An der éischter Etude mat der neier dekontaminéierter Dataset, d'Fuerscher hu scho festgestallt datt normal a kriibserreegend Uergelgewebe eng liicht anescht Mikrobiotikompositioun hunn, datt Bakterien aus dëse kranke Siten an de Bluttkrees kommen, an datt dës bakteriell Informatioun hëllefe kéint Kriibs diagnostizéieren a Patientresultater viraussoen.
D'Resultater erschéngen online den 30. Dezember am Journal Cell Host &Mikrobe .
TCGA ass e Landmark Kriibs Genomik Programm dee molekulär iwwer 20 charakteriséiert huet, 000 primäre Kriibs a gepasst gesonde Proben iwwer 33 Kriibsaarten. Et huet méi wéi 2,5 Millioune Gigabyte "omic" Daten produzéiert. Den Atlas enthält wéi eng DNA präsent ass, wat epigenetesch Markéierer op der DNA sinn, wéi eng DNA ageschalt ass a wéi eng Proteine produzéiert ginn. Et ass fräi verfügbar fir ëffentlech Notzung.
Eng Studie vun den Atlasdaten huet eng Iwwerfloss u Fusobacterium nucleatum am colorectal Kriibs opgedeckt, déi zënter gewise gouf als indicativ fir d'Bühn ze sinn, Iwwerliewe, Metastasen a souguer Medikamentreaktiounen vun dëser Aart vu Kriibs. Vill méi Studien hunn no sou bakterielle Biomarker gesicht, awer wéineg goufen entdeckt. E grousse Grond dofir ass Kontaminatioun.
Wann Bakterien zoufälleg vun de Laboratoiren an d'Monsteren agefouert ginn, et gëtt schwéier z'ënnerscheeden wéi eng Aart tatsächlech an de Proben waren fir unzefänken. Wärend ähnlech Mikrobiomstudien mat Mikrobe-räichem Material wéi Feeën kleng Quantitéiten u Kontaminatioun iwwerwanne kënnen, déi relativ kleng Probe geholl aus liewege mënschlechen Organer an Tumorproben kënnen net.
Wann Dir en Ënnerdeel vun TCGA Sequencing Daten ënnersicht, vireg Analysen hu festgestallt datt mikrobiell DNA vun enger Zuel vun Arten d'Resultat vu Labo Kontaminatioun war.
All Mikrobiota Studien si geplot vun der Notioun datt wann Dir e Mikro fannt, war et wierklech am Tissu oder gouf et Kontaminatioun wärend der Veraarbechtung agefouert? Mir hunn eng Method erfonnt déi d'Mikroben extrahéiere kënnen, déi wierklech an all Probe waren an se benotzt hunn fir ze bauen wat mir de Cancer Microbiome Atlas genannt hunn, déi eng immens Ressource fir d'Gemeinschaft wäert sinn an et eis erlaabt ze verstoen wéi Kriibs en Mikrobiom vun engem Organ ännert. "
Xiling Schen, den Hawkins Family Associate Professor of Biomedical Engineering um Duke
D'Method fir d'Kontaminatioun vun den TCGA Daten ze läschen gouf vum Anders Dohlman erfonnt, en Diplomstudent am Shen Laboratoire. Den Dohlman vergläicht als éischt d'Mikrobiome Ënnerschrëften tëscht Kriibsgewebe aus verschiddenen Organer a Blutt, an hunn kontaminant Arten ausgeschloss, déi indiskriminéierend opgedaucht sinn. Hien huet dunn d'Mikrobiome Ënnerschrëfte vun identesche Proben verglach, déi op getrennte Site veraarbecht goufen, rangéiert vun Harvard bis Baylor. Den Dohlman huet ofgeschloss datt déi mikrobiell Aart, déi nëmmen vun engem spezifesche Site festgestallt kënne ginn, d'Kontaminanten wieren, erlaabt him eng eenzegaarteg Kontaminatiounssignatur fir all Site ze ginn.
"Eng grouss Erausfuerderung an dësem Prozess war gemëschte Beweis Arten, déi Bakterien sinn, déi souwuel e Kontaminant an endogen fir den Tissu sinn, "sot Dohlman." Awer well TCGA sou vill verschidden Aarte vun Daten huet, mir konnten et ausdrécken. Big Data hëlleft wierklech! "
Den Effort bezilt schonn Dividenden op verschidde Manéieren. Nom Benotze vum Dohlman Dekontaminatiouns Algorithmus, d'Fuerscher hunn d'Mikrobiota Ënnerschrëfte vu Probe vu Kolorektalkriibs Patienten no gekuckt. Si hunn zwou eenzegaarteg Gruppe vu Bakterien entdeckt déi dacks zesumme fonnt ginn, eng vun deenen schéngt mam Patient Iwwerliewe verbonne ze sinn.
D'Fuerscher hunn och entdeckt datt verschidde Kriibs wierklech de Mikrobiom vun hiren Awunner Organer veränneren. Et kéint sinn, Shen Grënn, datt Tumoren d'Mikroëmwelt vun engem Organ veränneren, mécht et méi oder manner gaaschtfrëndlech fir verschidde mikrobiell Aarte. A andeems Dir no mikrobielle Ënnerschrëfte bannent Patientblutprobe sicht, si hunn och fonnt datt, trotz der konventioneller Wäisheet am Géigendeel, e puer Bakterien fanne säi Wee an de Bluttkrees, wat och en Indikatioun fir de Fortschrëtt vun engem Kriibs kéint ginn.
"Et gouf eng Zort Kris um Feld iwwer ob héichprofiléiert Pabeieren reproduzéiert kënne ginn oder net, wéinst der Erausfuerderung vun der Kontaminatioun, "sot de Shen." Zum Beispill, wärend een Zentrum fäeg wier seng Resultater ze reproduzéieren, en aneren Zentrum géif net. Dëst erkläert firwat:All Zentrum huet seng eege ganz konsequent Viraussiicht. (Seng eege résident Mikrokontaminanten.) An Zukunft, nei Studien kënnen eis Method benotzen fir dës Bias ze läschen an d'Resultater ze reproduzéieren, a Fuerschungszentren kënnen hir Viraussetzung benotzen déi mir identifizéiert hunn fir hir Kontaminatioun ze reduzéieren. "
Wann Dir iwwer 50 sidd,
Allergien verbonne mat méi héije Junk Food Konsum,
Uergelchip Technologie verbessert Studie vum Darm fir personaliséiert Medizin
Tester benotzt fir GERD Diagnos
Fuerscher identifizéieren eng Bakterie mat Anti-SARS-CoV-2 Aktivitéit in vitro:Dolosigranulum pigrum
Mënschlech Koronavirus brauch organesch Material fir effizient tëscht Uewerflächen ze transferéieren
Allergien verbonne mat méi héije Junk Food Konsum,
proposéiert nei Studie Vill Liewensmëttelallergien aus der Kandheet kënne wéinst dem Junkfood iessen, no enger neier Etude. Kanner mat Liewensmëttelallergien, a Kanner déi vill Junk Food iessen, hu Ki
Vaginale Bakterien verbonne mat virzäiteger Gebuert
Eng nei Studie am Journal publizéiert Grenzen an der Mikrobiologie am Abrëll 2020 bericht datt Fraen déi fréi liwweren méi wahrscheinlech eng méi grouss Varietéit u Bakterien an hire Gebuertskanäl h
Wuesstumsprobleemer bei virzäitege Puppelcher verbonne mat verännert Darmbakterien
Virzäiteg Puppelcher déi net wuesse wéi erwaart oder gedreemt kënne Probleemer mat der Entwécklung vun hirem Mikrobiom hunn, eng nei Etude seet. En Team vu Fuerscher am Ann &Robert H. Lurie Children