Daugeliui odos ligų, tokių kaip atopinis dermatitas ir spuogai, pažeistas odą apsaugantis bakterijų sluoksnis.
Mūsų tikslas yra sužinoti įvairių odos bakterijų rūšių vaidmenį tokiose ligose “.
Dr. Martin Köberle, Dermatoinfekcijos laboratorijos vadovas, Miuncheno technikos universiteto Klinikum Rechts der Isar (TUM)
Ankstesnės dermatologų pastangos ištirti išsamią mikrobiomo sudėtį sukėlė kliūčių. Priežastis:įprastose kultūrose, auginamose agaro plokštelėse, ne visos bakterijos klesti ir dauginasi vienodai gerai. Kaip rezultatas, kai kurios lėtai augančios rūšys gali būti visiškai ignoruojamos. Naujausių genetinių analizės metodų trūkumas yra tas, kad užfiksuojamas didelis kiekis DNR sekų iš odos ląstelių ir negyvų bakterijų fragmentų. Tai sumažina rezultatų informacinę vertę.
Dr. Köberle ir biologas daktaras Yacine Amar, ir profesoriaus Biedermanno komandos TUM dermatologijos ir alergologijos klinikos ir poliklinikos dalis, bendradarbiaudami su tarptautine organizacija sukūrė DNR netikslinių rūšių pašalinimo metodą, tarpdisciplininė komanda. Jie naudojo specialią fermento benzonazės savybę. Jis sunaikina nukleotidų grandines, kurios perduoda paveldimą informaciją visuose gyvuose daiktuose, suskaidydamos jas į trumpus fragmentus. Tik gyvos bakterijos, kurių DNR apsaugo išorinė ląstelių sienelė, išvengia fermento sunaikinimo.
Benzonase buvo naudojamas kurį laiką, pavyzdžiui, baltymams valyti:fermentai suskaido visus svetimus DNR ir RNR fragmentus. Tada juos galima pašalinti centrifugoje, paliekant baltymus. Odos bakterijų atranka veikia pagal tą patį principą:genetinė medžiaga iš odos ląstelių arba negyvų bakterijų yra suskaidoma fermento ir tada gali būti atskirta nuo mėginio. Likusios bakterijos gali būti sunaikintos mechaniškai, leidžianti tirti jų DNR.
„Mūsų eksperimentai parodė, kad šiuo metodu, mes tikrai galime visiškai pašalinti netikslinę DNR ir pasirinkti odos mikrobiomą, "sako projekto vadovė Yacine Amar. Laboratorijoje jis iš pradžių tyrė dirbtinius mėginius, kuriuose buvo žmogaus ląstelių ir negyvų bei gyvų bakterijų mišinys, sukurtas naudojant griežtą protokolą ir iš anksto apdorotas benzonaze." Tada naudojamas procesas-žinomas kaip 16S seka-davė rezultatų. labai tikslus nepažeistų bakterijų sudėties vaizdas, Tikrų odos tepinėlių analizė buvo tokia pat sėkminga:mėginiuose nebuvo rasta negyvų bakterijų DNR liekanų.
Dr Köberle yra įsitikinęs, kad šis požiūris taip pat atliks pagrindinį vaidmenį būsimuose tyrimuose:„Fermentais pagrįsta gyvų odos bakterijų atranka gali padėti mums rasti mikrobų biologinius žymenis tam tikroms dermatologinėms ligoms, taip pat nustatyti bakterijas, kurios turi teigiamą poveikį. apie ligos eigą. Galbūt vieną dieną jie bus naudojami gydymui “. Naujasis mikrobiomų analizės metodas jau naudojamas daugelyje kohortinių odos ligų tyrimų TUM klinikoje ir Dermatologijos poliklinikoje.