoa E-kadheriinin ilmentymisen tason ansaitsee lisätutkimuksia.
transkriptio kätkeminen poisto CDH1
eksonissa 11. eksoni 11, sekä osittaiset sekvenssit reunustavien eksonien , kodifioidaan varten EC4 verkkotunnuksen kypsän proteiinin [25]; ID 17 on out-of-kehyksen poiston ja johtaa muodostumista ennenaikaisen stop-kodonilla asemassa 384 EC4 promoottorin. Näin ollen käännetty proteiini CDH1
ID 17 säikeen voisi puuttuu transmembraanidomeeni ja sytoplasminen häntä, joka on mukana β-kateniinin sitova. Sekä S10 ja S46 GC potilailla, joilla on ID 17-mutaatio, osoitti ilmentyminen vähenee E-kadheriinin ja β-kateniinin IHC-analyysit (kuvio 5); GC S10 potilas, jolla on sinettisormus karsinooma, oli diagnosoitu iässä 61 vuotta, ja GC S46 potilas, jolla on diffuusi adenokarsinooma, oli diagnosoitu iässä 58 vuotta. Lisäksi arviointi E-kadheriinin ilmentyminen EBV kuolemattomaksi B-lymfosyytit osoittivat vahvaa vähennys (60%) vuonna GC S10 kätkeminen ID 17 mutaatio verrattuna BD ohjaus (S189) sanotun CDH1
muutoksia, mutta myös verrattuna yhden verenluovuttajana (S190), joilla on samat ID 17 variantti. Koska kaikki aineet kantavat ID 17 mutaation Heterotsygoottisesti varten CDH1
geeni, meidän tiedot osoittivat, että S190 yksittäisiä, mutta ei tuumorisolujen S10 ja S46 potilaat voivat hyödyntää joitakin korvaavia mekanismi, joka ehkäisee E-kadheriinin alassäätöä. Kasvaimissa, E-kadheriinin ali-ilmentyminen on sidoksissa parantaa β-kateniinin transkriptionaalisen aktiivisuuden, joka on pääasiallinen efektori Wnt-reitin [49]. Ilmentymisen suuri määrä geenejä, jotka liittyvät kasvaimen etenemiseen, mukaan lukien sykliini-D1, c- myc
, endoteelikasvutekijä, ja surviviini ohjataan Wnt /β-kateniinin reitin [50]. E-kadheriinin sitoutuminen P-kateniinin estää sen translokaatio tumaan; vastaavasti, vähentäminen E-kadheriinin ilmentyminen voi suosia GC synnyssä kautta lisääntynyt ydinvoiman β-kateniinin kerääntyminen. Koska potilaat S10 ja S46 kanssa ID17 muunnos molemmat naiset osoittavat Helicobacter pylori (HP) infektio, oletamme, että tunnus 17 saattaa liittyä sukupuoleen erityinen ennustetekijä (on hyvin tiedossa, että esiintyvyys GC on suurempi miehillä kuin naisille) ja /tai HP infektio. Deleetio eksonista 11. CDH1
geeni myös kuvattu HDGC potilaalla, mutta tässä viimeksi mainitussa tapauksessa poikkeava liitos liittyi eri introni mutaatio (IVS11 c.1711 + 5G > A) [27] . Kiehtovan, joka on vaihtoehtoisesti saumattu, toimimaton E-kadheriinin transkripti, josta puuttuu eksoni 11 geeni oli myös raportoitu joillakin pään ja kaulan syöpäsolut [51] ja kroonisen lymfaattisen leukemian tapauksissa (KLL) ja vaikkakin alhaisemmalla tasolla kuin KLL myös normaaleissa B-soluissa [52]. Näissä tapauksissa mitään geneettisiä muutoksia eksonissa 11 tai sen reunustava introni alueilla havaittiin; ei-toiminnalliset transkripti on ennenaikainen lopetuskodoni ja hajottaa nonsense-välitteisen RNA: n hajoamisen [52]. Jatkaminen tekijät, sitova alueella eksonin 11 CDH1
, voisi olla muuttunut ekspressiotasoja tai tiloja aktivaation CLL-soluissa verrattuna normaaliin B-solujen äskettäin osoittaneet [53].
mutaatioita, havaitsimme 3 vaihtoa (ID 1, ID3 ja ID 9), joita ei löydy GC.
[54]. Oletamme, että tämä mutaatio ottamalla käyttöön CpG saari CDH1
promoottorialueen lisää todennäköisyyttä CDH1
hypermetylaation, tunnettu tapahtuma suosimalla transkription inaktivointi, varhainen tapahtuma HP gastriitti [ ,,,0],55] ja keskeinen riskitekijä liittyy GC kehittämiseen.
liittämiseen.
ituradan mutaatioita tähän asti. Vuonna AMAG sarjassa löysimme vain polymorfisia variantteja lukuun ottamatta ID 5, uusi introni mutaatio lähellä eksonia 1 (IVS1 c.48 + 7C > T). ID 5 löydettiin naispuolinen 51-vuotiaan kanssa hypergastri-. Emme löytäneet mitään lyhentymisiä tai lukukehyksensiirtojen tuotantoa proteiinin liittyvän tähän mutaatio. Vaikka sarja on pieni (n = 20), näitä tietoja ei näytä tukemaan oleellista merkitystä CDH1
geneettiset muutokset liittyvät AMAG tautiin.
silmukoinnin ja siihen liittyvä lasku E-kadheriinin ilmentymisen ja myös β-kateniinin. Sama tunnus 17 mutaatiota ja silmukoinnin vaikutus löytyi 1 verenluovuttajana mutta rajallinen vaikutus E-kadheriinin mRNA-tasolla, on kiehtova ja ansaitsee lisätutkimuksia. Ottaen huomioon korrelaatio kesken erityinen CDH1
ituradan muutoksia ja kasvaimen histotype, huomasimme, että 8,3% (1 12 GC) sekoitettu (ID11) ja 7,7% (2 26 GC) hajakuormituksen (ID17) alatyyppeihin kuljetti mahdollinen patogeeninen mutaatio.
, tunnettu riski tapahtuma liittyy GC kehittymistä ja etenemistä.
vaihdot vs. ei-missensemutaatio muutoksiin, kuten on raportoitu äskettäin metanalysis keski-high GC riskin alueilla, kuten Keski-Italiassa [58].
Kasvipohjainen ruokavalio voi parantaa nivelreuman
Vakavia COVID-19-komplikaatioita, jotka liittyvät suolen esteen hajoamiseen
Suoliston mikrobiomi liittyy käyttäytymisongelmiin lapsilla
Keuhkojen mikrobiomi ennustaa COVID-19-taudin vakavuuden
Tutkimus linkittää SARS-CoV-2-esiintyvyyden,
Maaseudun ja kaupunkien mikrobiota eroaa nuoresta iästä,
Virustartuntojen diagnosointi mikro- ja nanomittakaavan tekniikoilla
Väestön laajuinen tarve, nopea, herkkä, ja kustannustehokas diagnostinen testaus on lisääntynyt merkittävästi vakavan akuutin hengitystieoireyhtymän koronaviruksen 2 (SARS-CoV-2) seurauksena, koronavi
Vähän todisteita mRNA COVID-19 -rokotteeseen liittyvästä trombosytopeniasta,
ehdottaa uutta FDA -tutkimusta Vaikka joukko rokotteita on otettu käyttöön koronaviruksen 2019 (COVID-19) pandemian torjumiseksi, vakavia haittavaikutuksia on raportoitu, trombosytopenian muodossa. Uu
Ylempien hengitysteiden bakteerien tyyppi voi vaikuttaa astman vakavuuteen
Uusi tutkimus nostaa esiin mahdollisuuden muuttaa astmaoireita bakteereilla, jotka tavallisesti elävät ylemmissä hengitysteissä. Työ, joka julkaistiin 16. 2019, lehdessä Luonnonviestintä , osoittaa,