Objavljen prvi ljudski vaginalni ne-redundantni gen katalog

Istraživači Instituta za genomske znanosti (IGS) Medicinskog fakulteta Sveučilišta Maryland (UMSOM) stvorili su prvi katalog gena koji čine zajednicu mikroba, koji nastanjuju ljudsku rodnicu. Katalog, nazvan ljudski vaginalni ne-redundantni katalog gena (VIRGO), nedavno je objavljen kao javni resurs koji se može koristiti istraživačima kako bi se olakšalo dublje razumijevanje uloge vaginalnih mikroorganizama u zdravlju žena i kako bi se potencijalno razvili budući tretmani za određena ginekološka stanja.

Studija IGS -a koja opisuje razvoj DJEVICE i pokazuje njezinu korisnost u istraživanju objavljena je danas u Nature Communications .

"Vrijednost VIRGO -a je u tome što funkcionira i kao središnje spremište i kao visoko skalabilan alat za brzo, točna karakterizacija vaginalnih mikrobioma, "rekao je vodeći autor studije Bing Ma, Doktor znanosti, Znanstveni suradnik na Odjelu za mikrobiologiju i imunologiju na Institutu za znanosti o genomu (IGS) pri UMSOM -u. "DJEVICA je osobito korisna za korisnike s ograničenim računalnim vještinama, koji žele analizirati veliku količinu podataka o sekvenciranju i s pristupom ograničenoj računalnoj infrastrukturi. "

Zajednica mikroba (mikrobiota) koja nastanjuje ljudsku rodnicu igra ključnu ulogu u zdravlju i bolestima, ali je trenutno znanje o genetskoj i funkcionalnoj raznolikosti mikrobioma još uvijek ograničeno. Znanstvenici znaju da optimalnim vaginalnim mikrobiomima najčešće dominira jedna ili više vrsta Lactobacillus, uključujući Lactobacillus crispatus, L. gasseri i L. jensenii. Istraživanja sugeriraju da ove korisne bakterije proizvode velike količine mliječne kiseline što dovodi do kiselog okoliša koje štiti od štetnih infekcija. Istraživači žele naučiti više, međutim, o tome kako te bakterije doprinose zdravlju i bolesti žene.

DJEVA bi mogla olakšati taj cilj s blizu milijun gena u katalogu, svaki označen imenom bakterije koja ga nosi i njegovom funkcijom, dajući sastav i funkcionalnu karakteristiku vaginalnih mikrobioma. Istraživači procjenjuju da DJEVICA sadrži više od 95 posto svih gena pronađenih u vaginalnim mikrobiomima. DJEVICA je stoga sveobuhvatna i istraživački tim je pokazao da se može primijeniti na populacije iz Sjeverne Amerike, Afrike i Azije. U konačnici, VIRGO i s njim povezani analitički okvir olakšat će i standardizirati analizu i interpretaciju velikih meta-genomskih i meta-transkriptomskih skupova podataka. VIRGO i povezane datoteke besplatno su dostupne besplatno na ovoj web stranici.

Resurs je konstruiran pomoću kombinacije metagenoma sekvenciranih na IGS -u i genoma urogenitalnih bakterijskih izolata koji su dijelom preuzeti iz javnih spremišta. Sekvenciranje je izvedeno putem Maryland Genomics -a, koji je dio IGS -a i sastoji se od Centra za genomske resurse (GRC), Informacijski resursni centar (IRC) i Servisni laboratorij za mikrobiome (MSL). Inovativne analitičke strategije primijenjene su za razvoj DJEVICE, koristeći računalnu infrastrukturu i stručnost grupe IGS Microbiome.

VIRGO će olakšati analizu podataka koji su sada uobičajeni za studije mikrobioma i pružiti sveobuhvatan uvid u članstvo mikroba, funkcija, i ekološku perspektivu vaginalnog mikrobioma. "

Michael France, Doktor znanosti, Postdoktorand na Institutu za genomske znanosti (IGS) pri UMSOM -u, i koautor studije

Tim je pokazao moć DJEVE analizirajući više od 1, 500 vaginalnih metagenoma. Pritom, istraživački tim otkrio je da su vaginalne bakterije genetski raznolikije nego što se prvotno mislilo, što znači da žene nose svaku svoju prilagođenu verziju ovih bakterija. Što je još važnije, otkrili su da se optimalna vaginalna mikrobiota u kojoj dominiraju vrste Lactobacillus zapravo sastoji od nekoliko sojeva iste vrste. Svaki soj donosi jedinstvenu funkciju u zajednicu, a kombinacija ovih sojeva definira jačinu zaštitnih svojstava optimalne vaginalne mikrobiote.

"Ovo otkriće je otkriće koje mijenja paradigmu, dok udaljava polje od ideje da je jedan soj Lactobacillus odgovoran za optimalan mikrobiom, "rekao je Jacques Ravel, Doktor znanosti, Profesor mikrobiologije i imunologije, Izvanredni direktor i viši znanstvenik u Institutu za znanosti o genomu (IGS) pri UMSOM -u.

Dok će istraživači IGS -a nastaviti ažurirati i proširivati ​​DJEVICU, nastavit će njihovo razumijevanje uloge vaginalnog mikrobioma u stanjima poput bakterijske vaginoze, spolno prenosivih infekcija i štetnih ishoda poroda, uključujući prijevremeni porod. Njihovo istraživanje financira Nacionalni institut za zdravlje (NIH), Nacionalni institut za medicinska sestrinska istraživanja (NINR), Nacionalni institut za alergije i zarazne bolesti (NIAID), i Zaklada Bill i Melinda Gates.

"Fakulteti UMSOM-a ulažu važne napore da naše rastuće razumijevanje mikrobnih zajednica povezanih s ljudima pretoče u kliničke biomarkere i tretmane, "rekao je dekan UMSOM -a E. Albert Reece, DOKTOR MEDICINE, Doktor znanosti, MBA, koji je i izvršni potpredsjednik za medicinska pitanja, Sveučilište Maryland i ugledni profesor John Z. i Akiko K. Bowers. "Ovo revolucionarno istraživanje pruža moćne, javno dostupni alati istraživačima koji se bave ključnim zdravstvenim problemima za žene. "

• Kemikalija za rak iz uobičajenog crijevnog mikroba
• Novo otkriće promijenit će naše razumijevanje proizvodnje žuči