PloS Genetics: zametne linije Mutacije u MAP3K6 su povezane s obiteljskim želučani Cancer

Sažetak pregled

Rak želuca je među vodećim uzrocima smrti izazvane rakom diljem svijeta. Dok hereditarna oblika raka želuca su relativno rijetki, identificiranje gena odgovornih za takve slučajeve mogu informirati dijagnozu i tretman za oba nasljednih i sporadičnih slučajeva raka želuca. Mutacije u genu E-kadherina, CDH1 pregled, račun za 40% od najčešćih oblika raka u obiteljima želuca (FGC), nasljednih difuznom karcinoma želuca (HDGC). Geni odgovorni za preostale oblike FGC trenutno nepoznati. Ovdje smo ispitali veliku obitelj iz Pomorskog Kanade s FGC bez CDH1 pregled, mutacija, i identificirali matične linije kodiranja varijantu (p.P946L) u mitogenom aktivirane protein kinaze kinaze kinaze 6 ( MAP3K6 pregled) , Temelji na očuvanju predvidio patogenost i poznata uloga gena u predispoziciji raka MAP3K6 pregled smatra snažan kandidat i dalje istraživana. Projekcija dodatnih 115 nepovezanih pojedinaca s ne- CDH1
FGC identificirali p.P946L MAP3K6 pregled varijanta, kao i četiri dodatna kodiraju varijante u MAP3K6
(str. F849Sfs * 142, p.P958T, p.D200Y i p.V207G). Somatske drugom hit varijanta (p.H506Y) bio je prisutan u DNA dobivene iz jednog od tumorskih uzoraka i dokaz DNA Hipermetilacija unutar MAP3K6 pregled gena opažena u DNA od tumora drugog pogođenog pojedinca. Ovi rezultati, zajedno s prijašnjim dokazima iz mišjim modelima koji MAP3K6 pregled djeluje kao supresor tumora, a studije pokazuju prisutnost somatske mutacije u MAP3K6 pregled u ne-nasljednih želučanog raka i želučane stanice raka linija, točka prema MAP3K6 pregled varijanti kao predisponirajući faktor za FGC. pregled

Autor Sažetak pregled

temeljne genetske mutacije su uključeni u 60% naslijeđenih slučajeva raka želuca ostaju nepoznati. Ovdje ćemo predstaviti velik, proširen pedigre s obiteljskom raka želuca i povezanost u okviru obitelji s mutacijom u MAP3K6 pregled. Očuvanje, predvidio patogenost varijante, distribuciju tkiva, a poznat funkciju MAP3K6 pregled napravljen ovaj jak kandidat koji opravdano daljnje istraživanje. Ispitivanje dodatnih 115 nepovezanih probanda identificirati dodatne mutacije u MAP3K6 pregled, uključujući i oduzimanja mutacije pregled

Izvor:. Gaston D, Hansford S, Oliveira C, Nightingale M, Pinheiro H, Macgillivray C, et al. (2014) zametne linije Mutacije u MAP3K6 pregled su povezane s obiteljskim rakom želuca. PLoS Genet 10 (10): e1004669. doi: 10,1371 /journal.pgen.1004669 pregled

Urednik: Marshall S. Horwitz, Sveučilište u Washingtonu, Sjedinjene Američke Države Netlogu

Primljeno: 3. ožujak 2014; Prihvaćeno: 14. kolovoz 2014; Objavljeno: 23. listopad 2014 pregled

Copyright: © 2014 Gaston et al. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Sljedeće agencije osigurana sredstva za ovaj projekt: genoma Kanada, Genome Atlantik, Nova Scotia Health Research Foundation, Nova Scotia istraživanja i inovacija povjerenje, Dalhousie Medicinski fakultet Dalhousie Klinike za oftalmologiju, Health Canada, Centar za istraživanje i razvoj lijekova, Capital District zdravlje tijelo, IWK Health Foundation Centre, Capital Health Research Fund, a natjecati se /feder portugalski zaklada za znanost i tehnologiju (FCT), projekti Ref. FCT PTDC /SAU-GMG /110785/2009 i post-doc grant SFRH /BPD /79499/2011 za HP "financiados ne âmbito ne PROGRAMA Operacional TEMATICO Factores de Competitividade (natjecati) e comparticipado pelo fundo Comunitário Europeu feder." MES podržan od SHJ Ste-Justine Centre de Recherche. Autori žele priznati doprinos: genoma Quebec High Throughput Slijed platforme; i Sonia Sousa José Carlos Machado iz Jedinice IPATIMUP Diagnostics, Porto, Portugal. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca je drugi vodeći uzrok raka povezanih smrti u svijetu sa 738,000 smrtnih slučajeva godišnje [1]. Primarni tretman sastoji od kirurških resekcija tumora i može se provesti kemoterapijom i /ili radioterapijom. Stope preživljavanja 5-godišnje nakon kirurške resekcije su visoke, ako se bolest otkrije rano (71% za pozornicu 1A), međutim, oni spadati brzo kada je dijagnoza postavljena u kasnijim fazama (46% stage IIA, 20% Stage IIIA, 4% stadij IV) (National Cancer Institute-a SEER bazu podataka, listopad 2013.). Nažalost, zbog rani simptomi raka želuca nalikuju druge bolesti, otkrivanje često ne odvija tek u uznapredovanom stadiju već postignut [2] pregled

Klasično, raka želuca je podijeljena u dvije vrste:. Crijevne i difuzne [ ,,,0],3]. Crijevni oblik se javlja spontano, a najčešće se nalaze u starijih osoba, dok je raširen oblik se često javlja kod mlađih osoba i može biti povezana s obiteljskom povijesti raka želuca. Populacije s većom učestalosti kroničnog Helicobacter pylori pregled infekcije obično imaju veći teret raka želuca [4]. Većina želučanog karcinoma (90%) su sporadični, a oko 10% emisija obiteljskoj povezanosti [5]. Samo 1% do 3% su uzrokovane nasljednim sindromom, za razliku od ekoloških čimbenika kao što su zajedničke prehrambene prakse [5]. Najviše dobro ustrojen obiteljski oblik raka želuca je nasljedna difuzni karcinom želuca (HDGC [MIM ​​137215]), u kojoj se oko 40% slučajeva pripisuje rasplodnih stanica mutacija u genu koji kodira E-kadherina, CDH1 pregled [6 ] - [9]. pregled

utvrđeno je veliku obitelj iz Pomorskog Kanade s poviješću porodične rak želuca (FGC) prikazuje prividan autosomno dominantni uzorak nasljeđivanja, ali ne nosi varijante u područje kodiranja CDH1 pregled, gen. Dok se obitelj prikazuje mnoge značajke tipične za HDGC, bilo je raznolikost u kliničkoj slici u obitelji, kao i starije dobi nastanka, pa smo odlučili da se jednostavno odnosi na stanje FGC preko strože definirana HDGC. Genomska mapiranje zajedničkih naslijeđenih regije među pogođenih članova obitelji, nakon čega cijelo exome sekvencioniranje, dovela je do identifikaciju zametne linije jednog nukleotida varijanti (SNV) u mitogenom aktivirane protein kinaze kinaze kinaze 6 ( MAP3K6 pregled, ASK2 pregled, MAPKKK6 pregled, MEKK6 pregled, ENSG00000142733), gen koji kodira član serin /treonin protein kinaze obitelji. Nekoliko u silico
metodama predvidio SNV u MAP3K6 biti štetan za proteinima, a prethodne studije s MAP3K6 pregled miševi s nedostatkom [10], kao i pojava mutacija u ovom genu u i primarni želučanih tumora raka i rak želuca stanične linije [11], bili su u skladu s mutacijama u MAP3K6
gena koji je uzročna mutacija. Sekvencioniranje DNA izolirana je izravno iz fiksne tumora primjerak jednog pojedinca pokazali prisutnost de novo
drugi hit varijanti u MAP3K6 pregled. Projekcija dodatnih 115 nepovezanih uzoraka FGC, također negativna za CDH1 pregled, mutacija, otkrila je pet osoba s četiri dodatna SNVs u MAP3K6
koje su također predvidio da se patogeni, kao i nepovezanih osoba sa SNV identificirani u obitelji iz Pomorskog Kanadi. Starost početka varirao između MAP3K6
SNV prijevoznika u pet obitelji, a ne dobila rak, čak i na kasnoj fazi života, što upućuje na nepotpunu pojavnosti. Ovo je prvo izvješće o nasljednog raka proizlazi iz SNVs u MAP3K6 pregled. Pregled

Rezultati

klinički i patološki Procjena pregled

utvrđena velika pomorska kanadski obitelj europskih porijekla u toku rutinske kliničke procjene u nasljednom raka klinici kao dio pomorske Medical Genetics usluge na IWK zdravstvenom centru u Halifax, Nova Scotia, Kanada (slika 1). Sline, krvi ili formalinom fiksne parafin uklopljenih (FFPE) uzorci su dobiveni od 6 članova obitelji s rakom želuca, kao i 27 neutjecanim rodbine, i jedan oženjen-u pojedinca. Ne krvno srodstvo je bio osumnjičen u ovom pedigreom. Pregled

vrpca, pogođeni pojedinac 1884, s metastatskim karcinomom želuca dijagnosticiran je i prošao ukupno gastrektomije u dobi od 51. Patološka pregledom uočeno slabo diferencirani adenokarcinom koji nastaje u antruma želuca u pozadini intestinalne metaplazije i kronični gastritis. Tumor sastavljen je od lista prstenom stanica (Slika 2C i D). Karcinoma prodrlo kroz cijelu debljinu muscularis proprie uključuje seroznog sloj. Nema dokaza o H. pylori pregled je vidio. pregled

vrpca je majčinska teta, individualni 1826, bio je s želučanog karcinoma dijagnosticira u dobi od 80 i doživio djelomičnu gastrektomije. Patološka pregled pokazao umjereno do slabo diferenciranog adenokarcinoma invaziju u muskularis propria (slika 2A). Tumor uglavnom bila sastavljena od kohezivnih gnijezda maligne stanice uz povremeno žljezdanog formacije. Tumorske stanice s oblicima stanica pečatnjak viđeni su u čvrstim područja (slika 2b). Želučana sluznica uz tumor pokazao žarišnu intestinalne metaplazije, bez dokaza o H. pylori pregled. pregled

U dobi od 76 želudac biopsija druge majčine tetke na probandu, individualni 1841, je izvijestio da su umjereno diferenciran adenokarcinom s žljezdanog formacije. H. pylori pregled identificiran je u pozadini želučane sluznice. Mali dio biopsija bio dostupan za preispitivanje. Iako taj uzorak bio premali za potpuni klasifikacije, pokazalo kohezivnih gnijezda maligne stanice s malim žarištima žljezdanog formacije u skladu sa slabo diferenciranog adenokarcinoma. Bilo je nekih tumorskih stanica u uzorku koje pokazuju jasan citoplazmu, ali to se ne može definitivno klasificira kao pečatnjak stanica. Pregled

A želudac biopsija u dobi od 82. 1844. pacijenta, vrpca majka, pokazala je slabo diferencirani adenokarcinom s pečatni značajke ring. Pozadina sluznica je pokazala H. pylori pregled i pjegav intestinalne metaplazije. pregled

Pacijent 1845., prve rođak-jednom uklonjena s probandu, dijagnosticirana u dobi od 59 s nediferencirani karcinom, bez mogućnosti pečatni prsten. Tumor je bio povezan s gustom limfnog infiltrata i bio najbolji klasificirana kao lymphoepithelial karcinoma. H. pylori pregled nije bio viđen u susjedstvu normalnoj sluznici. Tumor je bio pozitivan na dvije intronske varijante u CDH1
oba od kojih se očekuje da budu dobroćudne (NM_004360.3: c.688-83G > A i c.2439 + 52 g > A) pregled <. p> Pacijent 2447, treći rođak, dijagnosticirana u dobi od 44 sa slabo diferenciranog adenokarcinoma bez mogućnosti stanica pečatni prsten. Susjedna želučane sluznice pokazali veliko intestinalne metaplazije. Nije bilo dokaza o H. pylori pregled. pregled

Nakon projekcije panel 115 probanda s ne- CDH1 pregled obiteljskom raka želuca, nevezano obitelj iz Portugala je upisan u našu studiju (slika 3A). Individualno II-6 je rak želuca dijagnosticiran u dobi od 62, nakon što je slabo diferencirani adenokarcinom želuca i prisutnost pečatni prsten stanica. Imunohistokemija analiza pokazala pozitivnu membranskom bojenje E-kadherina u neoplastičnih stanica (Slika 3C), uključujući prstenom stanicama (slika 3b). Srodne pojedinaca I-4, II-1 i II-7 su rak želuca (modrilom detalje nepoznate) u dobi 53, 62 i 52 respektivno dijagnoze. Sva četiri osobe u portugalskom pedigreom umrlo od te bolesti u roku od 5 godina od dijagnoze u ovoj obitelji. U pomorsku kanadskoj obitelji, 1884, 1844 i 1841 je umro od bolesti u roku od jedne godine od dijagnoze. Pregled

Rak želuca je opisano za pacijente 1845 i 2447 nije imala pečatni prsten primijetio te je dijagnosticiran u ranijoj prosječne dobi ( 52 u odnosu na 72, iako je očekivana vrpca je dijagnosticirana u dobi od 51). Temelju razlike u histologiji, osobito nedostatak pečatni stanica prstena na 1845 i 2447 u usporedbi s druge pojedince, moguće je da se bolest u ove dvije osobe predstavlja poseban stanja. Alternativno, moguće je da je obitelj prikazuje složeniju fenotipski uzorak upravljan od strane dva (ili više) gena. Pregled

Molekularna Mapiranje i Isključenje poznata i kandidatima gena pregled

Iako je 30-40% od HDGC slučajeva može se pripisati mutacijama u CDH1 Netlogu, bez mutacije u eksona kodiranje proteina CDH1 pregled pronađeni su u pogođenim pojedincima iz pomorskog kanadske obitelji. Za identifikaciju patogeni loci u ovoj obitelji, visoke gustoće SNP-genotipizacija pomoću Illumina polja je provedeno na pet oboljelih osoba: probandu majke (1844), dvije pogođene majčinih tete (1826 i 1841), te dva daleki rođaci (1845 i 2447) kao i nekoliko pojedinaca povezanih s bilo prijavljenih slučajeva raka čija ljubav je status tretira kao nepoznata (1907, 1924, 1821 i 1822). Za sve osobe osim 1845 genotipizacije podataka je dostupna na 2,5 milijuna markera. Individualni 1845 je prethodno genotipiziran u gustoći od 660K, i nije bio u mogućnosti da se ponovno genotipiziran na veće gustoće. Ne DNA pogodan za SNP genotipa je dobivena iz uzorka FFPE u tom probandu, (1884). Koristeći ove podatke, proveli smo oboje ne-parametarske i parametarsku analizu poluge pomoću Merlin [12]. S obzirom na kasno dobi nastupanja u mnogim pogođenim članova obitelji, pojavnosti u Pomorskom pedigreom je nepoznat. Kako bi se biti konzervativan u identificiranju genomske regije interesa, dva dominantna pojavnosti modele (50% i 99% pojavnosti) pomoću pogođeni pojedinci 1826. 1841. 1844. i 2447 (i pojedinci 1907, 1924, 1821, i 1822. godine s nepoznatim statusom ljubavlju ) su korišteni. Genomske regije utvrđeni u parametarskom analizom spojnici su uglavnom u skladu jedni s drugima bez obzira na parametar pojavnosti izabrao (Tablica 1). Analiza je ponovljen s pojedinačnim 2447 tretira kao nepoznato analizirati samo smanjenu podrijetlo gdje 2447 i 1845 su tretirani kao potencijalni phenocopies (tablica 2). To je rezultiralo nižim ukupnim LOD rezultate za sve regije identificirani, kao i sve više i veće regije u prosjeku, koji obuhvaća veći dio genoma. Pregled

Također, obavlja ne-parametarska veza (NPL), metoda s manje temeljne pretpostavke o Osnovni model nasljeđivanja, koristeći pogođeni pojedinci 1826, 1841, 1844 i 2447 (rodovnice-wide) ili s uklanjanjem 2447 kao potencijalni phenocopy ih navodeći da je od nepoznatog statusa (sub-pedigree). Pedigree-širok genomske intervale su uglavnom u skladu s onima identificirati pomoću dva parametarske modela (Tablica 3). Isključenje 2447 dali su niže ukupne maksimalan rezultat (1.204), koja je pronađena u nekoliko intervala tijekom genoma (Tablica 3). Pregled

genomski intervali identificirane na takav način su korišteni za filtriranje podataka exome sekvenciranja identificirati potencijalni Uzroci mutacije. Da bi se široko u identificiranju mogućih uzročnih mutacije, kako u rodovnu-širok i sub-rodovnu slučaju intervali od dotičnog parametarskih i ne-parametarske analize su u kombinaciji. Za rodovnica širom analizira ovo je unija intervala opisanih u tablici 1, zajedno s odgovarajućim intervalima u tablici 3 (uključujući i 2447), a za sub-rodovnica analize jedinstvo intervalima naći u tablici 2 s odgovarajućim vremenskim razmacima u Tablici 3. ( osim 2447). pregled

cijeli exome sekvenciranje pregled

sljedeći smo proveli cijelo exome sekvenciranje na dvije pogođene majčinske tete na probandu (1826 i 1841), a zahvaćeni treći bratić (2447). ima prednost i filtrira varijante na temelju njihove učestalosti među europskim-silazak populacije (< 2% i stroži filter na < 1%) od 1000 genoma i Exome projekta sekvenciranja bazama podataka, kao i druga exomes sekvencioniranih u isto sekvenciranja usluga, položaj unutar genomske regije od interesa i funkcionalna posljedica mutacije (mijenjanja protein kodirajuću sekvencu ili mjesto cijepanja od najmanje jednog proteinskog kodira transkript). Varijante interesa su zatim sekvencirani Sanger sekvenciranje u drugim pogođenim pojedincima. Inačica za filtriranje na genomske intervalima je provedena zasebno za svaku hipotezu (cijelo rodovnicu i smanjene pedigre) (tablica S1 i S2). Osim identifikacije i filtracije genetskih varijanti, procjenjuje dubinu sekvenciranje pokrivenosti eksona (definiranih setu Konsenzus CDS) u okviru genomske regije od interesa i preko pojedinačnih rezultata exome redoslijeda. Nadalje, tražili smo potencijalno zajedničke varijante koje su "maskirani" od pokrivenosti pitanjima. Za sve varijante promatranih u jednom ili više exomes, ako nema varijanta zabilježeno je u preostalom exome (a), istražili smo je li to zbog slabe pokrivenosti ili pokrivenost praznine unutar eksona. Za varijante gdje je to istina da filtrira pomoću standardnih kriterija (kao gore). Korištenje ove kriterije filtriranja, u nekoliko varijanti s niskim MPŠ i potencijalno ima utjecaj na razini kodira protein zabilježene su u rodovnicu na razini genoma područjima interesa koji su identificirani parametarsku analizu povezivanja; Međutim, ništa nije bilo prisutno u svim pogođenim pojedincima. Dalje ne "maskirani" varijante kandidati su identificirani po istim kriterijima. Pregled

Smatrali smo mogućnost da pojedinci 1845 i 2447 imaju izrazitu kliničko stanje, a ispitao varijante dijele među probandu i uže obitelji. Koristeći iste kriterije filtriranja kao i gore, ali samo pomoću exomes pojedinaca 1826. i 1841. godine, identificirano je ukupno 127 varijanti. Stroži filtriranje za rijetke varijante (MPŠ < 1%) smanjena to broj 85 (Tablica S2). Podskup od tih varijanti, temelji se na kombinaciji čimbenika (mutacija u kozmičkom [13], predviđa učinak mutacije, očuvanje kodirane aminokiseline, literature, koji su poznati izraz uzoraka u normalnim tkivima i tumora, bolesti fenotipova povezanih s gen) su sekvencionirani za praćenje u probandu i njihove majke. Varijanta u MAP3K6 pregled (CHR1, NM_004672) bio je od posebnog interesa. Mutacija identificirana u MAP3K6 pregled (c. [2837C > T] [=], p.P946L) smatrana jak kandidat na temelju poznatih komore drugih MAP kinaza s rakom, a nekoliko publikacija rasvjetljavanju uloga MAP3K6 u nastanku tumora [10], [11], [14], [15]. Ova varijanta bila je već prije (rs141787524) izvijestio je s manje frekvencije alela od 0,7% u genomima Projekt 1000 (Europska silazak grupe) i frekvenciji od 0,4% u europskom američke populacije (Exome Varijanta Server (NHLBI GO Exome projekta sekvenciranja ( ESP). http://evs.gs.washington.edu/EVS [Pristupljeno listopada 2013.]) je bio viđen kao heterozigotnom varijanti u 11 (od 1532) ostale exomes sekvencioniranih na Genome Quebec inovacijskog centra, što odgovara MPŠ od 0,36%. pregled

Ovaj SNV je bio prisutan u četiri pogođenih pojedinaca u Pomorskom obitelji (1884, 1826, 1844, 1841), od kojih su tri jasno pokazala prisutnost pečatni prsten stanica. Samo mala punch biopsija bio dostupan za majčine tetke, 1841, dakle, nismo bili u mogućnosti da se definitivno potvrditi prisutnost ili odsutnost pečatni prsten stanica. MAP3K6
SNV je također bio prisutan u pet od 27 trenutno nepromijenjenih rođaka iz uzorka, a nije bio prisutan u oženjen-u rođak. Jedan od nosača je homozigota za SNV i bio je više od 80 godina, bez prijavljenog raka. Iako nije krvno srodstvo je bio prijavljen u obitelji, a nema dokaza o broju kopija varijacije zabilježeno je u genotipa podataka SNP, ovaj pojedinac je bio i homozigota za 10 Mb regiji koja obuhvaća lokusa. Preostali nosači bili su u dobi od 33 do 51, a ovisno o dobi pojave raka općenito je kasnije, njihov status se smatra "nepoznato". Oba pojedinci, 1845 i 2447, s fenotipski različita karcinoma želuca bili negativni za MAP3K6
SNV KiM. Pregled

somatske Varijante unutar tumora pregled

Sljedeći koristio DNA je izolirana iz tumorske dio uzorka FFPE zahvaćene MAP3K6
SNV nosača 1884. (probandu) na zaslonu za dodatne somatskih SNVs ili gubitak heterozigotnosti (LOH) unutar samog tumora. Osim p.P946L varijanti, identificirali smo novi SNV u MAP3K6 pregled gena u položaj c [1516C > T]. Što dovodi do p.H506Y promjena aminokiselina (Tablica 4), i bili su u stanju zaključiti da je SNV somatski je stekla na temelju podataka sekvence iz bračnog druga i djece. pregled

Provjera u nepovezanim FGC Kućišta

prikazivali smo uzorke DNK od dodatnih 115 nepovezanih FGC pojedinaca Korištenje mnogostrukog ciljano sljedeće generacije sekvenciranje analiza. Uzorci su bili iz nesrodnih obiteljima koje su zadovoljile međunarodne želuca povezanost raka konzorcij (IGCLC) kriterije za nasljedne difuznom karcinoma želuca (106), ali je ranije su negativni za mutaciju u CDH1 pregled lokus ili obiteljskom crijevnih karcinoma želuca. Unutar ove skupine, identificirali smo pet dodatnih heterozigota SNVs u MAP3K6 pregled gena (Tablica 4): a. Oduzimanja SNV (. C [2544delC], p.F849Sfs * 142), tri misscnsc SNVs (c [2872C >a], p.P958T; c. [598G > T], p.D200Y i c [620T >, G] p.V207G) i druga osoba s p.P946L (c [2837C >. T] ) varijanta, prethodno pronađen u Pomorskom obitelji (Slika 4). Mutacije u MAP3K6 pregled su otkriveni samo u pojedincima koji ispunjavaju kriterije za difuznom karcinoma želuca (106). Pojedinac u ovom novom skupini bolesnika koji nosi p.P946L varijanta smatra se da je povezana s pomorskom obitelji. Pregled

skraćivanjem SNV zabilježeno je u portugalskom pojedinca s obiteljskom povijesti raka želuca (Slika 3A). Iako je ovaj SNV ima identifikator dbSNP (rs34008139), bez frekvencije populacija je povezana s njim iz bilo 1000 genoma ili Exome Inačica poslužitelja projekata. Ovaj SNV također je izvijestila u kozmičkom bazi podataka [13] (somatski /klica status nije navedeno) u uzorku karcinoma debelog crijeva. Histološko ispitivanje probandu je tumor pokazao slabo diferencirani želučani rak s prstenom stanicama zadržava ekspresije E-kadherina proteina na staničnoj membrani (Slika 3B i 3C). Pregled

p.D200Y varijantu je nađeno u probanda iz dvije nepovezane obitelji, a uočen je unutar genoma skupini iz 1000 (rs41291098), ali je također rijetka s manje frekvencije alela (MAF) od 0,4% u oba 1000 genoma i Exome projekta sekvenciranja europskog podrijetla skupine. P.P958T varijanta (rs75893867) nema MAF prijavio ni u 1000 genoma ili Exome projekta sekvenciranja europskog podrijetla skupova podataka, a samo je identificiran u 1000 genoma između japanske skupine na frekvenciji od 2,2%. Međutim, to je identificiran, u kozmičkom (COSM99077) kao somatske mutacije kod pacijenta želučanog karcinoma. P.V207G varijanta je identificiran u Exome projekta sekvenciranja Europsko-američke skupa podataka s MPŠ od 0,01%. To nije bio identificiran među europskim ili europskog podrijetla skupina unutar 1000 genoma, ali je uočena u drugim grupama u rasponu od manjih učestalosti alela. Pregled

Uz MAP3K6
, 50 dodatnih gena prethodno predložio da se uključe u rizik za bolesti gornjeg gastrointestinalnog trakta su sekvencirani za ovu skupinu pomoću prilagođenih panel testu (rukopis podnosi). Geni za ekran običaj MiSeq-based su odabrani na temelju pregleda literature, kao i gena od interesa u zajedničkim projektima. U slučajevima gdje je MAP3K6 pregled identificirano misscnsc varijante nisu donijeli druge varijante kandidati. Pregled

Druga Hit analiza u tumor od portugalske Obitelj pregled

FFPE tumorskog tkiva bio dostupno za probandu iz portugalskog obitelji nosi p.F849Sfs * 142 klica oduzimanja mutaciju. Somatske mutacije su isključeni u cjelokupnu sekvencu i introna-eksona granica MAP3K6 Netlogu u probandu je tumor. Nedostatak Loh na MAP3K6 pregled gena mogla bi se izvesti na taj tumora, kao i divljeg tipa i mutiranih alela može se odrediti na mjestu mutaci (Dopunski Slika S2). Stoga tražili pretpostavljenim alternativnih mehanizama inaktivirani. Hipermetilacija CpG otoka unutar gena promotora i regulatornih regija je uobičajena pojava dovodi do smanjene ekspresije gena kod raka [16]. MAP3K6 pregled regulacija promotora Hipermetilacija je opisano za ljudska koštane srži mezenhimalne matičnih stanica [17], iako nije utvrđena korelacija Hipermetilacija i ekspresije gena. Tražili smo MAP3K6
CpG otoke [18] i pronašli dva CpG otoka, jedan na promotorske regije, a drugi obuhvaća eksona 10 i dio nizvodno introna (slika 5 i Dopunski Slika S1). Nizvodno Otok CpG (CPG otok 2) je u blizini DNaza preosjetljivi stranica predvidio sklanjanje promotor povezan značajke (Ensembl regulatorne značajka ID ENSR00000533270, Slika 5). Mi bisulfit obrađen DNK: probandu je limfocita u perifernoj krvi (PBL); probandu tumora; četiri različite zdravih kontrolnih uzoraka želuca, i; Sedam želučani stanične linije raka. Za promotora otoka CpG (CPG otok 1), bez Hipermetilacija je otkriven pomoću dva različita primera seta (slika 5 i dod. Slika S1). Što se tiče CpG Island 2, gledali smo potpunu metilacije za DNK tumora i bez metilacije za PBL DNK. Zanimljivo je da je analiza metilacije na otoku CpG 2 u normalnom sluznicu želuca od kontrole prikazuje djelomičnu obrasca metilacije. U skladu s rezultatima dobivenim za tumorsku DNA, svih sedam želučani stanične linije raka prikazuje punu metilacije (slika 5. i dod. Sliku S1). Pregled

patogenosti SNVs u MAP3K6

Primijenili smo razne u silico pregled metoda za predviđanje patogenost promatranih missens SNVs. Iako ne postoji puni konsenzus preko programa (Tablica 5), ​​sve SNVs smatrani su štetni barem jednom programu, a osim p.V207G i p.P958T, ostale četiri varijante opisane u ovom izvješću su predviđeni da budu štetne po barem 3 od 7 metodama. Osim toga, EvoD [19] predviđene konsenzus (na temelju uravnoteženom kombinaciji EvoD, PolyPhen2 [20], i prosijati [21] bodovanja) su izvijestili da su tri varijante (p.D200Y, p.V207G, p.H506Y ) bili su štetni ili vjerojatno biti štetno. Dvije preostale varijante, p.P946L i p.P958T, su predvidjeli da će vjerojatno biti neutralne promjene iako su evolucijski iznimno očuvan i dobro očuvan (prema EvoD evolucijske klasifikaciji HNB), odnosno; dok je samo jedna od druge tri varijante (p.D200Y) se smatra dobro očuvan, a druga dva su manje-očuvan. Kao što je (i) MAP3K6 pregled oduzimanja varijanta je pronađen, (ii) bilo je drugi hit varijanta identificirati u pojedincu za kojeg je pregledao FFPE tkiva, i (iii) sve ispitane su dizajnirani za programe predvidjeti patogenost na temelju gubitka funkcije, vrlo je vjerojatno da su varijante opisane bila ili smanjenja funkcije ili dominantnog negativnog fenotipa. pregled

Rasprava pregled

Ovdje ćemo predstaviti prvi dokaz da zametne linije mutacije u MAP3K6 pregled povezani su naslijedili raka. Četiri osobe s rakom želuca iz pomorskog kanadske obitelji pronađeni su nositi heterozigot varijantu u MAP3K6 pregled gena, što je dovelo do promjene p.P946L aminokiselina. To klica varijanta, koji se nalazi na kromosomu 1, identificirana je u dva od tri uzorka exome a nalazi se unutar područja identificirana parametarske i ne-parametarske analize povezivanja unutar pod-pedigre (1845 i 2447 tretira kao "nepoznat" status bolesti) , Značaj MAP3K6 pregled varijanta je podržan od strane identifikaciju somatskih drugom pogođenom mutacije u MAP3K6 pregled gena na p.H506Y prisutan u DNK izolirana direktno iz tumorskog dijela bolesnika FFPE uzorak. Dvije osobe iz pedigrea s rakom želuca, ali s nekim fenotipskih razlika nije nose mutaciju; Međutim, nema varijante kandidati su identificirani dijele između svih zainteresiranih pojedinaca unutar bilo koje regije identificiran, tako parametarskom povezivanja provodi rodovnicom svijeta. pregled

Screening dodatnih FGC obitelji otkrila je pet drugih MAP3K6
mutacije, uključujući i p.F849Sfs * 142 klica mutacija promatrana u portugalskom probandu, za koju se očekuje da će dovesti do proteina kraćenja. Nakon isključivanja somatske mutacije i LOH, potencijalni drugi hit mehanizam pronađen je preko
Hipermetilacija na intragenetskom CpG otoku u blizini predviđenim promotor povezan regulacijskog elementa (DNAzu sam preosjetljivi stranica). Relevantnost metilacije na to MAP3K6 pregled regija gena ne može se utvrditi u smislu utjecaja na ekspresiju gena, ipak mogućnost da djeluje kao mogući drugi pogođenom inaktivacije (djelomična ili potpuna) mehanizam je uskrsnuo, s obzirom na rezultati dobiveni u normalnim želuca i staničnim linijama karcinoma. Ako je tako, to može i predstavlja još jedan primjer sve više priznat koncept koji metilacije DNA u tijelu gena nije samo pasivni svjedok transkripcije gena, ali aktivno sudjeluje u više procesa regulacije gena [22], koje opravdavaju daljnje istraživanje. Patohistološki analiza pojedinca od portugalskog obitelji koji nosi ovaj krati mutaciju sadržanu pečatnjak-ring stanica kao dio fenotipa tumora, kao i većina pojedinaca iz Pomorskog pod-pedigre (osim 1841., gdje je stanje pečatni prsten je bio sumnjiv zbog nedostatka dovoljno materijala). pregled

Iako je MAP3K6 pregled mutacije nisu ranije bili identificirani u naslijeđenom raka, postoji sve više dokaza da je MAP3K6 pregled ima važnu ulogu u patogenezi raka , U miševa, gdje MAP3K6 pregled obično se izražava u želučanom tkiva i kože, gubitak MAP3K6 pregled kod homozigota knockout miševa otkrili da se poveća osjetljivost na inducirane raka kože [10]. Miševi nije razvio rak spontano; Međutim, kemijska indukcija provedena u prisutnosti upalnog podražaja dovela do većeg broja tumora kože u MAP3K6
deficijentnih miševa nego u kontrolnoj skupini. Broj tumora u Heterozigotna ( MAP3K6 pregled ^{+/-) miševa, kao i njihova veličina, bio posrednik između divljeg tipa i knock-out miševi, što ukazuje na ulogu MAP3K6 pregled doza po svojim učincima [10].}