PLOS ONE: a associação entre SNPs individuais ou haplótipos da metaloproteinase de matriz 1 e câncer gástrico suscetibilidade, progressão e Prognosis

Abstract

Fundo

Os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) na matriz metaloproteinase 1 (MMP-1) desempenham um papel importante em alguns tipos de câncer. Este estudo examinou a associação entre SNPs ou haplótipos individuais de MMP-1 e susceptibilidade, os parâmetros clínico e prognóstico do câncer gástrico em uma grande amostra da população Han, no norte da China.

Métodos

neste estudo de caso-controle, havia 404 pacientes com câncer gástrico e 404 controles saudáveis. Sete SNPs foram genotipados utilizando o sistema de MALDI-TOF MS. Então, o software SPSS, Haploview 4,2 software, software Haplo.states e software THEsias foram usadas para estimar a associação entre SNPs individuais ou haplótipos da MMP-1 e susceptibilidade câncer gástrico, progressão e prognóstico.

Resultados

Entre sete SNPs, não houve SNPs individuais associados ao risco de câncer gástrico. Além disso, apenas o genótipo rs470206 teve uma correlação com graus histológicos, e os pacientes com GA /AA teve bem diferenciação celular em comparação com os pacientes com o genótipo GG (OR = 0,573; IC 95%: 0,353-0,929; P = 0,023). Então, construímos um bloco haplótipo de quatro marcador que continha 4 haplótipos comuns: TCCG, GCCG, TTCG e TTTA. No entanto, todos os quatro haplótipos comuns não teve correlação com o risco de câncer gástrico e nós não encontrou qualquer relação entre estes haplótipos e os parâmetros clínico em câncer gástrico. Além disso, nem os SNPs individuais nem haplótipos teve uma associação com a sobrevida dos pacientes com câncer gástrico.

Conclusões

Este estudo polimorfismos avaliados do gene MMP-1 em câncer gástrico com MALDI-TOF método de MS em uma grande coorte de caso-controle do norte da China. Nossos resultados indicaram que estes sete SNPs de MMP-1 pode não ser úteis como marcadores importantes para prever a susceptibilidade câncer gástrico, progressão ou prognóstico, pelo menos na população Han no norte da China

Citation:. Canção YX, Zhou X, Wang Zn, Gao P, Li aL, Liang JW, et ai. (2012) A associação entre Individual SNPs ou haplótipos da metaloproteinase de matriz 1 e câncer gástrico suscetibilidade, progressão e prognóstico. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10.1371 /journal.pone.0038002

editor: Yury E. Khudyakov, Centers for Disease Control and Prevention, Estados Unidos da América

Recebido: 30 Janeiro, 2012; Aceito: 29 de abril de 2012; Publicado em: 24 de maio de 2012 |

Direitos de autor: © 2012 Song et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este trabalho foi apoiada pela National Science Foundation da China (No. 30972879 e No. 81.172.370), o Programa de Desenvolvimento Científico e Departamento da Província de Liaoning (No. 2010225032) Tecnológico e Natural Science Foundation da província de Liaoning (No. 20.092.129). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o câncer gástrico é uma das principais causas mais comuns de mortalidade relacionada ao câncer em todo o mundo [1]. Apesar de alguns avanços no diagnóstico e tratamento do cancro gástrico, nas últimas décadas, o prognóstico para pacientes com câncer gástrico avançado continua pobre [2]. À semelhança de outros cancros, o desenvolvimento do cancro gástrico é um processo em várias etapas com a acumulação de alterações genéticas e epigenética. A descoberta e aplicação de biomarcadores que podem ser incorporados com diagnóstico de câncer tradicional, estadiamento e prognóstico poderia, em grande medida ajudar a melhorar o diagnóstico precoce e assistência ao paciente [3]. Com a conclusão do projeto genoma humano, milhões de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) foram identificados como biomarcadores atraentes na avaliação do risco de câncer, triagem, encenação, ou classificar [4].

As metaloproteinases de matriz (MMP) são uma importante família de enzimas dependentes de metais que são responsáveis ​​pela degradação dos componentes da matriz extracelular [5]. estudos epidemiológicos moleculares mostraram associações entre polimorfismos genéticos de MMPs e suscetibilidade ao câncer, progressão e prognóstico [6] - [10]. Recentemente, alguns SNPs de MMP-1 demonstraram ser significativamente associados com o risco aumentado para o desenvolvimento de câncer de pulmão [6], [7], [11]. No cancro da mama, Karolina Przybylowska et al. descobriram que o alelo 2G da MMP-1 polimorfismo do gene 1G /2G podem ser responsáveis ​​para o nó de linfa (LN) metástase [8]. Por outro lado, ambos os estudos de Hinoda Y et al. e Ghilardi G et al. descobriram que os SNPs de MMP-1 foram ligadas a um risco aumentado de cancro colorrectal [12], [13]. Além disso, um SNP no promotor de MMP-1 foi demonstrada estar correlacionada com a diferenciação histológica do cancro gástrico [14]. No entanto, outros estudos mostraram uma associação negativa entre MMP-1 polimorfismos e suscetibilidade ao câncer [15], [16], [17]. Além disso, a maior parte destes estudos foram limitados a pequenas amostras, algumas SNPs ou haplótipos construídos a partir de dois ou três locais polimórficos. Assim, uma grande amostra e os locais mais polimórficas são fundamentais para a compreensão do papel da MMP-1 SNPs no desenvolvimento de câncer gástrico.

No presente estudo, em uma grande amostra da população Han no norte da China, foi utilizada , tecidos embebidos em parafina e fixados em formalina (FFPETs) -derived amostras de DNA de pacientes e de ADN derivado do sangue de controlos em uma espectrometria de massa de tempo-de-voo laser assistida por matriz dessorção /ionização (MALDI-TOF MS) método para estudar a possíveis associações entre sete SNPs (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 e rs1144396) ou haplótipos em MMP-1 e tumor susceptibilidade, os parâmetros clínico e sobrevivência de câncer gástrico.

Materiais e Métodos

Assunto selecção

Este estudo consistiu de 404 pacientes com câncer gástrico primários e 404 controles e todos os sujeitos eram da população Han, no norte da China. As características sujeitos foram descritos anteriormente [18]. Resumidamente, os pacientes elegíveis tinham recebido cirurgia radical no Primeiro Hospital da China Medical University entre janeiro de 1998 e dezembro de 2004 e foram diagnosticados com câncer gástrico com base na avaliação histopatológica. O grau histológico do tumor foi avaliada de acordo com critérios e tumores Organização Mundial de Saúde foram encenadas usando a 7ª edição do TNM da União Internacional Contra o Câncer (UICC) do sistema /Comité Misto Americana do Câncer (AJCC) (2010) com base em pós-operatório patológica o exame dos espécimes. dados patológicos completos foram obtidos, incluindo idade, sexo, data da cirurgia, localização do tumor primário, grau histológico, invasão venosa, invasão linfática, profundidade de invasão, número de linfonodos recuperados, número de linfonodos metastáticos, e número de depósitos tumorais recuperados. Aqueles (i) com tumores malignos sincrônicos ou metacrônicos, (ii) com metástases à distância encontrada no pré-operatório, (iii) que foram submetidos a radioterapia pré-operatória ou quimioterapia, ou (iv) com entradas de dados patológicos incompletos foram excluídos deste estudo. Follow-up foi completado para toda a população do estudo até janeiro de 2010. Dois pacientes morreram no pós-operatório (até 30 dias) e 21 pacientes foram perdidos para follow-up; Portanto, 381 pacientes foram incluídos na análise de sobrevivência. Mediana e média períodos de acompanhamento foram 90,0 meses e 93,3 ± 20,24 meses (variação: 61-136 meses), respectivamente. Os seguintes dados foram obtidos para todos os pacientes: data da morte (se aplicável), causa de morte (se aplicável), e data de follow-up. O endpoint primário foi a duração de sobrevida específica para o câncer a partir da data do diagnóstico de câncer gástrico para a data da morte. A taxa de sobrevida em 5 anos dos 404 pacientes foi de 54,2%.

404 amostras de sangue do grupo de controle foram obtidos de indivíduos sem câncer que foram aleatoriamente selecionados com base em exames físicos no mês de dezembro de 2009 a agosto de 2011, e este grupo se acreditava ser uma boa representação da população nesta região. Os critérios de selecção incluíram nenhuma história individual de câncer, a frequência correspondente aos casos sobre sexo e idade e indivíduos eram independentes chineses Han étnicas. As amostras (etileno-diamino-tetra-acético [EDTA] anticoagulate) foram armazenados a -20 ° C no decurso de 30-40 minutos, e depois transferida para um congelador a -80 ° C dentro de 2 ou 3 dias após a sua recolha.

ética declaração

o estudo foi aprovado pelo Comitê de ética em Pesquisa da China Medical University, China. consentimento informado foi obtido de todas as pessoas antes de participar no estudo.

DNA extração

O DNA genômico foi extraído de amostras FFPET no grupo caso. As secções com uma espessura de 8 um e uma área superficial de até 250 mm ^{2 foram preparados com um micrótomo e o ADN foi isolado a partir de 6 secções de 12 secções, dependendo do tamanho do tecido e as contagens de células. O micrótomo foi limpa e as lâminas foram alterados para evitar a contaminação intersample. a extracção do ADN a partir de FFPETs foi realizada com um kit de tecidos FFPE QIAamp® ADN (Qiagen, Hilden, Alemanha) [19], seguindo os procedimentos descritos pelo fabricante e o nosso trabalho anterior [18]. Cerca de 2-10 ug de ADN foi recuperado na solução final e 50 ul foi armazenado a -80 ° C.}

O ADN genómico foi extraído de amostras de sangue do grupo de controlo com o ADN genómico Universal Extracção Kit Ver.3.0 (Takara) de acordo com as instruções do fabricante e o nosso trabalho anterior [18]. Cerca de 2-6 ug de ADN foi recuperado em TE e foi armazenado a -80 ° C.

Selecção dos SNPs candidatos

O estudo incluiu sete SNPs em MMP-1, que foram tomadas a partir de a base de dados do NCBI SNPs e a base de dados HapMap. Foram selecionados os SNPs através do loci de genes para assegurar uma alta densidade de marcadores e para fornecer adequada caracterização da diversidade haplótipo [6]. Todos os SNPs selecionados foram obrigados a ter um menor freqüência do alelo ≥5%. Por isso, selecionou sete SNPs:. Rs2071231 (intron), rs7125062 (intron), rs491152 (intron), rs470558 (exon), rs2075847 (5'UTR), rs470206 (5 'UTR) e rs1144396 (Fig. 1A)
análise

SNPs e validação

SNPs foram genotipados usando o sistema de MS MALDI-TOF (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, EUA) com primers e sondas (Tabela S1) como descrito anteriormente [19], [20]. Para garantir a qualidade da digitação, amostras positivas a 1% (estirpe celular Yanhuang) foram incorporados em cada placa de genotipagem para validar a fiabilidade dos iniciadores e 1% de amostras negativas (água sem ADN) foram utilizados para monitorar a contaminação. 5% das amostras aleatórias foram testados em duplicado, por diferentes pessoas e a reprodutibilidade foi de 100%. O pessoal do laboratório estavam cegos para a disposição das amostras durante o processo. MALDI-TOF MS para análise foram de acordo Justenhoven et ai. [21] e o processo principal incluído amplificação por PCR (Módulo Bloco GeneAmp® PCR System 9700 dupla de 384 poços de amostra, Sequenom), tratamento com fosfatase alcalina de camarão (Sequenom), as reacções de extensão de base, remoção de sal com a resina, SpectroCHIP de distribuição (384 poços SpectroCHIP microarray, Sequenom). discriminação alélica foi obtida por análise com um espectrómetro de massa Compact MassARRAY Analyzer (MT9). Finalmente, a análise dos dados foram realizados utilizando MassARRAY Tipos Analyzer software 4.0 (Sequenom, San Diego, CA) [22].

O desequilíbrio de ligação (LD) determinação bloco e haplótipo construção

Haploview 4,2 software foi usada para avaliar LD e construir haplotipos conforme descrito anteriormente [6]. LD entre os sete SNPs usados ​​na análise de haplótipos foi medida por estatística a D pares '. A estrutura do bloco de LD foi examinada utilizando o método de Gabriel et al. [23], usando os limites de confiança de 80% de D 'para definir locais de recombinação histórica entre SNPs. Haplótipos foram construídos a partir de dados do genótipo no painel de caso-controle no tamanho completo dentro de blocos usando um método de algoritmo expectativa de maximização acelerado com software Haploview 4.2 [6], [24]. Além disso, fizemos combinações genótipo SNP para encontrar sua associação com o risco de câncer gástrico [25].

A análise estatística

A qui-quadrado (χ2) de teste foi utilizado para estimar a distribuição da população frente e verso características, comparar diferenças de freqüências alélicas e genotípicas entre casos e controles e associações estimam entre SNPs individuais e os parâmetros clínico. Para avaliar a significância, um procedimento de permutação (1.000 testes) foi utilizado para corrigir o valor P de resultados de associação de loco único [6]. Um teste de permutação é um tipo de teste de significância estatística em que a distribuição da estatística de teste sob a hipótese nula é obtido calculando todos os possíveis valores da estatística de ensaio sob rearranjos de os rótulos dos pontos de dados observados. Além disso, a correcção de Bonferroni foi utilizado para a correcção de testes múltiplos [26]. A regressão logística foi usada para analisar a associação entre freqüências genotípicas e risco de câncer gástrico, ajustadas para sexo e idade. análises de sobrevivência foram feitas com o teste log-rank e Cox modelo de riscos proporcionais. O pacote de software 4.2 Haploview foi usado para: estimativa LD de pares, detectar partida do equilíbrio de Hardy-Weinberg, construir haplótipos, calcular frequências dos haplótipos e associações estimam entre haplótipos e risco de câncer gástrico. Nós também utilizamos software Haplo.states para avaliar associações entre haplótipos e características clínico-patológicas [6], [27]. O software THEsias baseado em riscos proporcionais de Cox sobrevivência de regressão na análise de associação de haplótipos baseia-usando o algoritmo estocástico-EM foi usada para produzir a análise de sobrevivência de haplótipos [28]. Por causa do teste de hipóteses múltiplas, o valor P para significância foi ajustado de forma conservadora pela correção de Bonferroni para < 0,007 (0,05 /7)

Resultados

características Assunto

Como mostrado na tabela 1 e trabalhos anteriores, a idade média foi de 56,67 ± 11,92 y ea percentagem de machos foi de 70,54% no grupo caso. A idade média do grupo controle foi de 56,91 ± 11,48 y ea percentagem de machos foi de 70,54%. Não houve diferença estatisticamente significativa na distribuição de sexo e idade entre pacientes e controles (todos P = 1,00). Além disso, dos 404 pacientes, 85 (21,04%) tinham câncer em estágio I gástrica, 107 (26,49%) tiveram estágio II de câncer gástrico, e 212 (52,48%) tiveram fase III de câncer gástrico (Tabela 1). Os outros parâmetros clínico de pacientes com câncer gástrico são apresentados na Tabela 1.

taxas de Genotipagem de sucesso, LD e haplótipo estrutura

Todos os SNPs foram polimórficos com menores freqüências alélicas > 10% e distribuições de genótipos estavam todos de acordo com o equilíbrio de Hardy-Weinberg (dados não mostrados). As taxas de sucesso foram elevados no grupo caso (98,27-100%) e grupo controle (99,50-100%; Tabela S2). Em seguida, utilizou-se software Haploview 4.2 para avaliar LD e construir haplótipos. LD foi observada em toda rs2071231, rs7125062, rs491152 e rs470558 (todo D ≥0.99), e esses quatro SNPs construído bloco 1. Bloco 1 coberta 5.0 kb e continha 4 haplótipos comuns: TCCG, GCCG, TTCG e TTTA (faixa de freqüência: 0.127- 0,500), o que representou cerca de 99,9% dos sujeitos (Fig.1b).

Associações entre SNPs individuais e risco de câncer gástrico, os parâmetros clínico e sobrevivência

Como mostrado na Tabela 2, houve não houve diferença estatística na distribuição dos alelos entre pacientes e controles (P > 0,007 e P > 0,007 após um teste de permutação de freqüências alélicas e correção de Bonferroni). Além disso, não houve associação entre as distribuições genotípicas dos sete SNPs em MMP-1 e o risco de câncer gástrico (P > 0,007 e P > 0,007 depois de ser ajustada por sexo e idade para freqüências genotípicas, Tabela 3)
<. p> os genótipos de SNPs individuais foram avaliadas para associações com os parâmetros clínico. Tabela 4 mostraram que os genótipos rs470206 teve uma correlação com graus histológicos, e os pacientes com GA /AA teve bem diferenciação celular em comparação com os pacientes com o genótipo GG (OR = 0,573; 95% CI: ,353-,929; P = 0,023). No entanto, não foi significativa após a correção de Bonferroni. Os outros genótipos de SNPs não tinha correlações significativas com os parâmetros clínico em câncer gástrico.

Na análise univariada, tipo Borrmann, categoria pT, metástase linfonodal, invasão linfática e estágio TNM demonstraram ser fatores prognósticos significativos (Tabela 5). No entanto, os resultados estatísticos revelaram que todos os genótipos das sete SNPs não tinha associações com sobrevida de pacientes com câncer gástrico (todos P > 0,007, Tabela 5).

Associações entre haplótipos ou combinações genótipo SNP eo risco de câncer gástrico , os parâmetros clínico e sobrevivência

Usando Haploview 4,2 software, construímos um bloco haplótipo de quatro marcador, que continha quatro haplótipos comuns: TCCG, GCCG, TTCG e TTTA. Todos os quatro haplótipos comuns não teve correlação com o risco de câncer gástrico (P > 0,007 e P > 0,007 após um teste de permutação; Tabela S3). Além disso, nós não encontrou qualquer relação entre estas quatro haplótipos comuns e os parâmetros clínico em câncer gástrico (todos P > 0,007, Tabela S4). Além disso, o resultado da análise univariada não mostrou associação entre todos os haplótipos e sobrevida de pacientes com câncer gástrico. (Todos P > 0,007, Tabela S5)

Então, fizemos combinações genótipo SNP para encontrar sua associação com gástrica o risco de câncer. Entre todas as combinações, combinações de genótipos de dois SNPs (rs2071231 e rs470206) teve quatro subgrupos: TA, TG, GG e AA. Embora o LD entre os dois SNPs não existia e os quatro subgrupos não teve correlação com o risco de câncer gástrico (P = 0,523), os pacientes com TA teve bem diferenciação celular em comparação com os doentes com genótipo TG (OR = 0,561; 95% CI : 0,357-0,881; P = 0,022). No entanto, não foi significativa após a correção de Bonferroni. Além disso, todos os subgrupos não tinha associações com sobrevida de pacientes com câncer gástrico (todos P > 0,007). As outras combinações de genótipos não teve resultados significativos.

Discussão

A degradação da matriz extracelular e membrana basal por MMPs é um dos elementos reguladores mais importantes em diversos processos fisiológicos e patológicos de invasão tumoral e metástase [5]. A maioria dos estudos anteriores focaram-se na relação entre SNPs e MMP-2 e MMP-9. Além disso, alguns SNPs de MMP-1 demonstraram ser significativamente associados com o risco aumentado para o desenvolvimento de câncer de pulmão, câncer de mama e câncer colorretal [6] - [8], [11] - [13]. No entanto, outros estudos mostraram uma associação negativa entre MMP-1 polimorfismos e suscetibilidade ao câncer [15] - [17]. Além disso, no cancro gástrico, a maioria dos estudos sobre a MMP-1 têm focado apenas sobre a importância do SNP (-1607 1G /2G) no promotor em amostras relativamente pequenas. Jin X et al. informou que não houve associação do polimorfismo promotor MMP-1 (-1607 1G /2G), com a susceptibilidade à adenocarcinoma gástrico cardíaca no norte da China (183 pacientes) [15]. No entanto, um estudo sobre uma população japonesa (215 pacientes) mostrou que, embora a presença do alelo 2G (-1607) no promotor de MMP-1 não aumentou o risco de cancro gástrico, que podem estar envolvidos na diferenciação de cancro gástrico [14]. Assim, uma grande amostra e os locais mais polimórficas são fundamentais para a compreensão do papel da MMP-1 SNPs no desenvolvimento de câncer gástrico.

Em face do exposto, foram selecionados sete sítios polimórficos através MMP-1 para garantir uma elevada densidade de marcadores e fornecer adequada caracterização da diversidade de haplótipos. Além disso, foram selecionados 404 pacientes e 404 controles que tinham as mesmas distribuições por sexo e idade. Por outro lado, até agora, a maior parte dos SNPs foram estudados por polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) ensaio de [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF MS [6], [20] e pyrosequencing análise [31]. Actualmente, o método MALDI-TOF MS, oferecendo aproximadamente 100% de precisão para genotipagem de SNP, é considerado como um padrão de ouro [19], [32]. Além disso, relatórios anteriores mostraram que não existiam diferenças entre as frequências alélicas de DNA FFPET-derivado e de ADN derivado do sangue a partir do mesmo indivíduo através de vários métodos, incluindo MALDI-TOF MS [33] - [35]. Portanto, a genotipagem de DNA FFPET-derivado por MALDI-TOF MS é fiável e reproduzível. Nossos resultados também mostraram altas taxas de sucesso que variam entre 98,27% e 100% (média: 99,43%), que estavam de acordo com os dados comunicados anteriores [19], [32], [33]

Entre sete SNPs. , Sun et al. mostrou que as freqüências alélicas risco de rs7125062, rs2075847 e rs470206 foram maiores nos pacientes com câncer de pulmão do que nos controles [6]. Mas, no presente estudo, não houve SNPs individuais associados ao risco de câncer gástrico. Além disso, genótipos rs470206 teve um corelation com graus histológicos, e os pacientes com GA /AA teve bem diferenciação celular em comparação com os pacientes com o genótipo GG. Este resultado foi semelhante para os sítios polimórficos (-1607 1G /2G), os quais podem estar envolvidos na diferenciação de cancro gástrico [14]. Além disso, alguns estudos revelaram que o polimorfismo promotor MMP-1 (-1607 1G /2G) tem uma associação com o prognóstico em câncer de língua [36], o cancro da mama [37] e cancro colorectal [38]. No entanto, não encontramos nenhum SNPs individuais associados com o prognóstico no câncer gástrico em nosso estudo.

SNPs são estavelmente herdada, muito abundantes e mostrar a diversidade dentro e entre populações, que são pensados ​​para ser biomarcadores atraentes. No entanto, a aplicação de SNPs individuais tem sido limitada porque têm baixa penetrância e os seus efeitos são relativamente difíceis de identificar. Por conseguinte, a importância de uma informação de haplótipos foi aumentando para ligar ADN variação de sequência com a doença [6], [18], [39]. Em nosso estudo, nós construímos um bloco haplótipo de quatro marcador que continha 4 haplótipos comuns: TCCG, GCCG, TTCG e TTTA, que eram consistentes com o estudo da Sun et al. [6]. O estudo mostrou haplótipo TTCG tinha uma frequência que foi significativamente diferente entre pacientes e controles. Além disso, haplótipo TTCG tiveram um risco aumentado para a metástase distante de câncer de pulmão e, em contraste com TTCG haplótipo, haplótipo TTTA mostraram um efeito protetor contra a progressão do câncer de pulmão [6]. No entanto, em nosso estudo, todos os quatro haplótipos comuns não teve correlação com o risco de câncer gástrico e nós não encontrou qualquer relação entre estes haplótipos e os parâmetros clínico em câncer gástrico. Além disso, o resultado da análise univariada não mostrou associação entre todos os haplótipos e sobrevida de pacientes com câncer gástrico. Até agora, um número cada vez maior de estudos têm-se centrado sobre a associação entre SNPs e doença, mas mesmo com a mesma SNP, os resultados foram geralmente diferente. Mais e mais estudos revelaram que diferentes resultados poderiam ser atribuído principalmente a várias combinações de fatores, tais como a heterogeneidade da doença, população, meio ambiente, as freqüências alélicas e /ou diferenças LD, fonte de tecido usado, tamanhos de amostra, técnica de detecção e assim por diante.

Curiosamente, embora o LD entre rs2071231 e rs470206 não existisse, nós ainda fez combinações genótipo SNP de acordo com o estudo de Ostrovsky o et al. [25]. Descobrimos que, em comparação com os doentes com genótipo TG, os pacientes com TA tinha bem a diferenciação celular. No entanto, a frequência deste tipo de combinação genótipo SNP foi muito baixa na população.

Em conclusão, este estudo avaliou polimorfismos do gene MMP-1 em câncer gástrico com um método MALDI-TOF MS e FFPETs arquivados em uma grande coorte de caso-controle do norte da China. Embora nossos resultados foram negativos, este estudo indicou pela primeira vez que os SNPs (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 e rs1144396) de MMP-1 pode não ser úteis como marcadores importantes para prever a susceptibilidade câncer gástrico, progressão ou prognóstico, pelo menos na população Han, no norte da China. Além disso, estes resultados poderiam fornecer a informação importante aos outros cientistas que fazem pesquisas sobre o câncer para eliminar estes sete SNPs como marcadores de diagnóstico para câncer gástrico.

Informações de Apoio
Tabela S1.
As sequências dos iniciadores utilizados para a genotipagem dos sete SNPs em MMP-1 | doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s001
(DOC)
Tabela S2.
Genotipagem taxas de sucesso dos sete SNPs em MMP-1 | doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s002
(DOC)
Tabela S3.
Associações entre frequências de haplótipos de quatro SNPs em MMP-1 e o risco de câncer gástrico
doi: 10.1371. /journal.pone.0038002.s003
(DOC)
Tabela S4.
Associações entre frequências de haplótipos de quatro SNPs em MMP-1 e os parâmetros clínico
doi: 10.1371. /journal.pone.0038002.s004
(DOC)
Tabela S5. análise
Survival of haplótipos de quatro SNPs em MMP-1 | doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s005
(DOC)

Reconhecimentos

Agradecemos o departamento de Oncologia cirúrgica de Primeira Hospital da China Medical University para fornecer amostras humanas. Agradecemos também o Colégio da China Medical University para obter assistência técnica em experiências.

• PLOS ONE: β, β-Dimethylacrylshikonin Induz mitocôndrias Dependente apoptose através da via ERK em células gástricas Human Cancer SGC-7901
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