Publié dans Biologie de la communication , leur article avance l'hypothèse de l'existence de composants ancestraux du microbiote humain qui vivaient dans le tractus gastro-intestinal humain depuis avant la séparation entre l'Homo Sapiens et les Néandertaliens qui s'est produite plus de 700, il y a 000 ans.
« Ces résultats nous permettent de comprendre quels composants du microbiote intestinal humain sont essentiels pour notre santé, car ils font partie intégrante de notre biologie également d'un point de vue évolutif" explique Marco Candela, le professeur du Département de pharmacie et de biotechnologie de l'Université de Bologne, qui a coordonné l'étude.
« Aujourd'hui, il y a une réduction progressive de la diversité de notre microbiote en raison du contexte de notre vie moderne :les résultats de ce groupe de recherche pourraient nous guider dans l'élaboration de solutions adaptées à l'alimentation et au mode de vie pour contrer ce phénomène ».
Le microbiote intestinal est la collection de milliers de milliards de micro-organismes symbiotes qui peuplent notre tractus gastro-intestinal. Il représente une composante essentielle de notre biologie et remplit des fonctions importantes dans notre corps, comme réguler notre métabolisme et notre système immunitaire et nous protéger des micro-organismes pathogènes.
Des études récentes ont montré comment certaines caractéristiques de la modernité - telles que la consommation d'aliments transformés, l'usage de drogues, la vie dans des environnements hyper-assainis - conduisent à une réduction critique de la biodiversité dans le microbiote intestinal. Cet épuisement est principalement dû à la perte d'un ensemble de micro-organismes appelés « vieux amis ».
Le processus d'épuisement du microbiote intestinal dans les populations urbaines occidentales modernes pourrait représenter un signal d'alarme important. Ce processus d'épuisement deviendrait particulièrement alarmant s'il impliquait la perte de ces composants du microbiote qui sont cruciaux pour notre physiologie."
Simone Rampelli, Premier auteur et chercheur de l'étude, Université de Bologne
En effet, il y a des signes alarmants. Par exemple, dans l'ouest, nous assistons à une augmentation spectaculaire des cas de maladies inflammatoires chroniques, comme les maladies inflammatoires de l'intestin, syndrome métabolique, diabète de type 2, et le cancer colorectal.
Comment identifier les composants du microbiote intestinal les plus importants pour notre santé ? Et comment les protéger avec des solutions ciblées ? Ce fut le point de départ de l'idée d'identifier les traits ancestraux de notre microbiote - c'est-à-dire le noyau du microbiote intestinal humain, qui est resté cohérent tout au long de notre histoire évolutive.
La technologie permet aujourd'hui de relever avec succès ce défi grâce à un nouveau domaine scientifique, paléomicrobiologie, qui étudie les micro-organismes anciens à partir de vestiges archéologiques grâce au séquençage de l'ADN.
Le groupe de recherche a analysé d'anciens échantillons d'ADN collectés à El Salt (Espagne), un site où vivaient de nombreux Néandertaliens. Être plus précis, ils ont analysé l'ADN ancien extrait de 50, Fèces sédimentaires vieilles de 000 ans (le plus ancien échantillon de matières fécales disponible à ce jour).
De cette façon, ils ont réussi à reconstituer la composition des micro-organismes peuplant l'intestin des Néandertaliens. En comparant la composition du microbiote des Néandertaliens à la nôtre, de nombreuses similitudes suscitées.
"Grâce à l'analyse de l'ADN ancien, nous avons pu isoler un noyau de micro-organismes partagé avec l'Homo sapiens moderne", explique Silvia Turroni, chercheur à l'Université de Bologne et premier auteur de l'étude. "Cette découverte nous permet d'affirmer que ces anciens micro-organismes peuplaient l'intestin de notre espèce avant la séparation entre Sapiens et Néandertaliens, qui s'est produit vers 700, il y a 000 ans".
Ces composants ancestraux du microbiote intestinal humain comprennent de nombreuses bactéries bien connues (parmi lesquelles Blautia, Dorée, Roseburia, Ruminocoque, et Faecalibacterium) qui sont fondamentaux pour notre santé. En effet, en produisant des acides gras à chaîne courte à partir de fibres alimentaires, ces bactéries régulent notre équilibre métabolique et immunitaire.
Il y a aussi la Bifidobacterium :un micro-organisme jouant un rôle clé dans la régulation de nos défenses immunitaires, surtout dans la petite enfance. Finalement, dans le microbiote intestinal de Néandertal, les chercheurs ont identifié certains de ces « vieux amis ».
Cela confirme les hypothèses des chercheurs sur la nature ancestrale de ces composants et leur épuisement récent dans le microbiote intestinal humain dû à notre contexte de vie moderne.
« Dans le scénario de modernisation actuel, dans lequel il y a une réduction progressive de la diversité du microbiote, ces informations pourraient guider des stratégies intégrées adaptées à l'alimentation et au mode de vie pour protéger les micro-organismes fondamentaux pour notre santé", conclut Candela.
"À cette fin, promouvoir des modes de vie durables pour notre microbiote intestinal est de la plus haute importance, car il aidera à maintenir les configurations compatibles avec notre biologie".
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