PLoS One: Gene Expression-aláírások különböztethetünk gyomorkarcinóma fajtájának és szakaszai

absztrakt katalógusa

A microarray génexpressziós adatok 54 páros gyomorrák és a szomszédos jóindulatú gyomor- szöveteket vizsgáltak, azzal a céllal, hogy létrehozza gén aláírásokat rák fokozat (jól, moderately-, poorly- vagy alatt differenciált) és szakaszai (I, II, III és IV), amelyekről megállapították a patológusok. A statisztikai elemzés azonosításához vezetett számos gén kombinációk, amelynek expressziója minták szolgálnak valamint aláírások különböző fokozatainak és különböző szakaszaiban a gyomorrák. A 19-gént aláírás azt találtuk, hogy igényes közötti hatalmi magas és alacsony minőségű gyomorrák általában az általános besorolási pontossággal 79,6%. A kiterjesztett 198-gén panel lehetővé teszi a rétegződés a rák négy osztályba és ellenőrzése, ami a teljes osztályozási megállapodás 74,2% között minden fokozat által kijelölt patológusok és a becslés. Két aláírás rák megállóhelyet, amely 10 gének és 9 gének esetében, magas besorolás pontossága 90.0% és 84,0% között korai, előrehaladott stádiumú rák és az ellenőrzés. Funkcionális és útvonal elemzés a következő aláírás gének feltárása komoly jelentőséggel bír a származtatott aláírások rák fokozat és a progresszió. A legjobb tudomásunk szerint ez az első tanulmány gének azonosítására, amelyeknek az expressziója minták szolgálhatnak markerek rák fokozat és szakaszaiban.

bevezető hivatkozás: Cui J, Li F, Wang G, Fang X, Puett JD, Xu Y (2011) Gene Expression-aláírások különböztethetünk gyomorkarcinóma fajtájának és szakaszai. PLoS ONE 6 (3): e17819. doi: 10,1371 /journal.pone.0017819 katalógusa

Szerkesztő: Amanda Toland, Ohio State University Medical Center, Amerikai Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: november 24, 2010; Elfogadva: február 9, 2011; Megjelent: március 18, 2011 katalógusa

Copyright: © 2011 Cui et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a tanulmány részben támogatta a National Science Foundation (DEB-0830024, DBI-0542119), a National Institutes of Health (1R01GM075331), a "Kiváló tudós" támogatás a Georgia Cancer Coalition, és a mag alap közösen, az elnök Venture Fund és a Hivatal elnökhelyettese Research a University of Georgia. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a rák osztályozás olyan intézkedés, egy rák rosszindulatú daganat és agresszivitást. A népszerű osztályozási rendszer négy szintjét a rosszindulatú daganatok (G1-G4), ami a kombinált szintje sejt megjelenése rendellenesség, eltérés a növekedési ráta a normális sejtek és a mértéke invazív és terjesztése. Ezek a kóros intézkedéseket találták, hogy általában konkordancia a szint a celluláris differenciálódás (American Joint Comission on Cancer) [1]. Ezért {G1, G2, G3, G4} is nevezik jól, moderately-, poorly- és nem differenciált, ill. Mint az már ott nem volt egyetemes osztályozási rendszer az összes rák. Ehelyett különböző osztályozási rendszereket javasoltak különböző rákos megbetegedések. Például a Gleason rendszer [2] talán a legismertebb a hasított adenokarcinóma sejtek prosztatarák, míg a Bloom-Richardson rendszer [3] használunk a mellrák, és a Fuhrman rendszer [4] használjuk veserák .

a gyomorrák, a második vezető oka a rák okozta halál világszerte, különösen elterjedt az ázsiai országok, köztük Kína, Korea és Japán. [5] Az Egyesült Államokban ez a betegség tünetmentes volt ~21,500 új esetek 2008 együtt 10.800 haláleset [6]. Eltérően más rákok, gyomorrák még nincs általánosan elfogadott osztályozási rendszer. Osztályozás már többnyire történik alapján meglehetősen általános rák szelektálás iránymutatást szervezetek, mint az amerikai vegyes bizottság Cancer. Van néhány osztályozásának kidolgozott rendszerei gyomorrák a szövettani altípus, beleértve a Lauren [7], az Egészségügyi Világszervezet (WHO) [8] és Goseki, et al. [9], [10], amelyek meghatározzák altípusok szerint a szerkezeti jellemzői a rák, a kórszövettani látszat a sejtek, és a szint a nyálka, ill. Azonban ez nagymértékben ellentmondásos vonatkozóan, hogy bármely rendszer valóban lényeges, hogy milyen mértékű malignance és túlélést, így miután nem használták széles körben a hasított gyomorrák [11]. Az hiányzik egy jól megalapozott értékelési rendszer gyomorrák marad a fő akadály gátolja a haladást ezen a területen. Katalógusa

Bemutatjuk a számítógépes tanulmány itt, amelynek célja, hogy azonosítsa a génkészlet, amelynek expressziója minták jól megkülönböztetni között gyomor rák különböző fokozatainak, mint Oncotype DX, egy 21 gént panel azonosítására alacsony kockázatú emlőrák [12]. Ezek a gének, amelyeknek az expressziója minták megkülönböztetésére gyomorrák különböző fokozatainak, hasznos információkat nyújt a fejlődő génexpressziós alapú osztályozási rendszer gyomorrák. Ezen kívül azt is bemutatjuk megállapításokat a génexpressziós közös rák különböző fejlődési szakaszokban, potenciálisan szolgáló molekuláris aláírásokat gyomorrák megállóhelyeken. Katalógusa

Eredmények katalógusa

A. Gének azonosítása expressziós változások korrelált rák fokozat

17.800 emberi gének profilozott Ebben a vizsgálatban, a Affymatrix Exon tömbök. Ki a 54 rákos mintákat, 8 jól differenciált (WD), 9 közepesen differenciált (MD), 35 gyengén differenciált (PD) és a 2. differenciálatlan (UD). Összesen 452 gént találtak, hogy differenciáltan expresszálódó meghatározva a következő kritériumok alapján: a kifejezés szint a rák és a megfelelő kontroll szövetet mutat legalább 2-szeres változást, és a statisztikai szignifikancia, P katalógusa -érték ,, hogy ilyen szintű expresszió változás < 0,05 (lásd az anyagok és módszerek; gén neveket táblázatban felsorolt ​​S1). Között a 452 gén 97 egyedülállóan UD, 62 PD, 8 MD 16 egyedülálló módon WD képviselnek lényegi katalógusa a differenciáltan expresszálódó gének, amelyek következetesen azonosított alkalmazásával különböző besorolás stratégiák a paired- minta információt, vagy sem. A készlet tartalmaz géneket kiállító legkövetkezetesebb expresszió változása (több mint 2-szeres) a rákos versus katalógusa kontroll szövetekben, amelyek feltételezhetően kell differenciáltan expresszálódó gének nagy megbízhatósággal, abból a több statisztikai vizsgálatok. Ezzel szemben, az egész készlet a 452 gének képviselnek egy kiterjesztett készlet. Azt megjegyezte, hogy van egy általános tendencia, hogy a szám az eltérően expresszált gének növekszik, mint egy gyomorrák, viszonyítva a normál szövetek, több gyengén differenciált, amint az 1. ábrán látható Ez a megfigyelés összhangban van azzal az általános tudás, hogy hátrányos differenciált rákok jellemzően nagyobb differenciáltan expresszálódó gének és agresszívebbek; kivétel WD, amint az 1. ábrán látható, lehet, hogy az tükrözze a kis méretű, a WD és az MD csoportok.

Ezután ellenőrzött, ha egyes gének lehetnek azok expressziós változások korrelálnak a rák fokozatok. Ehhez kiszámoltuk Spearman korrelációs koefficiens (CC) közötti átlagos géneknél minden mintát minden fokozat és a négy rák fokozat. Azt találtuk, hogy a kifejezés változásai 99 gének korrelálnak tökéletesen fokozat WD-MD-PD-UD (

• PLoS One: Gene Expression Signature analízis megállapítja Vorinostat jelöltként terápia Gyomor Cancer
• PLoS One: Érrendszeri CXCR4 Expression - a regény antiangiogén Cél gyomorrákban?