Pirmajame tyrime, naudojant naujai dezaktyvuotą duomenų rinkinį, mokslininkai jau atrado, kad normalūs ir vėžiniai organų audiniai turi šiek tiek kitokią mikrobiotos sudėtį, kad bakterijos iš šių sergančių vietų gali patekti į kraują, ir kad ši informacija apie bakterijas galėtų padėti diagnozuoti vėžį ir numatyti paciento rezultatus.
Rezultatai internete pasirodys gruodžio 30 d Ląstelių šeimininkas ir mikrobas .
TCGA yra svarbi vėžio genomikos programa, molekuliškai apibūdinanti daugiau nei 20, 000 pirminio vėžio ir sveikų mėginių, apimančių 33 vėžio tipus. Ji pagamino daugiau nei 2,5 milijono gigabaitų „omic“ duomenų. Į atlasą įtraukta DNR, kokie epigenetiniai žymenys yra ant DNR, kuri DNR yra įjungta ir kokie baltymai gaminami. Jis yra laisvai prieinamas visuomenei.
Vienas tyrimas iš atlaso duomenų atskleidė gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžio Fusobacterium nucleatum gausą, nuo to laiko buvo įrodyta, kad tai rodo stadiją, išgyvenimas, metastazių ir net tokio tipo vėžio reakcijų. Daugelis kitų tyrimų ieškojo tokių bakterijų biomarkerių, tačiau jų buvo aptikta nedaug. Didelė to priežastis yra užteršimas.
Kai laboratorijos atsitiktinai patenka į mėginius, tampa sunku atskirti, kurios rūšys iš tikrųjų buvo mėginiuose. Nors panašūs mikrobiomų tyrimai, kuriuose naudojama daug mikrobų turinti medžiaga, pvz., Išmatos, gali įveikti nedidelį užteršimo kiekį, palyginti nedideli mėginiai, paimti iš gyvų žmogaus organų ir naviko mėginių, negali.
Nagrinėjant TCGA sekos duomenų pogrupį, ankstesnės analizės parodė, kad daugelio rūšių mikrobų DNR buvo laboratorinės taršos rezultatas.
Visus mikrobiotos tyrimus kamuoja nuomonė, kad jei rasite mikrobą, ar jis tikrai buvo audinyje, ar jis buvo užterštas apdorojimo metu? Mes išradome metodą, galintį išgauti mikrobus, kurie iš tikrųjų buvo kiekviename mėginyje, ir panaudojome jį kurdami tai, ką vadinome „The Cancer Microbiome Atlas“, kuris bus didžiulis bendruomenės šaltinis ir leis mums suprasti, kaip vėžys keičia organo mikrobiomą “.
Xiling Shen, Hawkinso šeimos biomedicinos inžinerijos docentas Duke
Užteršimo pašalinimo iš TCGA duomenų metodą išrado Andersas Dohlmanas, aspirantas Sheno laboratorijoje. Dohlmanas pirmiausia palygino mikrobiomų parašus tarp skirtingų organų ir kraujo vėžio audinių, ir atmetė teršalų rūšis, kurios pasirodė be atrankos. Tada jis palygino identiškų mėginių mikrobiomų parašus, kurie buvo apdoroti atskirose vietose, nuo Harvardo iki Baylor. Dohlmanas padarė išvadą, kad mikrobai, kuriuos galima aptikti tik iš tam tikros vietos, būtų teršalai, leidžiantis kiekvienai svetainei priskirti unikalų užteršimo parašą.
„Didelis iššūkis šiame procese buvo mišrių įrodymų rūšys, kurios yra bakterijos, kurios yra audinių užterštos ir endogeninės, "sakė Dohlmanas." Bet kadangi TCGA turi tiek daug skirtingų tipų duomenų, mums pavyko jį erzinti. Dideli duomenys tikrai padeda! "
Pastangos jau moka dividendus įvairiais būdais. Panaudojus Dohlmano nukenksminimo algoritmą, tyrėjai atidžiai pažvelgė į storosios žarnos vėžiu sergančių pacientų mėginių mikrobiotos parašus. Jie atrado dvi unikalias bakterijų grupes, dažnai randamas kartu, vienas iš jų yra susijęs su paciento išgyvenimu.
Tyrėjai taip pat atrado, kad kai kurie vėžio atvejai iš tikrųjų keičia jų organų mikrobiomą. Tai gali būti, Shen priežastys, kad navikai keičia organo mikroaplinką, todėl jis yra daugiau ar mažiau svetingas įvairioms mikrobų rūšims. Ir ieškodami mikrobų parašų paciento kraujo mėginiuose, jie taip pat nustatė, nepaisant įprastos priešingos išminties, kai kurios bakterijos patenka į kraują, Tai taip pat gali parodyti vėžio progresavimą.
„Šioje srityje kilo tam tikra krizė, ar galima atgaminti aukšto lygio dokumentus, ar ne, dėl užteršimo iššūkio, - pasakė Šen. - Pavyzdžiui, nors vienas centras galėtų atkurti savo rezultatus, kitas centras to nedarytų. Tai paaiškina, kodėl:kiekvienas centras turi savo nuoseklų šališkumą. (Jame yra mikrobų teršalų.) Ateityje nauji tyrimai gali naudoti mūsų metodą šiam šališkumui pašalinti ir rezultatams atkurti, ir tyrimų centrai gali pasinaudoti mūsų nustatytu šališkumu, kad sušvelnintų jų užteršimą “.
Koks yra hepatito C gydymas?
Neilas Bellas buvo paskirtas „Avacta Life Sciences“ vyriausiuoju plėtros pareigūnu
Antibiotikas X-206 veiksmingas prieš SARS-CoV-2 in vitro
Tyrėjai in vitro nustato bakteriją, turinčią anti-SARS-CoV-2 aktyvumą:Dolosigranulum pigrum
Mikroplastikas pirmą kartą nustatytas žmogaus atliekose
Mikrobai ant liežuvio galėtų būti naudojami kasos vėžiui diagnozuoti
1 tipo cukrinis diabetas, susijęs su žarnyno mikrobioma ir genetiniais veiksniais
Naujas tyrimas iš Lingköpingo universiteto Švedijoje ir Floridos universiteto atskleidė, kad vaikų, turinčių didelę genetinę riziką susirgti 1 tipo cukriniu diabetu, žarnyno mikrobioma labai skiriasi
Naminius gyvūnus saugu maitinti žaliu maistu,
randa naują tyrimą Didelis tarptautinis tyrimas rodo, kad naminių gyvūnėlių savininkai nemano, kad šėrimas žaliu maistu padidina infekcijos riziką namų ūkio nariams. Žaliam maistui priskiriama visa te
Galimi molekuliniai atsako į biologinius opinio opinio kolito prognozuotojus
Kai kurie žmonės, kenčiantys nuo žarnyno ligų, tokių kaip opinis kolitas, nereaguoja į įprastą biologinę terapiją. Tokiais atvejais, individualus terapinio atsako prognozavimas būtų naudingas paveikti