PLoS ONE: L'ha-miR-526b Binding-Site rs8506G > un polimorfismo nel lincRNA-NR_024015 Exon Identificato da GWASs predisporre alla non-cardias Cancer Risk

Estratto

cancro gastrico tra cui il cardias e non tipi -cardia è la seconda causa frequente di decessi correlati al cancro in tutto il mondo. Un sottogruppo di non-cardias cancro gastrico suscettibilità genetica loci sono stati affrontati tra asiatico attraverso studi di associazione sull'intero genoma (GWASs). Questo studio è stato quello di valutare gli effetti di polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) di lunghe RNA non codificanti intergenic (lincRNAs) sulla non-cardias suscettibilità al cancro nelle popolazioni cinesi. Abbiamo scelto lunghi RNA non codificanti intergenic (lincRNAs) che si trova nella non-cardias cancro gastrico loci connessi al rischio e identificato 10 SNP situati all'interno lincRNA regioni exonic. Abbiamo esaminato se i polimorfismi genetici in esoni lincRNAs sono associati con i non-cardias rischio di cancro gastrico in 438 non cardia pazienti affetti da cancro gastrico e 727 soggetti di controllo in popolazioni cinesi utilizzando la regressione logistica. rilevanza funzionale è stata ulteriormente esaminata mediante saggi biochimici. Abbiamo scoperto che lincRNA-NR_024015
vettore rs8506AA era significativamente associato al rischio di cancro gastrico non cardiale (odds ratio [OR] = 1.56, 95% CI = 1,03-2,39, rispetto alla AG rs8506 o GG . genotipo ulteriori analisi stratificazione ha mostrato che l'effetto del rischio è stato più pronunciato nei sottogruppi di fumatori ( P
= 0,001) le analisi biochimiche dimostrato che il G ad un cambiamento di base a rs8506G >. a sconvolge il sito di legame per has- . miR-526b, influenzando così l'attività trascrizionale di lincRNA-NR_024015
e che interessano la proliferazione delle cellule il nostro studio attuale ha stabilito una solida associazione tra il rs8506G > un polimorfismo nel lincRNA-NR_024015
esone e il rischio di cancro gastrico non cardiale

Visto: Fan QH, Yu R, Huang WX, Cui XX, Luo BH, Zhang LY (2014) l'ha-miR-526b Binding-Site rs8506G > un polimorfismo. nel lincRNA-NR_024015
Exon Identificato da GWASs predisporre alla non-cardias rischio di cancro PLoS ONE 9 (3):. e90008. doi: 10.1371 /journal.pone.0090008

Editor: Xiaoping Miao, MOE chiave Laboratorio di ambiente e salute, School of Public Health, Tongji Medical College, Huazhong Università della Scienza e della Tecnologia, Cina |

Ricevuto: 11 dicembre 2013; Accettato: 25 gennaio 2014; Pubblicato: 4 marzo 2014

Copyright: © 2014 Fan et al. Questo è un articolo ad accesso libero distribuito sotto i termini della Creative Commons Attribution License, che permette l'uso senza restrizioni, la distribuzione e la riproduzione con qualsiasi mezzo, a condizione che l'autore originale e la fonte sono accreditati

Finanziamento:. Questo studio è stata sostenuta dal Progetto Suzhou Fondo di sviluppo sociale (SS08047), chiave Dipartimento medico della provincia di Jiangsu nel 2011. I finanziatori avevano alcun ruolo nel disegno dello studio, la raccolta e l'analisi dei dati, la decisione di pubblicare, o preparazione del manoscritto.

Conflitto di interessi: Gli autori hanno dichiarato che non esistono interessi in competizione

Introduzione

cancro gastrico (GC) è la seconda causa di morte per cancro in tutto il mondo dopo il cancro ai polmoni nel 2010, anche se le morti di mortalità. sono diminuiti leggermente da 774.000 nel 1990 a circa 755.000 nel 2010 [1], [2]. Studi epidemiologici hanno dimostrato che il fattore ambientale, tra cui la dieta, il fumo di tabacco, i consumi alcolici e, in particolare, l'infezione da Helicobacter pylori sono associati con un rischio più elevato per GC [3], [4]. Nonostante questi fattori di rischio riconosciuti, i ricercatori ancora convinti che i fattori genetici, in particolare i polimorfismi a singolo nucleotide (SNP), è probabile che a giocare un ruolo essenziale nel rischio di un individuo di sviluppare il cancro gastrico come solo una frazione di individui esposti a sviluppare cancro gastrico [5] .

Ad oggi, con l'anticipo della prossima generazione di sequenziamento del trascrittoma (RNA-Seq), c'è stato un profondo cambiamento nella nostra comprensione l'intero set di aberrazioni trascrizionali in una malattia, comprese le nuove trascrizioni e non codificante RNA (ncRNAs) non misurati da analisi convenzionali [6] - [9]. Di tutte le classi attualmente caratterizzate di molecole RNA non codificanti, questi sono stati chiamati lungo intervenendo ncRNAs (lincRNAs) più di 200 nucleotidi (nt) che sono la mancanza di una griglia di lettura aperta e non si sovrappongono geni codificanti proteine ​​[7], [10]. Gruppi di lincRNAs sono stati ben caratterizzati in una certa misura e ha dimostrato di correlazione con importanti processi cellulari come imprinting, inattivazione del cromosoma X, manutenzione pluripotenza e regolazione trascrizionale [10] - [15]. Inoltre, prove emergenti di espressione lincRNA deregolazione in numerosi tumori sono emersi lincRNA come un nuovo aspetto della biologia, con prove che suggeriscono che un ruolo importante per il coinvolgimento di lincRNA nella tumorigenesi umana e delle metastasi [16], [17]. In effetti, un esempio ben descritto, HOTAIR
sono stati studiati i contributi al progressione graduale di tumorigenesi [11], [18], mettendo in evidenza il ruolo di lncRNAs nella biologia del cancro. Inoltre, l'RNA non codificante lungo MALAT1
(metastasi associate polmone adenocarcinoma trascrizione 1), è frequente misregulation e come marker predittivo per una varietà di tumori umani del colon, della mammella e della prostata [19] - [ ,,,0],22]. Tuttavia, i meccanismi alla base della specifica funzione di lincRNAs nello sviluppo del cancro non è stata pienamente delineati.

Negli ultimi dieci anni, più imparziali studi di associazione genome-wide (GWAS) hanno ampliato la nostra comprensione delle variazioni genetiche legate alla diversa tipi di malattie e tumori mediante tecnologie high throughput [23]; Tuttavia, almeno un terzo delle varianti identificate sono all'interno di intervalli non codificanti [24]. Recentemente, due GWAS ha rivelato che diversi loci di suscettibilità rischio che sono associati con i non-cardiale cancro gastrico (NCGC) rischio in una popolazione cinese. L'analisi bioinformatica ha scoperto numerosi lincRNAs vicino a questi loci. Inoltre, numerosi importanti polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) situati nelle regioni exonic di lincRNAs che possono associare con NCGC sono stati identificati; tuttavia, è stato raramente riportato l'associazione tra le variazioni genetiche in esoni lincRNAs e suscettibilità al cancro.

Nel presente studio, abbiamo ipotizzato che SNPs nella regione exonic di lincRNAs può alterati livelli di espressione e, quindi, può contribuire a NCGC. Per verificare questa ipotesi, è stato condotto uno studio caso-controllo su base ospedaliera per indagare le associazioni tra questi SNP e la suscettibilità alle NCGC in una popolazione cinese.

Materiali e Metodi

Tutti i soggetti in questo studio erano di etnia cinese Han omogenei tra cui 438 pazienti NCGC e 727 controlli sani. I pazienti che hanno subito un intervento chirurgico alle affiliate Ospedali di Soochow University (Suzhou) sono stati reclutati consecutivamente 2003-2009, con un tasso di risposta del 94%. I pazienti sono stati dalla città di Suzhou e le sue regioni circostanti, e non c'erano limiti di età, sesso, e istologia. I dettagli riguardanti le caratteristiche cliniche dei pazienti sono riassunte nella Tabella 1. Il tumore, linfonodi, metastasi (TNM) classificazione e stadiazione del tumore sono state valutate secondo il Comitato 2002 americano congiunto sul sistema di stadiazione del cancro. controlli popolazione erano persone libere cancro che vivono nella regione di Suzhou; sono stati selezionati da un sondaggio nutrizionale condotta nello stesso periodo come i casi sono stati raccolti. I campioni di controllo erano disponibili a noi da studi precedenti che sono stati selezionati in modo casuale da un database composto da 3500 individui sulla base di un esame fisico [25] - [27]. La misura per il siero H. pylori immunoglobulina G in pazienti e controlli NCGC è stato determinato mediante saggio di immunoassorbimento enzimatico (ELISA). Questo studio è stato approvato dal comitato etico medico di Soochow University. Tutti i partecipanti sono stati geneticamente non correlati etnia Han cinese e nessuno aveva la trasfusione di sangue negli ultimi 6 mesi. Dopo aver dato un consenso informato scritto, ogni partecipante è stato programmato per un colloquio con un questionario strutturato per raccogliere informazioni selezionate, e di donare 5 ml di sangue periferico.

SNP Selection

Tutta la letteratura pubblicata indagare un associazione tra predisposizione genetica e il rischio NCGC erano ammissibili. Abbiamo cercato per gli studi fino a agosto 2013 utilizzando il database di PubMed e Web of Science. i termini di ricerca rilevanti sono stati "studio genome-wide associazione", "GWAS", "NCGC", "cancro gastrico", "cancro allo stomaco", e "asiatico". Abbiamo anche cercato manualmente negli elenchi di riferimento negli articoli selezionati. Abbiamo in primo luogo escluso alcuni articoli per la scansione dei titoli e abstract di studi che non sono stati scritti in inglese. Poi, dopo aver letto il testo completo degli articoli rimanenti, abbiamo identificato una serie finale di studi. Tutti gli studi selezionati soddisfatti i seguenti criteri: (1) il risultato indagato era basato su GWAS in relazione NCGC nell'uomo; (2) gli articoli sono stati pubblicati in lingua inglese; (3) i più recenti studi sono stati selezionati tra la sovrapposizione dei dati e dei dati duplicati; (4) GWAS è stato condotto utilizzando la tecnologia dei chip. I principali criteri di esclusione erano (1) recensioni, tutorial, lettere, ed editoriali; (2) dati duplicati; (3) non è un disegno caso-controllo; e (4) sovrapposti dati o dati oggetto di dumping da parte gli ultimi rapporti. Successivamente, abbiamo perlustrato loci di suscettibilità identificato da GWAS per NCGC in articoli selezionati, 4 lincRNAs che non si sovrappongono con eventuali geni riconosciuti in un raggio di 1 MB di questi loci, in entrambe le direzioni (un arco totale di 2 MB) sono stati finalmente identificati dal database lincRNAs umani [28]. Inoltre, il software Haploview 4.2 è stato utilizzato per l'analisi bioinformatica del blocco aplotipo in base ai dati cinesi Han di Pechino (CHB) di popolazione in HapMap (HapMap dati di uscita 27 di fase II + III, febbraio 2009, sul gruppo NCBI B36, B126 dbSNP). Questi SNP con frequenze alleliche minori di maggiore del 5% nella popolazione cinese è stato estratto. C'erano tre blocchi aplotipo nella popolazione cinese (Figura 1A). Gli SNP aplotipo codifica sono stati selezionati con il software Haploview 4.2 programma Tagger; si è constatato che il rs11752896, rs11752942, rs4714336 e rs4711631 coperto l'aplotipo nel blocco 1 ad una frequenza di 100% (rs11752896 e rs11752942: D '= 1,0, r ^{2 = 1.0; rs11752896 e rs4714336: D' = 1.0, r 2 = 1.0; rs11752896 e rs4711631: D '= 1,0, r 2 = 1.0). Inoltre, rs2467950, rs2450764 e rs9312, rs8506 coperto l'aplotipo nel blocco 1 a 100%, rispettivamente (rs2467950 e rs2450764: D '= 1,0, r 2 = 1,0; rs9312 e rs8506: D' = 1,0, r 2 = 1.0). rs2304285 SNP rs2477757 e sono al di fuori dei blocchi. Pertanto, l'SNP rs11752896, rs2467950, rs8506, rs2477757 e rs2304285 sono stati scelti come cinque potenziali SNP funzionali nel exonic dei lincRNAs selezionati da analizzare per le loro associazioni con il rischio di cancro gastrico.}

Analisi genotipizzazione

Genoma DNA è stato estratto da linfociti del sangue periferico dei soggetti di studio. MALDI-TOF spettrometria di massa allele-specifico è stato usato per genotipo marcatori utilizzati nell'associazione analisi, come precedentemente descritto [27], [29]. Un totale di 60 campioni sono stati selezionati in modo casuale per sequenziamento diretto per confermare i risultati di genotipizzazione della spettrometria di massa, ei risultati sono stati in 100 accordo%. Approssimativamente, il 10% dei campioni sono stati anche selezionati in modo casuale per una ripetizione cieco della genotipizzazione senza una preventiva conoscenza del precedente risultato genotipizzazione o lo status di essere un caso e di controllo, ei risultati sono stati d'accordo al 100%.

cellule di coltura cellulare

il 293T o HGC-27 sono stati acquistati dalla Cell Bank of Type Culture Collection della Accademia Cinese delle Scienze, Shanghai Istituto di biologia cellulare, e sono stati diversi passaggi per meno di 6 mesi. Le cellule 293T o HGC-27 sono stati mantenuti in DMEM con alte concentrazioni di glucosio (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) o RPMI 1640 medium supplementato con 10% di calore-inattivato siero fetale bovino (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) e 50 mg /ml di streptomicina (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) in un 37 ° C in presenza del 5% di CO _2.

subcellulare frazionamento

HGC- 27 cellule sono state coltivate in un incubatore umidificato per 2 giorni. Per gli esperimenti di frazionamento subcellulare, fino a 2 × 10 ^{sono stati utilizzati 6 celle. Citosolici e nucleari estratti di cellule di cancro al seno sono stati raccolti utilizzando un kit Nucleare /Cytosol frazionamento (Biovision, USA) secondo le istruzioni del produttore.}

In-silico
Pronostico Strutture pieghevoli indotta da Rs8506G > a in LincRNA-NR_024015

per quanto alcune strutture hanno più probabilità di giocare un ruolo chiave nelle funzioni biologiche; quindi abbiamo usato algoritmi RNAfold e SNPfold per prevedere l'influenza putativo di rs8506G > A sulle strutture pieghevoli locali di lincRNA-NR_024015
analizzando le regioni 61-bp che fiancheggiano il polimorfismo

Costruzione di. Reporter plasmidi

Due plasmidi reporter contenenti 160 bp lincRNA-NR_024015
regione dell'esone frammento che fiancheggiano l'allele rs8506G o rs8506A sono stati sintetizzati dalla Società Genewiz (Suzhou, Cina) e poi clonati nel psiCHECK- 2 vettore di base (Promega, Madison, WI) (Figura 1B). La risultante costruire con lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (psiCHECK-2-lincRNA-rs8506G e psiCHECK-2-lincRNA- rs8506A) è stata confermata dal sequenziamento.

transitori trasfezioni e saggi luciferasi

l'analisi bioinformatica ha rivelato che la rs8506G > a polimorfismo individuare presso il sito di legame del microRNA miR-ha-526b (http://snpinfo.niehs.nih.gov/). In tal modo, i mimi e inibitori di presenta-miR-526b (GenePharma Co, Shanghai) sono state applicate per analizzare l'effetto di ha-miR-526b on psiCHECK-2-lincRNA-rs8506 geni reporter in vitro
. Le cellule 293T o HGC-27 sono state seminate in piastre da 24 pozzetti (1 × 10 ^{5 cellule per pozzetto) e coltivate a 60-70% di confluenza prima della transfezione; le cellule sono state poi trasfettate con i plasmidi reporter descritti sopra utilizzando Lipofectamine 2000 (Invitrogen, CA, USA) come descritto in precedenza [25]. In ogni imita bene, co-trasfezione è stata effettuata utilizzando 800 ng di DNA plasmide costruito e 0, 1, o 40 pmol microRNA ha-miR-526b (Shanghai GenePharma Co., Ltd.), e con o senza 40 pmol ha-Mir inibitore -526b, secondo le istruzioni del produttore. L'attività luciferasi è stata misurata con il Dual-luciferasi sistema di analisi Reporter (Promega, Madison, WI, USA) con un 20 TD-/20 luminometro (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, USA), ed i risultati sono stati normalizzati contro l'attività di Renilla
gene della luciferasi. Ogni gruppo comprendeva 6 repliche, e sono stati eseguiti esperimenti in triplo indipendenti.}

Expression Vector Construction

Per studiare ulteriormente il ruolo di lincRNA-NR_024015
nella progressione del cancro, il pieno lunghezza cDNA di lincRNA-NR_024015
ospitare rs8506G e alleli rs8506A sono stati sintetizzati dalla Genewiz Company (Suzhou, Cina) e poi clonato in vettori pcDNA3.1. La risultante costruire con lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (pcDNA-lincRNA-rs8506G e pcDNA-lincRNA-rs8506A) è stata confermata dal sequenziamento.

RNA isolamento e analisi quantitativa RT-PCR

trentadue campioni di tessuto NCGC stati ottenuti da biopsie di singoli pazienti e conservati a -80 ° C prima dell'analisi. L'RNA totale è stato ottenuto da questi tessuti cancerosi con TRIzol reagente (Molecular Research Center, Inc). cDNA è stato generato dal mRNA utilizzando primer casuale e Superscript II (Invitrogen) secondo il protocollo del produttore. Real-time polymerase chain reaction quantitativa (RT-PCR) è stata effettuata per quantificare l'espressione del gene relativo di lincRNA-NR_024015
, utilizzando un sistema ABI Prism 7500 sequenza di rilevamento (Applied Biosystems) basato sul SYBR-verde metodo e GAPDH
è stato utilizzato come un gene di riferimento interno di ogni reazione.

Cell Visibilità Assay

in 96 pozzetti, piastre a fondo piatto (BD Biosciences, Bedford , MA), 100 ul HGC-27 cellule cotransfected con pcDNA-lincRNA-rs8506SNP e ha-miR-526b o di controllo sono stati aliquotati in tutti i pozzetti. La vitalità cellulare è stata misurata da Cell conteggio Kit-8 (CCK-8) (Dojindo Laboratorio, Kumamoto, Giappone) sulla base di istruzioni del produttore.

Analisi statistica

Le differenze nelle distribuzioni dei selezionati variabili demografiche tra casi e controlli, nonché le frequenze alleliche e genotipiche sono stati valutati con test chi-quadrato fronte-retro. modelli di regressione logistica incondizionati sono stati usati per stimare le associazioni di genotipi di SNPs con il rischio di cancro gastrico con odds ratio (OR) e le loro 95% intervallo di confidenza (IC), seguita da analisi stratificazione per età, sesso, fumo e lo stato di bere. modello di regressione logistica è stata usata nella prova dinamica, nonché di valutare il potenziale gene-gene moltiplicativo e additivi e le interazioni tra fattori gene-ambientale. Inoltre, i dati sono stati ulteriormente stratificati per sottogruppi delle variabili clinica-patologico. potenza statistica è stata calcolata applicando il software PS (http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize, accessibile 14 Dicembre 2010). One-way ANOVA prova è stato utilizzato per valutare l'effetto di diversi SNPs sul lincRNA-NR_024015
espressione trascrizione. Tutti i test erano a due code utilizzando il software SAS (versione 9.1, SAS Institute, Cary, NC, USA). A P
. ≪ 0,05 è stato utilizzato come criterio di significatività statistica

Risultati

genotipi e rischio di non-cardias Cancer

Nel presente studio, cinque SNP sono stati genotipizzati tra casi e controlli. Come mostrato nella tabella 2, una significativa associazione con il rischio NCGC è stato osservato per rs8506G > A. In particolare, i risultati di genotipizzazione hanno mostrato che rispetto al rs8506GG o AG genotipo, lincRNA-NR_024015
vettore rs8506AA era significativamente associato con il rischio di cancro gastrico non cardiale (odds ratio [OR] = 1.56, 95% CI = 1,03-2,39). Inoltre, differenze significative sono state esaminate nelle altre quattro SNPs ( P
> 0,05). Così, si potrebbe concludere che la variante genetica rs8506G >. Un polimorfismo nel lincRNA-NR_024015
gioca un ruolo significativo nel mediare il rischio di NCGC

Analisi Stratificazione di Rs8506G > A genotipi e rischio di NCGC

effettuata un'ulteriore analisi stratificazione delle associazioni tra genotipi variante e il rischio di NCGC da sottogruppi di caratteristiche clinico-patologici di NCGC in questo studio. Come mostrato nella tabella 3, una significativa associazione tra i genotipi variante e il rischio di NCGC è stato osservato nei soggetti con il fumo (OR aggiustato = 2.48, 95% CI = 1,63-3,78, test di omogeneità P
= 0,001) , il che suggerisce che il fumo modula l'associazione tra il lincRNA-NR_024015
rs8506G > una variante genotipi e il rischio di NCGC. Nessuna associazione significativa è stata trovata in altri sottogruppi.

Caratterizzazione cellulare di LincRNA-NR_024015

I livelli di trascrizione di controllo nucleare ( U6
), citoplasmatica trascrizione di controllo ( GAPDH
mRNA), e lincRNA-NR_024015
sono stati valutati mediante RT-qPCR in frazioni nucleari e citoplasmatici di HGC-27 cellule, rispettivamente. I risultati hanno mostrato che GAPDH
mRNA è stato rilevato esclusivamente nella frazione citoplasmatica, mentre nucleo-mantenuto U6
era prevalentemente trova nella frazione nucleare. E lincRNA-NR_024015
espressione era prevalentemente citoplasmatica (Figura 1B)

In-silico
analisi degli effetti di Rs8506G >. A in LincRNA-NR_024015
pieghevole

Utilizzando algoritmi RNAfold e SNPfold in in-silico
analisi, abbiamo previsto cambiamenti strutturali locali di lincRNA-NR_024015
causati dalla rs8506G > Un polimorfismo si trova all'interno la regione exonic di lincRNA-NR_024015
. Come mostrato in Figura 1C e D, i risultati suggeriscono che il G ad un cambiamento di base di rs8506G > influenza A direttamente la piegatura di lincRNA-NR_024015
, che possono influenzare il sito di legame per il microRNA. Questo può quindi influenzare il lincRNA-NR_024015
espressione genica

Rs8506G >. A genotipi influenzare il LincRNA-NR_024015
Espressione interrompendo il legame di Ha-miR-526b in vitro

Due reporter luciferasi costrutti genici contenevano rs8506G o allele sono stati dosati con transitoriamente co-trasfezione con mimica e inibitore della presenta-miR-526b che sono stati basa legame rs8506G > Un sito polimorfico con l'analisi bioinformatica. Il risultato dell'attività di luciferasi ha mostrato che le cellule HEG-27 transitoriamente co-trasfettate ha-miR-526b imita e costruire contenente l'allele rs8506G esposto significativamente ridotta attività luciferasi, in maniera concentrazione-dipendente, e gli inibitori ha-miR-526b in modo significativo invertita e upregulated loro attività. Tuttavia, nessun cambiamento evidente è stato osservato per reporter gene con un allele trattato con imita ha-miR-526b o inibitori ( P
> 0,05) (Figura 2A). Gli stessi risultati sono stati osservati anche quando questi esperimenti sono stati ripetuti utilizzando cellule 293T (Figura 2b)

Associazione di Rs8506G >. Un genotipi con LincRNA-NR_024015
Espressione

Abbiamo raccolto 32 tessuti tumorali dei pazienti non trattati NCGC con differenti genotipi ed eseguito real-time PCR per valutare gli effetti di lincRNA-NR_024015
rs8506G > a su lincRNA-NR_024015
espressione. Il risultato ha mostrato che i pazienti con i genotipi rs8506AG e rs8506AA espressi significativamente più alta lincRNA-NR_024015
livelli di mRNA (media ± SEM) rispetto ai portatori del genotipo rs8506GG (AG: 0,029 ± 0,005; AA: 0,040 ± 0,005; GG: 0,019 ± 0,004; P
= 0,023), come mostrato nelle figure 2C

regolamento L'effetto di Mirna-dipendente di LincRNA-NR_024015
Espressione su Cell Proliferation.

Abbiamo inoltre esaminato se il lincRNA-NR_024015
rs8506G > a genotipi hanno effetti sulla proliferazione cellulare in in vitro
. Come mostrato in figura 2D, lincRNA-NR_024015
espressione diminuita dopo 24 ore trasfezione in cellule transitoriamente co-trasfettate con pcDNA-lincRNA-rs8506G e ha-miR-526b rispetto a quelli co-trasfettate con pcDNA-lincRNA- rs8506A e ha-miR-526b ( P
< 0,001). Le cellule con ridotta espressione di lincRNA-NR_024015
avuto un tasso di crescita delle cellule deboli in confronto con cellule trasfettate con pcDNA-lincRNA-rs8506A e ha-miR-526b dal giorno 2 ( P = 0,004
) (Figura 2E)

dicussion

In questo studio caso-controllo su base ospedaliera contenente un totale di 438 pazienti e 727 controlli sani, il nostro gruppo ha trovato la rs8506G >. a è associato rischi di NCGC. I nostri dati hanno mostrato che i soggetti che trasportano i genotipi rs8506AG e rs8506AA hanno avuto un aumento del rischio significativo per NCGC confrontato con il genotipo GG ( P
< 0,05). Inoltre, è risultato che un effetto elevato rischio di questo polimorfismo è stato più pronunciato in soggetti fumatori. A nostra conoscenza, questo è il primo studio per valutare complessivamente l'associazione tra le varianti in exonic di lincRNA e il rischio di NCGC.

Come un'altra classe di RNA non codificanti normativi, lincRNAs, hanno recentemente spostato alla ribalta della non codificante studio RNA. Queste molecole di mRNA-like, mancano di una significativa griglia di lettura aperta, sono generalmente ricoperti, assemblati in parallelo e poliadenilato sono stati implicati in una vasta gamma di processi cellulari, come l'architettura nucleare, regolazione dell'espressione genica, la sorveglianza immunitaria, o embrionali pluripotenza delle cellule staminali. Una manciata di studi hanno dimostrato lincRNAs emerso come un nuovo aspetto della biologia in una varietà di stati patologici, e cambiamenti nei livelli di espressione di lincRNAs può contribuire alla biologia del cancro a livello trascrizionale, post-trascrizionali ed epigenetici [18], [30] - [32]. Uno lincRNA prominente, ANRIL
, erano stati funzionalmente implicati nella progressione del cancro, di solito reprimere l'espressione genica epigenetica via legandosi e reclutamento cromatina modifica complessi [33], [34]. Un altro esempio famoso è il lincRNA, GAS5
; aberrazioni genetiche di questa lincRNA locus sono stati trovati in molti tipi di tumori, tra cui il melanoma, mammella e tumori della prostata [35] - [37]. Queste linee di prova sostenuto l'importanza di lincRNAs in biologia cellulare e oncogenesi. Recentemente, due GWASs hanno riportato un sottoinsieme di NCGC loci di suscettibilità (5p13.1, 3q13.31, 8q24.3, 6p21.1 e 7p15.3), che associato con lo sviluppo di NCGC. L'analisi bioinformatica ha rivelato diversi lincRNAs chiusi a questi loci. Inoltre, sono stati identificati diversi polimorfismi rilevanti singolo nucleotide (SNP) che si trova nelle regioni exonic di lincRNAs che possono associare con NCGC. Come tutti noto, negli ultimi dieci anni, con la disponibilità di larga scala RNA sequencing, che sta diventando molto chiaro che migliaia di varianti genetiche correlate alla malattia risiedevano al di fuori dei geni o anche in trascrizioni non codificanti sono già stati ottenuti dal progetto del genoma dei mammiferi [24]. evidenze emergenti recenti hanno indicato l'associazione tra SNPs risiedeva a lincRNAs e tumori umani. Ad esempio, sulla base dei dati 1000 genomi Guangfu Jin e dei colleghi hanno scoperto che le regioni di lncRNA avevano una densità di SNP simile alle regioni codificanti proteine ​​e ulteriormente annotato gli SNP fenotipo legati riportati da GWAS in regione lncRNA possono contribuire al rischio della prostata [ ,,,0],38]. Uno studio recente ha anche riferito che un polimorfismo genetico in lincRNA-uc003opf.1
gene è associata ad un aumentato rischio di sviluppare il carcinoma a cellule squamose dell'esofago nelle popolazioni cinesi [39]. Collettivamente, presente studio è coerente con i risultati precedenti hanno mostrato che lincRNA-NR_024015
era moderatamente più abbondante nel citoplasma che nel nucleo delle cellule di cancro gastrico frazionati, suggerendo che la funzione di questo lincRNAs viene esercitata nel citoplasma . I nostri risultati hanno fornito una forte evidenza a sostegno di un'ipotesi per la regolazione citoplasmatica, in cui il lincRNA-NR_024015
rs8506G >. Un SNP può influenzare l'espressione di questo lincRNA modificando il sito di legame per la presenta-miR-526b

nel presente studio, il nostro risultato di associazione tra un polimorfismo genetico nelle regioni exonic di un lincRNA e suscettibilità alla NCGC primo luogo è stato ottenuto nelle popolazioni cinesi. Le dimensioni relativamente grandi di esempio utilizzati diminuite le dimensioni delle RUP che possono essere rilevati statisticamente. Inoltre, abbiamo raggiunto una potenza studio di oltre il 90% (test bilaterale, α = 0,05) nel rilevare un OR di 1,28 per i genotipi rs8506AG + AA (che si verificano ad una frequenza di 42,5% tra i controlli), se confrontato con il genotipo rs8506GG. In particolare, l'associazione è biologicamente plausibile ed è in linea con i risultati dei nostri studi funzionali.

In conclusione, questo studio ha fornito la prima evidenza che polimorfismi genetici nelle regioni exonic di lincRNAs svolgono un ruolo fondamentale nella mediazione individuale suscettibilità alle NCGC. I nostri risultati supportano ulteriormente l'ipotesi che le varianti genetiche in lincRNA regioni exonic possono influenzare regolazione microRNA-mediata e associati con il rischio di GC. I nostri risultati garantiscono la convalida in, preferibilmente, studi caso-controllo, nonché da studi meccanicistici ben progettato di popolazione più grandi.

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