Spermmikrobiom opgedeckt mat RNA Sequencing

Eng nei Studie bericht déi éischt jeemools detailléiert Beschreiwung vum mënschleche Spermemikrobiom, méi nei RNA Sequencing Techniken ze benotzen déi fäeg sinn tëscht Sperma RNA an déi vu bakterieller Kontaminatioun oder Koloniséierung ze diskriminéieren.

D'Léier, verëffentlecht am Journal of Assisted Reproduction and Genetics am Januar 2020, weist datt net gezielte RNA Sequencing d'Potenzial huet d'Präsenz vun enger Infektioun z'identifizéieren, wéi och fir d'Präsenz vu Spermien z'entdecken. Dëst kéint also Méiglechkeete bidden fir besser a méi personaliséiert Betreiung, wärend enger routinescher Evaluatioun vun onfruchtbare Leit.

3D Illustratioun vum Spermien. Rost9 / Shutterstock

Wat ass RNA Sequencing?

RNA Sequencing ass eng genetesch Technik an där d'Quantitéit u RNA an d'Sequenzen benotzt gi mat der nächster Generatioun Sequencing (NGS) Techniken. Et ass grondsätzlech eng Exploratioun vum Transkriptom, d'Zomm vun all de RNA, déi aus der DNA transkribéiert sinn, inklusiv mRNA, tRNA a rRNA. Dëst hëlleft d'DNA Informatioun ze verbannen, oder Genausdrock, mat den eigentleche Proteine ​​synthetiséiert, déi d'aktuell Zellfunktioun bestëmmen. Et weist den Niveau vun der Genaktivitéit an der Probe, déi analyséiert gëtt - wéi eng Genen tatsächlech transkribéiert ginn, op wéi engem Niveau, a wéi enger Period vun der Aktivitéit vun der Zell. Dëst ass vu grousser Hëllef fir erauszefannen wéi d'Zell funktionnéiert, wéi eng Proteine ​​ginn a verschiddene Etappen aktiv a fir verschidden Zwecker, an e puer vun den Ännerungen déi d'Konditioune begleeden oder viru goen. Et ginn eng Zuel vun Techniken baséiert op RNA Sequencing, abegraff transkriptionell Profiléierung, SNP Identifikatioun, RNA Redaktioun an Differenzialanalyse vum Genausdrock.

RNA Sequencing ass besser wéi DNA Sequencing an datt se déi tatsächlech Ausdrockmethod vun de geneteschen Donnéeën méi no erfaasst. Zum Beispill, et kéint hëllefen ze verstoen wat en onbekannt Gen mécht andeems se weisen a wéi enge Gewëss et aktiv ass. Et weist wéi en eenzegt Gen zu zwee oder méi verschidde RNA Sequenze kënnt mat Hëllef vu Mechanismen wéi alternativ Splicing, eng Entdeckung déi onméiglech ass mat DNA Sequenzen. Et kann och weisen wéi RNA veraarbecht gëtt fir Moleküle mat verschiddene Funktiounen ze produzéieren, sou wéi d'Zousatz vun enger Polyadenylkette oder enger 5'Cap.

Ursprénglech baséiert op Sanger Sequencing, RNA Sequencing war lues, deier an net zouverlässeg - och wann d'Sanger Method eng onheemlech Innovatioun fir seng Zäit war. Et ass nëmme mat der Entwécklung vun méi neien Technologien wéi NGS datt d'RNA Sequencing praktesch liewensfäeg an extrem nëtzlech ass.

NGS ass en Dachsbegrëff fir verschidde High-Throughput Sequencing Technologien déi DNA a RNA einfach kënne sequenzéieren, präzis an preiswert.

D'Léier

D'Studie gouf an Zesummenaarbecht tëscht der Wayne State University School of Medicine, de CReATe Fertility Center an d'Universitéit vu Massachusetts Amherst.

Den Zweck vun der Studie war erauszefannen ob net geziilte RNA Sequencing sensibel a spezifesch genuch war fir d'Präsenz vu Mikroben z'entdecken, eng Aufgab déi aktuell Techniken déi geziilte Kulturen benotzen net fäeg sinn ze maachen. D'Fuerscher hunn 85 Prouwen vu Semen geholl an d'RNA vum Spermien extrahéiert. Dëst gouf duerno sequenzéiert mat hirer verstäerkter Technologie. D'RNA Sequenzen, déi net Deel vum mënschleche Genom waren, goufen op mikrobiell Genen gepasst. Dës Lieser goufen benotzt fir e Bild vun de Mikroben ze kreéieren déi an all Semenprobe fonnt goufen.

D'Resultater

Si hunn erausfonnt datt all d'Proben ähnlech Niveaue vu Bakterien gewisen hunn, déi normalerweis am männleche reproduktive Trakt fonnt goufen. Dës kommen aus 11 Gattungen, bilden en Deel vu 4 Phylen. Nëmmen eng Ausnahm gouf fonnt, déi war ganz anescht wéi all déi aner mikrobiell Liesungen.

Spezifesch, dëst Exemplar hat eng grouss Unzuel u Bakterien vun der Art Streptococcus agalactiae a S. dysgalactiae. S. agalactiae ass eng bakteriell Aart, déi mat ville Neigebuerenen Infektiounen verbonnen ass, souwéi Infektiounen, déi wärend der Schwangerschaft an no der Liwwerung optrieden. Et ass och d'Ursaach vu ville Doudesfäll bei Puppelcher, déi ze fréi gebuer sinn. Ausserdeem, et bewierkt och eescht Infektioun bei eeler erwuessene Patienten. D'Präsenz vun dëse Bakterien am Spermien ass dofir vu grousser Suerg.

Implikatiounen

Am Moment, d'Präsenz vu Mikroben an de männleche reproduktive Organer gëtt mat Kulturtechniken diagnostizéiert. Wéi och ëmmer, déi meescht vun de Mikroben, déi typesch fonnt gi fir dësen Trakt ze infizéieren, sinn ustrengend an hire Kulturbedéngungen, dat heescht datt se net ënner den üblechen Laborbedéngungen kultivéiert kënne ginn.

Op der anerer Säit, RNA Sequencing ass eng vill méi zouverléisseg an elo méi wäit verfügbar Technik, déi och vum Dag méi bezuelbar gëtt. D'Benotzung vun dëser Technologie bitt méiglecherweis eng besser Iddi vun de Bakterien an aner Mikroben, déi de mënschleche Kierper bewunnt. D'Fuerscher soen, "Mir weisen datt net geziilte Sequenzenéierung vu mënschleche Sperma RNA d'Potenzial huet e Profil vu Mikroorganismen (Bakterien, Viren, archaea). Dës Informatioun gouf vun den Daten erholl, déi typesch ofgesat ginn als Deel vun der Routine Nukleinsäure Sequencing.

Dat klinescht Bild weist datt Infektiounen mat S. agalactiae eropgoen a méi schwéier gi wéi virdrun. Aner Mikroben verursaache och méi dacks Infektiounen bei Neigebueren an Erwuessener. An dëser Situatioun, seet de Fuerscher Stephen Krawetz, "Net gezielte mënschlech Sperma RNA Sequencing Daten kënnen, zousätzlech fir de Fruchtbarkeetstatus ze bidden, beweisen nëtzlech als Diagnos fir de mikrobielle Status. "

• Fuerscher entwéckelen eng nei therapeutesch Approche fir chronesch Hepatitis B ze heelen
• Jackson Laboratory annoncéiert Fuerschungsverbindung,