PLoS One: lehetséges klinikai DNS metiláció gyomorrákban: A Meta-Analysis

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

Egyre több bizonyíték utal rendellenes DNS metiláció szerepet játszik a gyomor tumorgenesisben, ami arra utal, lehet, hogy egy hasznos klinikai biomarker a betegség. A vizsgálat célja az volt, hogy megszilárdítsa és összefoglalja közzétett adatok a potenciális metiláció gyomorrákban (GC) kockázatjelző, kimenetelének előrejelzése és a kezelésre adott válasz. Katalógusa

Módszerek katalógusa

A vonatkozó tanulmányok azonosítottak származó PubMed a szisztematikus keresés. Az eredményeket össze metaanalísisek. Mantel-Haenszel esélyhányadosokat számítottuk az egyes metilációs esemény feltételezve a véletlenszerű hatások modelljében. Katalógusa

Eredmények katalógusa

A felülvizsgálatot a 589 lekért kiadványok azonosítottak 415 vonatkozó cikkek, beleértve a 143 eset-kontroll vizsgálatok gén metilációs 142 egyedi gének GC klinikai mintákban. Összesen 77 gének szignifikánsan differenciáltan metilezett között a tumoros és normál gyomor szövetet GC tárgyak, amelyek adatok 62 származott egyetlen tanulmányokat. Metilezése 15, 4. és 7. gének normális gyomor- szövetben, a plazma és a szérum, illetve szignifikánsan különbözött a frekvencia között a GC és a nem rákos egyénekben. A prognosztikai számoltak be 18 gén és a prediktív jelentősége számoltak be p16 katalógusa metiláció, bár sok következetlen Ugyanezt figyelték meg. Nincs elfogultság miatt vizsgálat, az előre rögzített szövet vagy CpG helyek elemzett volt kimutatható, azonban enyhe tendenciájával közzététele pozitív megállapítások nem volt megfigyelhető. Katalógusa

Következtetések katalógusa

DNS metiláció egy ígéretes biomarker GC kockázatjelző és megítélésére. További célirányos érvényesítése jelölt metiláció markerek független kohorsz szükséges, hogy fejlessze a klinikai potenciálját. Katalógusa

Citation: Sapari NS, Loh M, Vaithilingam A, Szung R (2012) Klinikai Lehetséges a DNS-metiláció gyomorrák: A meta-analízis. PLoS ONE 7 (4): e36275. doi: 10,1371 /journal.pone.0036275 katalógusa

Szerkesztő: Rossella Rota, Ospedale Pediatrico Bambino Gesu, Olaszország katalógusa

Beérkezett: szeptember 29, 2011; Elfogadva: március 31, 2012; Megjelent: április 27, 2012 katalógusa

Copyright: © 2012 Sapari et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka támogatott a támogatást a Nemzeti Egészségügyi Tudományos Tanács (NMRC /TCR /001/2007). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák (GC) továbbra is komoly kihívást jelent a klinikai világszerte miatt a magas gyakoriságát, rossz prognózisú és kevés kezelési lehetőség [1]. Bár az előfordulási GC csökkent az elmúlt években, de továbbra is a második vezető daganatos halálok, és a negyedik leggyakoribb rosszindulatú daganat világszerte. Kevesebb, mint 25% -a GC esetet diagnosztizálnak a korai szakaszban, és az 5 éves túlélés csak 24% az Egyesült Államokban és Európában. [2] Ugyanakkor a túlélési arány GC javítja a több mint 60% -kal, ha kimutatható a korai szakaszban [2], hangsúlyozva a korai felismerés ebben rák típusa. Katalógusa

DNS metiláció epigenetikus mechanizmus transzkripciós szabályozás, a egy bevonása rák tulajdonítható, hogy a nem megfelelő hangtompító a tumorszuppresszor gének, vagy elvesztése onkogén elnyomás [3]. Mivel az első cikket Fang et al.
1996 leírja DNS hipometilációjához c-myc és c-Ha-ras GC [4], több mint 550 tanulmányt tettek közzé a részvétele aberrált DNS metiláció a fejlesztés a GC. Ennek eredményeként, a jelenléte és funkcionális következményei aberráns DNS metilációs több mint 100 gének GC számoltak [5] - [17]. Bizonyítékok közötti kapcsolatok rendellenes DNS metiláció a H. pylori fertőzés katalógusa [1], [18] - [22], valamint részvételét rákmegelőző elváltozások gyomornyálkahártya és GC progressziója [18], [19], [21], [23] - [25] is egyre inkább dokumentált. Összefoglalva, ezek az eredmények azt mutatták, az aberráns DNS metiláció jelentős szerepe van a gyomorrák kialakulásában és előrehaladásában.

A minta a tumor DNS metilációs hasznos lehet a rák kockázata szűrés, kimenetelének és a kezelés predikciós [3], [ ,,,0],26] - [30]. Összehasonlítva a szomatikus mutáció, a DNS-metilációs van egy nagyobb számú aberráns változtatások per rákos sejt [31]. Sőt, a rendellenes DNS metiláció elején kerül sor tumorgenesisben számos ráktípus [28], amely különösen hasznos kockázatjelző. A műszaki vonzereje DNS metiláció az, hogy kémiailag stabil, és ki lehet mutatni egy nagyon magas érzékenységű, akár 1:1000 molekulák [19]. Számos közlemény azt is bemutatták, hogy a rák-specifikus, denaturált DNS-t találtak a biológiai folyadékokban, ami arra utal, ez lehet egy hasznos marker nem-invazív diagnózis [28], [32], [33].

fontos a korai felismerés javítása GC túlélési eredmények és az ígéretes bizonyítékok DNS metiláció mint biomarkerek a motiváció ebben a vizsgálatban. Annak ellenére, hogy egyre nyilvánvalóbb a lehetséges klinikai DNS metiláció, sok egymásnak ellentmondó eredmények figyelhetők vizsgálatok között. Így, ebben a vizsgálatot végeztünk, hogy megszilárdítsa információt a lehetséges klinikai metiláció GC útján meta-analízis, és arról, hogy melyik jelölt metiláció események érdemelnek további értékelésre klinikailag releváns biomarkerek a betegség. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

azonosítása és jogosultságának tanulmányok katalógusa

a szisztematikus irodalmi keresésének PubMed közzétett cikkek akár 27 október 2011 végeztünk "gyomorrák" éS "metiláció" "a keresési szempontjából. Nincs korlátozás során használtak, a keresés a PubMed és a kapott vizsgálatokat manuálisan kurátora szerint azok relevanciáját GC DNS metiláció. Ezek közé tartoztak a tanulmányok a GC területén a hipermetiláltsági és hipometiláció /demetilációja globális és cél-specifikus régiókban. A cím és absztrakt a papírokat azonosított kezdeti keresési értékelték megfelelőségét a célja ennek a papírt. Minden potenciálisan releváns cikkeket ezután részletesen kiértékeljük és további, idevágó vizsgálatok azonosítottunk a hivatkozások belül ezeket a cikkeket. Mivel a hangsúly a tanulmány volt az emberi gén metilációs, tanulmányok elemezték metilációját H. pylori katalógusa és Epstein-Barr katalógusa vírus (EBV) genomok GC progresszió nem vették figyelembe. katalógusa

Tanulmány kiválasztása és adatok kommentár katalógusa

metaanalízisekben összefoglaló frekvenciákat tumor és a normál gyomor szöveti korlátozódott adatok eset-kontroll vizsgálatok jelentett gyakorisága metiláció az egyes gének adott csoportba. Az adatok a véleménye, és metaanalízis az azonos vizsgálatokat nem vették figyelembe. Információ az első szerző, megjelenés éve, gén (ek) elemezte, mérete vizsgálati populációban, gyakoriságát denaturált esetek és kontrollok, módszer alkalmazható a DNS metilációs elemzés és a minta típusát rögzítettük az egyes tanulmányok (táblázat S1, S2). Egyéb vonatkozó adatait, mint például a típusú elváltozás, H. pylori katalógusa állapot, Lauren osztályozás és CpG-sziget metiláltsági fenotípus (CIMP) állapotát is rögzítésre kerültek, ahol elérhető. Klinikai esetek soroltuk nyolc kategóriában, nevezetesen (1) a nyálkahártya normális a nem rákos tárgyak (2) illő normális nyálkahártya esetben a tumor, (3) a krónikus gyomorhurut, (4) intestinalis metaplasia, (5) diszpláziás adenoma, ( 6) adenokarcinóma, (7) korai GC és (8) fejlett GC. Mivel a kis számú tanulmány áll rendelkezésre, klinikai esetet tovább nem sorolt ​​ H. pylori katalógusa pozitív /negatív esetek vagy a bél /diffúz típusú GC és nem rákos alanyokat tovább nem sorolt ​​párosított /páratlan ellenőrzéseket. Ugyanezen okból alcsoport elemzés alapján a különböző szakaszaiban rákmegelőző rákos elváltozások nem került sor. A következetesség, egyetlen gén név alapján HUGO nómenklatúra jelöltek gének több elnevezések. Katalógusa

Egy meta-analízis katalógusa

metaanalízesek végeztük Review Manager 5 (The Cochrane Collaboration, Koppenhága, Dánia). Mantel-Haenszel esélyhányados (OR) számítottuk az egyes gén alkalmazásával random-hatás modell. A homogenitás között tanulmányokat ugyanazon gén alapján értékelték a χ ^{2 teszt A Cochran Q statisztika. Az I 2 statisztika, amely azt méri, mennyire közötti ellentmondás tanulmányok is vizsgálták. A 95% -os megbízhatósági intervallum a esélyhányados használtuk a csoportok közötti különbségek. Ha a megbízhatósági intervallumok nem fedik egymást, a két esélyhányadosokat mutattak szignifikáns különbséget a 10% -os szinten (mivel 1- (0,95 * 0,95) ≈0.9). Tölcsér parcellák valamint BEGG a tesztet alkalmaztunk, hogy ellenőrizze a publikációs torzítás [34]. Publikációs torzítás tekintettük szignifikánsnak, ha a p-érték < 0.1. [35] katalógusa}

Eredmények katalógusa

Tanulmány jellemzői

A cikk kiválasztási eljárást jelen tanulmány foglalja össze 1. ábra az összesen 559 tanulmányok azonosítottunk PubMed, és további 30 vizsgálatokat tovább azonosítottunk hivatkozások a kezdeti visszakeresett kiadványok. Alapján megfelelőségét a címet és elvont, hogy a vizsgálat célkitűzéseit, 415 papírok választottunk ki további részletes értékelését. Ezek közül 190 nem eset-kontroll vizsgálatok, 22 véleménye, 4 kommentárok és 1 metaanalízis kizárták az eset-kontroll metaanalízis. Más eset-kontroll vizsgálatok is kizártuk, mivel azok vizsgálata nem-protein kódoló gének (pl metiláció a mikro-RNS-gének), az adatok bemutatását nem volt megfelelő (pl adatokat az egyes CpG helyek, és a demetileződés vagy hipometiláció csak) vagy gyakorisági adatok hiányzott. Összesen 143 eset-kontroll tanulmány vizsgálatai metilációs gyakorisága 142 egyedi géneket figyelembe metaanalízis. Az adatok a néhány vizsgálat használtunk több mint egy meta-analízis, mivel azok tartalmaztak adataihoz több minta típusát összehasonlításokat tekinthető ebben a vizsgálatban.

Genes differenciáltan metilezett között a tumoros és normál gyomor szövetet gyomorrák alanyok

az összesen 106 eset-kontroll vizsgálatok jelentéstétel gyakoriságát metiláció 122 gének tumoros és normál szöveti mintákat GC alanyok azonosítottak meta-analízis (táblázat S1). Metilálása 77 122 gének szignifikánsan különbözött a minták között (1. táblázat), ebből az adatok 62 származik egyetlen vizsgálatban csak. Metiláció szignifikánsan magasabb volt a tumor 70 gének, és a normális szövetek 7 géneket. Katalógusa

A gének differenciált metilezendő normál gyomor szövetet GC és nem rákos tárgyak katalógusa

Húsz eset-kontroll vizsgálatok összehasonlításával a gyakorisága metilezés 34 gének között a normál szöveti minták GC és nem rákos alanyoknak azonosították meta-analízis (táblázat S2). Ezek közül metilezés 15. gének szignifikánsan különbözött, amelyből az adatokat a 11 géneket származó egyetlen vizsgálatban csak (2. táblázat). Mind a 15 gének, a metilezés magasabb volt a normál szövethez GC, mint a nem-rákos egyénekben. Tekintettel metiláció események vizsgálni, egynél több vizsgálat, 4 ( p16 katalógusa, Cdh1 katalógusa, DAPK katalógusa, CHFR katalógusa) úgy találták, hogy jelentősen eltérő .

Genes differenciálisán metilált nem-szövetminta GC és nem rákos alanyok

összesen 26 tanulmányok jelentés a metilezés 29 gének klinikai mintákban eltérő gyomor szövet, beleértve a teljes vér , plazma, szérum, gyomor mosás, a peritoneális folyadékban és a széklet mintákat GC alanyok azonosítottunk. Ezek közül 13 vizsgáló tanulmányok metilezésével összesen 14 gének vagy szérum, széklet vagy plazmamintákat egy eset-kontroll kialakítás, és így alkalmas a meta-analízis (táblázat S2). Jelentősen eltérő metiláció frekvenciák észleltek 4 gének a plazmamintákban, 7 gének szérumminták és 0 a széklettel (2. táblázat). P15
volt a közös gén azonosított tanulmányok a plazma és a szérum, így 10 egyedi gének teljesen jelentősen különböző metilációs frekvencia a vérmintákban. Metiláció csak két gén ( Cdh1, p16 katalógusa) vizsgáltuk, egynél több vizsgálat, és mindkettő jelentősen különböző frekvencia minták GC és nem rákos tárgyakat meta-analízis. Katalógusa

metilálása prognosztikus és prediktív marker GC

összesen 28 vizsgálatokban azonosítottunk, amelyek vizsgált gén metiláció 40 gének vonatkozásában a túlélési kimenetelét GC tárgyak (3. táblázat). A 40 vizsgált gének, mindössze 5 vizsgáltunk több tanulmány. Metaanalíziseinek nem lehetett végrehajtani, ez a sorozat tanulmányok miatt szabálytalan jelentésével kockázati arányok. Szignifikáns összefüggést a túléléssel számoltak metilációs 18 a 40 (45%) gének, bár ellentmondás a vizsgálat jelentős különbségeket figyeltek meg az összes gén vizsgált több tanulmány. Katalógusa

Öt tanulmány számolt be összefüggést a túlélés GC kapó adott kemoterápiás kezelés és metilációs 10 gének köztük TMS1 katalógusa, DAPK katalógusa, LOX katalógusa, MGMT katalógusa és CHFR katalógusa [36] - [40]. Mind az 5 vizsgálatban alanyok metiláció rosszabb volt a túlélésre, mint azoknál, akik nem metiláció. Egy tanulmány vizsgálta túlélési különbségek kezelt betegek és kemoterápia nélküli szerint p16 katalógusa metilációs állapotát [41]. Ebben a vizsgálatban az alanyok nélkül p16 katalógusa metiláció, hogy kemoterápiát volt jobb a túlélésre, mint azok, amelyek nem, míg alanyok p16 katalógusa metiláció, nem volt szignifikáns különbség szerint a kezelés állapota.

Effect analitikai változékonyság és publikációs torzítás katalógusa

az annotáció tanulmányok jelentős heterogenitás figyelhető meg számos vizsgálati paraméterek, beleértve a vizsgálatok használt, CpG helyek kihallgatták, szakaszait betegség megvizsgálta, és az mintatípusokra használni (pl friss, fagyasztott vagy paraffinba ágyazott szövet). Tizenkét különböző teszteket használtuk értékelésére metiláció, a metiláció-specifikus PCR-t (MSP) a leggyakoribb. Annak vizsgálata, a befolyása a metiiációs vizsgálati A vizsgálatok eredményei adatok metiláció-specifikus PCR és kvantitatív metiláció-specifikus PCR-t (pl MethyLight) elemzése összehasonlították a gén leggyakrabban vizsgált összehasonlító vizsgálatok metiláció között gyomor tumoros és normális szövet ( PMS1- katalógusa, 13 eset-kontroll vizsgálatok). Nem volt statisztikailag szignifikáns különbség ( P katalógusa < 0,05) 95% -os megbízhatósági intervallumok a metiláció gyakorisági adatok a két vizsgálat (ábra S1). Nem volt szignifikáns különbség a példa típusa (fagyasztott vs. paraffinba ágyazott szövet), a betegség stádiuma, vagy CpG helyek kihallgatták is megfigyelhetők voltak ezek a tanulmányok (nem közölt eredmények). Katalógusa

A teszt a publikációs torzítás, adatok ugyanabból a 13 tanulmány a PMS1- katalógusa metilációs említettük is vizsgálták. A tendencia pozitív jelentések figyeltek tölcsérgörbe (S2 kép) és Begg teszt elemzése. Azonban ezeket az eredményeket óvatosan kell értelmezni, mint a legtöbb vizsgálat a minta kis mérete, és legalább 20 vizsgálat általában ajánlott egy megbízható elemzés publikációs torzítás [42]. Katalógusa

Vita katalógusa

számos tanulmány játszanak aberráns DNS metilezése számos gén a különböző minták és modellek gyomor tumorgenesisben [1], [5] - [10], [12] - [14], [16], [18] - [22] [24], [43]. Ez kihatással van viszont azt eredményezte, hogy a gondolat, hogy metiláció lehet hasznos biomarker javítására klinikai kezelésében GC [11], [15], [32], [44], [45]. Eddig azonban ez lehetséges még nem valósult meg, feltehetően a hiányzó bizonyítékot, amely a vizsgálat metiláció a klinikán. Katalógusa

Ebben a tanulmányban átfogó felülvizsgálatát minden publikációk frekvenciák és egyesületek metiláció a gyomorrák klinikai mintákon végeztük megszilárdítása információk terén. Meta-analízist végeztek, ahol lehet nyerni egy objektív konszenzus többször vizsgálták eseményeket. Az elemzés, listák generáltunk a gének jelentősen differenciáltan metilezett között tumoros és normális szövet minta GC tárgyak (1. táblázat), és a normál szövet és /vagy vér GC és nem rákos beteg (2. táblázat), mindegyik metiláció események annotált erejüket az egyesülés és az elemzések gyakorisága. Vizsgálatokból származó eredmények prognosztikus és prediktív jelentősége metiláció események áttekintését is (3. táblázat). Ezek a listák és további kiegészítő adatok (táblázatok S1, S2) hasznos információt nyújtanak ahhoz, hogy jobban fel tudja mérni a lehetséges klinikai megfelelő eseményeket, és fontossági sorrendbe a további munkához. Katalógusa

Amely 77% (101/132) Az ügy -vezérlés elemzések (1. ábra), a legnagyobb csoport a áttekintett tanulmányok voltak azok összehasonlításával gyakorisága metiláció a tumoros és normál gyomor szöveti GC tárgyak. A felülvizsgálat azonosított 77 jelentős gén metiláció események, megerősítve a meta-analízis ugyanakkor jelentősen eltérő metilezésével számos gén gyakran összefüggésbe a tumorgenesisben, beleértve a MLH1 katalógusa, p16 katalógusa, és CHFR katalógusa és RUNX3 katalógusa (1. táblázat). Ezek az események jelentik hasznos eszközök a jobb megértést gyomor tumorgenesisben és potenciálisan azonosítása új terápiás stratégiák [3], [28]. Szemszögéből a kockázat markerek azonban ezek az események csak akkor tekinthető az első medence jelöltek tesztelésére további klinikailag releváns elemzések, mint az események önmagukban csak azonosítani gyomor tumor minták, amelyek már szövettanilag diagnosztizálható. Katalógusa

tól összehasonlító vizsgálatok metilációs szintek normális szövetben, plazma és szérum GC és nem rákos alanyok, 15, 4 és 7 (2. táblázat) jelentősen eltérő gén metiláció események rendre azonosítottunk. Gének létesítették szerepek (mint például a p16 katalógusa, Cdh1 katalógusa, DAPK katalógusa, RUNX3 katalógusa, p15 katalógusa), és kisebb -known szerepek (mint például a BX161496 katalógusa, SULF1 katalógusa, RPRM katalógusa) a tumorgenesisben azonosítottak. Számos esemény volt közös a vizsgálatok normális szövetek és a vér, mint a metiláció p16 katalógusa, Cdh1 katalógusa, DAPK katalógusa. Ezek az események klinikailag ígéretes, mivel igazolja diszkriminatív képességek becslésére GC kockázat minta nyerhető a jelenlegi rutin klinikai gyakorlatban, például az eszközök endoszkópos szűrés (szövet), vagy a népesség vagy klinikai szűrés (vér). Katalógusa

a feltevés, hogy géncsendesítéssel metilációval is meg lehet határozni a betegség súlyosságával [27] is arra ösztönzött, számos vizsgálat gének metilációs egyesületek túlélés GC. Ebben az áttekintésben, 28 tanulmány beszámol az egyesület fennmaradását GC tárgyak és metilációs 40 géneket is azonosítottak. A támogatást a hipotézist, számos jelentős összefüggést metiláció és a rossz túlélési feljegyeztük, elsősorban a tumor szupresszor gének (3. táblázat). Összefüggést metiláció és jobb túlélést jelentették még négy gént ( PTGS2 katalógusa, MINT31 katalógusa, PMS1- katalógusa, MAL katalógusa), feltehetően tükrözi elnyomás onkogén aktivitás által gén metiláció is előfordulhat. Ugyanakkor jelentős hiánya független tanulmány és replikációs egyesületek a legtöbb vizsgált gének (3. táblázat) rávilágít további vizsgálat szükségessége ebből a szempontból a metiláció GC. Katalógusa

Az adatok öt tanulmányt a kemoterápiában részesülő is azt javasolta, hogy a DNS-metiláció CHFR katalógusa, DAPK katalógusa, TMS1 katalógusa hasznos lehet előrejelzője a kemoterápiára adott válasz [36] - [40]. Azonban, a tervezéstől az elemzések, nehéz meghatározni, hogy a túlélési különbségek miatt rejlő prognosztikai különbségek vagy nem voltak függvényében egy kezelés interakció, vagy mindkettő. Egy vizsgálatban a különböző tervezési, Mitsuno et al. Katalógusa számolt be, hogy betegek p16 metiláció szerzett a túlélést a kemoterápia, míg azoknál, akik nem metiláció nem [41]. Ez az eredmény arra utal, hogy a p16-metiláció lehet hasznos marker előrejelzésére válasz a kemoterápiára, és bizonyítékot szolgáltat egy kezelés interakció. Azonban ez a vizsgálat csak azt vizsgálta, 56 beteg retrospektív elemzés, és még sok további munkára van szükség, hogy erősítse meg ezeket a megállapításokat. Katalógusa

A tanulmány megállapításai kiemelik ígéretes lehetősége a DNS metiláció GC kockázatjelző, jóslás és a jóslás a kezelésre adott válasz. Ugyanakkor számos releváns kérdéssel klinikai végrehajtása továbbra is a címzés nélküli tanulmányok által. Módszertani tanulmányok nem megfelelően meghatározza az optimális megközelítések elemzés, köszönhetően nagy változékonysága vizsgálatokban, a PCR primerek és próbák, PCR-körülmények között, és küszöbértékek pozitivitás használni. A legtöbb tanulmány (102/143, 71%) alapulnak metiláció-specifikus PCR, amelyre a nem kvantitatív jellegű elemzési nehézségeket okoz a minőség-ellenőrzés és a szabványosítás. A metiláció dinamikus esemény, jegyzőkönyvek mintavételre is szorul tisztázásra tekintetében egyaránt a régió vagy a helyszínen a mintavétel, és a mintavétel időpontjában. A távolság a normál szövetek tumoros [46], és a mintavétel időpontjában [21], [22] mind bizonyítottan jelentősen befolyásolja metilációs szintje. Katalógusa

A nagy változékonyság a gének és gén panelek vizsgált vizsgálatok között , kombinálva egy hiánya érvényesítési független sorozat és jellemzése teszt teljesítmény jellemzők, lehetővé teszi azt is nehéz meghatározni egy klinikailag releváns teszt. Változás a kihallgatása gyakran funkcionálisan különböző CpG oldalak [47] - [49] között tanulmányokat ugyanazon gén további komplikációkat. Sőt, az összes gén metiláció események megvizsgált több tanulmány és jelentős kapcsolódó GC (beleértve p16 katalógusa, DAPK katalógusa, CHFR katalógusa, PMS1- katalógusa, RUNX3 katalógusa) is érintettek, mint kockázati markerei sok más ráktípusok [26], [27], [50], ami megkérdőjelezi a értelmezése a felismerés tünetmentes egyének. katalógusa

további megfontolás az együttes variates elemzési lenne elemezni metiláció. Metiláció összefüggésbe hozták számos demográfiai, klinikai és molekuláris jellemzői, mint a kor, a nem, a dohányzás, az intestinalis metaplasia, host genetika, és H. pylori katalógusa és az Epstein-Barr-vírus állapot [1], [24]. Amellett, hogy a közvetlen szervezetek, számos tanulmány is beszámolt módosító közötti kölcsönhatások sok ilyen funkciók és metilációs GC kockázata [51]. Metiláció események maguk is össze lehet kötni, és kölcsönhatásban vannak egymással [50], bemutatva egy kihívás, hogy meghatározza az optimális panel metilációs markerek is. A CpG-sziget metiláltsági fenotípus (CIMP), amely a különböző altípusai GC koordinált metilációs mintázat, leírták [52] - [55], bár a bizonyíték CIMP GC nem olyan meggyőző, mint a colorectalis rák [56 ], [57]. katalógusa

Végeredményben a vizsgálat eredményeit összegzi ígéretes érték DNS metiláció a kockázati becslés, kimenetelének előrejelzése és a kemoterápiára adott válasz a GC. Ugyanakkor jelentős módszertani és érvényesítési kérdések továbbra is foglalkozni kell, hogy az adatok, amelyek lehetővé teszik ezt az információt figyelembe kell venni a klinikán. Ez magában foglalja az elemzés a nagyobb független minta sorozat, alkalmazása szabványosított módszereket, korrekció együttes variates többváltozós elemzés, nagyobb felbontású kimenetel végpontok és beállítása a kezelés hatását beavatkozást. A megvalósítási lehetőségének DNS metiláció GC klinikai kezelés várja a felbontás. Katalógusa

Támogató információ
ábra S1.
Forest-plot Metiiezett összehasonlító vizsgálatok PMS1- katalógusa metiláció között a tumoros és normál szövet GC alanyok felhasználás szerinti metiláció-specifikus PCR és kvantitatív metiláció-specifikus PCR.
doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s001 katalógusa (TIF) hotelben ábra S2.
tölcsérgörbe mind a 13 tanulmány a MLH1 katalógusa metiláció tumoros és normál gyomor szöveti GC tárgyak értékelésére publikációs torzítás. A függőleges vonal jelzi az összesített becsült általános OR és a lejtős vonal a 95% -os megbízhatósági intervallumban. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s002 katalógusa (TIF) hotelben táblázat S1.
listája metilált gének és az azokat alkotó tanulmányok összehasonlításához különbségek a tumoros és normál gyomor szövetet gyomorrák tárgyak. Meta-analízis páratlan arány (OR) és a 95% -os konfidencia intervallumot számoltunk minden metilált gének elemezték. Vörös és félkövér betűtípus arra használható, hogy jelezze szignifikáns különbség a csoportok között. BS-SSCP: biszulfit egyszálú konformációs polimorfizmus; Bseq: biszulfit szekvenálás; COBRA: kombinált biszulfit restrikciós analízis; DPHLC: denaturáló nagy felbontóképességű folyadékkromatográfia; FFPE: formalin-fixált, paraffinba ágyazott; HRM: nagy felbontású olvadás; MSP: metiláció-specifikus polimeráz láncreakció; PCR: polimeráz láncreakció; QMSP: kvantitatív metiláció-specifikus polimeráz láncreakció. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s003 katalógusa (XLS) hotelben táblázat S2.
listája metilált gének és azok komponens tanulmányok összehasonlítására különbségeket normál szövetek, a plazma és a szérum között a gyomorrák és nem rákos egyénekben. Meta-analízis páratlan arány (OR) és a 95% -os konfidencia intervallumot számoltunk minden metilált gének elemezték. Vörös és félkövér betűtípus arra használható, hogy jelezze szignifikáns különbség a csoportok között. COBRA: kombinált biszulfit restrikciós analízis; MSP: metiláció-specifikus polimeráz láncreakció; QMSP: kvantitatív metiláció-specifikus polimeráz láncreakció. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s004 katalógusa (XLS) hotelben

Köszönetnyilvánítás katalógusa

Köszönjük Barry Iacopetta és Chee- Seng Ku való hozzájárulás az összeállítás a kézirat. katalógusa

• PLoS One: azonosítása HSA-miR-335 prognosztikus Signature gyomorrákban
• PLoS One: Csökkent szintű aktív Smad2 korrelál rossz prognózissal gyomorrákban