Éischte mënschleche vaginale net-redundante Genekatalog verëffentlecht

D'Universitéit vu Maryland School of Medicine (UMSOM) Institut fir Genome Sciences (IGS) Fuerscher hunn den éischte Katalog vun Genen erstallt déi d'Gemeinschaft vu Mikroben ausmaachen, déi d'mënschlech Vagina bewunnt. De Katalog, Mënsch vaginale net-redundante Genekatalog (VIRGO) genannt, gouf kierzlech als eng ëffentlech Ressource verëffentlecht déi vu Fuerscher benotzt ka ginn fir e méi am-Déift Verständnis vun der Roll vu vaginale Mikroorganismen an der Gesondheet vun de Fraen ze erliichteren an potenziell zukünfteg Behandlungen fir bestëmmte gynäologesch Bedéngungen z'entwéckelen.

Eng IGS Studie déi d'Entwécklung vu VIRGO beschreift an hir Utility an der Fuerschung demonstréiert gouf haut publizéiert am Natur Kommunikatioun .

"De Wäert vum VIRGO ass datt et souwuel als zentrale Repository funktionnéiert wéi en héich skalierbaren Tool fir séier, korrekt Charakteriséierung vu vaginale Mikrobiome, "sot de Studie Lead Auteur Bing Ma, Dokteraarbecht, Research Associate am Departement fir Mikrobiologie an Immunologie um Institut fir Genomwëssenschaften (IGS) bei UMSOM. "VIRGO ass besonnesch nëtzlech fir Benotzer mat limitéierten Berechnungsfäegkeeten, déi e grousse Volume vu Sequencingdaten analyséiere wëllen a mat Zougang zu enger limitéierter Informatikinfrastruktur. "

D'Gemeinschaft vu Mikroben (Mikrobiota) déi d'mënschlech Vagina bewunnt spillen kritesch Rollen an der Gesondheet a Krankheeten, awer aktuell Wëssen iwwer d'genetesch a funktionell Diversitéit vu Mikrobiome ass ëmmer nach limitéiert. Wëssenschaftler wëssen datt optimal vaginale Mikrobiome meeschtens vun enger oder méi Aarte vu Lactobacillus dominéiert ginn, dorënner Lactobacillus crispatus, L. gasseri a L. jensenii. Fuerschung hindeit datt dës nëtzlech Bakterien grouss Quantitéiten u Milchsäure produzéieren, wat zu engem sauerem Ëmfeld féiert, dee géint schiedlech Infektiounen schützt. Fuerscher zielen méi ze léieren, awer, iwwer wéi dës Bakterien zur Gesondheet a Krankheet vun enger Fra bäidroen.

VIRGO kéint dat Zil erliichteren mat no bei 1 Millioun Genen am Katalog, jidderee kommentéiert mam Numm vun der Bakterie déi se dréit a mat senger Funktioun, bitt eng Kompositioun a funktionell Charakteriséierung vu vaginale Mikrobiome. D'Fuerscher schätzen datt VIRGO iwwer 95 Prozent vun alle Genen enthält, déi a vaginale Mikrobiome fonnt ginn. VIRGO ass also ëmfaassend an d'Studie Team huet gewisen datt et applicabel ass fir Populatiounen aus Nordamerika, Afrika an Asien. Schlussendlech, VIRGO a säin assoziéierten analytesche Kader wäert d'Analyse an d'Interpretatioun vu grousse meta-genomesche a meta-Transkriptomik Datasätz erliichteren an standardiséieren. VIRGO a seng verbonne Dateie si gratis gratis op dëser Websäit verfügbar.

D'Ressource gouf konstruéiert mat enger Kombinatioun vu Metagenomen, déi op IGS sequenzéiert sinn, an urogenitalen bakterielle Isoléiergenome deelweis aus ëffentleche Repositories erofgelueden. Sequencing gouf duerch Maryland Genomics gesuergt, deen Deel vum IGS ass a besteet aus dem Genomic Resource Center (GRC), Informatic Resource Center (IRC) an dem Microbiome Service Laboratory (MSL). Innovativ analytesch Strategien goufen ugewannt fir VIRGO z'entwéckelen, profitéiert vun der computational Infrastruktur an Expertise vun der IGS Microbiome Grupp.

VIRGO wäert d'Analyse vun den Donnéeën erliichteren, déi elo fir Mikrobiomstudien heefeg sinn, erliichteren an e verständlechen Abléck an d'mikrobiell Memberschaft ubidden, Funktioun, an ökologesch Perspektiv vum vaginale Mikrobiom. "

Michael Frankräich, Dokteraarbecht, Postdoctoral Fellow am Institute for Genome Sciences (IGS) bei UMSOM, a Co-Autor vun der Studie

D'Team demonstréiert d'Kraaft vu VIRGO bei der Analyse iwwer 1, 500 vaginale Metagenome. Dobäi kënnt, d'Fuerschungsteam entdeckt datt vaginale Bakterien méi genetesch divers sinn wéi ursprénglech geduecht, dat heescht datt Fraen all hir eege personaliséiert Versioun vun dëse Bakterien droen. Méi wichteg, si hu festgestallt datt optimal vaginale Mikrobiota dominéiert vu Lactobacillus Arten tatsächlech aus verschiddene Stämme vun der selwechter Aart besteet. All Stamm bréngt eng eenzegaarteg Funktioun fir d'Gemeinschaft, an d'Kombinatioun vun dëse Stämme ass wat d'Stäerkt vun de Schutzegeschafte vun der optimaler vaginaler Mikrobiota definéiert.

"Dës Entdeckung ass eng Paradigma verännerend Entdeckung, wéi et d'Feld ewech vun der Iddi beweegt datt een eenzege Stamm vum Lactobacillus verantwortlech ass fir en optimalen Mikrobiom, "sot de Jacques Ravel, Dokteraarbecht, Professer fir Mikrobiologie an Immunologie, Associate Director a Senior Scientist am Institute for Genome Sciences (IGS) bei UMSOM.

Wärend d'IGS Fuerscher weider updaten an ausbauen VIRGO, si wäerten hire Versteesdemech vun der Roll vum vaginale Mikrobiom ënner Bedéngungen wéi bakteriell Vaginose weiderféieren, sexuell iwwerdriwwenen Infektiounen an negativen Obstetrie Resultater abegraff virzäiteg Gebuert. Hir Fuerschung gëtt finanzéiert vum National Institute of Health (NIH), National Institute for Nursing Research (NINR), National Institut fir Allergien a Infektiiv Krankheeten (NIAID), an d'Bill a Melinda Gates Foundation.

"Wichteg Efforte lafen vun der UMSOM Fakultéit fir eist wuessend Verständnis vu mënschlech assoziéierten mikrobielle Gemeinschaften a klinesch Biomarker a Behandlungen ze iwwersetzen, "sot den UMSOM Dean E. Albert Reece, MD, Dokteraarbecht, MBA, Eng deen och Exekutiv Vizepräsident fir Medizinesch Affären ass, Universitéit vu Maryland an den John Z. an Akiko K. Bowers Distinguished Professor. "Dës banebriechend Fuerschung liwwert mächteg, ëffentlech verfügbar Tools fir Fuerscher déi wichteg Gesondheetsprobleemer fir Fraen adresséieren. "

• Kriibschemikalie vum gemeinsame Darmmikrobe
• Nei Entdeckung ännert eist Verständnis vun der Galeproduktioun