Megjelent az első hüvelyi nem redundáns génkatalógus

A Marylandi Egyetem Orvostudományi Egyetemének (UMSOM) Genomtudományi Intézetének (IGS) kutatói létrehozták az első génkatalógust, amely a mikrobák közösségét tartalmazza, amelyek az emberi hüvelyben élnek. A katalógus, az úgynevezett humán hüvelyi nem redundáns génkatalógus (VIRGO), a közelmúltban nyilvános forrásként jelent meg, amelyet a kutatók felhasználhatnak a hüvelyi mikroorganizmusok nők egészségében betöltött szerepének alaposabb megértésének elősegítésére és bizonyos nőgyógyászati ​​állapotok esetleges jövőbeli kezeléseinek kifejlesztésére.

A mai napon közzétették az IGS tanulmányát, amely leírja a VIRGO fejlődését és bemutatja hasznosságát a kutatásban Nature Communications .

"A VIRGO értéke abban rejlik, hogy központi adattárként és nagymértékben skálázható eszközként is működik a gyors, a hüvelyi mikrobiomok pontos jellemzése, - mondta Bing Ma, a tanulmány vezető szerzője, PhD, Az UMSOM Genomtudományi Intézetének (IGS) Mikrobiológiai és Immunológiai Tanszékének tudományos munkatársa. "A VIRGO különösen hasznos a korlátozott számítási készségekkel rendelkező felhasználók számára, akik nagy mennyiségű szekvenálási adatot szeretnének elemezni, és korlátozott számítási infrastruktúrához férnek hozzá. "

Az emberi hüvelyben élő mikrobák közössége (mikrobiota) kritikus szerepet játszik az egészségben és a betegségekben, de a mikrobiomák genetikai és funkcionális sokféleségének jelenlegi ismerete még korlátozott. A tudósok tudják, hogy az optimális hüvelyi mikrobiómákat leggyakrabban egy vagy több Lactobacillus faj uralja, beleértve a Lactobacillus crispatust, L. gasseri és L. jensenii. A kutatások azt sugallják, hogy ezek a hasznos baktériumok nagy mennyiségű tejsavat termelnek, ami savas környezetet eredményez, amely véd a káros fertőzések ellen. A kutatók többet szeretnének megtudni, azonban, arról, hogy ezek a baktériumok hogyan járulnak hozzá a nők egészségéhez és betegségeihez.

A VIRGO elősegítheti ezt a célt, közel 1 millió génnel a katalógusban, mindegyiken fel van tüntetve a hordozó baktérium neve és funkciója, a hüvelyi mikrobiómák összetételének és funkcionális jellemzésének biztosítása. A kutatók becslései szerint a VIRGO a hüvelyi mikrobiómákban található összes gén több mint 95 százalékát tartalmazza. A SZŰZ tehát átfogó, és a vizsgálócsoport kimutatta, hogy Észak -Amerikából származó populációkra alkalmazható, Afrika és Ázsia. Végül, A VIRGO és a hozzá tartozó analitikai keretrendszer megkönnyíti és szabványosítja a nagy meta-genomiális és meta-transzkriptomikai adatkészletek elemzését és értelmezését. A VIRGO és a kapcsolódó fájlok ingyenesen elérhetők ezen a webhelyen.

Az erőforrást az IGS -en szekvenált metagenomák és az urogenitális bakteriális izolátum genomjai kombinációjából készítették, részben a nyilvános tárolókból letöltve. A szekvenálást a Maryland Genomics segítségével végezték, amely az IGS része, és a Genomikai Erőforrás Központból (GRC) áll, Informatikai Erőforrás Központ (IRC) és a Microbiome Service Laboratory (MSL). Innovatív elemzési stratégiákat alkalmaztak a VIRGO fejlesztésére, kihasználva az IGS Microbiome csoport számítási infrastruktúráját és szakértelmét.

A VIRGO megkönnyíti a mikrobiológiai vizsgálatokban már közös adatok elemzését, és átfogó betekintést nyújt a mikrobiális tagságba, funkció, és a hüvelyi mikrobióma ökológiai perspektívája. "

Michael Franciaország, PhD, Az UMSOM Genomtudományi Intézetének (IGS) posztdoktori munkatársa, és társszerzője a tanulmánynak

A csapat bemutatta a VIRGO erejét több mint 1 elemzésében, 500 hüvelyi metagenoma. Ennek során, a kutatócsoport felfedezte, hogy a hüvelybaktériumok genetikailag változatosabbak, mint azt eredetileg gondolták, ami azt jelenti, hogy a nők mindegyike hordozza a baktériumok saját, személyre szabott változatát. Ami még fontosabb, azt találták, hogy a Lactobacillus fajok által uralt optimális hüvelyi mikrobiota valójában ugyanazon faj több törzséből áll. Minden törzs egyedi funkciót hordoz a közösségben, és ezeknek a törzseknek a kombinációja határozza meg az optimális hüvelyi mikrobiota védő tulajdonságainak erősségét.

"Ez a megállapítás paradigmaváltó felfedezés, mivel eltávolítja a mezőt attól az elképzeléstől, hogy egyetlen Lactobacillus törzs felelős az optimális mikrobiomért, - mondta Jacques Ravel, PhD, Mikrobiológiai és immunológiai professzor, Az UMSOM Genomtudományi Intézetének (IGS) társigazgatója és vezető tudósa.

Míg az IGS kutatói folytatják a VIRGO frissítését és bővítését, tovább fogják érteni a hüvelyi mikrobiom szerepét, például bakteriális vaginosisban, szexuális úton terjedő fertőzések és kedvezőtlen szülészeti eredmények, beleértve a koraszülést. Kutatásaikat az Országos Egészségügyi Intézet (NIH) finanszírozza, Nemzeti Ápolási Kutatóintézet (NINR), Nemzeti Allergiák és Fertőző Betegségek Intézete (NIAID), valamint a Bill és Melinda Gates Alapítvány.

"Az UMSOM oktatói fontos erőfeszítéseket tesznek annak érdekében, hogy az emberrel kapcsolatos mikrobiális közösségekkel kapcsolatos egyre növekvő megértésünket klinikai biomarkerekké és kezelésekké alakítsuk át," - mondta az UMSOM dékán E. Albert Reece, Orvos, PhD, MBA, aki egyben egészségügyi ügyekért felelős alelnök, University of Maryland és a John Z. és Akiko K. Bowers jeles professzor. "Ez az úttörő kutatás erőteljes nyilvánosan elérhető eszközök azoknak a kutatóknak, akik a nők legfontosabb egészségügyi kérdéseivel foglalkoznak. "

• Rák vegyi anyag a közönséges bélmikrobiából
• Egy új felfedezés megváltoztatja az epe termelésével kapcsolatos felfogásunkat