PLoS ONE: povezanost pojedinih SNP ili haplotipova matrične metaloproteinaze 1 i rak želuca osjetljivošću, prohodnost i Prognosis

Sažetak pregled

Pozadina pregled

jednostrukog nukleotida polimorfizama (SNP-ova) u matrične metaloproteinaze 1 (MMP-1) igraju važnu ulogu u nekih oblika raka. Ova studija ispituje povezanost između pojedinih SNP ili haplotipova u MMP-1 i podložnost, kliničkopatološkim parametara i prognozi raka želuca u velikom uzorku Han stanovništva u sjevernoj Kini. Pregled

Metode

ovaj slučaj-kontrolirane studije, bilo je 404 bolesnika s karcinomom želuca i 404 zdravih osoba. Sedam SNP-ovi su genotipizirani pomoću MALDI-TOF MS sustav. Zatim, SPSS softvera, Haploview 4.2 softvera, Haplo.states softver i THEsias softver se koristi za procjenu povezanost pojedinih SNP-ova ili haplotipova MMP-1 i rak želuca osjetljivosti, progresije i prognoze. Pregled

Rezultati pregled

Među sedam SNP nije bilo pojedinačnih SNP-ova u korelaciji s rizikom od raka želuca. Štoviše, samo rs470206 genotip imao korelaciju s histoloških ocjenama, a pacijenti s GA /AA imala dobro stanične diferencijacije u odnosu na bolesnike s genotipom GG (OR = 0,573; 95% CI: 0.353-0.929, p = 0,023). Zatim, konstruirali smo haplotip blok od četiri markera koji je sadržavao 4 zajednička haplotipa: TCCG, GCCG, TTCG i TTTA. Međutim, sve četiri zajedničke haplotipovi imao povezanost s rizikom od nastanka karcinoma želuca i nismo pronašli nikakvu vezu između ovih haplotipova i kliničkopatološkim parametara u raka želuca. Nadalje, niti pojedinačna SNP niti haplotipovi su imali vezu s preživljavanje pacijenata s rakom želuca. Pregled

Zaključci

Ova je studija ocjenjivala polimorfizmi gena MMP-1 u karcinomu želuca s MALDI-TOF MS metoda u velikom sjevernom kineskom slučaju kontrolirane skupine. Naši rezultati pokazuju da ovih sedam SNP MMP-1 ne bi mogli biti korisni i značajni pokazatelji za predviđanje rak želuca osjetljivost, napredovanja ili prognoze, barem u Han stanovništvo u sjevernoj Kini pregled

Izvor:. Pjesma YX, Zhou X, Wang ZN, Gao P, Li aL, Liang JW, et al. (2012) povezanost pojedinih SNP ili haplotipova matrične metaloproteinaze 1 i rak želuca osjetljivost, progresije i prognoze. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10,1371 /journal.pone.0038002 pregled

Urednik: Yury E. Khudyakov, Centri za kontrolu i prevenciju bolesti, Sjedinjenih Američkih Država Netlogu

Primljeno: 30 siječnja 2012; Prihvaćeno: 29. travnja 2012; Objavljeno: 24. svibanj 2012 pregled

Copyright: © 2012 Tekstovi i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Ovo djelo je podržan od strane Nacionalne zaklade za znanost u Kini (br 30972879 i broj 81172370), programa znanstvena i tehnološka Odjel za provinciji Liaoning (br 2010225032) i Natural Science Foundation iz provincije Liaoning (br 20092129). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca je jedan od najčešćih vodećih uzroka smrtnosti od raka povezanih svijetu [1]. Unatoč određenim pomacima u dijagnostici i liječenju raka želuca u posljednjih nekoliko desetljeća, prognoza za pacijente s uznapredovalim rakom želuca ostaje siromašan [2]. Poput drugih vrsta raka, razvoj karcinoma želuca je postupak u više koraka s akumulacijom genetskih i epigenetičkim promjena. Otkriće i primjena biomarkera koji mogu biti ugrađeni s tradicionalnim dijagnozu raka, odmorišta i prognozu u velikoj mjeri može pomoći u poboljšanju ranu dijagnozu i skrb o pacijentima. [3] Uz završetak projekta ljudskog genoma, milijuni polimorfizama (SNP-ovi) su identificirani kao atraktivne biomarkera u procjeni rizika za rak, screening, odmorišta, ili ocjenjivanja [4]. Pregled

metaloproteinaza matriksa (MMP) su važan obitelj metala ovisna enzima koji su odgovorni za razgradnju komponente ekstracelularnog matriksa [5]. Molekularni Epidemiološke studije pokazale su povezanost između genetskih polimorfizama MMP i raka osjetljivosti, napredovanja i prognozom [6] - [10]. Nedavno, neki SNP MMP-1 su pokazali da se statistički značajno povezana s povećanim rizikom za razvoj raka pluća [6], [7], [11]. U rak dojke, Karolina Przybylowska et al. nađeno da 2G alel 1G /2G genetski polimorfizam na MMP-1, mogu biti odgovorni za limfnog čvora (LN) metastaza [8]. S druge strane, i studije Hinoda Y et al. i Ghilardi G et al. utvrdio da SNP MMP-1 je povezan s povećanim rizikom od raka debelog crijeva [12], [13]. Nadalje, SNP u MMP-1 promotora je pokazala da se u korelaciji s histološkom diferencijacije rakom želuca [14]. Međutim, druge studije su pokazale negativnu povezanost između MMP-1 polimorfizama i raka osjetljivost [15], [16], [17]. Osim toga, većina ovih studija su bili ograničeni na malim uzorcima, nekoliko SNP ili izgrađenih haplotipova s ​​dva ili tri polimorfnih mjesta. Dakle, veliki uzorak i više polimorfnih mjesta ključni su za razumijevanje uloge MMP-1 SNP u razvoju raka želuca. Pregled

U ovom istraživanju, u velikom uzorku Han stanovništva u sjevernoj Kini, koristili smo formalinom fiksna, parafin-ugrađen tkiva (FFPETs) izvedeni DNA uzorci od bolesnika i krvi dobivene DNA iz kontrole u matrici uz pomoć laserske desorpcije /ionizacije vremenska masena spektroskopija (MALDI-TOF MS) metoda za proučavanje potencijalne povezanosti između sedam SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 i rs1144396) ili haplotipova u MMP-1 i tumora osjetljivosti, kliničkopatološkim parametara i preživljavanja od raka želuca. pregled

Materijali i metode

Subject izbor pregled

Ova studija se sastojala od 404 osnovnih pacijenata rak želuca i 404 kontrola te su svi sudionici su bili iz Han stanovništva u sjevernoj Kini. Predmetna karakteristike su ranije [18] što je opisano. Ukratko, prikladni pacijenti su primili radikalnu operaciju na Prvom bolnici kineskog medicinskog sveučilišta u razdoblju od siječnja 1998. do prosinca 2004. godine, te s rakom želuca temelji na patohistološku evaluaciju su dijagnoze. Tumor histološki stupanj procijenjena je prema svjetskim kriterijima zdravstvene organizacije i tumora su organizirali pomoću 7. izdanje TNM Međunarodne unije protiv raka (UICC) /Američki Zajedničko povjerenstvo za rak sustav (AJCC) (2010) na temelju postoperativna patološko ispitivanje uzoraka. Kompletan patološki podaci dobiveni su, uključujući dob, spol, datum operacije, mjesto primarnog tumora, histološka stupnja, venske invaziju, enzim imunoanaliza, dubina invazije, broj LNS prikupljene, broj metastatskih LNS i broj tumorskih depozita preuzeti. Oni (i) sa sinkronim ili metachronous malignih tumora, (ii) s udaljenim metastazama pronađeno preoperativno, (iii) koji su bili podvrgnuti postoperativnog radioterapiju ili kemoterapiju, ili (iv) s nepotpunim patološki unosa podataka su isključeni iz ove studije. Follow-up je završen za cijeli ispitivane populacije do siječnja 2010. Dva pacijenta umrla u postoperativnom periodu (unutar 30 dana) i 21 bolesnika je izgubio praćenje; dakle, 381 bolesnika bilo je uključeno u analizu preživljenja. Srednja i prosječna follow-up razdoblja bili su 90.0 mjeseci i 93,3 ± 20,24 mjeseci (raspon: 61-136 mjeseci), respektivno. Sljedeći podaci su dobiveni za sve bolesnike: datum smrti (ako je primjenjivo), uzrok smrti (ako je primjenjivo), i datum praćenja. Primarni cilj je bio rak-specifične trajanje preživljavanja od dana dijagnoze raka želuca do datuma smrti. 5 godina stopa preživljavanja od 404 pacijenata bila je 54,2%. Pregled

404 uzoraka krvi kontrolne skupine su dobivene od raka bez pojedinaca koji su nasumično odabrani na temelju fizičke preglede tijekom prosinca 2009. do kolovoza 2011. godine, a ova grupa se vjeruje da je dobra zastupljenost stanovništva u ovoj regiji. Kriteriji za odabir uključeni pojedinačni povijest raka, frekvencija odgovara za slučajeve o spolu i dobi, a pojedinci su nepovezane etničke Han Kineza. Uzorci (etilen tetraoctena kiselina [EDTA] anticoagulate), pohranjene su na -20 ° C u roku od 30-40 minuta, a onda se u zamrzivaču na -80 ° C tijekom 2 do 3 dana nakon sakupljanja. Pregled

Etika izjava pregled

istraživanje je odobreno od strane etičkog povjerenstva za istraživanje kineskog medicinskog sveučilišta, Kina. Pismeni informirani pristanak dobiven je od svih ljudi prije sudjelovanja u istraživanju. Pregled

DNA ekstrakcije pregled

Genska DNA je izvađen iz uzoraka FFPET u slučaju grupe. Sekcije debljine 8 um i površine do 250 mm ^{2 pripravljeni su mikrotomom i DNA je izolirana iz 6 odjeljaka do 12 dijela, ovisno o veličini tkiva i broja stanica. Mikrotomu je očišćen i elise su promijenjeni kako bi se izbjeglo intersample kontaminacija. Ekstrakcija DNA iz FFPETs se vrši sa QIAamp® DNA FFPE tkiva Kit (Qiagen, Hilden, Njemačka) [19], slijedeći postupke opisane od strane proizvođača i naš dosadašnji rad [18]. Oko 2-10 ug DNA je skupljena u 50 jal konačne otopine i pohranjena na -80 ° C. Pregled}

Genomska DNA bila je ekstrahirana iz uzoraka krvi iz kontrolne skupine s Universal genomske DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) u skladu s uputama proizvođača i našem prethodnom radu [18]. O 2-6 ug DNA je izoliran u TE i pohranjena na -80 ° C. Pregled

Izbor SNP kandidati

U istraživanju je sudjelovalo sedam SNP u MMP-1, koji su uzeti iz NCBI SNP baze podataka i baze podataka HapMap. Odabrali smo SNP-ova preko gen lokusa osigurati visoku gustoću markera i pružiti adekvatnu karakterizaciju haplotipa raznolikosti [6]. Svi odabrani SNP-ovi su dužni da imaju manju učestalost alela ≥5%. Stoga smo odabrali sedam SNP-ova:. rs2071231 (Intron), rs7125062 (introna), rs491152 (introna), rs470558 (eksona), rs2075847 (5'UTR), rs470206 (5 'UTR) i rs1144396 (Sl. 1A) pregled

SNP analiza i vrednovanje pregled

SNP genotipizirane pomoću MALDI-TOF MS sustav (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, USA) s početnica i proba (Tablica S1) kao što je prethodno opisano u [19], [20]. Da bi se osigurala kvaliteta tipkanja, 1% pozitivnih uzoraka (soj YanHuang stanica) su uključene u svaki genotipizacija ploče za provjeru pouzdanosti primera i 1% negativnih uzoraka (vode bez DNA) su korišteni za praćenje kontaminacije. 5% slučajni uzorci se testiraju u duplikatu različitih ljudi i reproducibilnost je 100%. Laboratorijski osoblje su zaslijepljeni uzorka dogovoru tijekom procesa. MALDI-TOF MS analize su prema Justenhoven et al. [21] i glavni proces uključeni PCR amplifikacije (GeneAmp® PCR sustav 9700 Dual 384 Pa Uzorak blok modula, Sequenom), škampi alkalne fosfataze tretman (Sequenom), produžetak baze reakcije, uklanjanje soli sa smolom, SpectroCHIP točenje (384-dobro SpectroCHIP mikropostrojima, Sequenom). Alelskih diskriminacija je dobiven analizom s MassARRAY Analyzer Kompaktni masenom spektrometru (MT9). Konačno, analiza podataka provedena su pomoću MassArray Typer analizator softver 4.0 (Sequenom, San Diego, CA) [22]. Pregled

Povezanost ravnoteže (LD) određivanje blok i haplotip gradnja pregled

Haploview 4.2 softver je koristi za procjenu LD i konstruirati haplotipova kako je ranije opisano [6]. LD među SNP-ova koji se koriste u sedam haplotipa analizi mjerena je parnom D'statistiku. Struktura bloka LD je ispitan pomoću metode Gabriel et al. [23], koristeći granice od 80% povjerenje D 'za definiranje mjesta od povijesnog rekombinacije između SNP-ova. Haplotipa su izgrađene od genotipa podataka u punoj veličini case-control panel unutar blokova pomoću ubrzanog načina očekivanje-maksimizacije algoritam s Haploview 4.2 softverom [6], [24]. Osim toga, napravili smo SNP kombinacije genotipova pronaći svoj povezanost sa želučanom rizik od raka [25]. Pregled

Statistička analiza pregled

obostrani hi-kvadrat (χ2) test je korišten za procjenu distribucije stanovništva karakteristike, usporediti razlike u alela i genotipske frekvencije između predmeta i kontrole i procjene povezanosti pojedinih SNP-ova i kliničkopatološkim parametara. Za procjenu značaja, postupak permutacija (1.000 testova) se upotrebljava za ispravljanje P vrijednost rezultata jednog locus udruga [6]. Permutacija test je vrsta statističkog testa značajnosti u kojoj se dobiva distribucija statističkih ispitnog pod nultu hipotezu izračunavanjem svih mogućih vrijednosti statističkog ispitnog pod premještanje oznaka na promatranim točkama podataka. Štoviše, Bonferronijeva korekcija se koristi za više korekciju testiranje [26]. Logistička regresija korištena je analizirati povezanost između frekvencije genotipova i želučane rizik od raka, usklađene za spol i dob. Survival analize su učinili s log-rank testa i Cox proporcionalnih rizika modela. Haploview 4.2 programski paket se koristi za: procjena par-mudar LD, otkriti odstupanje od Hardy-Weinberg ravnoteže, konstruirati haplotipova, izračunati haplotip frekvencije te procijeniti povezanost između haplotipova i želuca rizik od raka. Također smo koristili Haplo.states softver za procjenu povezanost između haplotipova i kliničko značajkama [6], [27]. Softver THEsias temelju Cox proporcionalnih rizika preživljenja regresije u analizi pridruživanja haplotipa bazi pomoću stohastički-EM algoritma se koristi za proizvodnju analiza preživljavanja haplotipova [28]. Zbog višestrukog hipoteze ispitivanja, P vrijednost za značaja je podešena konzervativno po Bonferroni ispravak < 0,007 (0.05 /7) pregled

Rezultati

Subject karakteristike

Kao što je prikazano u Tablica 1 i dosadašnji rad, prosječna dob bila je 56,67 ± 11,92 y, a postotak muškaraca bila je 70,54% u slučaju grupe. Prosječna dob kontrolne skupine bila je 56,91 ± 11,48 y, a postotak muškaraca bila je 70,54%. Nije bilo statistički značajne razlike u raspodjeli spolu i dobi između bolesnika i kontrola (svi P = 1,00). Osim toga, od 404 bolesnika, 85 (21,04%) je imao faza I želučani karcinom, 107 (26,49%) je imao fazu II raka želuca, a 212 (52,48%) je imao faza III rak želuca (Tablica 1). Ostali kliničkopatološkim parametri pacijenata s rakom želuca prikazani su u tablici 1. pregled

stope genotipa uspjeha, LD i haplotip struktura pregled

Svi SNP-ovi su polimorfni uz manje učestalosti alela > 10% i genotip distribucija svi su u dogovoru s Hardy-Weinberg ravnoteže (podaci nisu prikazani). Stope uspjeha bile su visoke u slučaju skupine (98,27 - 100%) i kontrolnu skupinu (99,50 - 100%; Tablica S2). Zatim, koristili smo Haploview 4.2 softvera za procjenu LD i izgraditi haplotipova. LD zabilježeno je preko rs2071231, rs7125062, rs491152 i rs470558 (sve D ≥0.99), a ove četiri SNP izgrađena blok 1. Blok 1 pokriveno 5,0 kb i sadrži 4 zajednička haplotipa: TCCG, GCCG, TTCG i TTTA (raspon frekvencija: 0.127- 0,500), što predstavlja oko 99,9% ispitanika (Fig.1B). pregled

Udruge između pojedinih SNP-ova i želučane rizik od raka, kliničkopatološkim parametara i opstanak pregled

Kao što je prikazano u tablici 2, bilo je nema statistički značajne razlike u raspodjeli alela između bolesnika i kontrolne skupine (p > 0,007 i P > 0,007 nakon permutacije test za alelskih frekvencija i Bonferroni ispravak). Osim toga, nije bilo povezanosti između genotipa distribucijama sedam SNP u MMP-1 i rizika od raka želuca (p > 0,007 i P > 0.007 nakon što se uzme u spolu i dobi za genotipske frekvencije, Tablica 3) pregled <. p> genotipovi pojedinih SNP-ova su ocijenjeni za udruge s kliničkopatološkim parametrima. Tablica 4. pokazao da rs470206 genotipovi imali korelaciju s histoloških ocjenama, a pacijenti s GA /AA imala dobro stanične diferencijacije u odnosu na bolesnike s genotipom GG (OR = 0,573; 95% CI: 0.353-0.929, p = 0,023). Međutim, to nije bila značajna, nakon Bonferroni korekcije. Ostali genotipovi SNP imali značajne korelacije s kliničkopatološkim parametara u raka želuca. Pregled

U univarijatne analize, vrsti Borrmann, kategorija PT, limfnih čvorova metastaza, enzim imunoanaliza i TNM fazi pokazalo se da su značajni prognostički čimbenici (tablica 5). Međutim, statistički Rezultati su pokazali da su svi genotipovi sedam SNP-ova nije imala asocijacije preživljavanje pacijenata s rakom želuca (sve p > 0,007 tablica 5). Pregled

povezanosti haplotipova ili SNP kombinacija genotipa i želučane rizik od raka , kliničkopatološkim parametri i opstanak pregled

Korištenje Haploview 4.2 softvera, konstruirali smo četiri-marker haplotip blok, koji je sadržavao četiri zajedničke haplotipa: TCCG, GCCG, TTCG i TTTA. Sva četiri zajedničke haplotipovi imao povezanost s želuca rizika raka (p > 0,007 i P > 0,007 nakon testa permutacije, Tablica S3). Osim toga, nismo pronašli nikakvu vezu između ove četiri zajedničke haplotipova i kliničkopatološkim parametara karcinoma želuca (svi p > 0,007 Tablica S4). Nadalje, rezultat univarijantne analiza nije pokazala povezanost između svih haplotipova i preživljavanja bolesnika s rakom želuca. (Sve P > 0,007 Tablica S5) pregled

Nakon toga, napravili smo SNP kombinacije genotipova naći svoje povezanosti s želuca rizik od raka. Među svim kombinacijama, genotip i kombinacije dva SNP-a (rs2071231 i rs470206) imao četiri podskupine: TA, TG, GG i AA. Iako LD između dva SNP nije postojao i četiri podskupine imali korelaciju sa želučanom rizik od raka (P = 0,523), pacijenti s TA imala i staničnu diferencijaciju u odnosu na bolesnike s genotipom TG (OR = 0,561; 95% CI : 0,357 - 0,881; P = 0,022). Međutim, to nije bila značajna, nakon Bonferroni korekcije. Nadalje, sve podgrupe nisu imali asocijacije preživljavanje pacijenata s rakom želuca (sve p > 0,007). Druge kombinacije genotipa imali značajne rezultate. Pregled

Rasprava pregled

degradacija ekstracelularnog matriksa i bazalne membrane MMP-om je jedan od najvažnijih regulatornih elemenata u mnogim fiziološkim i patološkim procesima invazije tumora i metastaza [5]. Većina ranijih istraživanja su usmjerena na odnos između SNP i MMP-2 i MMP-9. Nadalje, neki SNP MMP-1 su pokazali da se statistički značajno povezana s povećanim rizikom za razvoj raka pluća, raka dojke i raka debelog crijeva [6] - [8], [11] - [13]. Međutim, druge studije su pokazale negativnu povezanost između MMP-1 polimorfizama i raka osjetljivost [15] - [17]. Osim toga, kod raka želuca, većina studija o MMP-1 samo su usredotočeni na važnost SNP (-1607 1G /2G) u promotora u relativno malim uzorcima. Jin X et al. izvijestio je da nema udruga polimorfizma MMP-1 promotora (-1607 1G /2G) s osjetljivošću na želučanu srčane adenokarcinoma u sjevernoj Kini (183 bolesnika) [15]. Međutim, studija na japanskoj populaciji (215 bolesnika) pokazalo je da, premda je prisutnost 2G alela (-1607) u MMP-1 promotor nije povećati rizik od raka želuca, može biti uključen u diferencijaciju raka želuca [14]. Dakle, veliki uzorak i više polimorfnih mjesta su ključni za razumijevanje uloge MMP-1 SNP u razvoju raka želuca. Pregled

S obzirom na gore navedeno, izabrali smo sedam polimorfnih mjesta diljem MMP-1 kako bi se osiguralo veliku gustoću markeri i pružiti adekvatnu karakterizaciju haplotipa raznolikosti. Osim toga, odabrali smo 404 pacijenata i 404 kontrola koje su imale iste distribucije za spol i dob. S druge strane, sve do sada, većina SNP-ova su proučavali polimorfizma duljine restrikcijskih fragmenata (RFLP) Test [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF MS [6], [20] i pyrosequencing analiza [31]. Trenutno, MALDI-TOF MS metoda, nudeći otprilike 100% točnost za SNP genotipa, smatra kao zlatni standard [19], [32]. Štoviše, prethodni izvještaji pokazuju da nema alela frekvencija razlike FFPET DNA koja potječe iz te krvi DNA dobivene iz istog pojedinca kroz nekoliko metoda, koje uključuju MALDI-TOF MS [33] - [35]. Dakle, genotipizacija FFPET-izvedene DNA MALDI-TOF MS je pouzdan i ponovljiv. Naši rezultati također pokazuju visoke stope uspjeha u rasponu između 98.27% i 100% (srednja vrijednost: 99,43%), koji su u skladu s prethodnim prijavljenih podataka [19], [32], [33] pregled

Među sedam SNP. Sun i sur. pokazala je da je rizik alelne frekvencije rs7125062, rs2075847 i rs470206 bila je viša u bolesnika s rakom pluća u odnosu na kontrolnu [6]. No, u ovom istraživanju nije bilo pojedinačnih SNP-ova u korelaciji s rizikom od raka želuca. Štoviše, rs470206 genotipovi imali međuzavisnosti s histoloških ocjenama, a pacijenti s GA /AA imala dobro stanične diferencijacije u odnosu na bolesnike s genotipom GG. Ovaj rezultat je sličan polimorfnih mjesta (-1607 1G /2 g), koji mogu biti uključeni u diferencijaciju rakom želuca [14]. Nadalje, neka istraživanja pokazala da je polimorfizam MMP-1 promotora (-1607 1G /2G) ima vezu s prognozom rak jezika [36], raka dojke [37] i rak debelog crijeva [38]. Međutim, nismo pronašli nijedan individualnih SNP-ova u korelaciji s prognozom kod raka želuca u našem istraživanju. Pregled

SNP stabilno nasljeđuju, vrlo bogata i pokazati raznolikost unutar i između populacija, koje se smatra da su atraktivne biomarkeri. Međutim, primjena pojedinačnih SNP-ova je ograničeno, jer oni imaju nisku pojavnosti i njihovi učinci su relativno teško identificirati. Dakle, važnost haplotipa informacija raste povezati DNA varijacije sekvence s bolešću [6], [18], [39]. U našoj studiji, konstruirali smo haplotip blok od četiri markera koji je sadržavao 4 zajednička haplotipa: TCCG, GCCG, TTCG i TTTA, koji su bili u skladu sa studija Sun et al. [6]. Njihova studija je pokazala haplotip TTCG imao frekvenciju koja je bila značajno različita između bolesnika i kontrola. Štoviše, haplotip TTCG imali povećani rizik za udaljenim metastazama karcinoma pluća i, za razliku od haplotipa TTCG, haplotip TTTA pokazuje zaštitni učinak protiv napredovanja raka pluća [6]. Međutim, u našem istraživanju, sva četiri zajedničke haplotipovi imao povezanost s rizikom od nastanka karcinoma želuca i nismo pronašli nikakvu vezu između ovih haplotipova i kliničkopatološkim parametara u raka želuca. Nadalje, rezultat univarijantne analiza nije pokazala povezanost između svih haplotipova i preživljavanja bolesnika s rakom želuca. Do sada, sve veći broj istraživanja usmjerena na povezanost između SNP i bolesti, ali čak i sa istim SNP-a, rezultati su najčešće različiti. Sve više i više studija pokazala je da različiti rezultati mogu biti uglavnom može pripisati različitim kombinacijama čimbenika, kao što su heterogenosti bolesti, stanovništvu, alelskih frekvencija i /ili LD razlike, izvor tkiva koji se koristi, veličine uzorka, tehnika detekcije i tako dalje.

Zanimljivo je da, iako je LD između rs2071231 i rs470206 ne postoji, još uvijek se SNP kombinacije genotipova prema proučavanju Ostrovsky o et al. [25]. Otkrili smo da, u usporedbi s bolesnicima s genotipom TG, pacijenti s TA imala i diferencijaciju stanica. Međutim, učestalost ovog tipa SNP genotipom kombinaciji bio je vrlo nizak u populaciji.

U zaključku, ova studija vrednuje polimorfizama gena MMP-1 u karcinomu želuca s MALDI-TOF MS i arhivi FFPETs u velikom sjevernom kineskom slučaju kontrolirane skupine. Iako su naši rezultati su bili negativni, ova studija prvi put pokazuje da je SNP-a (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 i rs1144396) MMP-1 ne bi mogli biti korisni i značajni pokazatelji za predviđanje rak želuca osjetljivost, napredovanja ili prognozu, na barem u Han stanovništva u sjevernoj Kini. Štoviše, ovi rezultati mogu dati značajne informacije s drugim znanstvenicima rade istraživanja raka kako bi se uklonili ovih sedam SNP kao dijagnostički biljezi za rak želuca.

popratne podatke
tablici S1. pregled sekvencijama koristi za genotipa sedam SNP-ova u MMP-1 pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s001 pregled (DOC) pregled Tablica S2. Stope pregled genotipizacija uspjehu sedam SNP-u MMP-1 pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s002 pregled (DOC)
Tablica S3.
povezanosti haplotipu frekvencijama četiri SNP u MMP-1 i rizika od raka želuca pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s003 pregled (DOC) pregled Tablica S4.
povezanosti haplotipu frekvencijama četiri SNP u MMP-1 i kliničkopatološkim parametara pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s004 pregled (DOC) pregled Tablica S5. pregled opstanak analiza haplotipova četiri SNP-u MMP-1 pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s005 pregled (DOC) pregled

Izvori pregled

Hvala odjel za kirurgiju onkologiju Prvog bolnici kineskog medicinskog sveučilišta za pružanje ljudskih uzoraka. Također zahvaljujemo College of China Medical University za tehničku pomoć u eksperimentima. Pregled

• PLoS ONE: β, β-Dimethylacrylshikonin izaziva Mitohondriji Ovisno Apoptoza kroz ERK staze u ljudski rak želuca SGC-7901 stanica
• PLoS ONE: dugoročne rezultate i prognostički čimbenici želučane pacijenata oboljelih od raka mikroskopom peritonealnoj karcinomatoza