Anotacija
Fonas
epidermio augimo faktoriaus receptoriaus (EGFR) genų vaidina svarbų vaidmenį navikų išlikimo, invazijos, angiogenezę ir metastazavusiu plitimą. Neseniai atlikti tyrimai parodė, kad skrandžio vėžys (GC) buvo susijęs su polimorfizmų EGFR geno ir aplinkos poveikio, pavyzdžiui, gyvenimo būdo veiksnius. Šiame tyrime septyni žinomi SNP į EGFR egzonų buvo tiriama didelės rizikos Kinijos gyventojų Jiangsu provincijoje patikrinti, ar genetiniai variantai EGFR egzonų ir gyvenimo būdas yra susijęs su padidėjusia rizika GC.
ligoninė pagrindu atvejo ir kontrolės tyrimas buvo atliktas Jiangsu provincijoje. Rezultatai parodė, kad rūkymas, gėrimas ir teikia pirmenybę sūraus maisto buvo reikšmingai susijęs su GC rizikos. Gyvensenos tarp vyrų ir moterų skirtumai gali būti aukštojo dažnis priežasties vyrams negu moterims. Septyni Exon SNP buvo genotipą rs2227983, rs2072454, rs17337023, rs1050171, rs1140475, rs2293347 ir rs28384375. Buvo pažymėta, kad variantas rs2072454 T alelis ir TT genotipą buvo reikšmingai susijęs su padidėjusia rizika GC. Įdomu tai, kad mūsų rezultatas pasiūlė ACAGCA haplotipas gali būti susijęs su sumažėjusiu rizika GC. Tačiau nė reikšmingas ryšys buvo ištirta tarp kitų šešių VNP-ai ir GC rizika tiek visų gyventojų ir amžiaus atitikimo gyventojų net su lyčių skirtumais.
Rūkymas, alkoholio vartojimas ir pirmenybė sūraus maisto, buvo reikšmingai susijęs su GC rizikos Jiangsu provincijoje lyčių skirtumus. Nors tik vienas SNP (rs2072454) buvo reikšmingai susijęs su padidėjusia rizika GC, kartu šešių EGFR Exon SNP kartu gali būti naudinga prognozuoti GC riziką
nurodomoji dalis:. Zhang J Žano Z, VU J , Zhang C, Yang Y, Tong S, ir kt. (2013) asociacija tarp polimorfizmai EGFR Gene egzonų, gyvenimo būdo ir rizikos skrandžio vėžio su lyčių skirtumai kinų hanų dalykų. PLoS ONE 8 (3): e59254. Doi: 10,1371 /journal.pone.0059254
redaktorius: Eithne Costello, Liverpulio Cancer Research UK centras, Jungtinė Karalystė
Įstojo: rugsėjo 19, 2012; Priėmė: Vasario 13, 2013 m Paskelbta: Kovo 29, 2013
Visos teisės saugomos: © 2013 Zhang et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos
Finansavimas:. Šis tyrimas parėmė prioriteto akademinę programą plėtros Dziangsi aukštojo mokslo institucijų (PAPD), Jiangsu Gamtos mokslo fondas (BK2008461), Nacionalinis gamtos mokslo fondo Kinijos (30.973.715 ir 81.001.502), mokslinių tyrimų fondo doktorantūros programa aukštojo mokslo Kinijos (20103237110011) , jaunų mokytojų, Nanjing universiteto tradicinės kinų medicinos. Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį
konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja
Įvadas
Nors tiek sergamumas ir mirtingumas skrandžio vėžiu (GC) sumažėjo pastaraisiais metais, GC buvo ketvirtoji dažniausia piktybinių navikų pasaulyje 2008 metais, su maždaug 989.600 naujų atvejų. Vyrai paprastai sukurti GC du kartus taip dažnai, kaip moterų ir apie 72% naujų atvejų įvyksta besivystančiose šalyse. Apskritai, aukščiausios dažnis yra Azijoje, ypač Rytų Azijos šalyse, pavyzdžiui, Pietų Korėja, Japonija, ir Kinija [1].
Iš tiesų, beveik 40% visų GC atvejais pasitaiko Kinijoje, ir yra puikus geografinius skirtumus GC normas visoje Kinijoje [2]. Daugiau nei du trečdaliai ligonių, kuriems diagnozuota GC Kinijoje turi nerezekuojamas liga ir išgyvenamumo mediana šešių iki devynių mėnesių. Be to, pacientams, rezektabilus navikų, vietos ir tolimi pasikartojimo lygis yra aukštas, o 5 metų išgyvenamumas yra mažesnis nei 30% [3]. Saulė, ir kt. dabar visuotinai pripažįstama, kad GC patogenezė apima daug veiksnių sąveiką tarp aplinkos trigerius ir genetinis polinkis. Epidemiologiniai tyrimai nustatė amžių, lytį skirtumus ir aplinkos veiksnių, kurie gali prisidėti prie GC plėtros, įskaitant sūraus mityba, tabako rūkymas, alkoholio vartojimas ir skaičių Helicobacter pylori epidermio augimo faktoriaus receptoriaus (EGFR) genas yra trumpojo peties žmogaus chromosomos 7 ir gamina glikoproteinas, kurio molekulinė masė yra 170 kDa, kad pasižymi dideliu afinitetu už jo ligandų, įskaitant epidermio augimo faktoriaus (EGF) ir transformuojančio augimo faktoriaus alfa (TGF-α). EGFR dalyvauja kelių esminių kancerogeniniam mechanizmų, tokių kaip naviko išlikimo, invazijos, angiogenezę ir metastazavusiu plitimą. EGFR ekspresija buvo pastebėta daugelio žmogaus navikų, ir keli tyrimai parodė, kad padidėjusi EGFR koreliuoja su prasta rezultatus [11]. GC, EGFR ekspresija koreliuoja su pažangiomis naviko stadijos ir prastos klinikinių rezultatų [12]. Tačiau vaidmenis, kad EGFR ekspresija ir genetiniai pakitimai Žaidžiu skrandžio kancerogenezėje lieka neaiški. Be to, tik keli vieno nukleotido polimorfizmas (SNP) buvo nustatyta, kad asocijuojasi su GC plėtros ir rezultatus [11], [13]. Šiame tyrime mes iškėlė hipotezę, kad aplinkosaugos pozicijų ir lyčių skirtumai veikti kaip efektas modifikatoriai ant genetinės variacijos fone EGFR egzonų, kurie gali paveikti EGFR funkciją, tokiu būdu formuojant GC jautrumą. Norėdami patikrinti šią hipotezę, ligoninė pagrindu tyrimas buvo atliktas, kurioje 387 GC atvejai ir 392 vėžio nemokamai kontrolė didelės rizikos Kinijos gyventojų buvo genotipą septynerius žinomų VNP-ai iš EGFR egzonų, būtent rs2227983 A > G, rs2072454 C > T rs17337023 a > T rs1050171 "G > A rs1140475, C > T rs2293347" G > A ir rs28384375 T >., C medžiagos ir metodai įdarbinimas bylose ir kontrolės Dalyviai Iš pradžių 401GC atvejai ir 420 kontrolės buvo nustatyti; buvo atmesti 3 atvejai iš kitų, taip pat kaip 11 auglių nei adenokarcinoma klausimynus vėžio stokos; 18 patikrinimai buvo atmesti vėžinių susijusių biologinių žymenų besaikis serumo ir 10 kontrolės priemonės buvo atmesti pagal geografinę nuokrypis. Apskritai, bendras gyventojų skaičius su 387 atvejais ir 392 kontrolės buvo galima dabartinį tyrimą dėl būsimo energijos pagrindu analizuoja, tai gaila, kad kontrolė buvo apie 10 metų jaunesnis nei atvejais, todėl su amžiumi atitikimo gyventojų su 294 atvejais ir 294 kontrolė buvo išgauta iš visų gyventojų dėl amžiaus atitikimo palyginimas. Visi dalykai buvo genetiškai nesusiję etninių Han kinų. Pacientai, kuriems yra pirminis GC buvo įdarbinti iš Chirurginės gastroenterologijos departamento Jiangsu Provence ligoninės tradicinės kinų medicinos (TCM) nuo 2008 sausio ir liepos, 2010, Nanjing City, Jiangsu provincijoje. Vėžio be sveikų buvo nuosekliai įdarbinti iš Jiangsu ligoninės TCM, ir jie buvo ligoninių lankytojai už metinį check-up per tą patį laikotarpį. Turi būti įtraukta į tyrimą, pacientai (a) patinų arba patelių daugiau nei 20 metų, bet iki 80 metų, (B) turėjo būti Han kinų tautybės (savęs pranešė), (C) atėjo iš trijų regionų Jiangsu provincija ir turėjo būti vietos ne trumpiau kaip 5 metus, (d) turėjo būti naujai histopathologically diagnozuota pirminė GC, (e) turėjo trūksta ankstesnius piktybinius navikus į kitus organus ir (f) neturėjo priešvėžiniai terapija prieš įdarbinant , įskaitant chemoterapijos ir radioterapijos. Apmokyti Interviuotojas naudojami iš anksto patikrintas klausimyną rinkti epidemiologinius duomenis iš dalyvių, būtent demografinių veiksnių, kaip antai amžiaus ir lyties, ir žinomus rizikos veiksnius dėl GC (pvz tabako rūkymas, alkoholio vartojimas, ir šeimos istorija virškinamojo trakto vėžio) , Asmenys, kurie rūkyti vieną ar daugiau kartų per dieną, nes per metus buvo apibrėžiamas kaip rūkalių, ir tie, kurie suvartojo tris ar daugiau alkoholinių gėrimų per savaitę daugiau kaip 6 mėnesius buvo laikomi lėtinių girdyklas [14], [15]. Pasirašius informuotas sutikimas formas, kiekvieno dalyko paaukoti 3-5 ml periferiniame kraujyje turi būti naudojami genomo DNR ekstrakcijai. Tyrimas protokolas buvo patvirtintas institucinio vertinimo valdybos Jiangsu Provence ligoninės TCM. komercinės kraujo DNR ekstrakcija komplektas (AxyPrep-96 komplektas, Axygen, CA, USA) buvo panaudotas, kad ištrauktų genomo DNR iš kraujo mėginių. Išgryninto DNR buvo laikomi -20 ° C temperatūroje, kol jie buvo naudojami genotipo bandymų. DNR kokybė buvo vertinama agarozės gelio elektroforezės. polimerazės grandininė reakcija-perrišimas aptikimo reakcija (PGR LDR) metodai buvo naudojami genotipas [16]. Gruntai susintetinti Shanghai Sangon biologinės inžinerijos technologijų ir paslaugų (No.698, Xiangmin Rd, Songjiang District, Shanghai, Kinija). Kiekvienas ligazės aptikimo reakcijos zondai rinkinys sudaro vieną bendrą zondą ir du diskriminuojančių zondai dviejų tipų (lentelė S1). taikinio DNR sekos buvo papildyta naudojant Multiplex PGR metodu. PGR reakcijų kiekvienam dalykui buvo atlikti galutinio tūrio 20 įxL, kuriose yra 1 × PGR buferis, 3,0 mmol /l MgCl 2, 2,0 mmol /l deoksinukleotido trifosfatai, 1 iL gruntai, 0,2 mikrol QIAGEN HotStarTaq polimerazės (QIAGEN, Kinija ), 4 įxL 1 × Q-solution, ir 10-20 ng genomo DNR. Terminis dviračių buvo atliktas penkias VNP-ai (rs2227983, rs17337023, rs1140475, rs2293347 ir rs2072454) geno Amp PGR sistema 9600 (PERKINELMER), kurių pradinis denatūravimo 15 min 95 ° C temperatūroje, po 35 ciklų denatūravimo 94 ° C 30 S, atkaitinimo esant 59 ° C temperatūroje 1 min, ir išplėtimo esant 72 ° C temperatūroje 1 min, o po to paskutinį kartą pratęsti 72 ° C temperatūroje 7 min. Už rs28384375 amplifikacijos protokolą sudaro nuo pradinės denatūruojant 15 min 95 ° C temperatūroje, o po to 35 ciklų denatūruojant 94 ° C temperatūroje 30 S, atkaitinimo, esančio 56 ° C temperatūroje 1 min, ir pratęsiant 72 ° C temperatūroje 1 min , o po to paskutinį kartą pratęsti 72 ° C temperatūroje 7 min. Už rs1050171 protokolą sudaro nuo pradinės denatūracija, 15 min, esant 95 ° C temperatūroje, o po to 35 ciklų denatūruojant 94 ° C temperatūroje 30 s, atkaitinimo 53 ° C temperatūroje 1 min, ir pratęsiant 72 ° C temperatūroje 1 min, po to paskutinį kartą pratęsti 72 ° C temperatūroje 7 min. ligavimo reakcija kiekvienam pacientui buvo atliktas galutinis tūris būtų 10 pL, kurių sudėtyje yra 1 × NVUI Taq DNR ligazės buferį, 12,5 pmol kiekvieno zondo mišinio , 0.05 mikrol Taq DNR Ligase [NVUI Biotechnologija (Pekinas)] ir 1 įxL multi-PGR produkto. Zondo sekos yra parodyta S2 lentelėje. Iš viso, buvo atliktas 35 ciklai, sudarytos iš 95 ° C temperatūroje 2 min, 94 ° C temperatūroje 30 s, ir 60 ° C temperatūroje 2 min. Fluorescencinės produktų Ligase aptikimo reakcijų buvo diferencijuojamos pagal ABI sequencer 377 (S1 paveiksle). Norėdami patvirtinti, kad PGR LDR genotipo metodo tikslumą, buvo atliktas tiesioginis DNR sekos atsitiktinai atrinktų PGR produktų. Sekos sudarymo mėginių dalis buvo apie 5%. PGR-LDR genotipa- rezultatai parodė visišką sutikimą su tiesioginių DNR sekos rezultatus. Visi statistinės analizės buvo atliktos naudojant SPSS programinės įrangos versija 16,0 (SPSS Inc., Chicago, IL, JAV). Palyginti pastebėtus dažnių genotipas kontrolinėje grupėje su laukiamais dažnių, Hardy-Weinberg pusiausvyra (HWE) buvo išbandytas pagal gerumą-of-Fit χ 2-testą. Korpusai ir kontrolė buvo palyginti pagal demografines charakteristikas, gyvenimo būdo veiksnių, o alelių dažnio kiekvieno SNP naudojant χ 2 Rezultatai Charakteristikos studijų dalykų "šių studijų dalykų charakteristikos atitiko anksčiau aprašytas [17], [18]. Šiame darbe, bendras gyventojų skaičius su 387 atvejais ir 392 kontrolės ir amžiumi atitikimo gyventojų 294 atvejų ir 294 kontrolės buvo įtrauktos į dabartinę analizę. Lytis, amžius ir geografinį regioną pasiskirstymas studijų dalykų yra parodyta 1 lentelėje Norėdami ištirti GC dažnis tarp vyrų ir moterų skirtumai, pasirinkite gyvenimo kintamųjų skirstiniai buvo analizuojami lyčių skirtumus. Rezultatai parodė, kad šeši gyvenimo būdo veiksniai (ty reguliariai vartojantys maistą, pirmenybę sūraus maisto, valgymo laiką, Rūkymas, geriamojo statusą, ir valgymo pusryčiai) buvo reikšmingai koreliavo su GC rizikos ir jų poveikio gali būti keičiama pagal lytį ir Amžius. Keturi gyvensenos veiksniai, t.y. pirmenybė sūraus maisto, valgyti laiką, rūkymo statusą ir geriamojo statusą, buvo gerokai skiriasi vyrų ir moterų ( P genotipo paskirstymas ir rizikos GC Šiame tyrime buvo nustatytas tik T alelis missense locus rs28384375. Dėl šešių likusių VNP-ai, stebėto genotipas dažnių kontrolės buvo HWE. Kadangi nėra statistinis reikšmingumas buvo prarasta, tik pakoreguotas statistiniai rezultatai buvo parodyta lentelėse. Be visos populiacijos, Tarp EGFR geno alelių, genotipų bei GC rizikos paskirstymo asociacija buvo parodyta 5 lentelėje buvo pastebėtas tik nežymus skirtumas kalbant apie alelių pasiskirstymo rs2072454 ( χ 2 amžiaus atitikimo gyventojų, asociacija tarp EGFR geno alelių, haplotipų ir GC rizikos paskirstymo buvo parodyta 6. Nemaža skirtumas buvo pastebėtas kalbant apie alelių pasiskirstymo ( χ 2 Norėdami pašalinti aplinkos įtaką, mes ištirti ryšį tarp galimų trijų GC susijusių VNP-ai ir GC rizikos amžiui tinkančių gyventojų balansinės sveikatos gyvensenos (7 lentelė) asociacija. Vienas ryškus skirtumas buvo nagrinėjama atsižvelgiant į genotipo paskirstymo rs2072454 ( χ 2 egzonų ne tik koduoti aminorūgščių seką baltymo, bet taip pat yra sekas, kurie daro įtaką vertimo arba iRNR degradaciją [19]. Lokusų buvo sujungti ir pateikti haplotipas inference analizę, naudojant fazės 2.0 programą. Yra keturi galimi haplotipas visų gyventojų, ir trys galimi haplotipas į amžių atitikimo gyventojų, su >dažnio; 4% (8 lentelė, 9 lentelė). Palyginti su GTTGCG haplotipas, logistinės regresijos analizė parodė, kad ACAGCG haplotipas buvo susijęs su rizika GC ženkliai sumažėjo (ARBA = 0,67, 95% PI = 0,49-0,92 P Diskusijos Nors daug naujų GC atvejais buvo pastebėtas visame pasaulyje per paskutinius dešimtmečius, tiksli mechanizmus, sukeliančius skrandžio Kancerogeninis yra dar nėra iki galo suprastas. Panašus į ankstesnių tyrimų [20], [21], mūsų rezultatas parodė, kad vyrai apskritai buvo sukurti GC du kartus taip dažnai, kaip moterų Kinijoje. Buvo pasiūlyta Mykolo ir kt. piktintis tyrimai rodo, kad didelis suvartojamų druska (natrio druskos pavidalu) gali padidinti GC [21], [riziką ,,,0],24] - [26]. Taip pat buvo matyti mūsų pastebėjimą, kad GC pacientai, Jiangsu provincijoje buvo teikiama pirmenybė sūraus maisto, pavyzdžiui, sūdytą mėsą, marinuotomis daržovėmis ir marinuotais daržovių sulčių, kurios gali būti užterštos N-nitrozo junginių. Tačiau N-nitrozo- junginiai buvo dažniausiai siūloma susijęs su padidėjusia rizika susirgti viršutinių-virškinamojo trakto vėžio [27] dažnai. Alkoholio vartojimas ir rūkymas, dar du dominuojantys rizikos veiksniai GC pasaulyje [28], taip pat buvo nagrinėjami šiame tyrime. Mes nustatėme reikšmingą ryšį tarp alkoholio vartojimo ir GC rizikos Jiangsu provincijoje. Ji buvo parodymus pagal laboratorinį tyrimą, kad rūkymas gali padidinti naudojant žiurkių skrandžio gleivinės apoptozę kurie turi būti įrašomi XO veiklos [29] padidėjimu, o alkoholis taip pat gali daryti įtaką rūgšties sekrecijos, skrandžio ištuštinimo, ir tam tikrų rūgšties ligų, susijusių su, pavyzdžiui, gastritas kartu su žalos skrandžio gleivinės, ir taip uždegiminė reakcija, savo ruožtu, skatinti skrandžio ląstelių proliferaciją ir diferenciaciją [30]. Šiame procese N-nitrozo- junginiai ir mikotoksinai iš kai sūraus maisto gali sukelti genų mutacijų [31], [32], todėl pirmenybė sūraus maisto gali būti originalios rizika GC. Ir įrodymų nurodė susitarimą su kelių dalyvaujančių raidos procesų [33] kartu. Pagrindiniai molekulės šių būdų buvo tirozino kinazės receptorius, kurie buvo rasti būtų klaidinga aktyvuotas arba ekspresija į navikų įvairovė, todėl atstovauti perspektyvius tikslus terapinės intervencijos [13]. EGFR buvo vienas iš svarbiausių molekulių , ir daugelis kurie faktai rodo, kad labai invazinės GC yra susijęs su nukrypusiu nuo normos aktyvinimo ar overactivation EGFR dėl geno ar struktūrinių pokyčių [13]. Visai neseniai, atvejo ir kontrolės tyrimas 61 atvejų ir 20 kontrolės Henan provincijoje, esančioje vidurinėje Kinijoje, parodė, kad EGFR rs28384375 C /T polimorfizmo gali skatinti atsirasti ir plėtrą GC [34]. Be to, dar vienas atvejis-kontrolė tyrimas 138 atvejų ir 170 kontrolės Jiangxi provincijoje, įsikūręs pietryčių Kinijoje, parodė, kad EGFR rs763317 G /A polimorfizmo gali susieti su padidėjusia rizika GC [35]. EGFR yra augimo faktoriaus receptoriaus tirozino kinazės ir yra siejamas su receptoriaus tirozino kinazės superfamily, kurios nariai yra būdingas ekstraląstelinės domeno (kur ligando ligandų vyksta), per trumpą lipofilinio transmembraniniu domeno, ir viduląstelinio domeno, kad HARBORS tirozinkinazės veikla [36]. EGFR gali būti aktyvuojamas ligandus, pavyzdžiui, EGF ir TGF-alfa, o ji vaidina centriniai vaidmenis kūrimas, platinimas ir diferenciacijos. EGFR aktyvavimo gali prisidėti prie ląstelių fenotipų transformacijos ir pateikti navikines ląsteles su ženkliu augimo ir išlikimo pranašumų [37]. Daug žmogaus navikų eksponuoti EGFR geno raiška, kuri susijusiam su pažangiosios naviko stadija arba prastos klinikinės rezultatų, tokių kaip nesmulkiųjų ląstelių plaučių vėžio [38], gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžio [39], krūties vėžio [40], galvos ir kaklo vėžio [ ,,,0],41], šlapimo pūslės vėžio [42], ir GC [43]. šiuo metu didėja susidomėjimas SNP mutacijų EGFR, nes jie gali turėti įtakos EGFR tirozino kinazės inhibitorių (TKI) gydymo veiksmingumas įvairiose vėžio [44], gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžys [39], nesmulkiųjų ląstelių plaučių vėžys [45], GC [46] - [49]. Ji yra gerai žinoma, kad egzonų ne tik koduoti aminorūgščių seką baltymo, bet taip pat yra sekas, kurie daro įtaką vertimo arba iRNR degradaciją [19]. Tokiu būdu, EGFR egzono SNP gali turėti įtakos EGFR genų ekspresiją ir /arba baltymų aktyvumo, ir taip pakeisti EGFR giminingumą ne tik dėl jo ligandų, bet taip pat už vaistais nuo vėžio, kad galima taikyti į šią baltymų. Iš tiesų, Puyo ir kt. Šiame tyrime šeši egzonų SNP į EGFR buvo šiek tiek susijęs su GC rizika tiek visų gyventojų ir amžiaus atitikimo gyventojų net su lytimi skirtumai. Buvo pažymėta, kad SNP rs2072454 buvo reikšmingai susijęs su GC rizikos. Ypač variantas rs2072454 T alelis ir TT genotipą buvo susijęs su padidėjusia rizika GC. Tačiau rs2227983, rs17337023, rs1050171 ir rs1140475 SNP nebuvo susiję su GC rizika. Atsižvelgiant į missense locus rs28384375, tik T alelis buvo aptikta atvejų ir kontrolės. Daugelis ataskaitos matyti, kad keli EGFR SNP, įskaitant rs2227983 (taip pat paskirtas Arg521Lys ar R497K) [39], [52], [53], rs1050171 (taip pat paskirtas Q787Q) [54], [55] ir rs2293347 (C2982T) [ ,,,0],56], buvo labiau linkę turėti įtakos biologinės savybės auglių (pvz naviko augimas, invazijos, metastazių ir progresavimo), nei apibrėžti jautrumą vėžio vystymąsi. Nuo EGFR, pagrindinis tarpininkas angiogenezę, gali reguliuoti savo tikslines genus, pavyzdžiui, VEGF, kurie gali tiesiogiai įtakoti auglio biologinė elgsena. Šie rezultatai taip pat paaiškina, kodėl EGFR SNP gali tarnauti kaip pagrindinius veiksnius atsakas į EGFR TKI įsikūrusio chemoterapijos [11]. Todėl šie genų mutacijos gali suteikti sudėtingumą ir varžymasis GC gydymo ir išgyvenimo [57]. Puyo ir kt reikia atkreipti dėmesį į keletą apribojimai šiame tyrime. 1) jo imties dydis galėjo būti pakankamai didelis, kad aptikti SNP su mažo varianto dažnio, pavyzdžiui, rs28384375; 2) polimorfizmas, kurie buvo tiriami šiame tyrime buvo atrinkti atsižvelgiant į jų poveikį EGFR funkciją, ir gali duoti išsamų vaizdą genetinės kintamumą EGFR egzonų; 3) išsami informacija apie GC atvejais nebuvo surinkta, taip pat pacientų išgyvenimo, ar augliai buvo žarnyno arba pasklidųjų taršos rūšis, ar buvo metastazių, ir koks narkotikų terapija poveikis buvo. Taigi, metu tyrimas rodo, kad gyvenimo būdą tarp vyrų ir moterų skirtumai gali būti aukštojo dažnis priežasties vyrams negu moterims. Nors tik vienas SNP (rs2072454) buvo reikšmingai susijęs su padidėjusia rizika GC, kartu analizuojant kitų šešių EGFR Exon SNP kartu gali būti naudinga prognozuoti GC riziką. Tolesni tyrimai yra tikslingas siekiant nustatyti šias išvadas ir spręsti pagrindinius mechanizmus. Padėka Mes pripažįstame magistras Jingye Wang Haixia Xu už pagalbą su DNR atskirai.
[4] įvertino GC įtaką Kinijos gyventojų epidemiologinio analizę savo mirtingumo pasiskirstymo nuo 1990 iki 1992, rezultatai parodė, kad GC buvo pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusio mirtingumo Kinijoje .
infekcija [5] - [8] , Kiti tyrimai nustatė priimančiosios veiksnius ir genetinius pakeitimus, kad taip pat vaidina svarbų vaidmenį kuriant ir progresavimo GC per genų-aplinkos sąveikos [9], [10].
Genomo DNR išskyrimas iš periferinio kraujo ląstelių
genotipo
Statistinės analizės
-test. Už kiekvieną polimorfizmo, šansai santykis (OR) ir 95% pasikliautinieji intervalai (PI) buvo apskaičiuotos iš sąlyginių logistinės regresijos modelių įvertinti pagrindinį poveikį kiekvieno polimorfizmo su GC, o koreguojant nuolatinių Amžius, lytis ir gyvensenos veiksnių. Logistinės regresijos analizę, naudojant didelį alelio kaip nuoroda dirbo įvertinti pritaikytų atokiausi regionai, 95% NVS, ir P
vertės. Tačiau, mes nustatėme, kad lyčių ir amžiaus kintamasis neatitiko proporcingumo prielaida. Taigi, lyčių stratifikacija ir amžius atitikimo buvo naudojamas matuoti atokiausiems regionams ir 95% NVS. Dėl gyvenimo būdo kintamųjų, kurie rodo didelę santykius su GC kontroliuojamomis tik atitikimo veiksnių analizės, mes toliau vertinamas jų nepriklausomumą atliekant analizę pakoreguotų papildomų galimų painiojimą (ty rūkymas, alkoholio vartojimas, sūrus maistas, valgymo metu ir valgyti pusryčiams) į amžiaus atitikimas gyventojų. Ir ETAPAS programinės įrangos paketas "2.0 versija buvo naudojama išvadą haplotipas dažnius remdamosi pastebėtus EGFR genotipų. Viskas, P
vertės buvo dvipusis ir P
vertė. ≪ 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas
< 0,05) (2 lentelė). Buvo pažymėta, kad iš vyrų, vežančių nesveiko mitybos įpročius, pavyzdžiui, pirmenybę sūraus maisto, trumpą valgymo metu, rūkymas ir alkoholio vartojimas procentai, buvo gerokai didesnis nei patelių ( P
< 0,05), kuris gali būti kaip aukštojo dažnis priežasties vyrams negu moterims. Be visos populiacijos, reguliariai vartoti maistą ir valgyti pusryčius sumažėjo moterų GC riziką, o geriamo gali padidinti vyrų GC (3 lentelė) riziką. Be to, tiek pirmenybė sūraus maisto ir rūkymo padidino vyrų ir moterų GC riziką ( P
< 0,05). Panašūs rezultatai taip pat buvo rasta po amžiaus atitikimas, kad reguliariai vartojantys patiekalai sumažino GC ir pageidavimus riziką sūraus maisto ir rūkymo padidėjo tiek vyrų ir moterų GC riziką ( P
< 0,05, 4 lentelė). Tačiau, ten buvo dvi išimtys, kad gėrė padidino vyrų GC riziką ( P
< 0,05), bet ne moterų GC ( P
> 0,05), galbūt dėl to, kad ribota moterų gyventojų, tuo tarpu kasdien valgyti pusryčius sumažėjo moterų GC riziką ( P
< 0,05), bet ne vyrų GC ( P
> 0,05). (4 lentelė)
= 3,844 p = 0,050
) ir logistinės regresijos analizė parodė, kad šio alelio variantas gali būti susijęs su GC rizikos (Pritaikytas arba = 1,23, 95% PI = 1.00-1.50). Tačiau buvo pastebėta jokių reikšmingų skirtumų tarp atvejų ir kontrolės požiūriu alelio platinimo su lyčių skirtumais. Rs2293347 polimorfizmas buvo susijęs su vyrų GC atvejais, nes 73,0% GC atvejais atliekami G alelio, palyginti su 29,5% sveikatos kontrolės (Pritaikytas arba = 6.45, 95% PI = 4.89-8.51 P
< 0,001 ), bet ne genotipas reikšmingai susijęs su GC rizikos. Priešingu moterų gyventojų GA genotipas gali sumažinti moterų GC, nes 34,5% GC atvejais jų vykdymą GA genotipą, palyginti su 38,9% sveikatos kontrolės riziką, tačiau jokių reikšmingų skirtumų tarp alelių ir genotipų dažniai (paskirstymo P
> 0,05). Be to, buvo ištirti jokių reikšmingų skirtumų ne kitų keturių VNP-ai ( P
> 0,05)., Ty rs2227983, rs17337023, rs1050171 ir rs1140475 tarp atvejų ir kontroliuoja net su lyčių skirtumais
= 4,795 p =
0,029) ir genotipas platinimas ( χ 2
= 6,668 p = 0,036
) iš rs2072454, išskyrus į rezultatus 5 lentelė Be to, logistinės regresijos analizė parodė, kad rs2072454 T alelio variantas gali padidinti GC riziką (koreguotas = 0,77, 95% PI = 0,61-0,97; P
< 0,05). Pasak genotipo paskirstymo, didelis skirtumas taip pat buvo stebimas vyrų populiacijoje ( χ 2
= 7,914 p = 0,019
), o ne moterų skaičius ( χ 2
= 0,452 p = 0,798
). Tačiau nebuvo jokių reikšmingų skirtumų tarp atvejų ir kontrolės net su lyčių skirtumus dėl likusių VNP-ai, o būtent rs2227983, rs17337023, rs1140475, rs1050171 ir rs2293347 ( P
> 0,05).
= 6,036 p = 0,049
). Specialiai, logistinės regresijos analizė parodė, kad TT genotipą žymiai padidino GC riziką gyventojų kasdien valgyti pusryčius (Pritaikytas arba = 1,92, 95% PI = 1.07-3.44 P
< 0,05).
< 0,05 reguliuojamas pagal amžių, lyčių ir gyvenimo būdo veiksniai) į visų gyventojų (8 lentelė), o ne su amžiumi atitikimo gyventojų (OR = 0,83, 95% PI = 0,58-1,19 P
> 0,05 pakoreguota amžiaus, lyties ir gyvenimo būdo veiksniai) (9 lentelė). Kiti haplotipas buvo susijęs su žymiai sumažėjo rizika GC (koreguotas = 0,69, 95% PI = 0,52-0,90 visų gyventojų; koreguotas = 0,74, 95% PI = 0,56-0,99 už amžiumi atitikimo gyventojų). Palyginti su ACAGCG haplotipas, The ACAACG gali sumažinti GC rizika (OR = 0,61, 95% PI = 0.40-0.94 pakoreguotą amžiaus, lyties ir gyvenimo būdo) į visų gyventojų, bet P
vertė darė nepasiekia statistinį reikšmingumą pagal Bonferroni korekcijos (8 lentelė).
, Kad daug pasaulio variacijos vėžio dažnis buvo priskirtas aplinkos poveikiams, įskaitant mitybos pageidavimus ir nesveikos gyvensenos veiksnių [22]. Šioje studijoje, todėl mes buvome suinteresuoti, kad patikrinti, ar kai nesveiko gyvenimo būdo veiksniai gali padidinti GC riziką su lyčių skirtumais Kinijoje. Buvo nustatyta Šeši gyvenimo būdo veiksniai, įskaitant reguliariai vartoja maistą, pirmenybę sūraus maisto, mitybos laiką, Rūkymas, geriamojo statusą, ir valgyti pusryčius būti įtakojo GC rizika su lyčių skirtumais, kurie atitiko ankstesnių tyrimų Rytų Kinijoje [20], [23], [24]. Ypač, pirmenybė sūraus maisto, gėrimo ir rūkymo buvo stipriausi ir labiausiai atitinka rizikos veiksniai GC.
Nustatė, kad mutacijos egzonų 18-21 EGFR padidinti TKIs veiklą, o egzonų 2-7 išbraukta yra susijęs su glioblastoma onkogenezei [49]. Be to, du klinikiniai tyrimai parodė, kad SNP į EGFR egzonų 18, 19, 21, ir 25 poveikio klinikinį veiksmingumą gefitinibu ir gali būti potencialūs biologiniai žymenys, dėl klinikinio rezultato Gefitinibą gydytų pacientų, sergančių progresavusia nesmulkiųjų ląstelių plaučių vėžio prognozės (NSLPV) [50], [51].
. [49] analizavo tarp konkrečių EGFR funkcinių polimorfizmas ir priešvėžinių vaistų veiklos asociacija per 60 žmogaus navikų ląstelių linijų nustatytais Nacionalinio vėžio instituto, iš nonsynonymous SNP rs28384375 (taip pat paskirtos Val592Ala) dažnis buvo 0,5, o heterozigotinės dažnis -216G > T SNP (taip pat paskirtas rs287129) buvo 0,346. Ląstelių linijų, kurios buvo heterozigotinė ir variantas homozigotinį -216 G > T SNP parodė žymiai didesnis išraiška EGFR geno nei homozigotinį laukinio tipo linijų. Be to, palyginti su ląstelių linijų skaičius be variantą alelio, kad ląstelių linijos su bent vienas variantas T alelio tuo -216 G > T SNP buvo jautresni erlotinibo ir mažiau jautrūs geldanamicinas, topoizomerazės I ir II inhibitorių, ir alkilinančios. Įdomu tai, kad mūsų rezultatai parodė, kad GTTGCG haplotipas buvo labiau paplitę GC atvejais nei vėžio nemokamai kontrolės, ir kad ACAGCG haplotipas buvo susijęs su rizika GC (koreguotas = 0,67, 95% PI = 0.49-0.92 žymiai sumažėjo ACAGCG, reguliuoti ar = 0,69, 95% PI = 0,52-0,90 kitiems) visų gyventojų (8 lentelė). Tačiau su amžiumi atitikimo gyventojų, nėra reikšmingas ryšys buvo ištirta tarp ACAGCA haplotipas ir rizikos GC (koreguotas = 0.83, 95% PI = 0,58-1,19) (9 lentelė). Taigi, T aleliai iš rs2072454 ir rs17337023, ypač buvę, gali būti susijęs su GC rizika. Todėl, kartu analizė šešių VNP-ai, ypač į T alelių iš rs2072454 ir rs17337023, gali būti naudinga prognozuoti GC riziką
Pagalbinė informacija
S1 paveiksle. Bendrovės fluorescencinės produktai LDR buvo diferencijuojamos pagal ABI sequencer 377 už septynių VNP-ai iš EGFR egzonų. Iš viso daugiau nei 90% produkcijos buvo sėkmingai diferencijuojama pagal ABI sequencer 377.
Doi: 10.1371 /journal.pone.0059254.s001
(TIF)
Stalo S1.
PCR pradmens sekas septynerių lokusų į EGFR geno. Pradmenys buvo sukurta Gruntas Premier 6 programinė įranga ir susintetinti Šanchajus Sangon biologinės inžinerijos technologijų ir paslaugų
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0059254.s002
(DOC)
S2 lentelėje.
Probe sekos septynių VNP-ai iš EGFR geno. Pradmenys susintetinti Shanghai Sangon biologinės inžinerijos technologijų ir paslaugų
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0059254.s003
(DOC)
Mikrobai galėjo numatyti mirtinus rezultatus vėdinamiems COVID-19 pacientams
Buvimas Mikoplazmos seilių ventiliuojamų pacientų, sergančių COVID-19 infekcija, apatiniuose kvėpavimo takuose yra susijęs su padidėjusia mirties tikimybe. Rezultatas buvo molekulinio tyrimo dalis,
Žarnyno mikrobiomas keičiasi gaminant augalinį maistą,
sako naujas tyrimas Kai mokslininkai iš UC San Francisko ir Harvardo susivienijo, norėdami išsiaiškinti, kaip maisto gaminimas veikia žarnyno mikrobiomą, jie nustatė, kad žmonės ir pelės turi didelių
Neišnešiotų naujagimių augimo problemos, susijusios su pakitusiomis žarnyno bakterijomis
Neišnešiotiems kūdikiams, kurie nesugeba augti taip, kaip tikėtasi ar klesti, gali kilti problemų dėl jų mikrobiomos vystymosi, naujas tyrimas rodo. Čikagos Ann &Robert H. Lurie vaikų ligoninės moks
