Ved mange hudsygdomme, såsom atopisk dermatitis og acne, bakterielaget, der beskytter huden, er beskadiget.
Vores mål er at lære den rolle, som de forskellige slags hudbakterier spiller i sådanne sygdomme. "
Dr. Martin Köberle, Leder af Dermatoinfectology Laboratory, Klinikum Rechts der Isar fra det tekniske universitet i München (TUM)
Tidligere bestræbelser fra hudlæger på at undersøge den detaljerede sammensætning af mikrobiomet har ramt forhindringer. Årsagen:I konventionelle kulturer dyrket på agarplader, ikke alle bakterier trives og formerer sig lige godt. Som resultat, nogle langsomt voksende arter kan helt overses. Ulempen ved nyere genetiske analysemetoder er, at store mængder DNA -sekvenser fra hudceller og fragmenter af døde bakterier fanges. Dette reducerer informationsværdien af resultaterne.
Dr. Köberle og biologen Dr. Yacine Amar, begge dele af prof. Biedermanns team på klinikken og Polyklinik for dermatologi og allergologi på TUM, har udviklet en metode til fjernelse af DNA-ikke-målarter i samarbejde med en international, tværfagligt team. De brugte en særlig egenskab ved enzymet benzonase. Det ødelægger nukleotidkæderne, der bærer arvelig information i alle levende ting ved at bryde dem ned i korte fragmenter. Kun levende bakterier, hvis DNA er beskyttet af en ydre cellevæg, undslipper ødelæggelse af enzymet.
Benzonase har været brugt i nogen tid, for eksempel at rense proteiner:Enzymerne nedbryder alle fremmede DNA- og RNA -fragmenter. Disse kan derefter fjernes i en centrifuge, efterlader proteiner. Udvælgelsen af hudbakterier fungerer efter samme princip:Genetisk materiale fra hudceller eller døde bakterier brydes op af enzymet og kan derefter adskilles fra prøven. De resterende bakterier kan ødelægges mekanisk, tillader undersøgelse af deres DNA.
"Vores eksperimenter viste, at med denne metode, vi kan faktisk fuldstændigt eliminere ikke-mål-DNA'et og vælge hudens mikrobiom, "siger projektleder Yacine Amar. I laboratoriet undersøgte han oprindeligt kunstige prøver indeholdende en blanding af menneskelige celler og døde og levende bakterier, der blev skabt ved hjælp af en streng protokol og forbehandlet med benzonase." Processen, der derefter blev brugt-kendt som 16S-sekventering-gav et meget præcist billede af sammensætningen af de intakte bakterier, "siger forskeren. Analysen af ægte hudpinde var lige så vellykket:Der blev ikke fundet resterende DNA fra døde bakterier i prøverne.
Dr. Köberle er overbevist om, at denne tilgang også vil spille en central rolle i fremtidig forskning:"Det enzymbaserede udvalg af levende hudbakterier kan hjælpe os med at finde mikrobielle biomarkører for visse dermatologiske sygdomme og også til at identificere de bakterier, der har en positiv indflydelse på sygdomsforløbet. Måske vil de blive brugt til behandlinger en dag. " Den nye metode til mikrobiomanalyse bruges allerede i mange kohorteundersøgelser om hudsygdomme på TUM Clinic og Polyclinic for Dermatology.