PLoS ONE: DNR remontas Genų APE1 T1349G polimorfizmas ir rizikos skrandžio vėžio į Kinijos gyventojų

Anotacija

Fonas

Apurinic /apyrimidinic endonukleazės 1 ( APE1
) turi centrinę vaidmenį apurinic apyrimidic svetainių per tiek savo endonukleazei ir jos fosfodiesterazės veiklą remontas , Bendras APE1
polimorfizmas, T1349G (rs3136820), anksčiau buvo įrodyta, kad būti susijęs su vėžio riziką.

Tikslas

iškėlė hipotezę, kad APE1
T1349G polimorfizmas yra taip pat susijęs su rizika skrandžio vėžio.

metodai

ligoninėje pagrįstą atvejo-kontrolės tyrimo 338 atvejų pacientams, sergantiems naujai diagnozuota skrandžio vėžio ir 362 vėžiu be kontrolės dažnis-atitiko pagal amžių ir lytį, mes genotipą į T1349G polimorfizmas ir įvertinti savo asociacijas su rizika skrandžio vėžio.

rezultatai

Palyginti su APE1
TT genotipą, asmenys su variantu TG /GG genotipai turėjo žymiai didesnę riziką skrandžio vėžio (šansų santykis = 1,69, 95% pasikliautinasis intervalas 1,19-2,40 =), kuris buvo ryškesnis tarp pogrupių amžiaus ≤60 metų, male, rūkusiųjų, ir vis girdyklas. Daugiau analizė atskleidė, kad variantas genotipai buvo susijęs su padidėjusia rizika difuzinio tipo, mažas gylis naviko infiltracijos (T1 ir T2) ir limfmazgių metastazių skrandžio vėžio.

Išvados

APE1
T1349G polimorfizmas gali būti žymeklis skrandžio vėžio vystymosi Kinijos gyventojų. Didesnės tyrimai turi patvirtinti šias išvadas įvairiose populiacijose

nurodomoji dalis:. Gu D Wang, M, Wang S Zhang Z Chen J (2011) DNR remontas Genų APE1
T1349G polimorfizmas ir rizikos skrandžio vėžio į Kinijos gyventojų. PLoS ONE 6 (12): e28971. Doi: 10,1371 /journal.pone.0028971

redaktorius Paolo Peterlongo, IFOM, Fondazione Istituto FIRC di Oncologia Molecolare, Italija

Įstojo Sausio 19. Spalis, 2011 m Priėmė: Lapkričio 18, 2011 m Paskelbta 19. Gruodis, 2011

Visos teisės saugomos: © 2011 Gu et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis tyrimas buvo iš dalies parėmė Nacionalinis gamtos mokslo fondo Kinijos (81071641), Gamtinių mokslo fondo Dziangsi provincijos (BK2010120) ir mokslo projektų ir programų Nanjing (201001099). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys yra ketvirtoji dažniausia vėžio ir antroji pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusių mirčių visame pasaulyje, maždaug 700.000 žmonių miršta nuo šios piktybinių navikų kiekvienais metais ir apie 1,1 milijonai naujų ligos atvejų tikimasi 2010 m [1]. Kinijoje, buvo prognozuojama, kad rangas kaip trečiasis labiausiai paplitusių vėžio 2005 metais, 0,3 mln mirčių ir 0,4 mln naujų atvejų iš skrandžio [2] vėžiu. Nors jis yra gerai žinoma, kad aplinkos veiksniai, mitybos įpročiai, ir Helicobacter pylori
infekcija yra susijusi su skrandžio vėžio riziką, priimančiosios genetinių veiksnių gali būti vienas iš svarbiausių agentų skrandžio kancerogenezėje. Pristatymas skrandžio vėžio jauniems pacientams dažnai yra susijęs su šeimine grupavimo [3].

DNR pažeidimai sukelia egzogeniniai kancerogenų arba endogeninių medžiagų apykaitos procesų gali būti konvertuojamos į genų mutacijos lemia genomo nestabilumo ir piktybinę transformaciją [4] , Genetiniai pokyčiai DNR remonto genų gali moduliuoti DNR taisymo pajėgumus, todėl keisti vėžio riziką. Apie 150 žmogaus DNR remonto genai buvo nustatyta, kad duomenų [5]. Jie bendradarbiauja skirtingais būdais, kurie specializuojasi skirtingų tipų DNR žalą [6] remontui, [7]. Tarp šių būdų, bazė iškirpimas remontas (BIR) kelias, kuris galbūt rankenos didžiausią skaičių citotoksinių ir mutageninių bazinių pakitimų, buvo susijęs su rizika vėžio [8].

žmogaus apurinic /apyrimidinic endonukleazės ( APE) APE1
(taip pat žinomas kaip , APE,
APEX
, ir Nuoroda-1
), dalyvauja BIR keliu [9 ]. APE1
genas yra įsikūręs ant chromosomų 14q11.2-Q 12 ir susideda iš penkių egzonų aprėpiančių 2.21 kb. Hidrolizuojant 3'-blokavimo fragmentai iš oksiduoto DNR APE1
gamina normalius 3'-hidroksilo nukleotidų galus, kurie yra būtini DNR sintezė reparacijos ir perrišimas ne vieno ar dvigubai kryptis pertraukas [10], [11] , Iš 18 polimorfizmas į APE1
buvo pranešta [12] Iš viso, tačiau plačiausiai studijavo polimorfizmas yra T G transversion (T1349G, taip pat žinomas kaip Asp148Glu, rs3136820).

Neseniai mes atliko metaanalizę visų tinkamų atvejo-kontrolės tyrimuose įvertinti APE1
T1349G polimorfizmas ir rizika vėžio, įskaitant plaučių vėžį, šlapimo pūslės vėžio, tiesiosios žarnos vėžio, krūties vėžio, kasos vėžio, galvos ir kaklo vėžys, leukemija, stemplės vėžys, tulžies pūslės ir latakų vėžio, skydliaukės vėžio, ir prostatos vėžys [13]. Mes nustatėme, kad APE1
T1349G variantas genotipai buvo susijęs su vidutiniškai padidėjusi rizika visų vėžio tipų (arba = 1,08, 95% PI = 1.00-1.18 dominuojančią modelis), o tai rodo, kad šis polimorfizmas yra žemas -penetrance rizikos veiksnys vėžio vystymąsi [13]. Visai neseniai, kai kurie tyrimai pranešė, APE1
T1349G polimorfizmas buvo susijęs su skrandžio vėžio rizikos ir prognozės [14], [15], [16], [17]. Tačiau šie epidemiologiniai rezultatai lieka prieštaringa, o ne galutiniai.

Šiame tyrime ištirti APE1
T1349G polimorfizmo įtaką skrandžio vėžio riziką, mes genotipą į polimorfizmas ir įvertinta tarp APE1
T1349G polimorfizmas, ir skrandžio vėžio riziką mūsų nuolat, ligoninės pagrindu, atvejo-kontrolės tyrimo, Kinijos gyventojų.

medžiagos ir metodai

etika pareiškimas

etikos komitetas Nanjing medicinos universiteto patvirtino mokslinių tyrimų protokolą. Per epidemiologinių interviu, parašyta informuotas sutikimas buvo skiriamas visų dalykų. Be to, apmokyti tyrimų darbuotojai administruoja standartinį klausimyną gauti informaciją apie demografines charakteristikas.

Studijų dalykai

išsamūs metodai įdarbinti studijų dalykų šiame tyrime buvo aprašyti anksčiau [18]. Trumpai tariant, 338 naujai diagnozuota, histopathologically patvirtino skrandžio vėžiu sergantys pacientai ir 362 vėžiu be kontrolinės grupės tiriamųjų buvo įdarbinti iš Yangzhong ir YiXin du regionus didelis sergamumas ir mirtingumas skrandžio vėžio Jiangsu provincijos Kinijos miestuose 2008 nuo 2006 kovo iki liepos . atmetimo kriterijai įtraukti ankstesnę vėžiu, Metastazė vėžį iš kitų ar nežinomų kilmės, o ankstesnė radioterapija arba chemoterapija. Kontrolė buvo dažnio suderinta atvejais pagal amžių (± 5 metai) ir lytį. Vėžio be kontrolinės grupės tiriamųjų buvo įdarbinti iš tų, kurie ieško sveikatos priežiūrą, gyvenantiems tame pačiame gyvenamųjų vietovių. Prieš įdarbinant, sutikimas buvo gautas iš kiekvienos remtinos dalykų. Kiekvienam asmeniui, demografinė informacija, taip pat duomenys apie rūkymą ir alkoholio vartojimą buvo gauta akis į akį interviu. Asmenys, kurie rūkyti vieną kartą per dieną daugiau nei 1 metus buvo apibrėžta kaip niekada rūkalių. Rūkusiųjų kurie mesti rūkyti daugiau nei 1 metus buvo apibrėžiamas kaip buvusių rūkalių, o kitais rūkančiais kaip trumpalaikį rūkalių. Asmenys, kurie suvartojo vieną ar daugiau alkoholinių gėrimų per savaitę ne mažiau kaip 1 metus buvo laikomas nuolat geriančių, o likusieji buvo apibrėžiamas kaip niekada girdyklas. Po interviu, apie 5 ml veninio kraujo mėginys buvo renkami iš kiekvieno dalyvio.

genotipo

Genomo DNR buvo išskirta iš periferinio kraujo limfocitų pagal proteinazės K virškinimą, po fenolio-chloroformo gavybos ir etanolio kritulių [19]. APE1
T1349G polimorfizmas buvo nustatomas naudojant polimerazės grandininę reakciją apribojimas fragmentas ilgio polimorfizmo (PGR-RFLP) metodą, kuris buvo aprašytas anksčiau [20], [21]. Mes sukūrėme 5'-TAATTCTGTTTCATTTCTATAGGCTA-3 "(pirmyn) ir 5'-TGCATTAGGTACATATGCTGTT-3" gruntas (reversas), siekiant papildyti tikslinę fragmentas APE1
. Bandiniai buvo veikiami denatūruojant 95 ° C temperatūroje 5 min, o po to 30 ciklų kaitinant 95 ° C temperatūroje 30 S, atkaitinimo 55 ° C temperatūroje 40 S, tada, pratęsiant 72 ° C temperatūroje 45 s, ir galutinis inkubacinis 72 ° C temperatūroje 10 min. PGR produktai 108 bp buvo suardomas FspB
i restrikcijos fermento, nustatyti genotipus ir T1349G polimorfizmo. Po to, kai fermento virškinimą, variantas G alelis pagamintas 2 fragmentai 82-bp ir 20-bp, ir laukinio tipo T alelio gauta nė vieno 108-bp fragmento.

genotipas analizė buvo atlikta iš dviejų asmenys nepriklausomai aklas mados. Apie 10% mėginių buvo atsitiktinai parinkti patvirtinimo, o rezultatai buvo visiškai sutinkantis.

Statistinė analizė

Skirtumai tarp atvejų ir kontrolės pasirinktose demografinių kintamųjų, rūkymą, alkoholio vartojimo ir kiekvienas alelį ir genotipas iš APE1
genas buvo įvertintas naudojant chi kvadrato testas polimorfizmas. Chi-kvadrato testas taip pat buvo naudojama įvertinti tarp APE1 skirtumą
polimorfizmo ir clinicopathologic savybių. Skirtumai tarp APE1
genotipų ir skrandžio vėžio riziką asociacijos buvo įvertinta apskaičiuojant šansų santykį (AR) ir jų 95% pasikliautinasis intervalas (CIS) iš besąlygiška vienmatės ir daugiamatis logistinės regresijos analizę. Šios analizės pakartojo stratifikuoti seksui (vyrų, moterų), rūkymo statusą (niekada, niekada) ir geriamojo statusą (ne, taip). Dėl stratifikacijos pagal amžių, amžius Apipjaustymas 60 metų buvo naudojamas šiame tyrime, nes jis buvo vidutinis amžius tyrime dalyvavusių pacientų ir kontrolės. Be to, genotipiniais būdingą riziką, taip pat buvo įvertinta atskirai CARDIA /noncardia auglio vietą, žarnyno /difuzine histotype, T1 /T2 /T3 /T4 gylio naviko infiltracijos ir neigiamo /teigiamo limfmazgių metastazių. Hardy-Weinberg pusiausvyros kontrolę "genotipo skirstinių buvo išbandytas pagal gerumą-of-Fit chi-square testą.

Rezultatai

Paskirstymo pasirinktų savybių tarp skrandžio vėžys, dvipusis testai statistinio reikšmingumo buvo atliekami naudojant SAS programinę įrangą (SAS Institute, Inc., Cary, NC versija 8.2). atvejai ir kontrolinės grupės tiriamųjų apibendrinti 1 lentelėje pagal genotipo rezultatus ir klausimyno duomenis, mes įtraukti 338 skrandžio vėžio atvejų ir 362 vėžiu be kontrolės, kurie turėjo visus šiuos duomenis laisvų šioje analizėje. Vidutinis amžius diagnozės skrandžio vėžio atvejų buvo 61,7 metų (standartinis nuokrypis (SN) ± 12,3) ir vidutinis amžius ne išaiškinimu kontroliniuose buvo 62,4 metai ((SD) ± 10,5). Nebuvo jokių statistiškai reikšmingų skirtumų tarp atvejų ir kontrolės į amžių ir lytį platinimo. Tačiau, Dažniau pasitaikantis rūkymas ir alkoholio vartojimas yra susijęs su skrandžio vėžio ( P
< 0,05). Be to, pacientams, sergantiems vėžiu skrandžio Cardia ir ne Cardia buvo 143 (42,3%) ir 195 (57,5%), atitinkamai. Histologinės rūšys buvo 192 (56,8%) ir žarnyno ir 146 (43,2%) už difuzinio skrandžio vėžio. Už naviko įsiskverbimo, T1, T2, T3, T4 ir gylio buvo 104 (30,8%), 64 (18,9%), 126 (37,3%), ir 44 (13,0%), atitinkamai. Ir teigiami limfmazgiai buvo nustatyta 174 (51,5%) atvejais.

genotipas ir alelių dažniai APE1
T1349G polimorfizmas tarp atvejų ir kontrolės bei asociacijos su rizika skrandžio vėžio parodyta 2 lentelėje į TT, TG, ir VS genotipų dažniai buvo 20,4%, 54,7% ir 24,9% visų vėžio grupės, palyginti su 30,4%, 50,5% ir 19,1% sveikų asmenų, atitinkamai. G alelio dažnis buvo 52,2% tarp atvejais, kurie buvo žymiai didesnis nei kontrolinės grupės 44,3% ( P
= 0,003). Vėliau analizė atskleidė reikšmingą asociaciją heterozigotinės (TG) ir homozigotiniu (GG) Variantas genotipo APE1
T1349G su skrandžio vėžiu (OR = 1,61, 95% PI = 1.12-2.32 rizika TG palyginti TT , ir OR = 1,92, 95% PI = 1,23-2,99 GG, lyginant su TT, atitinkamai). Be to, mes nustatėme, kad asmenys turintys variantas, TG /GG genotipų turėjo žymiai didesnę riziką skrandžio vėžiu nei tie, su TT genotipą (OR = 1,69, 95% PI = 1.19-2.40). Daugiau susiskirstė į sluoksnius analizė parodė, kad padidėjo rizika buvo labiau akivaizdu pogrupiuose aged≤60 metų (arba = 2.00, 95% PI = 1.11-3.61), male (OR = 1,65, 95% PI = 1,07-2,55), rūkusiųjų ( AR = 2,00, 95% PI = 1,14-3,05), ir vis girdyklas (arba = 2.18, 95% PI = 1,18-4,03) (3 lentelė). Tačiau dėl ribotos tyrimo imties dydis, visi rezultatai susisluoksniavusi analizių buvo preliminarūs.

asociacija tarp APE1
T1349G polimorfizmas, ir clinicopathologic charakteristikos skrandžio vėžio rizika sluoksninės naviko svetainėje histologinis tipas, gylis naviko infiltracijos ir limfmazgių metastazių rodomi lentelėje 4. Statistinė analizė atskleidė reikšmingą asociacija, TG /GG genotipų su CARDIA naviko ir ne CARDIA naviko (OR = 1,61, 95% PI = 1.01-2.56 rizika , ir OR = 1.79, 95% PI = 1,17-2,73, atitinkamai). Statistiškai, tendencija, didesnė rizika difuzinis tipo skrandžio vėžio buvo aptikta, TG /GG genotipų (arba = 2,09, 95% PI = 1.29-3.42), bet ten buvo ne didelis skirtumas tarp žarnyno tipo skrandžio vėžio ir įprastos kontrolės (ARBA = 1.46, 95% PI = 0,97-2,20). Daugiau stratifikacija analizė gylio naviko infiltracijos parodė, kad padidėjusi rizika buvo ryškesnis tarp T1 (OR = 2,73, 95% PI = 1.50-4.99) ir T2 (arba = 2.17, 95% PI = 1.08-4.33), bet ten buvo jokių reikšmingų skirtumų tarp paskirstymo pogrupiuose T3 ir T4 (OR = 1,28, 95% PI = 0.80-2.04, ir OR = 1,26, 95% PI = 0,61-2,60, atitinkamai). Be to, ten buvo didelė padidintos rizikos limfmazgius skrandžio vėžio (arba = 1.80, 95% PI = 1,16-2,80), o ne limfmazgius neigiamas skrandžio vėžio (arba = 1.62, 95% PI = 0,99-2,51) su TG /GG genotipų palyginti su TT genotipą.

Diskusijos

Ši ligoninė pagrindu atvejo-kontrolės tyrimo, mes ištirtas asociacija APE1
T1349G polimorfizmas ir rizikos skrandžio vėžio Kinijos gyventojų. Mes nustatėme, kad T1349G polimorfizmas prisidėjo prie skrandžio vėžio riziką, kuri buvo ryškesnis tarp pogrupių aged≤60 metų, male, rūkusiųjų, ir vis girdyklas. Be to, T1349G polimorfizmas buvo susijęs su padidėjusia rizika difuzinio tipo, mažai gylis naviko infiltracijos (T1 ir T2) ir limfmazgių metastazių skrandžio vėžio.

APE1 yra esminis fermentas BIR keliu, kuris yra pagrindinis mechanizmas DNR pakenkimo remonto, kurį sukelia oksidacija ir alkilinimo [7]. T1349G polimorfizmas yra labiausiai paplitusi polimorfizmas, kad sukelti vieną aminorūgščių pakeitimo buvo nustatyta bendroje populiacijoje [12]. Tai nebuvo nustatytas, jei G variantas alelis turi įtakos endonukleazei ir DNR privalomas veiklą [22]. Tačiau GG genotipą buvo susijęs su reikšmingai pailgino ląstelinio ciklo G2 vėlavimų, palyginti su TT ir TG genotipų, kurie rodo, kad ši amino rūgštis, pakeisti gali prisidėti prie padidėjusio jautrumo jonizuojančiąja spinduliuote [23]. Mūsų tyrimas parodė, kad G variantas alelis buvo susijęs su žymiai padidėjusia skrandžio vėžio, kuris yra suderinamas su mūsų anksčiau paskelbtus meta analizės rezultatais [13]. Ankstesniuose tyrimuose, Canbay ir kt. [15] nustatė reikšmingų skirtumų G alelio dažnių APE1
T1349G polimorfizmas tarp skrandžio vėžio pacientų ir kontrolinės grupės tiriamųjų į Turkijos gyventojų. Vis dėlto, Palli ir kt. [16] nesilaikė reikšmingas ryšys šio polimorfizmo su skrandžio vėžio jų tyrimo. Dėl šių skirtingų išvadų priežastis lieka neaiški, kuris gali dėl mažos imties dydžių ar etniškai įvairesnė.

Be to, mes nustatėme, kad T1349G polimorfizmas buvo susijęs su padidėjusia skrandžio vėžio rizika tarp pogrupių jaunesnių tiriamųjų ( age≤60 metų), bet ne vyresni dalykai. Silpna imuninė sistema ir didžioji sukaupta poveikio aplinkai kancerogenų vyresnio amžiaus asmenims gali sudaryti amžiaus skirtumas mes stebimas [24]. Vyresnio amžiaus asmenims yra ne didesnė rizika skrandžio vėžio, kuris yra labiau tikėtina, dėl to, kad senėjimo efektas, o ne kaip tiesioginius genetinių poveikį. Todėl į APE1
geno variacija gali būti labiau įtakinga anksti pasireiškusios skrandžio vėžiu, nors šis rezultatas turi daugiau patvirtinimus. Tabako dūmai yra šimtai cheminių medžiagų, kurios buvo aiškiai nustatyta, kaip pagrindinis priežastinio veiksnio skrandžio vėžio [25]. Mūsų rezultatai parodė, kad rizika, susijusi su T1349G polimorfizmo buvo labiau akivaizdu rūkalių. Tai gali būti, nes cigarečių dūmai sukuria aktyvių deguonies gamybą ir sukelia DNR aduktai [26]. Tyrimai pranešė, kad padidėjo alkoholio vartojimas gali padidinti riziką susirgti vėžiu, įskaitant skrandžio vėžio [27]. Nuosekliai, mūsų rezultatai taip pat atskleidė, kad dalykai, kurie kada nors vartojo alkoholį su T1349G polimorfizmo rizika yra padidėjusi skrandžio vėžio. Tačiau, mūsų mažas imties dydis gali neturėti pakankamai galios aptikti reikšmingą genų-aplinkos sąveiką; Taigi, didesni tyrimai su daugiau išsamių aplinkos poveikio duomenis reikia patikrinti šias išvadas.

Žarnyno ir pasklidųjų rūšys turi skirtingą epidemiologiją ir patogenezė. Žarnyno tipo skrandžio vėžys yra tarptautinė keitimas ir vyrauja aukštos rizikos geografinėms teritorijoms, ypač Japonijoje, Korėjoje ir Kinijos, o difuzinis tipo skrandžio vėžys yra vienodas geografines paskirstymo [28], [29]. Aplinkos veiksniai buvo pasiūlyta vaidinti svarbų vaidmenį žarnyno tipo skrandžio vėžio etiologija, ir genetinis polinkis veiksniai gali prisidėjo daugiau išsklaidytos tipo skrandžio vėžio vystymąsi. Įdomu tai, kad mes nustatėme, kad T1349G polimorfizmo poveikis buvo susijęs su paskleidžiama-tipo skrandžio vėžio, bet ne žarnyno tipo skrandžio vėžio. Be to, mes nustatėme, kad T1349G polimorfizmas buvo susijęs su padidėjusia rizika mažo gylio naviko infiltracijos (T1 ir T2) ir limfmazgių metastazių skrandžio vėžiu, kuris gali tarnauti kaip skrandžio vėžio metastazių biologinis žymuo. Tačiau, kadangi aptinkama poveikis dydis mūsų tyrime buvo palyginti mažas (n = 11 TT genotipą T1 ir T2 pogrupius), klinikinį naudingumą mūsų išvadas reikia aiškinti atsargiai. Be to, biologinis mechanizmas, atsižvelgiant į APE1
variantas, APE1
genų ekspresijos ir skrandžio vėžio vystymasis ir metastazių lieka, kol bus ištirta.

Taigi, mūsų tyrimo rodo, kad APE1
T1349G polimorfizmas gali būti susijęs su rizika skrandžio vėžio vystymosi Kinijos gyventojų. Didelis gyventojų pagrindu perspektyviniai tyrimai su etniškai skirtingų populiacijų yra tikslingas siekiant patikrinti šias išvadas.

• PLoS ONE: Variacijos Helicobacter pylori citotoksinas susijusių genų ir jų įtaka progresavimo skrandžio vėžiu: pasekmės Prevention
• PLoS ONE: downregulation iš RPL6 pagal siRNA slopina proliferaciją ir ląstelinį ciklą Žmogiškųjų Skrandžio vėžio ląstelių Lines