Pozadie
Human heparanázy hrá dôležitú úlohu v rozvoji rakoviny a jednonukleotidových polymorfizmov (SNP) v heparanázové génu (HPSE) bolo preukázané, že je v korelácii s rakovinou žalúdka. Táto štúdia skúmala vzťahy medzi jednotlivými SNP alebo haplotypu v HPSE a vnímavosti, klinicko-parametrov a prognózu rakoviny žalúdka vo veľkom vzorke populácie Han v severnej Číne.
genómovej DNA bola extrahovaná z formalínom fixovaných, parafínových normálnych vzoriek žalúdočnej tkaniva od 404 pacientov a z krvi od 404 zdravých kontrol. Šesť SNP boli genotyp laserová desorpcia /ionizácia za účasti matrice time-of-flight hmotnostnej spektrometrie. Chi-kvadrát (χ2) test a bezpodmienečné logistická regresia boli použité na analýzu riziko vzniku rakoviny žalúdka; Log-rank testu a Cox pomerného rizika modelu boli použité na výrobu analýzu prežitie a Kaplanove-Meierove metódy bola použitá na mapovanie krivky prežitia. Priemerné ceny genotypizácia úspechu boli v oboch skupinách viac ako 99%. Haplotypu CA v bloku zloženého z rs11099592 a rs4693608 mal väčšie rozloženie v skupine typov Borrmann 3 a 4 (p = 0,037), skupina väčšieho počtu metastáz lymfatických uzlín (N3 vs N0 skupinu, P = 0,046), a navyše bola v korelácii so zlou prežitia (CG vs CA: HR = 0,645, 95% interval spoľahlivosti: 0.421-0.989, p = 0,044). Okrem toho genotypy AA a rs4693608 rs4364254 TT boli spojené so zlou prežitia (p = 0,030, HR = 1,527, 95% interval spoľahlivosti: 1,042-2,238 pre rs4693608 AA; P = 0,013, HR = 1,546, 95% interval spoľahlivosti: 1.096-2.181 pre rs4364254 TT). Neboli zistené žiadne korelácia medzi jednotlivými SNP alebo haplotypu a žalúdočné rizikom rakoviny.
Bolo zistené, že funkčné haplotypu v HPSE, ktorý zahŕňal významné SNP rs4693608. SNP v HPSE hrajú dôležitú úlohu v progresii karcinómu žalúdka a prežitie, a snáď môže byť molekulárnej marker pre prognózu a liečbu hodnôt
Citácia :. Li AL, Song YX, Wang ZN, Gao P, Miao Y, zhu JL, et al. (2012) polymorfizmy a haplotypu v heparanázy Gene asociácie s progresiou a prognózou rakoviny žalúdka v severnej čínskej populácie. PLoS ONE 7 (1): e30277. doi: 10,1371 /journal.pone.0030277
Editor: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japonsko
Prijaté: 13. októbra 2011; Prijaté: 12.12.2011; Uverejnené: 20.januára 2012
Copyright: © 2012 Li et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané
Financovanie :. Toto dielo bol podporený National Science Foundation Číny (No. 30972879 a č 81172370), čo je fond špecializovaný výskum na doktorandské štúdium vysokého školstva (č 200801590006) a Natural Science Foundation v provincii Liao-ning (No. 20092129). Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu
Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú
Úvod
karcinóm žalúdka je štvrtou najčastejšou rakovinou na celom svete a druhou najčastejšou príčinou úmrtí na rakovinu [1]. Cez pokroky v diagnostike a liečbe je prognóza u pacientov s pokročilou rakovinou žalúdka zostáva žalostný [2]. Okrem toho, rakovina žalúdka je ochorenie interakcií medzi génmi a prostredím a genetické faktory zohrávajú dôležitú úlohu pri vzniku nádorov a postupu [3]. Z tohto dôvodu, objav a použitie biomarkerov začlenené s tradičným diagnózou rakoviny, staging a prognózou by mohol byť považovaný za najlepšiu voľbu pre ovládanie tohto život ohrozujúce ochorenia [4].
jednonukleotidových polymorfizmy (SNP) boli myšlienka byť atraktívne biomarkery v posúdení rizika rakoviny, screening, staging, alebo triedenie [5]. Tiež, ľudský genóm sa skladá z radu "haplotypu blokov", čo sú nenáhodnej združenia alel v dôsledku väzbové nerovnováhe (LD) a je možné využívať obrovské množstvo informácií s ohľadom na tieto haplotypu bloky, [6], [7 ]. Hoci uplatňovanie individuálneho SNP analýzy bol obmedzený tak ďaleko, haplotypu báze asociačné štúdia bola navrhnutá ako silný a komplexný prístup k identifikácii príčinnú genetickej variácie fundamentálne komplexných chorôb [8], [9].
heparanázové je jediný známy cicavcov enzým, ktorý degraduje heparansulfát (HS) proteoglykány v základných membránach a extracelulárnej matrix [10]. To vedie k demontáži extracelulárnej bariér, uvoľnenie HS-viazaných bioaktívnych faktorov a generovanie fragmentov HS, ktoré podporujú rastový faktor receptor viazania a signalizácie [11], [12]. Heparanázy je silne spojená s progresiou rakoviny a metastáz, vrátane prežívanie buniek, invázia, množenia, neovaskularizácii a vytvorenie rastovo permisívnej mikroprostredia [13], [14] a má obe prognostických a terapeutických aplikácií [15]. Heparanázy gén (HPSE), prvý klonoval v roku 1999, je lokalizovaný na chromozóme 4q21.3 [16]. Tam bolo niekoľko štúdií na SNP v géne HPSE. Molekulárna epidemiologické štúdie preukázali distribučné rozdiely v SNP v HPSE v rôznych izraelských židovského obyvateľstva [17]. Združenie do nádoru citlivosti tiež bolo preukázané, vrátane hematologických malignít a rakoviny žalúdka, ale výsledky neboli súhlasné [18] - [20]. Okrem toho, Shirley Ralphand [21] ukazujú na HPSE haplotypu bola v korelácii s fázou karcinómu vaječníkov a Yue a kol. [20] ukázali, SNP boli korelované s klinicko-parametrov a miera prežitia. Konkrétne sa jedná o štúdia preukázala, že SNP v HPSE boli spojené s úrovňami heparanázy expresie a poskytla základ pre ďalšie štúdium na základe asociácií medzi SNP a chorôb [22]. Avšak, tieto asociačné štúdie boli obmedzené na malé vzorky.
V súčasnej dobe Hennig G [23] a Horn H [24] pozorovanej vysoká miera detekcie genotypizácia (93,5% a 94 až 97%) a dokonalá zhoda rýchlosť 100% s DNA extrahované z bežných formalínom fixovaných, parafínových tkanív (FFPETs) v porovnaní so sekvenciou zárodočnej línie DNA za použitia laserová desorpcia /ionizácia za účasti matrice time-of-flight hmotnostná spektrometria (MALDI-TOF MS). Okrem iného správy tiež preukázala vysokú mieru detekcie genotyping a perfektnú rýchlosť zhoda s FFPET DNA odvodená vrátane desiatok rokov starého bloky v porovnaní s krvou z rovnakého jedinca pomocou inej metódy, a to aj v genóme-široký genotypu [25] - [28]. Bolo zistené, že FFPET odvodené DNA bola dostatočná pre genetickú analýzu polymorfizmu. V tejto štúdii sme použili veľkú zbierku FFPET odvodených DNA vzoriek od pacientov a krvné deriváty DNA z ovládacích prvkov v metóde MALDI-TOF MS genotypovej a študovať potenciálne súvislosti medzi šiestimi SNP (rs4693602, rs6856901, rs4364254, rs11099592 , rs4693608 a rs4328905) alebo haplotypu v HPSE a nádoru citlivosti, klinicko-parametre, a prežitie rakoviny žalúdka s veľkým vzorkou populácie Han v severnej Číne. V dôsledku toho sa zistilo, že jednotlivé SNP a haplotypu ukázať asociácie s progresiou a prognózou rakoviny žalúdka.
Subject charakteristiky
Priemerný vek bol 56,67 ± 11,923 y a percento mužov bol v prípade skupiny, 70,54%. Priemerný vek v kontrolnej skupine bol 56,91 ± 11,477 y a percento mužov bola 70,54%. Nebol zistený žiadny rozdiel v rozložení pohlavia a veku medzi pacientmi a kontrolnou skupinou (p = 1,00 pre oba pohlavia a veku). Z celkového počtu 404 pacientov, štádium I žalúdočné prípadov rakoviny predstavoval 21,0% (85/404), stupeň II žalúdočné prípadov rakoviny tvorili 26,5% (107/404) a fáze III žalúdočné prípadov rakoviny tvorili 52,5% (212/404) ( Tabuľka 1).
miera úspešnosti genotypizácia
Použili sme MassArray Typer softvér pre analýzu 4.0.4.20 pre automatizované spracovanie spektier a identifikácia genotypu. Reprezentatívny MALDI-TOF-MS profily každého genotypu šiestich SNP v HPSE bolo znázornené na obrázku S1. Všetky SNP boli polymorfné alely s menšou frekvenciou > 10% a genotypové distribúcie boli všetky v súlade s Hardy-Weinbergově rovnováhe (dáta nie sú uvedené). Vysoká miera úspešnosti v rozmedzí od 96.29% do 100% (priemer: 99,09%) v skupine FFPETs a medzi 99,50% a 100% (priemer: 99,79%) v kontrolnej skupine, bolo ukázané (pozri tabuľku S1)
združenia medzi jednotlivými SNP a klinicko-parametrov a prežívania
alelické frekvencie a genotypovej frekvencie v šiestich SNP výrazne nelíšila medzi pacientmi a kontrolnou skupinou (P 0,05 a P > 0,05 po teste permutácie na alelických frekvencií; P >0,05 a P > 0,05 po tom, čo bol očistený o pohlaví a veku pre genotypových frekvencií;. Tabuľky S2 a S3)
SNP boli vyhodnotené pre združenie s klinicko-parametrami. rs4364254 genotypy boli spojené s histologickými stupňa (p = 0,002; Tabuľka S4), genotyp TT bola v korelácii s diferenciáciou buniek a tiež v porovnaní s genotypom TC /CC (OR = 0,482; 95% CI: 0,300 do 0,774). Iné SNP nemá žiadne významné korelácie na klinicko parametrov.
V jednorozmerné analýze, pacienti nesúci rs4693608 AA genotyp mal zlú žalúdočné prežitie karcinóm špecifického porovnaní s pacientmi s genotypom AG + GG (p = 0,049, HR = 1,387 , 95% CI: 1,001 - 1,923, tabuľka 2, obrázok 1 a obrázok S2). V mnohorozmerné analýze rs4693608 AA genotyp a rs4364254 TT genotyp obaja mali zlý rakovina žalúdka špecifické prežitie (p = 0,030, HR = 1,527, 95% interval spoľahlivosti: 1,042-2,238 pre rs4693608, P = 0,013, HR = 1,546, 95% CI: 1,096-2,181 pre rs4364254, tabuľka 2). Tiež typ Borrmann (P 0,001), kategória pT (P 0,001), kategória PN (P 0,001), a lymphovascular invázie (P 0,001) boli významne koreluje s prežitím v jednorozmerné analýze. Typ Borrmann (P = 0,021), kategória pT (P 0,001), a kategórie PN (P 0,001) zostal významne koreluje s prežitím u viacrozmerné analýzy (tabuľka 2)
Prítomnosť haplotypu spojené s patologickým. rysy a prežitie
boli tam dva dva obrysové haplotypu bloky postavené medzi šiestimi SNP v našich výsledkoch (obrázok 2). Blok 1 bol zložený z rs4693602 a rs6856901 a obsahoval tri spoločné haplotypu (frekvenčný rozsah: 0.025-0.850), čo predstavuje približne 99,9% subjektov; Blok 2 bol zložený z rs11099592 a rs4693608 a tiež obsahoval tri spoločné haplotypu (frekvenčné pásmo: 0.091-0.798), čo predstavovalo približne 99,9% jedincov. Všetkých šesť spoločných haplotypu nemal žiadnu koreláciu s žalúdočné rizikom rakoviny (P 0,05 a P 0,05 po teste permutácie, tabuľka S5).
asociácie medzi haplotypu v HPSE a rakovinou žalúdka patologickým prvkov v čase diagnózy boli vyhodnotené. Haplotypu CA v bloku 2 mali väčšiu rozloženie v skupine typov Borrmann 3 a 4 v porovnaní s TG + CG haplotypu (p = 0,037; tabuľka 3). distribúcia haplotypu rozdiely boli pozorované v kategórii PN (p = 0,045; tabuľka 3), CA mali väčšiu rozloženie v skupine N3 než skupina N0 v porovnaní s CG (OR = 1.837,95% CI: 1.010-3.341, P = 0,046 ), ale tam boli žiadne významné distribučné rozdiely medzi N2 a N0 skupinách a medzi N1 a N0 skupinách (p = 0,671 a p = 0,496, respektíve).
haplotypu bloku 2 ukázala významný rozdiel v tumor-súvisiace prežitie. Pacienti nesúci haplotypu CA mal zlú žalúdočné prežitie karcinóm špecifického (CG vs CA: HR = 0,645, 95% CI: 0,421 - 0,989, p = 0,044; Tabuľka 4)
Diskusia MALDI-TOF MS metódy, ktoré ponúkajú približne 100% presnosť pre SNP Genotypizácia, je v súčasnej dobe považovaná za zlatý štandard [29], [30]. Genotypizácia FFPET-odvodil DNA pomocou MALDI-TOF MS bolo preukázané, že sú spoľahlivé a reprodukovateľné. Skôr správy ukázali, že neexistujú žiadne alelické frekvencie rozdiely medzi FFPET odvodené DNA a krvného DNA odvodená od rovnakého jedinca pomocou niekoľkých metód, vrátane MALDI-TOF MS [24] - [26], [28]. Naše úsilie preukázali vysokú mieru úspešnosti v rozmedzí medzi 96.29% až 100% (priemer: 99,09%), ktoré boli v súlade s predchádzajúcimi vykazovaných údajov [23], [24], [29] SNP sú stabilne dedičná. , veľmi hojná a ukázať rôznorodosť vnútri a medzi populáciami, ktoré sú považované za atraktívne biomarkery. Avšak, použitie jednotlivých SNP bolo obmedzené kvôli ich nízkej penetrácie a ich účinky sú relatívne ťažké [5] určiť, [31]. Z tohto dôvodu, že je dôležité informácie haplotypu rastie spojiť DNA sekvenčné variácie s ochorením [32]. Články hlásili, že funkčné SNP v HPSE boli spojené s heparanázové expresnými rozdiely a heparanázy bolo preukázané, že budú úzko zapojené do patologických procesov, vývoj a konečný stav choroby [10], [22]. Ako začleniť SNP sa však v štúdiách o žalúdočné predispozície a prognózu rakoviny a ako určiť skutočné združenia sú stále náročné úlohy. Neboli zistené žiadne jednotlivé SNP do súvzťažnosti s rizikom rakoviny žalúdka v našich výsledkoch. Asociácia medzi štyrmi samostatnými SNP (rs4328905, rs4693608, rs11099592 a rs6856901) a žalúdočné rizikom rakoviny s 155 pacientov a 204 kontrol vykázaných Yue a kol. [20] boli v súlade s našimi výsledkami. Okrem toho, všetkých šesť spoločných haplotypu nemá žiadne významné rozdiely v žalúdku riziko rakoviny. Tento súlad ukázala SNP v HPSE nemal žiadny vzťah k výskytu rakoviny žalúdka v etnických Han severnej Číne, a to nielen z hľadiska jednotlivých SNP, ale aj z hľadiska haplotypu. V našej súčasnej štúdii, genotyp rs4364254 TT bol v korelácii s diferenciáciou dobre buniek. Okrem toho, Ostrovsky et al. [22] zistili, jedinci s genotypom TT vlastnil pomerne vysoké hladiny mRNA (p = 0,0029). Avšak, tam boli rozporuplné výsledky označená ako k súvislostiam medzi heparanázové prejavu a histologické diferenciácie. Endo K. a kol. [33] zistili, že histologické diferenciácia bola horšia vo heparanázy žalúdočné rakovinové tkanive mRNA-pozitívne (p 0,01). Chen JQ et al. [34] zistili, že histologické diferenciácia bol nesúvisí s heparanázové mRNA expresie u karcinómu žalúdka (p = 1,000). Takaomi Ohkawa et al. [35] preukázali, že heparanázy expresia bola detekovaná ako silnejší v dobre diferencovaných buniek (p = 0,0277), čo je zistenie, že consistents s našimi výsledkami. Z tohto dôvodu, heparanázy môžu byť zapojené do bunkovej diferenciácii, ale mechanizmy nie sú jasné, v súčasnej dobe V jednorozmerné analýze, pacienti nesúci rs4693608 AA genotyp zlú prežitie (P = 0,049) .; V viacrozmerné analýzy, rs4693608 AA a rs4364254 TT obe boli významne koreluje s chudobnými prežitia (p = 0,030 pre rs4693608 AA a P = 0,013 pre rs4364254 TT). Možno, absencia konsenzu v jednorozmerné a viacrozmerné analýzy bolo kvôli slabému vplyvu jednotlivých SNP, ale keď bol jedinec SNP úvahy spoločne s inou SNP, typu Borrmann, kategórie PT, a kategórie PN v viacrozmerné analýzy, ju generované vplyv na prognózu. Existuje dostatok dôkazov o tom, že genetické faktory prispievajú k chorobného procesu pri bežných komplexných chorôb zvláštnostních, ale účinok jedného variantu je pravdepodobne malá [36]. Okrem toho, Ostrovsky et al. [37] za predpokladu, prvé dôkazy o koreláciu medzi funkčnými Snps rs4693608 a rs4364254 a riziko akútnej reakcie štepu proti hostiteľovi (GVHD), vývoj, a rs4693608 bolo najdôležitejšie. Ich výsledky boli v súlade s naším. Okrem toho, Ostrovsky et al. [22] hláseným rs4364254 TT genotyp a tiež rs4693608 AA genotyp boli korelované na relatívne vysokej úrovni mRNA (p = 0,0029 a 0,004, v danom poradí), čo môže čiastočne vysvetliť horšiu prognózu u pacientov s rs4693608 AA alebo rs4364254 TT v tejto štúdii , Tieto pozorovania sú biologicky pravdepodobná, pretože zvýšená expresia HPSE bola úzko spojená s väčšou invazívnej rakoviny žalúdka [38] - [40]. Súčasné výsledky preukázali našu domnienku, že SNP boli zapojené do regulácie heparanázové prejavu, čo má vplyv invázne schopnosti a prežitia u rakoviny žalúdka. Aj keď ani jeden genotyp rs11099592 CC ani rs4693608 AA ukázali štatisticky významné rozdiely v type Borrmann, haplotypu CA zloženie s nimi vykazovali významný rozdiel. Haplotypu CA mal väčšie rozloženie v skupine typov Borrmann 3 a 4 (p = 0.037). Možno, že pacienti s haplotypu CA bola väčšia pravdepodobnosť vzniku horšie všeobecného typu. Okrem toho, haplotypu CA mali väčšiu rozloženie v skupine N3 (p = 0,046, v porovnaní so skupinou N0). Avšak, tam neboli žiadne významné distribučné rozdiely medzi N2 a N0 skupinách a medzi skupinami N1 a N0. Možno tam bol vzťah medzi haplotypu CA a väčšieho počtu metastáz do lymfatických uzlín, ale potrebuje ďalšie štúdium. Okrem toho pacienti nesúci haplotypu CA tiež ukázal slabú žalúdočné karcinóm špecifického prežitie, ktorý bol v súlade s rozdielmi v type Borrmann a počtu metastáz lymfatických uzlín. Okrem toho, Ostrovsky et al. [22] uvádzajú, že rs11099592 CC genotyp a rs4693608 AA genotyp boli korelované s expresiou vysoko mRNA (p = 0,0167 a p = 0,004, v danom poradí), ktoré boli v súlade s našimi výsledkami o haplotypu CA. Možno, že je absolútne riziko spojené s každým z SNP bola nízka, ale v kombinácii analýza haplotypu môže byť užitočné pri identifikácii jedincov s vysokým rizikom progresie ochorenia. Možno, že to bolo špecifické haplotypu, ktoré hrajú významnú úlohu v žalúdku inváziu a metastázy rakoviny, ďalej vplyv na prognózu. Funkčný haplotypu blok pozostáva z rs11099592 a rs4693608 bol nájdený vo výsledkoch, ktorá bola spojená s typom Borrmann, PN kategórie a prognózu rakoviny žalúdka. Na jednej strane, SNP rs11099592 je A-G substitúcia nonsynonymous SNP sa nachádza v exóne 8 a táto úprava má za následok nahradenie arginín-to-lyzín v polohe 307, čo môže viesť k funkčnému rozdielu v proteínu. Na druhej strane, SNP rs4693608 sa nachádza v IntronA 3 a vykazoval koreláciu s prežitie. Zvyšujúce sa množstvo dôkazov naznačuje, že genomické varianty v nekódovacích sekvencií mohlo zmeniť expresiu génových produktov zmenou génovej regulácie, exon zostrih, stabilitu mRNA, aktivácia kryptické miest zostrihu a tak ďalej, ktoré môžu spôsobiť preto fenotypu ochorenia. Okrem toho, haplotypu môže poskytnúť viac relevantných informácií než jednotlivé SNP [7], [41]. Okrem toho, či génovej transkripcie, udržiavanie bunkovej diferenciácii a indukciu invazívneho metastatického fenotypu sú vzhľadom k priamej interakcie s DNA heparanasy je potrebné ešte dokázať. Ostrovského et al. [22] preukázali významnú asociáciu medzi genotypom pre kombinované rs4693608 a rs4364254 SNP a heparanázy mRNA úrovne expresie. Okrem toho rozdelené všetky kombinované genotypy do troch podskupín (LR-nízka expresie, MR-intermediate expresie, HR-vysoká expresia) podľa heparanázové expresie mRNA úrovni každého genotypu a potvrdili významné rozdiely medzi tromi podskupinami kombinovaných genotypov dopravcov a mRNA úrovniach. Okrem toho, Ostrovsky et al. [37] prvýkrát nájdený korelácia medzi kombinovanými genotypmi pre rs4693608 a rs4364254 SNP a riziko akútneho rozvoja GVHD v ich následnej štúdii s tým podskupín metódy analýzy. Je to dôležitá a cenná metóda. Okrem toho, táto metóda je užitočná pre predikciu rizika spojeného s prístupom haplotypu v nasledujúcich klinickú prax. Naša budúcnosť štúdie, ktorá spájala mRNA úrovne na genotypov alebo haplotypu v HPSE populácie Han v severnej Číne, bude používať túto metódu. Vzhľadom k tomu, veľkosť vzorky divokého typu homozygotě bol relatívne príliš malé pre analýzu stratifikovanom na každom genotypu všetkých šiestich skúmaných SNP v našej štúdii sme nemohli ukázať výsledky SNP analýzy na každom genotypu, ale sme vykonali analýzu kombináciu heterozygote s divokým typom homozygotě. To bolo obmedzenie tejto štúdie. Na záver Táto štúdia hodnotí polymorfizmy v géne HPSE v karcinómu žalúdka s metódou MALDI-TOF MS a archivované FFPETs vo veľkej severnej Číne prípad riadené kohorty. Zistili sme, funkčný blok, zložený z haplotypového rs11099592 a rs4693608, ktorá bola spojená s typom Borrmann, kategórie PN a prognózy; a SNP rs4693608, ktorá bola zaradená do bloku, vykázal koreláciu k prežitiu. Tieto výsledky sú podporované asociáciou medzi SNP v HPSE a hladiny expresie mRNA skôr oznámených podľa Ostrovského et al. [22]. Okrem toho šesť jednotlivých SNP a haplotypu neboli korelované s žalúdočnej riziko vzniku rakoviny. Tieto výsledky boli v súlade s naším prvotným predpokladom, že heparanázy bol zapojený do rakoviny invázii a metastázovaniu a prognózu postihnutého nakoniec, ale to nebol zapojený do výskytu rakoviny. Odber vzoriek 404 pacientov s histopatologicky potvrdil, rakovina žalúdka, ktorý dostal radikálny operácie v období od januára 1998 do decembra 2004 boli postupne vybrané. Pacienti boli zo severnej Číne a bol veril byť dobrými zástupcami z tejto oblasti. 404 normálne vzorky žalúdočné tkaniva boli získané zo segmentu vyňatých vzoriek najďalej od nádoru (viac ako 10 cm) a FFPETs boli archivované na chirurgickej onkológie prvého nemocnice Čínske lekárskej univerzity v severnej Číne. Všetky vzorky boli fixované a vložené za štandardných klinických histologických podmienok a boli skladované pri teplote miestnosti. Parafínové rezy FFPETs boli zafarbené hematoxylínom a eosínu (H &E) pre patologické kontroly, aby sa potvrdila neprítomnosť nádorového tkaniva. Nádor histologický grade bola hodnotená podľa svetových kritérií zdravotníckej organizácie a nádory boli predstavené pomocou 7. vydanie TNM stagingu Medzinárodná únia proti rakovine (UICC) /American Spoločný výbor pre rakovinu systém (AJCC) (2010) založené na pooperačné patologické skúmanie vzoriek. Boli získané Kompletné patologických údajov, vrátane veku, pohlavia, dátum zákroku, umiestnenie primárneho nádoru, histologické stupeň, žilovej inváziu, lymphovascular inváziu, hĺbku invázie, počet LNS vyvolané, počet metastatických LNS a počet nádorových ložísk načítaných. Tí, (i) so synchrónnymi alebo metachronních zhubných nádorov, (ii) so vzdialenými metastázami našiel pred operáciou, (iii), ktorí podstúpili predoperačnú rádioterapiou alebo chemoterapiou, alebo (iv) s neúplným patologické dátové položky boli z tejto štúdie vylúčení. Follow-up bol dokončený na celej študovanej populácie januára 2010. Dvaja pacienti zomreli v pooperačnom období a 21 pacientov bolo v priebehu sledovania stratený, preto 381 pacienti boli zahrnutí do analýzy prežitie. Medián a priemerné dobe sledovania-up obdobia bola 90,0 mesiacov a 93.3 ± 20,24 mesiacov (rozmedzie 61-136 mesiacov), resp. Nasledujúce údaje boli získané pre všetkých pacientov: dátum úmrtia (v prípade potreby), príčine smrti (ak existuje) a dátum sledovanie. Primárnym cieľom bolo príčinou špecifická doba prežitia odo dňa žalúdka diagnózy rakoviny ku dňu úmrtia. Miera prežitia 5 rokov zo 404 pacientov bol 54,2%. 404 Vzorky krvi boli získané z rakovinou bez jednotlivcov, ktorí boli náhodne vybraných na základe fyzikálnych vyšetrení v priebehu decembra 2009 do augusta 2011, ako kontrolná skupina, a táto skupina bola veril byť dobrou reprezentáciu populácie v severnej oblasti Číny. Výberové kritériá zahrnuté žiadne individuálne histórii rakoviny, frekvencie zodpovedajúce prípadom, na pohlaví a veku a jednotlivci boli nesúvisiace etnickí Číňania Hana. Vzorky (kyselinu etyléndiamíntetraoctovej [EDTA] anticoagulate) boli skladované pri -20 ° C počas 30-40 minút, a potom sa presunul do mrazničky pri -80 ° C počas 2 až 3 dni po odbere. štúdia bola schválená etickou komisiou pre výskum Číny Medical University v Číne. Písomné informovaný súhlas boli pred účasťou v štúdii získané od všetkých pacientov. genómovej DNA bola extrahovaná zo vzoriek FFPET vo veci skupine. Sekcia s hrúbkou 8 um a ploche do 250 mm 2 boli pripravené s mikrotómy a DNA bola izolovaná od 6 do 12 častí, v závislosti na veľkosti tkaniva a počty buniek. Mikrotom bol vyčistený a lopatky boli zmenené, aby sa zabránilo kontaminácii intersample. Extrakcia DNA z FFPETs bola vykonaná s DNA QIAamp® FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Nemecko) [29], podľa postupov popísaných výrobcom, vrátane (i) rozpustí parafínu v xylénu a odstrániť, (ii) vzorka lyžujú za denaturačných podmienky s proteináza k, (iii) zvrátiť formol zesíťovací inkubácii pri teplote 90 ° C, (iv), sa viažu DNA na membránu a umožňujú nečistoty pretekať, (v) umývanie reziduálne kontaminujúce zložky, a (vi) sa vymýva čistý a koncentrovaný DNA z membrána (s tris-EDTA pufra TE []). Asi 2 až 10 ug DNA sa izoluje v 50 ul konečného roztoku a bol skladovaný pri -80 ° C. genómovej DNA bola extrahovaná zo vzoriek krvi od kontrolnej skupiny s Universal genómovej DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) podľa inštrukcií výrobcu. Asi 2-6 ug DNA bola získaná v TE a bol skladovaný pri -80 ° C. Do štúdie bolo zahrnutých šesť SNP v HPSE, ktoré boli prevzaté z NCBI databázy SNP (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp) a databázy HapMap (databáza Phase III) (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.zh ). Tieto SNP boli mapované HPSE génu (obrázok 2). rs 11099592 bola jedinečná, a to nielen s menším alely frekvencie (MAF) > 1%, ale aj ako polymorfné v Číne Hana Beijing (HCB) populácie medzi všetkými oblasť kódujúce SNP (cSNPs) v HPSE, ktorá bola zapísaná v databázach. Okrem toho, ďalší päť SNP boli lokalizované v IntronA a 3'-UTR oblasti. Okrem toho, iní výskumníci ukázali, že rs11099592, rs4693608, rs4364254 a boli v korelácii s expresiou mRNA heparanázy [22]. Tiež asociácie medzi jednotlivými SNP alebo haplotypu v HPSE a citlivosti, klinicko-parametrov a prognózu nádoru hlásené v týchto článkoch bol zložitý, ale hlavne sústredil na šesť SNP sme vybrali [17] - [22]. SNP boli zisťované genotypy pomocou MS systému MALDI-TOF (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, USA) s primermi a sondy (tabuľka S6), ako bolo opísané skôr [29] [42]. Aby bola zaistená kvalita písania, 1% pozitívnych vzoriek (kmeň YanHuang cell) boli začlenené do každého genotypu dosky na overenie spoľahlivosti primeru a 1% negatívnych vzoriek (voda bez DNA) na sledovanie kontaminácie. 5% náhodné vzorky boli testované v duplikátoch rôznymi osobami a reprodukovateľnosť bola 100%. Laboratórne personál bol oslepený k usporiadaniu vzorky počas procesu. Tam bolo šesť stupňov vrátane PCR amplifikácie, liečbu krevety fosfátovú, základne predĺženie, odstránenie solí s živicou, SpectroCHIP výdaj (Sequenom, San Diego, CA, USA) a dátové akvizície s MALDI-TOF MS podľa Justenhoven et al. [43]. Napokon, analýza dát bola vykonaná pomocou softvéru MassArray Typer Analyzer 4.0.4.20 (Sequenom, San Diego, CA), [44]. softvér Haploview 4.2 bola použitá na hodnotiť LD a zostavila haplotypu [31]. LD medzi šiestimi SNP používaných pri analýze haplotypu bola meraná pairwise D 'štatistikou. Štruktúra LD bloku bola skúmaná za použitia metódy Gabriel et al. [45], s použitím hranice 80% dôveru D 'na definovanie miest historického rekombinácie medzi SNP. Haplotypu boli postavené z genotypov údajov v plnej veľkosti case-control panel vnútri blokov pomocou zrýchlená metóda očakávania-zväčšenie algoritmus [46]. Stručne povedané, táto metóda vytvára veľmi presné odhady populácie frekvencie po etapách haplotypu založených na maximálnu vierohodnosti, ako je stanovené od unphased vstupom [47]. Štatistická analýza bola vykonaná pomocou IBM SPSS Statistics 18.0 softvér (SPSS, Inc., Somers, NY, USA). Obojstranná chi-kvadrát (χ2) test bol použitý na odhad distribučných charakteristík obyvateľstva, zrovnať rozdiely v alelických a genotypovej frekvencie medzi prípadmi a kontrolami a posudzovať vzťahy medzi jednotlivými SNP a klinicko-parametrov. Postup permutácie (1000 testov) bola použitá na korekciu hodnoty P výsledkov single-locus združenia. Vzájomné pomery (OR) a intervaly spoľahlivosti (CI 95%) boli vypočítané podľa bezpodmienečné logistickej regresie analyzovať vzťah medzi frekvenciou a genotypov žalúdka riziko rakoviny, a boli upravené na pohlaví a veku. Jednorozmerné a multivariačný analýzy prežitia boli vykonané pomocou log-rank testu a Cox modelu proporčný rizík pomocou klinicko-parametre a SNP. To viedlo k identifikácii premenných, ktoré významne koreluje s prežitím pacientov. Multivariačný analýzy prežitie bolo vykonané oddelene pridaním premennej SNP všetkým klinicko parametrov. Spôsob podľa Kaplan-Meiera bola použitá na mapovanie krivky prežitia. 4,2 softvérový balík Haploview bola použitá na: odhad párová väzbové nerovnováha (LD), detekciu odklon od Hardy-Weinberg rovnováha, skonštruovať haplotypu a vypočítať haplotypu kmitočtov a vykonáva odhad vzťahy medzi haplotypu a žalúdočné riziko rakoviny.
materiáloch a metódach
DNA extrakcie
Voľba SNP a genotypu
stanovenie LD blok a haplotypu konštrukcia
Štatistická analýza
Staroveké mikrobiómy primátov môžu poskytnúť viac informácií o vývoji človeka
Biologická terapia môže znížiť riziko závažného ochorenia COVID-19
Horná endoskopia
Metabarové kódovanie DNA by mohlo zlepšiť analýzu ľudskej stravy
Strava a výživa ovplyvňujú mikrobiómy v sliznici hrubého čreva
Otvorenie úzkeho pažeráka
Ústna hygiena a závažnosť COVID-19-spojenie
Britskí vedci zistili súvislosť medzi zlou ústnou hygienou a závažnosťou ochorenia COVID-19 spôsobeného infekciou závažným akútnym respiračným syndrómom koronavírusom 2 (SARS-CoV-2). Štúdia vedcov Vic
Vedci vyvinuli prístup k očkovaniu proti zápalu čriev
Zápalové ochorenie čriev (IBD) je zastrešujúci termín, ktorý popisuje mnohé poruchy, ktoré zahŕňajú chronický zápal tráviaceho traktu, vrátane ulceróznej kolitídy a Crohnovej choroby. Tieto podmienky
Testy používané na diagnostiku GERD
U niektorých pacientov, môžeme mať podozrenie na gastroezofageálny reflux, ale pacientove symptómy môžu byť atypické. Alebo jednoducho musíme potvrdiť svoju diagnózu. Urobiť tak, na Ogden Clinic GI v