Forskare säger att en av 125 personer i staden har Crohns sjukdom eller ulcerös kolit - gemensamt känd som inflammatorisk tarmsjukdom (IBD).
De förutspår att denna siffra kommer att stiga till 1 av 98 år 2028, ytterligare belastning på NHS -resurser.
Studien från University of Edinburgh visar att Crohns sjukdom drabbar 284 personer av 100, 000 i Skottlands huvudstad. Världens högsta andel är 322 personer av 100, 000 i Hessen, Tyskland.
Ulcerös kolit, under tiden, drabbar 432 personer av 100, 000 i Edinburgh - andra i världen bara till sydöstra Norge, där det drabbar 505 personer av 100, 000.
Dessa fynd gäller i stort sett resten av Skottland, Storbritannien och i hela västvärlden, säger forskare.
Crohns sjukdom och ulcerös kolit är livslånga och försvagande tillstånd utan känt botemedel. De kännetecknas av mycket oförutsägbara och påträngande symptom, såsom diarré, smärta, viktminskning och extrem trötthet.
Orsaken är okänd, men det antas vara orsakat av ett överaktivt tarmimmunsvar hos genetiskt predisponerade människor. Sammansättningen av normala tarmbakterier och kost kan också spela en viktig roll.
Medan patienter med IBD kräver regelbunden behandling och övervakning, tillståndet har en låg dödlighet. Experter säger att detta - i kombination med en åldrande befolkning - innebär att antalet äldre med IBD kommer att öka under de kommande åren.
Studien publicerades i den vetenskapliga tidskriften Mage .
Dr Gareth-Rhys Jones, klinisk föreläsare i IBD vid University of Edinburghs Center for Inflammation Research, sa:
IBD är ett tillstånd som stör patienter och deras familjer alltför ofta. Våra resultat visar att det behövs mer resurser för att ge patienterna forskningen, behandling och vård de förtjänar. "
Dr Charlie Lees, en konsult gastroenterolog vid IBD -enheten i Edinburgh, Lagt till:
Det råder ingen tvekan om att IBD nu håller på att bli en global pandemi. Denna studie ger välbehövlig data och kan fungera som en startskiva för viktiga nya studier för att hjälpa patienter. "
Sarah Sleet, VD för Crohns och Colitis UK, sade:"Denna viktiga studie bidrar till de växande bevisen på att prevalensen av IBD är betydligt högre än vad som för närvarande erkänns."