PLOS NËMMEN: Gene-Expression Ënnerschrëfte Kann Gastric Cancer z'ënnerscheeden hierer Stages

Wat VerfÜgung

Microarray Gentherapie-Ausdrock Donnéeën vun 54 vläit gastric Kriibs an bascht noncancerous gastric Stoffer goufen analyséiert, mam Zil Gentherapie Ënnerschrëfte gedoe fir Kriibs hierer (drun, moderately-, poorly- oder UNO-ënnerscheet) an Etappen (I, II, III a IV), déi duerch pathologists sech gewiescht. Eis statistesch Analyse Nerve der Identifikatioun vun enger Nummer vun der Gentherapie Kombinatioune deem Ausdrock Musteren déngen och als Ënnerschrëfte vu verschiddene hierer verschidden Etappe vun gastric Kriibs. war Eng 19-Gentherapie Ënnerschrëft op 79,6% ze hunn een zu Muecht tëscht high- an héich-Schouljoer gastric Cancers am General, mat engem globale Klassifikatioun Genauegkeet fonnt. Eng erweidert 198-Gentherapie Rot erlaabt der stratification vun Cancers an véier hierer Kontroll, fir eng allgemeng Klassifikatioun Accord vun 74,2% tëscht all Schouljoer designéierte der pathologists an eiser Cepheid Féierung klammen. Zwou Ënnerschrëfte fir Kriibs Stadium, a besteet aus 10 Genen an 9 Genen, respektiv déi, déi héich Klassifikatioun accuracies bei 90,0% an 84,0%, dorënner early- viraussetzt-Etapp Kriibs a Kontroll. Funktionell an Passerelle Analysë op dës Ënnerschrëft Genen der grousser Relevanz vun der ofgeleet Ënnerschreften ze Kriibs hierer Werdegang opzeweisen. Fir de beschte vun eisem Wëssen, stellt dës déi éischt Etude iwwert Identifikatioun vun Genen deem Ausdrock Musteren kënnen als lues fir de Kriibs hierer Etappen déngen VerfÜgung

Fro:. CUI J, Li F, G Wang, Fang X, Puett JD, Xu Y (2011) Gene-Expression Ënnerschrëfte Kann Gastric Cancer hierer Etappen z'ënnerscheeden. PLoS NËMMEN 6 (3): e17819. Doi: 10.1371 /journal.pone.0017819 VerfÜgung

Redakter: Amanda Toland, Ohio State University Medical Center, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung

Arnaque: 24. November 2010; Akzeptéiert: 9 Februar 2011; Publizéiert: 18. Mäerz 2011 VerfÜgung

Copyright: © 2011 CUI et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Dës Etude war am Kader vum National Science Foundation (DEB-0830024, DBI-0542119), d'National Instituter Gesondheetsminister (1R01GM075331), en "ënnerscheeden Léier" Zouschoss aus der Georgia Cancer Coalition, an engem Som Fonds zesummen aus dem President d'Dobei Fund ënnerstëtzt a den Office vun der Vice President fir Fuerschung vun der Universitéit vun Georgia. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Cancer senger Analyse ass eng Mesure vun enger malignancy an aggressiveness de Kriibs. Eng populär senger Analyse System benotzt véier Pläng vun malignancy (G1-G4), den Niveau vun Zell-Optrëtt Anomalie, deviation zu Taux vun den normalen Zellen an den Ofschloss vun invasiveness a Weiderleede bidden. Dës agebousst Moossname goufen am allgemengen concordance gin mat den Niveau vun bewosst dat (American Gemeinsam Kommissioun op Cancer) [1] fonnt. Dofir {G1, G2, G3, G4} sinn och fir den drun bezeechent, moderately-, poorly- an UNO-ënnerscheet, bzw.. Well vun elo, ass et eng universal senger Analyse System fir all Cancers net ginn. Amplaz, hu verschidden senger Analyse Systemer gi fir verschidde Cancers proposéiert. Zum Beispill, ass d'Gleason System [2] wahrscheinlech am meeschte bekannt fir adenocarcinoma Zellen an Aarbecht Kriibs senger Analyse iwwerdeems de Bloom-Richardson System [3] fir Broscht Kriibs ginn ass, an der Fuhrman System [4] ass fir Nier Kriibs benotzt . VerfÜgung

Gastric Kriibs, den zweete Spëtzekandidat Ursaach fir weltwäit Kriibs-Zesummenhang Doud, ass besonnesch verwandelt an asiatesch Länner, dorënner China, Korea a Japan [5]. An der U.S., dat asymptomatic Krankheet haten ~21,500 nei Fäll am Joer 2008 mat 10.800 Doudesfäll [6]. Anescht wéi aner Cancers, heescht gastric Kriibs nach net hunn eng allgemeng senger Analyse Schema akzeptéiert. A senger Analyse huet baséiert op éischter allgemeng Kriibs-senger Analyse Richtlinnen vun Organisatiounen wéi d'amerikanesch Gemeinsam Kommissioun op Cancer haaptsächlech gemaach ginn. Et sinn e puer Systemer fir gastric Cancers an histological bestemmt classifying, inklusiv deenen vun der Lauren [7], der Weltgesondheetsorganisatioun (DÉI) [8] an Goseki, et al. [9], [10], déi definéieren bestemmt no strukturellen Charakteristike vun de Kriibs, d'histopathological Optrëtter vun den Zellen, an de Niveau vun mucus, bzw.. Mä, ass et gréisstendeels kontrovers iwwer ob keng vun dëse Systemer ass wierklech relevant fir den Ofschloss vun malignance an survivability, also net iwwerall fir senger Analyse gastric Kriibs benotzt gi mussen [11]. Der suivéiert vun e gutt etabléiert senger Analyse System fir gastric Kriibs bleift wéi eng grouss Hindernis stéiert de Fortschrëtt an dësem Beräich. VerfÜgung

Mir presentéieren en computational Etude ëmzestoussen, fir eng Rei vu Genen deem Ausdrock Musteren ze identifizéiere kann och z'ënnerscheeden ënnert gastric Cancers vu verschiddene hierer, wéi Oncotype DX, eng 21-Gentherapie Rot fir héich-Risiko Broscht Kriibs Erkenntnesser [12]. Dës Genen, deem Ausdrock Musteren z'ënnerscheeden gastric Cancers vu verschiddene hierer, déi nëtzlech Informatiounen Richtung engem Gene Ausdrock-baséiert senger Analyse System fir gastric Kriibs entwéckelt. Zousätzlech, mir presentéieren eis Conclusiounen op der Gentherapie Ausdrock Musteren och gemeinsam ze Cancers bei verschiddene Entwécklungsstand, potentiel wéi molekulare Ënnerschrëfte fir gastric Kriibs Stadium Déngscht. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

A. Identifikatioun vun Genen mat Ausdrock Ännerungen soll mat Kriibs hierer VerfÜgung

17.800 mënschleche Genen huet an dëser Etude profiléiert, Affymatrix Exon flamenden Ofgrond benotzt. Out vun der 54. Kriibs Echantillonen, 8 gutt ënnerscheet (héieren), 9 mëttelméisseg ënnerscheet (MD), 35 wéineg ënnerscheet (Haaptleit) an 2 Strenz (UD). Eng total vun 452 Genen huet fonnt differentially ausgedréckt gin, wéi mat de folgende Critèrë alles: den Ausdrock Niveauen an Kriibs an den entspriechende Kontroll Otemschwieregkeeten weisen op d'mannst 2-fantastesch änneren, an der Statistik Bedeitung, P VerfÜgung -value , deem Niveau vun Ausdrock Ännerung vun vireran ass &si besteet; 0,05 (kuckt Material a Methoden; Gentherapie Nimm an Table S1 opgezielt sinn). Vun der 452 Genen, 97 eendeiteg an UD, 62 an Haaptleit, 8 zu MD an 16 eendeiteg an héieren vertrieden enger Kär Formatioun VerfÜgung vun differentially ausgedréckt Genen, déi vun Iech verschidden Klassifikatioun Strategien konsequent identifizéiert ginn mat der paired- Prouf Informatiounen oder net. Dës Formatioun ëmfaasst Genen déi konsequent Ausdrock änneren suer- (iwwer 2-fantastesch) zu Kriibs versus VerfÜgung Kontroll Stoffer, déi differentially Genen mat héijer Zouverlässegkeet ausgedréckt gin sech gehale bis, duerch multiple statistesch Tester ofgeleet. Am Géigesaz, vertrieden d'ganz Rei vun 452 Genen eng verlängert virbereet. Mir bemierken, datt et eng allgemeng Trend ass, datt d'Zuel vun de differentially ausgedréckt Genen Erhéijunge als gastric Kriibs, relativ zu normal Otemschwieregkeeten, méi schlecht ënnerscheet ass, wéi zu Dorënner 1. Dës Blumm am Accord mat eis allgemeng Wëssen ass gewisen, datt less- ënnerscheet Cancers éischter méi differentially ausgedréckt Genen ze hunn a si méi aggressiv; ausser fir héieren, wéi zu Dorënner 1, dës kéint de klenge Gréissten vun der héieren an der MD Gruppen spigelen. VerfÜgung

Mir vergewësseren dann wann e puer Genen hiren Ausdrock Ännerungen vergläichen mat dem Kriibs hierer hun kann. Fir dëst ze maachen, hunn mer der Spearman Korrelatioun souguer gemaach ginn (CC) tëscht der Moyenne Ausdrock vun all Gentherapie ganze all Echantillon vun all Schouljoer an de véier Kriibs hierer berechent. Et gouf festgestallt, dass den Ausdrock Ännerunge vun 99 Genen vergläichen perfekt mat de hierer héieren-MD-Haaptleit-UD (| CC VerfÜgung | = 1, P VerfÜgung -value &Si besteet; 0,05) (kuckt Detailer zu Table S2). Dorënner Genen sinn POF1B VerfÜgung, begéint VerfÜgung, CEACAM6 VerfÜgung, ZNF367 VerfÜgung, GKN1 VerfÜgung, LIPF
, SLC5A5 VerfÜgung, MUC13 VerfÜgung, CLDN1 VerfÜgung, MMP7 an ATP4A VerfÜgung, déi all bekannt sinn Kriibs Zesummenhang ze sinn. Figur 2 weist véier Beispiller mat entweder positiv oder negativ kennenzeléieren. Ënnert hinnen, MUC13 VerfÜgung huet als gutt ofgerëselt fir den Niveau vu dat vun gastrointestinal mucosa gemellt ginn [13]. Geklomm MUC13 Ausdrock fonnt morphological Ännerungen ze induce, dorënner Streeung vun Zellen duerch Amëschen mat der Funktioun vun Zell Haftung Molekülle [14]; also, eng fräi Meenungsäusserung mat dat Zell-Zell Haftung weg kann gestäerkt VerfÜgung

Mir bemierken, datt Genen mat hiren Ausdrock Verännerunge mat Kriibs hierer soll ginn ënnert secreted oder Membran Proteinen héich beräichert. (P-Wäert &Si besteet; 0,05) , déi zu méi sécher Weeër wéi ErbB Sekondär gewënnt-wëll receptor, PPAR an Wnt sécher, grad wéi Zell Haftung Molekülle (Cams) an knapper junctions deelhuelen. Dëst ass net aussergewéinlech, well dës Weeër Fong zu Zell Wuesstem a Zell Doud Équipe sinn, grad wéi Kriibs Metastasen. Esou Ännerungen an der Gentherapie-Ausdrock Musteren vun dëse Weeër an Signal transduction an extracellular Kommunikatioun Équipe, vläicht, déi Saachen iwwer Kriibs Werdegang. VerfÜgung

B. Identifikatioun vun der Gentherapie Ënnerschrëfte fir Kriibs hierer VerfÜgung

Mir der 452 differentially-ausgedréckt Genen iwwerpréift hunn, déngt Genen ze identifizéieren deem Ausdrock Musteren kënnen, mat gutt Genauegkeet an Verléisslechkeet, z'ënnerscheeden gastric Cancers vu verschiddene hierer. Der Klassifikatioun Analyse (kuckt Method) war éischt tëscht zwee Kriibs Gruppen (héich a schlecht ënnerscheet) gehaal, an duerno bis fënnef Gruppen verlängert, an zwar véier Kriibs hierer Kontroll. A Ënnerstëtzung Vecteure Maschinn (SVM) -based regressive Fonktioun Eliminatioun Approche applizéiert gouf, eng linear sätzt fir Kriibs Klassifikatioun benotzt (kuckt Method). VerfÜgung

Um Enn, eng 19-Gentherapie Grupp identifizéiert war déi tëscht héich z'ënnerscheeden kann a schlecht Cancers mat engem globale Accord ënnerscheet bei 79,2%, baséiert op der Ausdrock fantastesch-Verännerung Kriibs versus VerfÜgung Kontroll Stoffer. Den Zerfall, enger 198-Gentherapie Grupp kann ënnert de véier verschidden Kriibs hierer d'Kontroll Grupp no ​​hir Gene Ausdrock, wou den Opstig an 74,2% allgemeng Klassifikatioun Genauegkeet z'ënnerscheeden. Béid Gentherapie baut sech op eng Majoritéit ze stëmmen dëse Match gaangen baséiert (op d'mannst 70% Konstanz) Schema vun der Klassifikatioun Resultater op 500 baut zoufälleg aus dem Liewe 54 Echantillonen anerer, zesumme mat hirer Bedeitung Ranking (kuckt Methode fir Detailer). VerfÜgung

Déi 19-Gentherapie Ënnerschrëft aus ADIPOQ, COL6A3, TNS1, SCN7A, DES, VIL1, COL3A1, C2orf40, SMYD1, ACTG2, MEIS1, C7, GPR174, SHCBP1, DUSP1, DNAJB5, HIATL1, IL17RB, an Fett. A no der funktionell Annotation vun dësen Genen verroden dass hire FAQ Produiten zu Zell Wuesstem an dat implizéiert sinn (IL17RB, SMYD1, SHCBP1), Zell motility (ACTG2), angiogenesis an Otemschwieregkeeten Remodeling (ADIPOQ), carcinogenesis (ECRG4), Matrixentgasung FAQ Synthes (COL3A1, COL6A3), an anerer gären G FAQ-kräftegen receptor 174 (GPR174), Biischt Grenz cytoskeleton (VIL1), Membran Attack komplex (C7), an Natrium Kanal (SCn7A). VerfÜgung

17 eraus vun der 19 Genen, plus eng zousätzlech 181 Genen, Form engem 198-Gentherapie Grupp Ausdrock Muster deem kann de véier Kriibs hierer d'Kontroll z'ënnerscheeden. Hir Funktiounen Cover Zell Divisioun, immun Äntwert, Signal transduction an Transkriptiouns Regulatioun, zousätzlech zu der CSSF Kategorien. Am Allgemengen, 39 aus 99 Schouljoër-soll Genen sinn Deel vun dëser 198-Gentherapie Ënnerschrëft, dorënner CLDN1, MUC13, VIL1, HIATL1, CDCA7, HIST1H2BM a Fett (kuckt d'ganz Lëscht an Table S3). VerfÜgung

An Zousätzlech zu dëser Cyclisten-all Ënnerschrëft fir fënnef-Manéier Klassifikatioun, mir och Schouljoer-spezifesch Gentherapie Ënnerschrëfte fir all Kriibs Schouljoer identifizéiert an analyséiert. Zum Beispill, ass LAPTM4B een esou Vertrieder. Dëst Gentherapie gëtt héich Klassifikatioun Genauegkeet fir caner a Kontroll Echantillon vun der héieren Grupp mat der AUC (Géigend ënner rop) = 0.97 (Dorënner 3). Benotzt 7,04 den Ausdrock cutoff, kann dës Gentherapie gutt Kriibs vun der Kontroll en Echantillon vun der héieren Grupp mat Empfindlechkeet z'ënnerscheeden = 87,5% an Spezifizitéit = 100%. Dëst Resultat ass net aussergewéinlech well et bekannt ass, dass LAPTM4B fir Zell Wuesstem an Iwwerliewe essentiel ass, an seng weider-Regulatioun fonnt gouf mat dem Niveau vun dat vun hepatocellular carcinoma [15] soll gin. Am Ganzen, 40. sou Ënnerschrëft Genen si speziell fir d'héieren Grupp fonnt; 18, 20 an 255 Genen si spezifesch fir den MD, Haaptleit an UD Grupp, bzw. (kuckt Detailer zu Table S4). VerfÜgung

Mir hunn och eenzel Gentherapie discriminators fir all Schouljoer Grupp géint de Rescht vun der Echantillon identifizéiert, dorënner d'Kontroll, wéi zu Table 1. zum Beispill eng Iddi, och déi Ënnerschrëfte fir den Haaptleit Grupp déi weider-reegelen Genen, MYO1B VerfÜgung fir héieren; GKN2 VerfÜgung fir MD; CTSA VerfÜgung fir Haaptleit; an engem Ugrëff-reegelen Gentherapie, RHOJ, VerfÜgung fir d'UD Grupp. Dës Single-Gentherapie discriminators Blannschlécher AUCs, rangéiert vun 0,76 bis 0,99, iwwerdeems d'allgemeng Klassifikatioun accuracies kritt vum 5-fantastesch Kräiz-Confirmatioun Gamme vu 70,0% op 97,0% fir verschidden Gruppen. A nächster Sich fir k VerfÜgung -gene Kombinatioune (k = 2, 3, 4) fir all Grupp Kriibs vun exhaustively all Kombinatioune vun ginn duerch k VerfÜgung -gene Gruppen och identifizéiert.

C. Identifikatioun vun der Gentherapie Ënnerschrëfte fir agebousst Etapp VerfÜgung

Ausschöpfung ähnlechen Analysë zu deene vun der uewen, hu mir Gentherapie Ënnerschrëfte fir fréi Etapp identifizéiert (Etapp ech + II) an fortgeschratt Etapp Kriibs (Etapp III + IV). Table 2 Akzenter am meeschte discriminative Single Gentherapie lues, mat der Klassifikatioun Genauegkeet rangéiert vun 75,0% op 81,4%. Multi-Gentherapie Ënnerschrëfte waren och fir Kriibs Stadium iwwerpréift. Zum Beispill, huet zwou Ënnerschrëfte gin besonnesch effektiv zu Kriibs Stadium fonnt, nämlech eng 10-Gentherapie Grupp (CPS1 + DEFA5 + DES + DMN + GFRA3 + MUC17 + OR9G1 + REEP3 + TMED6 + TTN) an enger 9-Gentherapie Grupp (DPT + EIF1AX + FAM26D + IFITM2 + LOC401498 + OR2AE1 + PRRG1 + REEP3 + RTKN2) , déi den Ufank an de Bal gastric Cancers aus dem Rescht vun der Echantillon (dorënner Kontroll Echantillon) mat Accorde vu 90,0%, an 84,0% z'ënnerscheeden kann, respektiv. Déi allgemeng Klassifikatioun Genauegkeet op déi dräi Gruppen, fréi, fortgeschratt a Kontroll, ass 71,4%. VerfÜgung

A funktionell Analyse op dës Ënnerschrëft Genen eppes interessant verroden. Zum Beispill, dorënner d'FAQ Produite vun fréi-Etapp Ënnerschrëft Genen, GFRA3 VerfÜgung, MUC17 VerfÜgung, OR9G1 VerfÜgung, REEP3 an TMED6 VerfÜgung sinn Membran Proteinen , meeschtens kenne datt extracellular Signaler transduce. DEFA5 VerfÜgung ass eng microbicidal peptide gegleeft an Provider Ofwier Équipe ze ginn, datt héich an de ileum ausgedréckt ass [16]. CPS1 VerfÜgung, DES an TTN VerfÜgung sinn zu Multiple metabolic Prozesser Équipe, Muskel Funktioun an der M Phase vun der mitotic Zell Zyklus, respektiv. Mir spekuléieren, datt dës signaling- an immune- Zesummenhang Genen am Allgemengen d'fréi Anomalie vun Otemschwieregkeeten Zellen während oncogenesis vertriede kënnen. VerfÜgung

E puer Genen fonnt goufen an ginn souwuel de Kriibs senger Analyse an Stadium Ënnerschreften, wéi CPS1, DES, GFRA3, TMED6 an DPT, eng biologesch Relevanz tëscht Kriibs dat an Werdegang ugëtt. Mir iwwerpréift dann ob der Gentherapie Ausdrock vu Pheidippides Ënnerschrëfte mat agebousst Etappen verbonne sinn. Ënnert hinnen, sinn déi héich soll mat verschiddene agebousst Etappen LANCL3 VerfÜgung, MFAP2 an PPA1 VerfÜgung (Dorënner 4), weist konsequent Bastelen a verwandelt-Regulatioun, respektiv, zesumme mat Kriibs Werdegang.

D. Identifikatioun vun differentially-ausgedréckt Genen onofhängeg vu Kriibs hierer Etappen VerfÜgung

Nieft der Ënnerscheed Ausdrock spezifesch ze bestëmmter subgroups vun gastric Kriibs, mir och wann e puer Genen iwwerpréift ginn an gastric Kriibs am allgemengen differentially ausgedréckt, onofhängeg vun hierer an Etappen. 62 esou Genen huet mat konsequent Ënnerscheed Ausdrock vun op d'mannst 2-fantastesch Ännerungen am Kriibs versus VerfÜgung entspriechend Referenzmaterial Stoffer fonnt. Mir bemierken, datt se zu extracellular Prozesser wéi Brennwäit Haftung meeschtens Équipe sinn, Cams, knapper menaarbecht, cytokine-cytokine receptor Interaktioun an ECM-receptor Interaktioun, déi plasminogen Aktivéierung CASCADE, souwéi sécher Weeër dorënner Wnt sécher an Integrin sécher, wat sinn enk relevant zu Zell Wuesstem a Zell Prolifératioun Kontroll. Recherche géint eis zu-Haus Datebank (http://bioinfosrv1.bmb.uga.edu/DMarker/) déi Daten vum Geo ëffentlechen microarray gehéieren [17], Oncomine [18] an SMD [19], deckt iwwer 53 erhéigen dorënner Kriibs, fonnt mir dass den Ënnerscheed Ausdrock Musteren vun 15 Genen ze gastric Kriibs héich spezifesch sinn, wéi GKN2, CLDN7, THY1, GIF an PGA4, während déi aner Allgemengen zu Multiple Kriibs Zorte sinn. Zum Beispill, och déi allgemeng mannste e puer Memberen vun der collagen Gentherapie Famill (COL1A2, COL3A1 an COL1A1), de carcinoembryonic antigen-Zesummenhang Zell Haftung Protein (CEACAM6), Matrixentgasung metalloproteinases (MMP1, MMP7 an MMP12), topoisomerase (TOP2A) an secreted phosphoprotein (SPP1). VerfÜgung

Nëmmen dräi, CLDN7 VerfÜgung, CLDN1 an DPT VerfÜgung, vun deenen Genen sinn an all hierer oder Etappe vun gastric Kriibs däitlech ënnerscheet. Mir kënnen aus Dorënner 5A an 5B gesinn, datt souwuel CLDN7 an CLDN1 VerfÜgung zu Kriibs héich ausgedréckt ginn versus VerfÜgung Kontroll Echantillon ganze all hierer Etappen, mat engem moderaten Erhéijung vun fréi Kriibs Stoffer, iwwerdeems DPT VerfÜgung war verwandelt-reegelen ganze all dës Gruppen. Déi konsequent Ausdrock Muster ganze all de Kriibs subgroups weg vläicht datt dës Genen an vill grouss biologescher Weeër Équipe an Kriibs Équipe an Werdegang deelhuelen. Wéi ass bekannt, déi zwee claudin Proteinen, claudin-1 an claudin-7, sinn integral Membran Proteinen wichteg ze Opstellung vu robuste junctions, ënnerhalen Zell-ze-Zell Haftung a Regulatioun paracellular an transcellular Transport vun solutes ganze Mënsch epithelia an endothelia, déi sinn differentially zu verschiddenen Cancers wéi cervical neoplasia [20], keen Auto carcinoma [21] an eng intestinal Typ vun gastric Kriibs [22] ausgedréckt. Dermatopontin ( DPT VerfÜgung) ass eng extracellular Matrixentgasung FAQ wéi eng Kommunikatioun Link tëscht der fibroblast Zell Uewerfläch dermal fräie a seng extracellular Matrixentgasung. Seng reduzéiert Ausdrock huet och souwuel an der Joan leiomyomas an keloids [23] fonnt ginn. D'ROC an Dorënner 5C dës beweist, datt dës Genen méiglecherweis als efficace ze lues fir gastric Kriibs Diagnos am allgemengen benotzt ginn hätt. VerfÜgung

E. Kontrollen vun der identifizéiert Ënnerschrëften op ëffentleche konsultéieren VerfÜgung

Den Ausdrock Musteren vun eiser identifizéiert Ënnerschrëft Genen géint zwee ëffentlech Daten konsultéiert goufen, nämlech, der Kim VerfÜgung a Takeno VerfÜgung konsultéieren (gesinn Material a Methoden), den Habsburger vun dësen Gentherapie Ënnerschreften ze bestëmmen. Als zu Well dës 6, d'Verdeelung vun Ausdrock Differenzielle tëscht eisen Daten an der Kim VerfÜgung Donnéeën vill concordant ass, wat beweist, datt d'Allgemengheet Dës eis identifizéiert lues. Out vun 19 an 12 overlapped Genen vun de genannte-identifizéiert hierer-soll a Etapp-soll Gentherapie Lëscht, 10 a 5 weisen ähnlechen Ausdrock Musteren ganze Cancers vun G1-2 /G3-4 hierer ech-IV Etappen am Kim VerfÜgung Donnéeën, respektiv, ee héich consistence zu Ausdrock Musteren vun dësen Genen ënnert verschiddene Prouf baut. VerfÜgung

Allgemeng, eisem 19-Gentherapie Ënnerschrëft fir Kriibs hierer Leeschtung gutt op den Kim VerfÜgung Donnéeën a kritt 78,0% Klassifikatioun Genauegkeet op 5-fantastesch Kräiz Confirmatioun vun Conditioune vun schlecht aus héich ënnerscheet Cancers Ënnerscheedung. Den Zerfall, kritt der zwee-Etapp Ënnerschrëfte (10-Gentherapie an 9-Gentherapie Gruppen) respektiven accuracies vun 84,0% a 76,0% op den Kim VerfÜgung Donnéeën. D'198-Gentherapie Ënnerschrëft war net zanter dem vergewësseren Kim VerfÜgung Donnéeën stellt nëmmen fantastesch-Ännerung amplaz Matière Ausdrock Daten. VerfÜgung

Spannen, mer feststellen, dass et ass moderéiert Korrelatioun tëscht der Gentherapie Ausdrock vun eiser identifizéiert Ënnerschrëft Gruppen a Kriibs Terrain baséiert op der peritoneal Réckwee Informatiounen vun Takeno d'Donnéeën [24]. Spezifesch, déi véier Ënnerschrëften, 19-, 198-, 10- a 9-Gentherapie Gruppen, kënnt mat engem globale Richtegkeet vun 66,0%, 87,2%, 73,0%, an 55,3% vun de peritoneal Réckwee virauszesoen, respektiv déi, déi tëscht der relapse- Ënnerscheedung fräi an peritoneal-Réckwee Patienten zu Takeno d'Etude [24]. VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

Microarray Gentherapie-Ausdrock Analysë op gastric Kriibs hun virdrun Gentherapie Ausdrock identifizéiert Musteren fir Iwwregens hätt Cepheid [25], [26] an allgemeng Kriibs Diagnos [27], [28] (wéi am Table S6 iwwer-) mee keent fir gastric Kriibs subtyping oder senger Analyse. Hei, virgestallt mir eng Analyse iwwert 54 Puer Kriibs an bascht Referenzmaterial Stoffer aus der selwechter Zuel vun gastric Kriibs Patienten, an identifizéiert molekulare Ënnerschrëfte fir Kriibs hierer Etappen. VerfÜgung

Et ass bekannt, datt verschidde Klassifikatioun an der Gentherapie Auswiel analyséiert kënnen zu ënnerschiddleche Gentherapie Ënnerschrëfte nodeems e grave Problem iwwer d'Stabilitéit an d'Nëtzlechkeet vun der gewielter Gentherapie Ënnerschrëfte guidéieren. Fir mat dësem Thema këmmeren, hu mir ustrengend Recherchen fir k-Gentherapie Ënnerschrëfte applizéiert (k &Si besteet; = 4), zesummen mat engem sécherlech Fonktioun Auswiel Prozedur mat Majoritéit ze stëmmen fir k > 4, wat d'Stabilitéit vun der identifizéiert Ënnerschrëft Genen garantéiert. Op der aner Hand, wéinst der komplexer Natur vun Kriibs Gentherapie-Ausdrock Daten, huet eng allgemeng Glawen schonn, datt verschidde Klassifikatioun Techniken Reih verschidden Ënnerschrëfte ginn kann awer gläichméisseg wichteg wéi se zu verschidden Weeër verbonne mat verschiddenen Aspekter vun engem Kriibs sëlwecht vläicht . Zousätzlech zu dësen technesch variances, déi limitéiert Prouf Gréisst an der heterogeneity ënnert de Kriibs subgroups bestehend sinn wéi aner grouss Faktoren bemierken der gewielter lues betrëfft. VerfÜgung

zu Conclusioun, hunn mir kënnen ëmzestoussen datt Gentherapie Ausdrock Musteren Gewise ginn wéi efficace Ënnerschrëfte fir gastric Kriibs senger Analyse an haut, an och prognostic Cepheid. Zwou Zorte vun den Ënnerschrëfte waren proposéiert verschiddene diagnostic Zwecker ze déngen, all eng gewësse Relevanz fir Kriibs malignance a Kriibs Werdegang weist. Esou Versich vun molekulare Schouljoer-a Etapp-Ënnerschrëfte benotzt erwaart däitlech d'Entwécklung vun personaliséiert Medezin profitéiert an op nei serum lues Féierung kann. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

Ray Echantillon VerfÜgung

Echantillon waren aus der Primärschoul malignant gastric Cancers aus Net-behandelt Patienten am initialen chirurgeschen Agrëff bei dräi laizistesch Spideeler vun der JILIN University College vun der Medezin an JILIN Provincial Cancer Spidol, Changchun, China geholl. Fir all Kriibs Otemschwieregkeeten Echantillonen, war e passend Referenzmaterial Otemschwieregkeeten kennt aus der bascht noncancerous Regioun gesammelt datt de Chirurg fir resected zu positive Rand suergen. All Echantillon waren virgezunnen-gefruer an flëssege Stéckstoff bannent 10 Minutten nom excision an um -196C bis RNS Extraktioun gespäichert. Fir RNS Isolatioun, 100 μm Rubriken vun all Prouf benotzt goufen. VerfÜgung

All medezinesch records a Kriibs Rubriken goufen vun engem chirurgesch pathologist iwwerpréift, an der histological Diagnos an TNM Klassifikatioun sech no Worldwide Gesondheet Organisatioun (DÉI) Critèrë gemaach an der Systematik vun der International Union géint Cancer. D'Referenz Echantillon sech zu engem unzeleeën histologic Analyse ënnerworf d'Divergenzen Kriibs Zellen ze garantéieren. Schrëftlech informéiert Averständnes war vun all Patienten kritt, wat vun de Finanzpolitiker Kritik Verwaltungsrot bei der University of Georgia, Athen, Georgia, USA a vun der chinesescher IRB Dréi Mënsch Sujeten am JILIN University College vun der Medezin an der JILIN Provincial Cancer Spidol, Changchun ofgeseent gouf , China. VerfÜgung

Detailéiert Patient Informatiounen wéi Alter, Geschlecht, histological Typ, Ënnerscheed Schouljoer, pathologic Etapp an der Geschicht vun benotzt Alkohol /fëmmen an Table S5 opgelëscht ass. VerfÜgung

Microarray Experimenter VerfÜgung

d'RNS Echantillon waren der GeneChip Mënscherechter Exon 1.0 ST (Affymetrix) analyséiert benotzt, folgende de Protokoll detailléiert op d'Genechip Expression Analys Technesch Manuell (P /N 900223) fir déi vill Experimenter an eng fréi gemellt [29]. D'microarrays sech mat der GeneChip® Scanner 3000 mat GeneChip® Zesummen Software (GCOS) gescannt. All Donnéeën ass MIAME diversifiéiert an der raw Daten huet am Geo Datebank (ID: GSE27342) verschéckt ginn. VerfÜgung

Microarray analyteschen VerfÜgung

Gene Ausdrock Resultater baséieren op Matière Studiebäihëllefe intensities zesummegefaasst der sécherlech Multichip benotzt Duerchschnëtt [30] an den aktuell Offer (http://www.affymetrix.com/partnerSupplementaryprograms/programs/developer/tools/powertools.affx), folgend dräi haapt Schrëtt dorënner Hannergrond Korrektur, quantile normalization an log2-Wandel. Genen Héich Ausdrock sech zu zwee Kriibs an Referenzmaterial Echantillon mussen geläscht; speziell, war e Gene geläscht wann seng maximal (Expr.cancer, Expr.normal) VerfÜgung (Intensitéit normalized Signal) ënnert 4 war. VerfÜgung

zwee verschidde Strategien fir Fliessband Gentherapie Bedeitung applizéiert goufen, jee op wat sech Konditiounen am Verglach an ob vläit oder unpaired Echantillon benotzt soll. Zum Verglach vun Cancers géint Kontroll Prouf Gruppen, goufen unpaired Tester gehaal ze ermëttelen wann zwou Gruppe vu Ausdrock anescht sinn, iwwerdeems vläit Tester d'Konsequenz vun Ausdrock Ännerungen ganze all Puer ënnersicht applizéiert goufen. Nieft der Wilcoxon Test-Platz ënnerschriwwen, och mir aner einfach statistesch Test z'entdecken Genen mat konsequent Ënnerscheed Ausdrock zu Kriibs applizéiert versus VerfÜgung Referenzmaterial Stoffer, wéi follegt. Fir all Gentherapie, K _{Ausgang VerfÜgung, d'Zuel vun Puer Kriibs /Referenzmaterial Stoffer hir Ausdrock fantastesch-änneren (FC) ass méi grouss wéi k VerfÜgung (zB k
= 2) war iwwerpréift; wann de P-Präis fir d'observéiert K Ausgang VerfÜgung war manner wéi 0,05, war d'Gentherapie als differentially vun der Majoritéit vun de Kriibs a Referenzmaterial Otemschwieregkeeten Puer (kuckt d'Entstoen Informatiounen) ausgedréckt gin. Eis berechent P-Wäert gouf op d'Pluralitéit hypotheses Testen an fir all Verloscht vun Genen ze vermeiden net ugepasst, datt an der nächster Klassifikatioun Schrëtt potenziell efficace kann. VerfÜgung}

Gene Auswiel an Klassifikatioun VerfÜgung

Fir k -gene Ënnerschrëfte (k &si besteet; = 4), gehaal mir eng ustrengend Sich fir all d'k-Gentherapie Kombinatioune ënnert der differentially Gene ausgedréckt, aus der leschter Etapp am Kloeren, eng linear SVM-baséiert Klassifikatioun Approche benotzt, a Punkto Genauegkeet war bewäert benotzt 5-fantastesch Kräiz-publizéieren. Fir k > 4, eng aner Approche engem vidrun Sich benotzen applizéiert gouf zanter der ustrengend Sich zevill Zäit-opwänneg ass fir eise Problem praktesch ze ginn. D'Detailer ginn wéi follegt. VerfÜgung

De ganze Ausdrock Datesaz zoufälleg war Training an Test baut gedeelt war, all wouvun Halschent vun der Echantillon. Dat war fir 500 Mol widderholl fir Klassifikatioun 500 baut vum Training /Test Donnéeën ze generéieren. A linear SVM war fir Training e classifier [31], [32] benotzt. Et gesond engem zwéinHyperfeinstrukturniveaue-Fliger, datt zwou verschidden Klassen vun Fonktioun vectors mat engem Maximum Spillraum trennt. Dëst zwéinHyperfeinstrukturniveaue-Fliger ass duerch eng Vecteure w an eng Variabel gebaut b datt minimiséieren, déi folgend Konditiounen hannereneen: VerfÜgung

, fir (Kriibs Echantillon) an, (normal Echantillon). Hei, eng Fonktioun Vecteure ass, ass de Grupp Index, w ass eng Vecteure normal zu den zwéinHyperfeinstrukturniveaue-Fliger, ass d'Distanz vun der zwéinHyperfeinstrukturniveaue-Fliger fir d'Hierkonft an ass der ausgeet gegoss vun w. No der Determinatioun vun w an b Wäerter, kann soubal Vecteure x andems séiert ginn; eng positiv oder negativ Valeur beweist dass der Vecteure x un der positiv oder negativ Klass gehéiert, bzw.. Gene Ënnerschreften vun all Training Formatioun huet andems der Rekursiv Fonktioun Eliminatioun Prozedur (RFE) ausgewielt, déi engem wrapper ass dass Estimatioun Genen virschreift vun eliminéiert Net-Estimatioun Genen no engem Gene-Ranking Funktioun vun der Systematik entsteet [33]. De Ranking Critère ass d'Zil Funktioun op der änneren baséiert op all Gentherapie Stoppen. Fir d'Efficacitéit vun Ausbildung ze verbesseren, dëst Zil Funktioun ass wéi e kascht Funktioun representéiert J VerfÜgung fir den i VerfÜgung -th Fonktioun, berechnen vun der Ausbildung mat Formatioun nëmmen. Wann e Gene geläscht ass oder seng Gewiicht w _{i zu null reduzéiert ass, de Changement an der kascht Funktioun J (i) VerfÜgung vun uginn ass. De Fall vun entsprécht der Entféierung vum i VerfÜgung -th Gentherapie. De Klimawandel an de Käschten Funktioun beweist de Bäitrag vun der Gentherapie zu der Decisioun Funktioun an déngt als eng Luucht vun der Gentherapie Ranking. VerfÜgung}

der 500 Training /Test baut zoufälleg an 10 Echantillonen Gruppen opgedeelt waren. All Prouf Grupp huet dann benotzt eng Ënnerschrëft ze leeden, baséiert op Majoritéit ze stëmmen an eng Evaluatioun vun der Gentherapie-Ranking Konstanz ganze 50 Formatiounen a Test baut. Déi 10 verschidden Ënnerschrëfte vun de 10 Gruppen ofgeleet goufen Verglach Niveau vun Konstanz ënnert der gewielter Genen ze bewäerten. An all Grupp, subsets vun Genen huet vun RFE-SVM aus all Training Formatioun ausgewielt, an d'Performance op der subsets war vun der verbonne Test Formatioun bewäert. Ze leeden war e Gene Ranking Critère konsequent fir all Ben, engem RFE Ranking Funktioun bei all Impressioun Schrëtt vun enger SVM classifier ofgeleet, datt de beschte Duerchschnëtt Klassifikatioun Genauegkeet iwwer der 50. Test ausgedréckt huet. VerfÜgung

Ëffentlech microarray Donnéeën vun gastric Kriibs VerfÜgung

zwee ëffentlechen microarray konsultéieren sech fir Komparativ Etuden aus der Geo Datebank erofgeluede, der Kim VerfÜgung (GSE3438) an der Takeno VerfÜgung (GSE15081) konsultéieren. Déi éischt eng [34] ëmfaasst Gentherapie Ausdrock vun 50 gastric Kriibs Patienten (aus Korea) op verschidde Punkten an Niveau vun dat, wat benotzt gouf d'Konsequenz vun eiser identifizéiert Ënnerschreften ze kontrolléieren. D'Takeno Donnéeën [24] ëmfaasst 141 Primärschoul gastric Kriibs Stoffer der curative Agrëff, mat Suivi peritoneal Réckwee Informatiounen. Dës Daten déi d'normalized log2 Verhältnis vun entholl an normal Ausdrock. VerfÜgung

Ennerstëtzung Informatiounen VerfÜgung Table S1. VerfÜgung Statistics vun 452 Genen dass zu all vun de véier hierer Grupp differentially ausgedréckt ginn, sech de Kriteren benotzen: Ausdrock Niveauen an Kriibs an den entspriechende weisen Kontroll Otemschwieregkeeten mannst 2-fantastesch änneren, an der cutoff fir statistesch Bedeitung vu vireran dësem Niveau vun Ausdrock Ännerung ass P VerfÜgung -value &Si besteet; 0,05 VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0017819.s001 VerfÜgung (XLSX) VerfÜgung Table S2. VerfÜgung 99 Genen hunn hiren Ausdrock perfekt Verännerunge mat der hierer vergläichen héieren-MD-Haaptleit-UD (| CC VerfÜgung | = 1, p VerfÜgung -value &Si besteet; 0,05). VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0017819.s002 VerfÜgung (XLSX) VerfÜgung Table S3. VerfÜgung Lëscht vun der Gentherapie Nimm vun den 198-Gentherapie Ënnerschrëft ënnert déi 39 sinn Schouljoer-soll Gentherapie. CC:. Korrelatioun souguer gemaach VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0017819.s003 VerfÜgung (XLSX) VerfÜgung Table S4. VerfÜgung Lëscht vun 40 Ënnerschrëft Genen déi speziell fir d'héieren Grupp fonnt ginn; 18, 20 an 255 Genen si spezifesch fir den MD, Haaptleit an UD Grupp, bzw. VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0017819.s004 VerfÜgung (XLSX) VerfÜgung Table S5.

• PLOS NËMMEN: Gene Expression ënnerschriwwe Analys identifizéiren Vorinostat als Kandidat Therapie fir Gastric Cancer
• PLOS NËMMEN: wiere CXCR4 Expression - eng Verfilmung Antiangiogenic Target zu Gastric Cancer