PLOS ONE: Socioekonomiska och näringsfaktorer konto för föreningen för magcancer med Amerindian An i en latinamerikansk blandas Population

Abstrakt

Gastric cancer är en av de mest dödliga cancerformer och förekomsten varierar över hela världen, med den andinska regionen i Sydamerika visar höga incidensen. Vi utvärderade den genetiska strukturen av befolkningen från Lima (Peru) och utförde en fall-kontroll genetisk associationsstudie för att testa bidrag afrikanska, europeiska, eller indian anor riskera för magcancer, kontrollerar för effekten av icke-genetiska faktorer . Ett stort antal socioekonomiska, kost, och klinik information samlas in för varje deltagare i studien och anor uppskattades baserat på 103 anor informativa markörer. Även stadsbefolkningen från Lima brukar betraktas som mestizo (dvs blandas från afrikaner, européer och indianer), observerade vi en hög andel av indian anor (78,4% i de fall och 74,6% för kontrollerna) och en mycket låg afrikansk anor (< 5%). Vi bestämde att högre Native American enskild härkomst är associerad med magcancer, men socioekonomiska faktorer som är förknippade både med magcancer och Infödd amerikan konto för denna förening. Därför gör den höga förekomsten av magcancer i Peru inte verkar vara relaterade till mottaglighet alleler som är vanliga i denna population. I stället föreslår vårt resultat en dominerande roll för etniska associerade socioekonomiska faktorer och skillnader i tillgång till hälso- och sjukvård. Eftersom indianer är en eftersatt grupp i iska studier, föreslår vi att befolkningen från Lima och andra stora städer från västra Sydamerika med hög indian anor bakgrunden kan vara praktiska mål för epidemiologiska studier fokuserade på denna etniska grupp.

Citation: Pereira L, Zamudio R Soares-Souza G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012) Socioekonomiska och näringsfaktorer konto för föreningen för magcancer med Amerindian An i en latinamerikansk blandas Population. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10.1371 /journal.pone.0041200

Redaktör: Zongli Xu, National Institute of Environmental Health Sciences, USA

Mottagna: 1 mars 2012, Accepteras: 18 juni 2012, Publicerad: 3 augusti, 2012 |

Detta är ett öppet tillträde artikeln fri från all upphovsrätt, och kan fritt reproduceras, distribueras, överföras, modifieras, byggd på, eller på annat sätt användas av någon för något lagligt syfte. Arbetet görs tillgänglig under Creative Commons CC0 public domain engagemang

Finansiering:. Fogarty International Center och National Cancer Institute (5R01TW007894) finansierat denna studie. Studien och dess deltagare fick även finansiering och stipendier från följande brasilianska myndigheter: brasilianska National Research Council, undervisningsministeriet, hälsoministeriet (PNPD-Saúde Program), och Minas Gerais staten Reaearch Agency. Finansiärerna hade ingen roll i studiedesign, datainsamling och analys, beslut att publicera, eller beredning av manuskriptet

Konkurrerande intressen:.. Författarna har förklarat att inga konkurrerande intressen finns

Introduktion

Gastric cancer är en av de mest dödliga cancerformer, står för cirka 800.000 dödsfall per år, men dess förekomst varierar kraftigt över hela världen [1]. Den högsta incidensen av magsäckscancer observeras i östra Asien, Östeuropa, och den andinska regionen i Sydamerika. I själva verket, i den peruanska befolkningen, rankas magcancer andra i förekomst bland män och tredje bland kvinnor (22,6 och 20 fall per 100.000 män och kvinnor respektive), är den typ av cancer med den högsta dödligheten. Jämförelsevis, är förekomsten av magsäckscancer i Peru ungefär fem gånger högre än i USA och två gånger som observerades i Brasilien [1].

Recavarren-Arce et al. och Correa föreslog en progression modell för utveckling av intestinal-typ magcancer, som består av en övergång från ytlig gastrit till metaplasi till dysplasi och slutligen, gastriskt adenokarcinom [2], [3]. En uppsjö av socioekonomiska, miljömässiga och kostfaktorer modulera denna utveckling och den individuella risken att till slut att utveckla magcancer. Kronisk infektion i magsäcken av bakterien Helicobacter pylori
vilket leder till kronisk inflammation är en viktig hänför riskfaktor [4], även om mindre än 2% av H. pylori
bärare utveckla magcancer [5]. Helicobacter pylori
mångfald påverkar också risken för värd magcancer, och närvaron av den bakteriella virulensfaktor cag + är en av de mest relevanta riskfaktorer. Även om detta virulensfaktor har en frekvens på ~ 60% i Europa och USA populationer uppnår mer än 90% i den peruanska befolkningen [6]. Dessutom, medan indian individer från isolerade populationer är infekterade av mestadels inhemska stammar som liknar asiatiska stammar, på grund av pleistocen asiatiskt ursprung av indianer, individer som bor i medelstora och stora städer, även om de kan ha en dominerande indian anor, smittas av till stor del europeiska eller hybrid stammar kommit till Amerika efter den 15: e århundradet. Dessa stammar hade till stor del ersatt mindre virulenta eller kraftiga inhemska stammar [7], [8].

Fattigdom korrelerar också med magcancer [9] och medan förhöjd konsumtion av bearbetade eller rökt mat och salt är riskfaktorer, ofta intag av färsk frukt och grönsaker är skyddande [10], [11], [12], [13]. Människans genetiska mångfalden är också relevant [14]. De observerade skillnaderna i förekomst av magcancer i världen kan bero på miljöfaktorer eller närvaron av känslighet genetiska varianter som är vanligare i populationer med hög förekomst av sjukdomen, men identifiering och diskriminering av dessa faktorer är en utmaning. Även vanliga mottaglighet genetiska varianter har identifierats i europeiska och kinesiska populationer av genomomfattande och kandidat-genen associationsstudier i gener som PLCE
[15], IL1B
[14], IL8
[16], [17], [18], IL1RN
[19], och PTGS2
[20], dessa varianter utgör en liten del av genetisk variation i samband med sporadisk magsäckscancer.

Peru, med sin höga förekomsten av magcancer, har den största indianska befolkningen i Sydamerika [21] och stora städer som Lima befolkas av människor som klassificeras som mestizo ( dvs personer med inblandning från afrikaner, européer och indianer). Om det är en mänsklig genetisk grund för den höga förekomsten av magcancer i den andinska regionen, förväntar vi oss att blandade befolkningen från Lima till hamnen genetiska varianter står för denna hög förekomst, och om dessa varianter var vanligare i indian genetisk bakgrund denna population, skulle det vara möjligt att använda genomet hela strategin för inblandning kartläggning för att upptäcka dessa varianter. Inblandning kartläggningsstudier har nyligen bidragit till att identifiera varianter som är förknippade med prostatacancer [22] i afroamerikanska befolkning, men detta tillvägagångssätt är ännu inte tillämpas fullt ut i Latinamerika eller Latino /Hispanic amerikanska populationer. I detta sammanhang, målen för detta fall-kontroll genetisk associationsstudie är: (i) för att utvärdera den etniska sammansättningen och dess tillhörande genetiska strukturen hos patienter som deltar stora sjukhus i Lima; (Ii) för att testa om enskilda Indian, europeiska och afrikanska anor är riskfaktorer för magcancer, kontrollerar för effekten av icke-genetiska faktorer (dvs. socioekonomiska, Närings, och klinisk). Socioekonomiska, kost och klinisk information samlades in för varje deltagare i studien och anor uppskattades baserat på 103 anor-informativa markörer (AIMS). Vi bestämde att högre Native American enskild härkomst är associerad med magcancer, men att socioekonomiska faktorer i samband både med magcancer och etnicitet står för denna förening. Trots den höga förekomsten av magsäckscancer bland peruaner med övervägande indian anor, inte våra resultat inte peka på en tydlig genetisk grund för denna skillnad i förekomsten. Snarare föreslår de en dominerande roll för etniska associerade socioekonomiska och mänskliga ekologiska faktorer och skillnader i tillgång till hälso- och sjukvård.

Resultat

Vi rekryterade personer som deltar Gastroenterology divisioner och föreskrivs för en endoskopi i tre stora sjukhus i Lima (tabell S1). Fall var vuxna som avses för endoskopi och vars biopsier bekräftades positivt för magcancer av histopatologiska analyser. Kontrollgruppen bestod av individer vars biopsier var negativa för magcancer. Personer med intestinal metaplasi (n = 46) inkluderades som kontroller på antagandet att denna typ av metaplasi inte ökar risken för att utveckla magcancer [23], [24], [25].

Vi använde en validerad uppsättning av 103 AIM [26] för att uppskatta Indian, europeiska och indianska individuell anor för var och en av de 241 gastric cancerfall och 300 kontroller rekryterats för denna studie. Principal Component Analysis (PCA, figur 1) av de individuella genotyper för våra peruanska prov (inklusive 296 indianer) och för europeiska, afrikanska och mexikanska individer från HapMap-III visar att de mål som används diskriminera mellan afrikanska, europeiska och peruanska Native American föräldra populationer, och att de blandade mexikaner (bosatta i Los Angeles) och peruanska gastric fall och kontroller som deltar Lima sjukhus är placerade mellan européer och indianer. Dessutom peruanska gastric fall och kontroller är relativt närmare peruanska indianska föräldra populationer. Även stadsbefolkningen från Lima betraktas som mestizo (dvs typiskt blandas), studerade grupperna häri visade en mycket hög indian anor (78,4% i de fall och 74,6% för kontrollerna, Box i figur 1), med en låg afrikansk härkomst (< 5%, figur S1). Intressant nog finns det ett positivt samband mellan indian anor och magcancer (logistisk regression, OR = 3,69, 95% CI av OR: 1,34-10,09, p = 0,011, R2 = 0,016), och därmed ett negativt samband med europeisk härkomst .

som väntat variabler som är ombud för fattigdom (låg utbildningsnivå, hemmakvalitetsegenskaper såsom användning av material med låg kvalitet, brist på bra utrustning och dåliga sanitära förhållanden) var associerade med magcancer (Tabell 1). Även vissa matsmältningsrelaterade symtom som bränner (p < 0,0001), illamående (p < 0,0001), kräkningar (p < 0,0001), och tyngd (p < 0,0001) var mer frekventa i fall än i kontrollerna, men dessa symtom är sannolikt en följd av sjukdomen (tabell 1). Den rörliga ålder var normalt inte ut (p < 0,01, Kolmogorov-Smirnov test), median (och avvikelse kvartilavståndet) för kontroller och fallen var 61 (standardavvikelse (SD): 21) och 65 (SD: 25) år respektive ( p = 0,042, Mann-Whitney-test); därför var detta variabel betraktas som kovariat i ytterligare logistisk regressionsanalyser.

Vi syntetiserade den breda uppsättningen av icke-genetiska variabler som samlas in i fall och kontroller med hjälp av en multivariat faktoranalys, för att minska dimensionalitet av dessa 43 icke genetiska variabler genom att fånga korrelationen mellan dem (tabell 1 och tabell S2). Intressant nog är den första faktorn (16,38% av den totala variansen) domineras av socioekonomiska variabler men innehåller en delmängd av korrelerade näringsvariabler, högre värden på faktorn som motsvarar rikare betingelser. Den andra faktorn (5,95% av den totala variansen) omfattar delmängder av socioekonomiska och närings variabler, samt klagomål, såsom smärta. Den tredje faktorn (5,26% av den totala variansen) domineras av matsmältningsrelaterade symptom. Vi använde de enskilda koordinaterna för var och en av dessa tre faktorer för att syntetiskt representera den ursprungliga uppsättningen av 43 variabler. Både den första "socioekonomiska" faktorn och den andra faktorn är förknippade med gastrisk cancer (OR = 0,68, p = 0,0002 och OR = 0,7, p = 0,0008, respektive) och även med etnicitet (p = 0,02 och p = 0,00003 respektive, där högre värden av faktorn motsvarar bättre socio-ekonomiska förhållanden). Den tredje "matsmältnings symptom" faktor är förknippad med magcancer (OR = 2,16, p < 0,0001).

Den observerade sambandet mellan indian anor och magcancer kan bero på effekten av störande socioekonomiska eller närings variabler i samband med både magcancer och anor. Det är väl känt att hög Native American eller afrikansk härkomst är förknippad med fattigdom i många populationer i Amerika (se även [27]). Genomgående, observerade vi att indian anor förknippas med variabler som indikatorer på fattigdom (av vilka många var också i samband med magcancer) samt deras syntetiska "socioekonomiska" första faktorn för multivariat analys (tabell 1). När vi kontrollerat för alla variablerna (dvs de tre faktorerna för multivariat analys och ålder), sambandet mellan magcancer och indian anor inte kvarstår (OR = 1,28, 95% CI av OR: 0,37-4,47, p = 0,69). Likaså när vi separat kontrollerad för effekten av socioekonomiska förhållanden (den första faktorn för multivariat analys) eller ålder, sambandet mellan magcancer och indian anor inte heller kvarstår (OR = 2,58, 95% CI av OR: 0,83 -8,07 för faktor 1 och OR = 1,01, 95% CI av OR. 0,99-1,02 för ålder) katalog

Diskussion

Vi utförde en fall-kontrollstudie i den urbana blandad befolkning från Lima (Peru) och fastställt att Native American enskilda anor är associerad med magcancer. Detta verkar dock föreningen främst bero på den sammanslutning av socioekonomiska variabler både med magcancer och med indian anor. Konsekvent, även om föreningen av härstamning med magcancer är signifikant (p = 0,011), anor förklarar endast 1,6% av variansen i sjukdomsstatus. När icke-genetiska variablerna ingår, deras gemensamma effekt med anor förklarar 22,3% av variansen i sjukdomsstatus. Därför den höga förekomsten av magcancer i Peru [1], [28] verkar inte bero på förekomsten av gemensamma känslighet genetiska varianter vanligare i indianpopulationer, utan snarare en kombination av socioekonomiska faktorer som föreligger i denna population . Det krävs dock ytterligare studier med större provstorlekar som behövs för att utforska denna observation, eftersom befogenhet att upptäcka anor genetiska effekter var begränsad i den aktuella studien. Detta resultat är i linje med den relativa minskningen av gastric cancerincidens i USA under de senaste årtiondena på grund av förbättring av socioekonomiska förhållanden [29].

noggrannhet anor uppskattningar beror på flera frågor. Den första är antalet och arten av markörer som används för att uppskatta blandning. 103 AIM används i denna studie innehåller tillräckligt med information för att ge acceptabla blandnings uppskattningar [26], [30]. Galanter et al. har också visat att en panel av mer än 88 AIM innehåller tillräckligt med information för att uppskatta enskilda blandning med noggrannhet [31]. En andra genomgripande metodfrågan uppskatta blandning är svårigheten att med hjälp av data från de mest representativa föräldra Afrika, Europa, och indian populationer av den blandade gruppen. I det här fallet, vi ingår som ett mått på föräldra populationer europeiska och afrikanska individer från HapMap projektet och en uppsättning av peruanska indianer från de peruanska Anderna och angränsande östliga områden. Även om detta val kan inte vara optimal, de 103 SNP används som mål mildras denna fråga eftersom deras frekvenser är mycket olika bland de föräldra etniska grupper och mycket homogent inom dem [26]. Således, användning av markörer med dessa egenskaper gör våra resultat robusta för valet av suboptimala föräldra populationer. Tredje, olika metoder för att uppskatta individuell inblandning kan ge något olika resultat även utgå från samma datamängd. För att testa robustheten våra inblandning resultat när det gäller de metoder inblandning uppskattning, analyseras om vi data med alternativa maximal sannolikhet strategier som föreslås av Tång et al. [32] och genomförs i mjukvaran Frappe, och metoden av Alexander et al. implementeras i programvara Inblandning v. 1.2 [33]. De tre metoder som produceras starkt korrelerade resultat (Figur S2) och samma mönster av association med magcancer (data visas ej).

peruanska individer födda på landsbygden har mer indian anor i genomsnitt än vad invånarna i stor urbana centra (tabell 1). I en fall-kontrollstudie, kan fall ofta innefattar personer med mer indian anor eftersom de kallas från små landsbygden vårdcentraler till stora urbana sjukhus för att få bättre vård. Denna remiss mönster har mindre effekt på kontroller och kan därför skapa en falsk förening av indian anor med sjukdom. Men spelade vi födelseort för alla studiedeltagare, och därmed kontrolleras denna potential förvirrande faktor: när vi ingår födelseort (Lima kontra landsbygd) som kovariat i logistisk regression, en sammanslutning av indian anor med magcancer fortsatte, om än i en lägre signifikans (p = 0,05 jämfört med p = 0,011). Vi drar slutsatsen att sambandet mellan magsäckscancer och härkomst är inte en artefakt av remisser av landsbygden personer med hög indian anor vår studie sjukhus. Detta resultat understryker vikten av att samla födelseplats och uppehållsuppgifter för genetiska associationsstudier med sjukdomar i Latinamerika och andra regioner där de flesta europeiska kolonisationen och inblandning inträffade i städerna, och mer inhemska individer dominerar på landsbygden, såsom i Melanesien och Sydafrika .

i denna studie, vi ingår som kontroller individer med intestinal metaplasi (n = 46), förutsatt att detta inte ökar risken för att utveckla magcancer [23], [24], [25]. Emellertid är detta antagande inte allmänt accepterat [34]. När vi alternativt anta tre ordningskategorier sjukdomsrisk (dvs individer utan intestinal metaplasi, med intestinal metaplasi och med magcancer), denna utveckling, bedöms av en ordinal logistisk regression är också förknippat med indian anor (OR = 2,83, 95 % CI av OR: 1,10-7,29, p = 0,031), men återigen, denna förening inte kvar när kontrolleras för alla variablerna (faktor 1, 2, och 3 och ålder) (OR = 1,08, 95% CI av OR : 0,35-3,34, p = 0,897). Således behöver våra resultat inte beror på införandet av intestinala metaplasi individer som kontroller.

Ett problem i vår experimentell design är att kontrollerna valdes som symptomatiska individer som deltar en gastroenterologi tjänst, genomgår en endoskopi och de flesta av dem med en gastric skada: 6 med histologiskt normal magslemhinna, 248 med gastrit, och 46 med metaplasi. Man skulle kunna hävda att den optimala kontrollen skulle bestå endast av personer med normal magslemhinna. Men endast genom en endoskopi är det möjligt att exakt fastställa frånvaron av magsår, och utför en endoskopi för forskningsändamål bara, inte motiveras av mag relaterade symptom inte längre etiskt acceptabelt. Å andra sidan, genom att använda som kontroller individer från den allmänna befolkningen som inte genomgick endoskopi är inte nödvändigtvis ett bättre val, eftersom denna strategi skulle ha innehållit som styr individer med oupptäckt gastrit [35] och andra liknande skador. Därför tror vi att våra kontroller är bättre operativt val för denna studie, eftersom de är individer som deltar i samma Gastroenterologi tjänster fallen, och eftersom de har genomgått en endoskopi, vi exakt vet statusen på deras magslemhinnan. Även i Latinamerika finns det en avsevärd grad av befolkningen stratifiering beror på socioekonomisk nivå och anor, som är korrelerade i storstadsområdena i Latinamerika (utöver denna studie, se Avena et al. 2012 [30] för ett exempel på Buenos Aires och Campbell et al. 2012 [27]). Genom att välja kontroller bland skötare av samma sjukhus än fall, vi minska denna andra potentiell källa till befolknings skiktning mellan fall och kontroller

I denna studie rapporterar vi en överraskande hög indian anor (> 74%). Båda i kontroller och fall deltar offentliga sjukhus från den numera kosmopolitiska staden Lima, landets huvudstad som var också huvudstad i spanjoren viceroyaltyen Peru för fem århundraden och därmed, i mitten av spanjoren kolonialmakt. Stora städer i Ecuador, Peru, Bolivia, och norra Argentina befolkningen vars vanliga kulturella identifikation som mestizo
sannolikt ignorerar deras stora indianska genetisk bakgrund. Dessa stadsbefolkningen ofta befolkas av invandrare från landsbygden. Våra resultat tyder på att stora städer i västra Sydamerika värd miljontals individer av övervägande indianska genetisk bakgrund. Samtida internationella South-to-North migreringar från sydamerikanska städer från den andinska regionen också sprider den genetiska bakgrunden av indianer i hela världen, och det förväntas att de nästan en miljon amerikanska invandrare som kommer från andinska länder [36] har höga nivåer av Native American bakgrund. Det skulle inte vara förvånande om dessa populationer, klassificerade som "Hispano /latin" i USA, hade mer Amerindian anor än US personer som klassificeras som Native American.

Sammanfattningsvis visade vi att i den urbana blandad befolkning från Lima, är Native American enskilda anor i samband med magcancer, men detta förklaras av föreningen av socioekonomiska variabler med både magcancer och indian anor. Trots den höga förekomsten av magcancer i den peruanska befolkningen med en mycket hög indian anor, visar vårt resultat att denna epidemiologiska observation inte förlitar sig på en genetisk grund, vilket tyder på en dominerande roll för socioekonomiska faktorer och skillnader i tillgång till hälso- och sjukvård. Vi rapporterar en överraskande hög indian anor (> 74%) hos individer som deltar sjukhus från den numera kosmopolitiska staden Lima. Eftersom indianer är en eftersatt grupp i iska studier, föreslår vi att befolkningen från Lima och andra stora städer i västra Sydamerika kan vara praktiska mål för epidemiologiska studier fokuserade på indianpopulationer. Utövande av denna väg av forskning i senare större studier kommer att börja minska klyftan [37] i genetiska studier och deras potentiella fördelar mellan de europeiska individer och från andra i allmänhet mindre väl serveras populationer.

Material och metoder

ämnen

för denna studie vi inledningsvis rekryterade 576 personer deltar Gastroenterology uppdelningar av följande tre sjukhus i Lima, mellan 2006 och 2009: Arzobispo Loayza, Dos de Mayo (både regeringsstyrda), och cancer-specialiserade Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Varje deltagare svarade på en enkät för att spela in ålder, kön, födelseort och bostad, och andra socioekonomiska, Närings, och klinisk information (tabell 1). Fall var vuxna som avses för endoskopi och vars biopsier bekräftades positivt för magcancer genom histopatologisk analys. Kontrollgruppen också bestå av vuxna personer som avses för endoskopi, men vars biopsier visade negativa för magcancer. Individer med premaligna lesioner såsom dysplasi (n = 3) eller med närvaron av andra än magcancer magen tumörer (n = 16) uteslöts från studien. Personer med intestinal metaplasi (n = 46) inkluderades som kontroller (se diskussion). Det slutliga antalet ämnen som anses testa i föreningen studien var 241 gastric cancerfall och 300 kontroller.

Vi har också samlat prover från 296 indian individer som användes som föräldra populationer att uppskatta anor av mag- cancerfall och kontroller. Dessa inkluderar 23 bönder från Pichacani (Puno), som tillhör den dominerande Andinska quechua etnisk grupp, samt 87 Shimaa och 186 Ashaninka från Matsiguenga etnisk grupp, fast mellan Anderna och Amazonas regionen. För alla magcancer fall och kontroller och för indianer, extraherade vi genomisk DNA med användning av fenol-chlorophorm metod som beskrivs av Sambrook et al. med ändringar, eller Gentra Puregene blod kit (Qiagen, USA) [38]. Denna undersökning godkändes av IRBS av Asociación Benéfica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Johns Hopkins University, Universidade Federal de Minas Gerais, sjukhus Arzobispo Loayza, Hospital Dos de Mayo och Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Alla deltagare i studien förutsatt skriftligt informerat samtycke.

Anor informativa markörer (AIMS) och genotypning

För att uppskatta etnicitet för var och en av försökspersoner, genotypas vi 106 SNP som är informativ för Afrika, Europeiska och indian anor [26]. Den genotypning utfördes vid Biomedicinskt Genomic Center barnsjukhuset Oakland Research Institute (University of Minnesota, MN, USA), med hjälp av Sequenom IPLEX plattformen (San Diego, CA, USA). I korthet är det baserat på en allel-specifik primer extension följt av separation av alternativa alleler genom masspektrometri. Den genotypning involverade fyra multiplexade analyser, tre innehållande 26 SNP och en innehållande 28 SNP. Innan genotypning, DNA-prover genomgick en (QC) kvalitetskontroll som bestod av: (1) en icke-alleliska kvantitativ-PCR-analys som mäter mängden PCR-amplifierbar DNA och (2) en slutpunkt läsning från en Taqman SNP genotypning analys (Applied Biosystems, Palo Alto, CA, USA) som, förutom att ge en andra utvärdering av förmågan hos PCR för att amplifiera varje prov, är en känslig indikator på prov-till-prov korskontaminering. Efter att vi tagit bort SNP rs30125 och rs888861, som visade en samtalstaxa < 95%, den genomsnittliga samtalshastigheten för SNP var 99,7%. Av de 106 markörer, 104 kraftigt genererade samtalspriser för minst 95% av proverna, men för SNP rs2592888 finns inga genotyper offentligt tillgängliga för HapMap befolkningen och SNP uteslöts från vidare analyser. Därför använde vi genotyper för 103 SNP att uppskatta inblandning (se tabell S3 för en fullständig lista, med sina allelfrekvensema i studiepopulationerna).

Ancestry uppskattar

Vi uppskattade enskilda anor hjälp av efter tre föräldragrupper bestående av obesläktade individer: (1) Västafrikanska yoruba från Nigeria (Yri - 118 personer från HapMap II /III-projektet); (2) Utah personer med europeisk härkomst finns på Centre d'Etude du Polymorphisme Humain-
CEPH samling (CEU - 60 personer från HapMap II-projektet) och (3) 296 peruanska indianer samlats in av vår grupp . Genotyper för afrikaner och européer erhölls från allmänheten HapMap databasen [39], medan indianerna genotypanalyserades för denna studie.

Vi uppskattade enskilda anor och dess 90% trovärdighet intervall enligt den metod som genomförs i program~~POS=TRUNC 2.3.3 [40], [41]. Det passar en Bayesiansk sannolikhetsmodell av befolkningsstrukturen och blandning med hjälp av ett förfarande Markov Chain Monte Carlo (MCMC), uppskatta bidrag K föräldragrupper till genomen av individer från den blandade populationen. Vi trodde att HapMap Yri och CEU och våra indianska prover var representativa för föräldrabefolkningen och att de magcancer fall och kontroller från Lima var blandade individer. För detta datauppsättning, hade varje struktur körning 50.000 bränntrappor följt av 250.000 MCMC steg, och upprepades tre gånger för att tillåta kontroll av robustheten i resultaten. Denna längd av körningen och kontrollförfarandet utesluta oönskade bristen på konvergens av Markov Chains, vilket sker när förfarandet inte ordentligt undersöka loppet av modellparametrar. Alla körningar utfördes antar tre kluster (K ​​= 3), lambda satt till 1,0, och a-parametrarna beräknades för var och en av de tre kluster GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 och vi använde inte a priori-information för personer från föräldra populationer att bistå klustring (USEPOPINFO = 0).

Statistisk analys

för att representera den genetiska strukturen av våra prover i samband med föräldrabefolkningstäthet, utförde vi principalkomponentanalys (PCA) individuella genotyper (Figur 1), som genomförs i mjukvaran Adegenet och Ade4 för R miljön [42], [43]. Vi använde också Ade4 att tillämpa en klustermetod som bygger på PCA tvådimensionell representation av individer och deras befolkning centroid, utforma tvådimensionell ellipser dispersion. Förutom kön, ålder och självrapporterade etnicitet, var en bred uppsättning socioekonomiska, Närings, och klinisk information som samlas in bland annat civilstånd, födelseort, utbildningsnivå, hemförhållanden, matvanor, frekvensen av konsumtion av frukt, grönsaker, kött och fågel, infusioner, liksom mag relaterade symptom. Denna information anordnades i binär, ordnings eller kategoriska variabler, enligt tabell S4). Vi uteslutna variabler som hade mer än 10% uppgifter som saknas, och en slutlig uppsättning av 43 variabler ingick i efterföljande analyser. För att minska dimensionerna av denna uppsättning av personliga, socioekonomiska, Närings, och klinisk icke-genetiska variabler vi utförde en multivariat faktor analyser med hjälp av statistikpaketet för samhällsvetenskap (SPSS) programvara (SPSS 19 för Windows, SPSS Inc., Chicago, IL , USA). Faktoranalysen syntetiserar variansen av den ursprungliga uppsättningen av variabler i ett specificerat mindre antal transformerade variabler (i vårt fall 3), som kallas faktorer. Varje faktor fångar korrelerad information om den ursprungliga datasetet men de faktorer som är okorrelerade bland dem [44].

För att testa associationen mellan dessa icke-genetiska variabler eller dess representation som erhållits genom multivariata faktoranalys med magcancer (en binär

• PLOS ONE: Högt γ-strålningskänslighet är associerad med ökad Gastric cancerrisken i en kinesisk Han Befolkning: en fall-kontrollanalys
• PLOS ONE: en meta-analys av interleukin-10 -592 Promoter polymorfism associerad med Gastric cancerrisk