PLoS ONE: Het heeft-miR-526b Binding-Site rs8506G > A polymorfisme in het lincRNA-NR_024015 Exon Geïdentificeerd door GWASs vatbaar maken voor niet-Cardia maagkanker Risk

Abstract

Maagkanker met inbegrip van de cardia en niet- -cardia types is de tweede voorkomende oorzaak van kanker-gerelateerde sterfgevallen wereldwijd. Een subgroep van non-cardia maagkanker genetische gevoeligheid loci zijn aangepakt onder Aziatische door middel van genoomwijde associatiestudies (GWASs). Deze studie was om de effecten van enkelvoudige nucleotide polymorfismen (SNPs) lange intergene niet-coderende RNA's (lincRNAs) op niet-cardia maagkanker gevoeligheid bij Chinese populaties evalueren. We hebben gekozen voor lange intergenische-coderende RNA's (lincRNAs) in non-cardia maagkanker risicogerelateerde loci en geïdentificeerd 10 SNPs gelegen binnen lincRNA exon regio's. We onderzocht of genetische polymorfismen in lincRNAs exons worden geassocieerd met non-cardia maag risico op kanker in 438 non-cardia maagkanker patiënten en 727 controlepersonen in de Chinese bevolking met behulp van logistische regressie. Functionele relevantie werd verder onderzocht door biochemische assays. We vonden dat lincRNA-NR_024015
rs8506AA carrier was significant geassocieerd met het risico van niet-cardia maagkanker (gecorrigeerde odds ratio [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03-2,39, vergeleken met de rs8506 AG of GG . genotype verdere gelaagdheid analyse toonde aan dat het risico effect was meer uitgesproken in subgroepen rokers ( P
= 0,001) Biochemische analyse toonde aan dat het G naar A baseverandering in rs8506G >. Een verstoort de bindingsplaats voor has- . miR-526b, waardoor de transcriptie-activiteit te beïnvloeden lincRNA-NR_024015 Kopen en invloed celproliferatie Onze huidige studie werd een robuuste associatie tussen de rs8506G > a polymorfisme in de lincRNA-NR_024015
exon en het risico van niet-cardia maagkanker

Visum: Fan QH, Yu R, Huang WX, Cui XX, Luo BH, Zhang LY (2014) het heeft-miR-526b Binding-Site rs8506G > polymorfisme. in de lincRNA-NR_024015
Exon Geïdentificeerd door GWASs vatbaar maken voor niet-Cardia Gastric Cancer Risk PLoS ONE 9 (3):. e90008. doi: 10.1371 /journal.pone.0090008

Editor: Xiaoping Miao, MOE Key Laboratory van Milieu en Gezondheid, School of Public Health, Tongji Medical College, Huazhong Universiteit voor Wetenschap en Technologie, China

Ontvangen: 11 december 2013; Aanvaard: 25 januari 2014; Gepubliceerd: 4 maart 2014

Copyright: © 2014 Fan et al. Dit is een open-access artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd

Financiering:. Deze studie werd gesteund door de Suzhou Sociaal Fonds Development Project (SS08047), de provincie Jiangsu's Key medische afdeling in 2011. de financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript.

concurrerende belangen: de auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan ​​

Introductie

Maagkanker (GC) is de tweede belangrijkste oorzaak van kanker overlijden wereldwijd na longkanker in 2010, hoewel de sterfte sterfgevallen. zijn licht van 774.000 in 1990 in 2010 daalde tot ongeveer 755.000 [1], [2]. Epidemiologische studies hebben aangetoond dat omgevingsfactor, zoals voeding, roken, alcohol consumpties en vooral infectie met Helicobacter pylori worden geassocieerd met een hoger risico voor GC toonde [3], [4]. Ondanks deze erkende risicofactoren, onderzoekers nog overtuigd dat genetische factoren, met name single nucleotide polymorphisms (SNPs), waarschijnlijk een essentiële rol bij risico op maagkanker individu te vervullen als een fractie van blootgestelde individuen ontwikkelen maagkanker [5] .

Tot op heden, met de opmars van de volgende generatie sequencing transcriptoom (RNA-Seq), is er een grondige verschuiving in ons begrip van de gehele set van transcriptie aberraties in een ziekte, inclusief nieuwe transcripties en niet-coderende geweest RNAs (ncRNAs) niet gemeten met conventionele analyses [6] - [9]. Van alle thans gekenmerkt klassen van niet-coderende RNA moleculen zijn deze genoemd lange tussenliggende ncRNAs (lincRNAs) langer dan 200 nucleotiden (nt) die missen een open leeskader en niet overlappen eiwitcoderende genen [7], [10]. LincRNAs groepen zijn goed gekarakteriseerd enigszins en aangetoond dat gecorreleerd aan belangrijke cellulaire processen zoals stempelen, X-chromosoom inactivatie, pluripotentie onderhoud en transcriptionele regulatie [10] - [15]. Bovendien zijn steeds meer aanwijzingen van ontregelde lincRNA meningsuiting in tal van vormen van kanker lincRNA ontpopt als een nieuw aspect van de biologie, met aanwijzingen dat een belangrijke rol voor de betrokkenheid van de lincRNA in menselijke tumorvorming en metastase [16], [17]. Inderdaad, een goed beschreven voorbeeld, hetelucht
zijn onderzocht de bijdragen aan de stapsgewijze progressie van het ontstaan ​​van tumoren [11], [18], aandacht voor de rol van lncRNAs bij kanker biologie. Bovendien, het lange niet-coderende RNA MALAT1
(metastase-geassocieerde longadenocarcinoomcellijn transcript 1), is frequent misregulation en als voorspellende marker voor diverse humane kankers van de colon, borst en prostaat [19] - [ ,,,0],22]. Toch is de mechanismen die ten grondslag liggen aan de specifieke functie van lincRNAs in de ontwikkeling van kanker is nog niet volledig afgebakend.

In het afgelopen decennium, meerdere onpartijdige genoomwijde associatiestudies (GWAS) hebben ons begrip van de genetische variaties in verband met verschillende verbreed soorten ziekten en kanker door massieve technologieën [23]; echter ten minste een derde van de geïdentificeerde varianten binnen-niet coderende intervallen [24]. Onlangs, twee GWAS bleek dat verschillende gevoeligheid risico loci die zijn geassocieerd met niet-cardia maagkanker (NCGC) risico een Chinese populatie. Bioinformatica analyse heeft talrijke lincRNAs dicht bij deze loci blootgelegd. Bovendien, verschillende relevante single nucleotide polymorphisms (SNPs) gelegen in het exon regio's van lincRNAs die kunnen associëren met NCGC werden geïdentificeerd; Echter, de associatie tussen genetische variaties in lincRNAs exons en kanker gevoeligheid is zelden gemeld.

In de huidige studie hebben we de hypothese dat SNPs in de exon regio lincRNAs kan veranderde expressie niveaus en daardoor kan bijdragen aan NCGC. Om deze hypothese te testen, hebben we een ziekenhuis op basis van case-control studie naar de associaties tussen deze SNPs en vatbaarheid voor NCGC onderzoeken in een Chinese bevolking.

Materialen en methoden

proefpersonen

Alle proefpersonen in de huidige studie waren etnisch homogene Han-Chinezen, waaronder 438 NCGC patiënten en 727 gezonde controles. Patiënten die een operatie ondergaan aan de aangesloten ziekenhuizen van Soochow University (Suzhou) werden achtereenvolgens aangeworven 2003-2009, met een respons van 94%. De patiënten waren van Suzhou stad en de omliggende regio's, en er waren geen leeftijd, geslacht, en histologie beperkingen. Details met betrekking tot de klinische kenmerken van de patiënten zijn samengevat in tabel 1. De tumor, node metastase (TNM) classificatie en tumor staging werden geëvalueerd op basis van de 2002 Amerikaanse Paritair Comité voor de Staging Cancer systeem. Bevolking controles waren vrij van kanker mensen die in de regio Suzhou; zij zijn gekozen uit voedselstudie uitgevoerd op dezelfde tijd als de zaken verzameld. De controlemonsters waren beschikbaar voor ons eerdere studies die willekeurig werden gekozen uit een database met 3500 individuen op basis van een lichamelijk onderzoek [25] - [27]. De meting van serum pylori immunoglobuline G in NCGC patiënten en controles werd bepaald door enzymgekoppelde immunosorbent assay (ELISA). Deze studie werd goedgekeurd door de medisch-ethische commissie van Soochow University. Alle deelnemers waren genetisch niet-verwante etnische Han-Chinezen en niemand had bloedtransfusie in de afgelopen 6 maanden. Na een schriftelijke geïnformeerde toestemming heeft gegeven, werd elke deelnemer gepland voor een interview met een gestructureerde vragenlijst geselecteerde informatie te verzamelen, en tot 5 ml perifeer bloed te doneren.

SNP Selection

Alle gepubliceerde literatuur onderzoek naar een associatie tussen genetische gevoeligheid en NCGC risico in aanmerking kwamen. We hebben gezocht naar studies tot augustus 2013 met behulp van de PubMed database en Web of Science. Relevante zoektermen waren 'genoomwijde associatie studie "," GWAS "," NCGC "," maagkanker "," maagkanker "en" Asian ". We hebben ook handmatig doorzocht de literatuurlijsten in geselecteerde artikelen. We eerst een aantal artikelen zijn uitgesloten door het scannen van de titels en samenvattingen van studies die niet in het Engels zijn geschreven. Dan, na de volledige tekst van de overige artikelen lezen, identificeerden we een definitieve reeks van studies. Alle geselecteerde studies voldeden aan de volgende criteria: (1) de resultaten onderzoek was gebaseerd op GWAS ten opzichte NCGC bij de mens; (2) de artikels werden gepubliceerd in het Engels; (3) de meest recente studies werden gekozen uit overlappende gegevens en gedupliceerde gegevens; (4) GWAS werd uitgevoerd met chiptechnologie. De belangrijkste uitsluitingscriteria waren (1) reviews, tutorials, brieven, en editorials; (2) dubbele gegevens; (3) geen case-control design; en (4) overlappende of gegevens gedumpt door de meest recente rapporten. Vervolgens hebben we ontvet de gevoeligheid loci geïdentificeerd door GWAS voor NCGC in geselecteerde artikelen werden 4 lincRNAs die niet overlappen met alle erkende genen in een 1-MB assortiment van deze loci, in beide richtingen (een totale overspanning van 2 MB) uiteindelijk geïdentificeerd uit de database menselijke lincRNAs [28]. Bovendien Haploview software 4.2 werd gebruikt voor bio-informatica analyse van haplotype blok op basis van de Chinese Han Beijing (CHB) bevolkingsgegevens in HapMap (HapMap gegevens Versie 27 Fase II + III, februari 2009, op de NCBI B36 assemblage, dbSNP b126). Deze SNPs met kleinere allel frequenties van meer dan 5% in de Chinese populatie werd geëxtraheerd. Er waren drie haplotype blokken in de Chinese bevolking (figuur 1A). De haplotype tagging SNPs werden geselecteerd met de Haploview software 4.2 Tagger programma; bleek dat de rs11752896, rs11752942, rs4714336 en rs4711631 bedekt het haplotype in blok 1 met een frequentie 100% (rs11752896 en rs11752942: D '= 1,0, r ^{2 = 1,0; rs11752896 en rs4714336: D' = 1,0, r 2 = 1,0; rs11752896 en rs4711631: D '= 1,0, r 2 = 1,0). Daarnaast rs2467950, rs2450764 en rs9312, rs8506 bedekt het haplotype in blok 1 op een 100%, respectievelijk (rs2467950 en rs2450764: D '= 1,0, r 2 = 1,0; rs9312 en rs8506: D' = 1,0, r 2 = 1,0). SNPs rs2304285 en rs2477757 buiten de blokken. Daarom is de SNPs rs11752896, rs2467950, rs8506, rs2477757 en rs2304285 werden gekozen als vijf potentiële functionele SNPs in de exon van de geselecteerde lincRNAs voor hun verenigingen worden geanalyseerd met het risico van maagkanker.}

Genotypering Analyse

Genoom DNA werd geëxtraheerd uit perifere bloedlymfocyten van de proefpersonen. Allelspecifieke MALDI-TOF massaspectrometrie werd gebruikt om de markeringen die in de associatie genotype analyse, zoals eerder beschreven [27], [29]. Een totaal van 60 monsters werden willekeurig geselecteerd voor directe sequentiebepaling genotypering resultaten van de massaspectrometrische analyse te bevestigen, en de resultaten waren 100% overeenkomst. Ongeveer 10% van de monsters werden willekeurig geselecteerd voor een geblindeerd herhaling van de genotypering zonder voorafgaande kennis van de vorige genotypering resultaat of de status van het geval of een controle, en de resultaten waren 100% overeenkomst.

Cell Culture

de 293T of HGC-27 cellen werden gekocht van de Cell Bank of Type Culture Collection van de Chinese Academie van Wetenschappen, Shanghai Institute of Cell Biology, en werden gepasseerd voor minder dan 6 maanden. De 293T of HGC-27 cellen werden in DMEM met hoge glucose (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) of RPMI 1640 medium aangevuld met 10% hitte-geïnactiveerd foetaal runderserum (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) en 50 ug /ml streptomycine (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) op 37 ° C bij aanwezigheid van 5% CO _2.

subcellulaire fractionering

HGC- 27 cellen werden gekweekt in een bevochtigde incubator gedurende 2 dagen. Voor subcellulaire fractionering experimenten, tot 2 x 10 ^{6 cellen gebruikt. Cytosolische en nucleaire extracten van borstkankercellen werden verzameld met behulp van een nucleair /Cytosol Fractionering kit (Biovision, USA) volgens de instructies van de fabrikant.}

In-silico
Voorspelling van Folding Structures geïnduceerd door Rs8506G > Een in LincRNA-NR_024015

Als bepaalde structuren hebben meer kans om een ​​belangrijke rol in biologische functies te spelen; dus gebruikten we RNAfold en SNPfold algoritmen om de vermeende invloed van rs8506G >voorspellen; A op de lokale vouwen structuren van de lincRNA-NR_024015
door het analyseren van de 61-bp regio's aan weerszijden van de polymorfisme

De bouw van. Reporter plasmiden

Twee reporter plasmiden die 160 bp lincRNA-NR_024015
exon regio fragment aan weerszijden van de rs8506G of rs8506A allel werden gesynthetiseerd door de Genewiz Company (Suzhou, China) en vervolgens gekloond in de psiCHECK- 2 basisvector (Promega, Madison, WI) (Figuur 1B). Het resulterende construct met lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (psiCHECK-2-lincRNA-rs8506G en psiCHECK-2-lincRNA- rs8506A) werd bevestigd door sequencing.

Transient Transfecties en luciferasetests

Bioinformatics analyse bleek dat de rs8506G > A polymorfisme te vinden op de bindingsplaats van microRNA heeft-miR-526b (http://snpinfo.niehs.nih.gov/). Daardoor de nabootsers en remmers van over-miR-526b (GenePharma Co, Shanghai) werden toegepast om het effect van over-miR-526b analyseren op psiCHECK-2-lincRNA-rs8506 reportergenen in vitro
. De 293T of HGC-27 cellen werden gezaaid in 24-putjes platen (1 x 10 ^{5 cellen per putje) en gekweekt tot 60-70% confluentie voor transfectie; cellen werden vervolgens getransfecteerd met de reporter die hierboven met gebruik van Lipofectamine 2000 (Invitrogen, CA, USA) zoals eerder beschreven is beschreven [25]. In elk putje werd cotransfectie uitgevoerd met behulp van 800 ng geconstrueerde plasmide-DNA en 0, 1 of 40 pmol microRNA heeft-miR-526b bootst (Shanghai GenePharma Co., Ltd.), en met of zonder 40 pmol heeft-miR -526b remmer volgens de instructies van de fabrikant. De luciferase activiteit werd gemeten met de Dual-Luciferase Reporter testsysteem (Promega, Madison, WI, USA) met een TD-20/20 luminometer (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, USA) en de resultaten werden genormaliseerd tegen de activiteit van de Renilla
luciferasegen. Elke groep bestond uit 6 herhalingen, en onafhankelijke drievoud experimenten werden uitgevoerd.}

Expression Vector Construction

Om de rol van lincRNA-NR_024015 verdere studie
in de progressie van kanker, de full- cDNA van de lincRNA-NR_024015
herbergen rs8506G en rs8506A allelen werden gesynthetiseerd door de Genewiz Company (Suzhou, China) en vervolgens gekloneerd in de pcDNA3.1 vectoren. Het resulterende construct met lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (pcDNA-lincRNA-rs8506G en pcDNA-lincRNA-rs8506A) werd bevestigd door sequencing.

RNA isolatie en kwantitatieve RT-PCR analyse

Tweeëndertig NCGC weefselmonsters werden verkregen uit biopten van individuele patiënten en bewaard bij -80 ° C voor analyse. Totaal RNA werd uit deze kankerweefsel met TRIzol reagens (Molecular Research Center, Inc.). cDNA werd gegenereerd uit mRNA met de willekeurige primer en Superscript II (Invitrogen) volgens het protocol van de fabrikant. Real-time kwantitatieve polymerase ketenreactie (RT-PCR) werd uitgevoerd om de relatieve genexpressie van lincRNA-NR_024015
kwantificeren met behulp van een ABI Prism 7500 sequentie-detectiesysteem (Applied Biosystems) op basis van de SYBR-groene methode, en GAPDH
werd gebruikt als een interne referentie-gen in elke reactie.

Mobiele Zichtbaarheid Assay

in 96-well platte bodem platen (BD Biosciences, Bedford , MA), 100 ul HGC-27 cellen gecotransfecteerd met pcDNA-lincRNA-rs8506SNP en heeft-miR-526b of de controle werden verdeeld in elk putje. Levensvatbaarheid van de cellen werd gemeten door Cell Counting Kit-8 (CCK-8) (DOJINDO Laboratory, Kumamoto, Japan) op basis van instructies van de fabrikant.

Statistische analyse

De verschillen in de verdeling van geselecteerde demografische variabelen tussen gevallen en controles alsmede het allel en genotype frequenties werden beoordeeld door tweezijdige-chi-kwadraat test. Onvoorwaardelijke logistische regressie modellen werden gebruikt om de verenigingen van genotypen van SNPs schatten met het risico op maagkanker door odds ratio's (OR) en hun 95% betrouwbaarheidsintervallen (CI's), gevolgd door stratificatie analyse naar leeftijd, geslacht, roken en de status drinken. Regressiemodellering werd gebruikt in de trendtoets, alsmede de mogelijke multiplicatieve en additieve gen-gen en gen-omgevingsfactor interacties te evalueren. Bovendien zijn de gegevens verder gestratificeerd subgroepen van de kliniek pathologische variabelen. Statistische power werd berekend door toepassing van de PS-software (http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize, toegankelijk 14 december 2010). One-way ANOVA test werd gebruikt om het effect van verschillende SNPs op de lincRNA-NR_024015
transcript uitdrukking uit te werken. Alle testen werden met twee kanten met de SAS software (versie 9.1; SAS Institute, Cary, NC, USA). Een P
. ≪ 0,05 werd gebruikt als criterium voor de statistische significantie

Resultaten

genotypen en risico van niet-cardia maagkanker

In de Deze studie, vijf SNPs werden gegenotypeerd tussen patiënten en controles. Zoals getoond in Tabel 2, werd een significante associatie met NCGC risico waargenomen rs8506G > A. Met name de resultaten van genotypering toonden aan dat in vergelijking met de rs8506GG of AG genotype, lincRNA-NR_024015
rs8506AA drager werd significant geassocieerd met het risico van niet-cardia maagkanker (gecorrigeerde odds ratio [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03-2,39). Bovendien werden geen significante verschillen onderzocht in de andere vier SNP's ( P
> 0,05). Zo kunnen we concluderen dat genetische variant rs8506G >. Een polymorfisme in lincRNA-NR_024015
speelt een belangrijke rol in het bemiddelen van het risico van NCGC

Gelaagdheid Analyse van Rs8506G > A genotypen en risico van NCGC

We verder een stratificatie analyse van de associatie tussen variant genotypen en risico NCGC uitgevoerd door subgroepen clinicopathologische kenmerken van NCGC in deze studie. Zoals getoond in Tabel 3, werd een significant verband tussen de variant genotypen en het risico van NCGC waargenomen bij patiënten met roken (gecorrigeerde OR = 2,48, 95% CI = 1,63-3,78, homogeniteitstest P
= 0,001) , wat suggereert dat roken moduleert de associatie tussen de lincRNA-NR_024015
rs8506G > Een variant genotypes en het risico van NCGC. Geen significant verband werd gevonden in andere subgroepen.

Cellular Analyse van LincRNA-NR_024015

Het niveau van nucleaire controle transcript ( U6
), cytoplasmatische controle transcript ( GAPDH
mRNA), en lincRNA-NR_024015
door RT-qPCR in nucleaire en cytoplasmatische fracties van HGC-27 cellen respectievelijk werden beoordeeld,. De resultaten toonden aan dat GAPDH
mRNA uitsluitend gedetecteerd in de cytoplasmatische fractie, terwijl-kern vastgehouden U6
werd voornamelijk in de nucleaire fractie. En lincRNA-NR_024015
expressie was voornamelijk cytoplasma (Figuur 1B)

In-silico
analyse van het effect van Rs8506G >. Een in de LincRNA-NR_024015
Folding

met behulp van RNAfold en SNPfold algoritmen in in-silico
analyse, we voorspelden lokale structurele veranderingen van de lincRNA-NR_024015
veroorzaakt door de rs8506G > A polymorfisme zich binnen de exon regio lincRNA-NR_024015
. Zoals getoond in figuur 1C en D, de resultaten suggereerden dat de G naar A baseverandering van rs8506G > A direct het vouwen van lincRNA-NR_024015
, waarbij de bindingsplaats voor het microRNA kunnen beïnvloeden beïnvloedt. Dit kan vervolgens invloed hebben op de lincRNA-NR_024015
genexpressie

Rs8506G >. Een genotypen beïnvloeden de LincRNA-NR_024015
Expression door het verstoren van de binding van Has-miR-526b in vitro

Twee luciferasereportergen constructen bevatte rs8506G of A-allel werden getest door voorbijgaand co-transfecteren met mimische en remmer van heeft-miR-526b die werden gegrond binding aan rs8506G > A polymorfe plaats door bio-informatica-analyse. Het resultaat van luciferase-activiteit bleek dat de HEG-27-cellen die transiënt gecotransfecteerd heeft-miR-526b bootst en construct dat de rs8506G allel vertoonden significant verminderde luciferaseactiviteit in een concentratieafhankelijke wijze, en het heeft-miR-526b remmers significant omgekeerd en opgereguleerd hun activiteiten. Er werd echter geen duidelijke verandering waargenomen voor reporter gen met A-allel behandeld met over-miR-526b nabootst of remmers ( P Restaurant > 0,05) (Figuur 2A). Dezelfde resultaten werden ook waargenomen bij deze experimenten werden herhaald met behulp van 293T-cellen (Figuur 2B)

Vereniging van Rs8506G >. Een genotypen met LincRNA-NR_024015
Expression

We verzamelden 32 tumor weefsel van de onbehandelde NCGC patiënten met verschillende genotypen en uitgevoerd real-time PCR om de gevolgen van te evalueren lincRNA-NR_024015
rs8506G > A op lincRNA-NR_024015
expressie. Het resultaat toonde aan dat patiënten met de rs8506AG en rs8506AA genotypes uitgedrukt aanzienlijk hoger lincRNA-NR_024015
mRNA-niveaus (gemiddelde ± SEM) in vergelijking met dragers van het rs8506GG genotype (AG: 0.029 ± 0.005; AA: 0.040 ± 0.005; GG: 0,019 ± 0,004; P
= 0,023), zoals getoond in de figuren 2C

Het effect van miRNA-afhankelijke verordening van LincRNA-NR_024015
Expression on Cell proliferatie.

We verder onderzocht of de lincRNA-NR_024015
rs8506G > A genotypes hebben effecten op de celproliferatie in vitro
. Zoals getoond in figuur 2D, lincRNA-NR_024015
expressie af na 24 uur transfectie in cellen transient gecotransfecteerd met pcDNA-lincRNA-rs8506G gemaakt en met miR-526b in vergelijking met die gecotransfecteerd met pcDNA-lincRNA- rs8506A en heeft-miR-526b ( P Restaurant < 0,001). Cellen met een verminderde expressie van lincRNA-NR_024015
had een zwakke groei van cell rate in vergelijking met cellen getransfecteerd met pcDNA-lincRNA-rs8506A en heeft-miR-526b van dag 2 ( P
= 0,004 ) (Figuur 2E)

dicussion

In het huidige ziekenhuis op basis van case-control studie met een totaal van 438 patiënten en 727 gezonde controles, onze fractie vond de rs8506G >. a wordt geassocieerd met risico's van NCGC. Onze gegevens bleek dat de proefpersonen die de rs8506AG en rs8506AA genotypes hadden een significant verhoogd risico op NCGC vergeleken met de GG genotype ( P Restaurant < 0,05). Bovendien bleek dat een hoog risico effect van dit polymorfisme was sterker Bij rokers. Voor zover wij weten is dit de eerste studie naar de associatie tussen de varianten in exon van lincRNA en risico van NCGC uitvoerig te evalueren.

Als een andere klasse van de regelgeving niet-coderende RNA's, lincRNAs, hebben onlangs verhuisd naar de voorhoede van de niet-coderende RNA studie. Deze mRNA-moleculen missen belangrijke open leesraam, algemeen afgedekt, gesplitst en gepolyadenyleerd zijn betrokken bij een groot aantal cellulaire processen zoals nucleaire architectuur, regulatie van genexpressie, immuunsurveillance of embryonale stamcellen pluripotentie. Een handvol studies hebben aangetoond lincRNAs ontwikkeld tot een nieuw aspect van de biologie in verschillende ziektetoestanden, en veranderingen in expressieniveaus van lincRNAs kan bijdragen aan kanker biologie op transcriptie, post-transcriptionele en epigenetische niveau [18], [30] - [32]. Een prominent lincRNA, ANRIL
, was functioneel betrokken bij de progressie van kanker, meestal het onderdrukken van epigenetische genexpressie via binding aan en het werven van chromatine modificeren complexen [33], [34]. Een ander bekend voorbeeld is de lincRNA, GAS5
; genetische afwijkingen in deze lincRNA locus gevonden in vele soorten tumoren, waaronder melanoom, borst- en prostaatkanker [35] - [37]. Deze lijnen van het bewijs ondersteunde het belang van lincRNAs in celbiologie en oncogenese. Recent zijn twee GWASs een subset van NCGC gevoeligheid loci (5p13.1, 3q13.31, 8q24.3, 6p21.1 en 7p15.3) die geassocieerd met de ontwikkeling van NCGC gerapporteerd. Bioinformatica analyse bleek dat verscheidene lincRNAs gesloten voor deze loci. Voorts verschillende relevante single nucleotide polymorphisms (SNPs) in de gebieden van exon lincRNAs die kunnen associëren met NCGC geïdentificeerd. Zoals we allemaal bekend, de afgelopen tien jaar, met de beschikbaarheid van grootschalige RNA sequentie, wordt nu steeds opvallend duidelijk dat duizenden ziektegerelateerde genetische varianten verbleven buiten genen of zelfs in niet-coderende transcripten zijn reeds verkregen door genoomproject bij zoogdieren [24]. Recente opkomende bewijzen hebben aangegeven het verband tussen SNPs woonde in lincRNAs en menselijke kankers. Bijvoorbeeld, gebaseerd op de 1000 Genomes gegevens Guangfu Jin en collega's hebben gevonden dat gebieden van lncRNA had SNPs dichtheid vergelijkbaar eiwit coderende gebieden en verder geannoteerde het fenotype gerelateerde SNPs door GWAS gerapporteerd gebied lncRNA kan bijdragen prostaat risico [ ,,,0],38]. Een recente studie rapporteerde dat een genetisch polymorfisme in lincRNA-uc003opf.1
gen is geassocieerd met een verhoogd risico op het ontwikkelen esophageal plaveiselcelcarcinoom in Chinese populaties [39]. Tezamen onze studie is consistent met eerdere bevindingen toonden aan dat lincRNA-NR_024015
was matig overvloediger dan in het cytoplasma in de kern van gefractioneerde maagkanker cellen, wat suggereert dat de functie van dit lincRNAs in het cytoplasma wordt uitgeoefend . Onze resultaten als een sterke bewijs hypothese voor cytoplasmatische regulering, waarbij de lincRNA-NR_024015
rs8506G >. Een SNP kan de expressie van deze lincRNA beïnvloeden door wijziging van de bindingsplaats voor het over-miR-526b

in deze studie, ons resultaat van de associatie tussen een genetisch polymorfisme in exon gebieden van een lincRNA en gevoeligheid voor NCGC werd eerst verkregen bij Chinese populaties. De relatief grote aantallen individuen die verminderde de omvang van de UPR die statistisch kunnen worden gedetecteerd. Bovendien hebben we een onderzoek vermogen van meer dan 90% (tweezijdige test, α = 0,05) bereikt bij het detecteren van een OR van 1,28 voor de rs8506AG + AA genotypen (optreedt bij een frequentie van 42,5% bij de controles), vergeleken met de rs8506GG genotype. Met name de vereniging is biologisch plausibel en stemt overeen met de bevindingen van onze functionele studies.

Tot slot, de huidige studie verschaft het eerste bewijs dat genetische polymorfismen in het exon regio's van lincRNAs spelen een essentiële rol als mediator van individuele gevoeligheid voor NCGC. Onze resultaten verder ondersteunen de hypothese dat genetische varianten in lincRNA exon regio microRNA-gemedieerde regulering van invloed kunnen zijn en in verband met het risico van GC. Onze bevindingen rechtvaardigen valideren in grotere, bij voorkeur basis van de bevolking, case-control studies, alsmede door goed ontworpen mechanistische studies.

• PLoS ONE: laparoscopische Milt-Behoud milt Hilar Lymfadenectomie Uitgevoerd door Naar aanleiding van de Perigastric Fascias en de Intrafascial Space for Advanced Upper-Derde maagkanker
• PLoS ONE: CpG Island methylator fenotype, Helicobacter pylori, Epstein-Barr-virus, en microsatelliet instabiliteit en prognose bij maagkanker: een systematische review en meta-analyse